The first manifestation of a viral infection may be conjunctivitis. There are limited data on the etiology of viral conjunctivitis in Vanuatu, a country in the South Pacific Ocean. Patients presenting to one of two Vanuatu health centers with presumed infectious conjunctivitis were eligible if symptom onset was within 14 days of screening. Conjunctival and anterior nasal swabs were obtained and subjected to unbiased RNA deep sequencing (RNA-seq) to identify DNA and RNA viruses. For samples collected from May to November 2021, RNA-seq identified a viral etiology in 12/48 patients. Human adenovi…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Gayal (Bos frontalis) is a rare semi-wild Bovine species that inhabits the harsh environments of Indo-China. Although the origins of the Gayal remain largely enigmatic, addressing the lack of comprehensive transcriptomic data is critical for understanding its genetic and molecular characteristics, which are essential for formulating effective conservation and management plans. In this study, an integrated PacBio Iso-seq and RNA-seq analysis was conducted on samples from 10 different organs and tissues of the Gayal, with each being sequenced in triplicate. The samples analyzed included the …
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The crossing of the mosquito midgut epithelium by the malaria parasite motile ookinete form represents the most extreme population bottlenec … or may exist independent of those cues as a potential bet-hedging strategy. Here we use single-cell RNA-seq to profile transcriptional variation in Plasmodium berghei ookinetes across different vector species, and between and within individual midguts. We then compare our results to low-input transcriptomes from individual Anopheles coluzzii midguts infec …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Placental abnormalities are central to preeclampsia (PE), yet the cellular and molecular mechanisms underlying this dysfunction remain unclear. We applied a multi-layered, integrative approach to investigate placental tissue from patients with PE and matched controls. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq; GSE173193) and bulk RNA sequencing (bulk RNA-seq; GSE203507) datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus. The scRNA-seq dataset included two PE and two control samples, whereas the bulk RNA-seq dataset focused on eight early-onset PE and five uncomplicated term births. Trophoblas…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human spinal cord controls sophisticated sensory perception and motor response across its extensive length. However, the spatial and temporal regulation of the generation of various motor neurons (MNs) and glial cells remains obscure. Using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and single-cell Stereo RNA sequencing (scStereo RNA-seq), we here investigated and annotated molecular signatures of three neural stem cell (NSC) lineages, MNs, astrocytes, and oligodendrocytes, in the human fetal spinal cord from gestational week 8 (GW8) to GW12. We also found that some long noncoding RNAs (lncRNA…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the development of Tether-seq, a transcriptome-wide screen to probe RNA-small molecule interactions using disulfide tethering. This technique uses s4U metabolic labeling to provide sites for reversible and covalent attachment of small molecule disulfides to the transcriptome. By screening under reducing conditions, we identify interactions that are stabilized by binding over those driven by the reactivity of the RNA sites. When applied to cellular RNA, Tether-seq with a disulfide analogue of risdiplam, an FDA-approved drug that targets RNA to treat spinal muscular atrophy (SMA), reve
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In addition to microRNAs (miRNAs), some small interfering RNAs (siRNAs) such as trans-acting siRNAs are also associated with ARGONAUTE 1 (AGO1) for target cleavage in plants. Efficient identification of the AGO1-enriched small RNAs (sRNAs) and their targets became a challenging task. Here, we emphasized the utility of RIP (RNA immunoprecipitation) sequencing in probing the above issue. By analyzing the AGO1-RIP-sRNA-seq data, 42 991, 22 516, 34 555, and 19 754 AGO1-enriched sRNAs were identified from flowers, leaves, roots, and seedlings of Arabidopsis, respectively. RIP-RNA-seq of DCL1 and HY…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transfer RNA-derived fragments (tRFs) are noncoding small RNAs derived from transfer RNAs (tRNAs) in microorganisms, animals and plants. In plants, tRFs are known to respond to environmental stimuli, including heat, oxidative stress and UV radiation; however, their specific functions in horticultural plants, such as grapevine, remain poorly understood. In this study, we used RNA-seq to identify differentially expressed genes (DEGs) in grape leaves exposed to UV-C radiation. A total of 1329 and 8055 of genes were differentially expression after 1 and 6 h of UV-C treatment, respectively. We iden…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute viral myocarditis (AVMC) is a common acute myocardial inflammation caused by viral infections, which can lead to severe cardiac dysfunction. Several long noncoding RNAs (lncRNAs) with aberrant expression have been identified in the pathogenesis of AVMC. However, the expression profiles and functions of lncRNAs in AVMC have not been fully elucidated. In the present study, we constructed AVMC mouse models by intraperitoneal injection of coxsackievirus B3 (CVB3) and performed RNA sequencing (RNA-seq) on heart tissues to investigate the differences in lncRNAs and messenger RNAs (mRNAs) expre…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing is an important posttranscriptional event in eukaryotes; however, many features remain largely unexplored in prokaryotes. This study focuses on a serine-to-proline recoding event (S128P) that originated in the mRNA of fliC, which encodes a flagellar filament protein; the editing event was observed in RNA-seq samples exposed to oxidative stress. Using Sanger sequencing, we show that the S128P editing event is induced by H2O2. To investigate the in vivo interaction between RNAs and TadA, which is the principal enzyme for A-to-I editing, genome-wide RNA i…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver2016eng
BACKGROUND: Altered intestinal permeability in diarrhoea-predominant irritable bowel syndrome (IBS-D) has been reported in some studies.
AIMS: The study aimed to investigate the altered intestinal permeability and its associated clinical characteristics and RNA expression profiles in IBS-D.
METHODS: We stratified IBS-D patients into two groups according to the P95 value of the permeability in controls. The clinical characteristics of the two groups were evaluated, and two biopsy cases from each of the two groups were selected for the RNA-seq analysis.
RESULTS: IBS-D patients had a significa…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Droplet-based single-cell RNA-seq (scRNA-seq) requires the addition of bar codes that mark the cell and transcript of origin. Cell-specific bar codes, typically added by cDNA elongation on beads, label each transcript derived from an individual cell. Transcript-specific bar codes serve as unique molecular identifiers and allow for the maintenance of transcript proportions after PCR-based amplification of cDNA. This chapter provides methods for generating bar-coded scRNA-seq libraries after droplet encapsulation.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: We investigated whether neuronal activin A receptor type 1 (ACVR1) drives glycolytic lactate production to fuel histone H3K18 lactylation (H3K18la), thereby activating NLRP3-dependent neuronal pyroptosis and sustaining pain, while assessing therapeutic reversal.
METHODS: We employed the spared nerve injury (SNI) model in mice to study spinal ACVR1 signaling. Chronic pain was quantified via mechanical withdrawal thresholds (PWTs) and cold hypersensitivity. We integrated biochemical assays, flow-cytometry-like immunofluorescence, and multi-omics, including RNA sequencing (RNA-seq) an…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Asthma is a chronic airway disease driven by type 2 immune responses, a core mechanism shared across allergic conditions. Cathepsins (CTSs), … lective CTSB inhibitor CA-074Me attenuated airway inflammation and remodeling. Bulk RNA sequencing (RNA-seq) from asthma patients and single-cell RNA-seq (scRNA-seq) datasets identified macrophages as the predominant CTSB-expressing immune cell population, with enrichment of pathways related to apoptosis and autophagy. In vivo, CTSB inhibition reduced lun …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heterogeneity and limited comprehension of chronic autoimmune disease pathophysiology cause accurate diagnosis a challenging process. With the increasing resources of single-cell sequencing data, a reasonable way could be found to address this issue. In our study, with the use of large-scale public single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data, analysis of dataset integration (3.1 × 105 PBMCs from fifteen SLE patients and eight healthy donors) and cellular cross talking (3.8 × 105 PBMCs from twenty-eight SLE patients and eight healthy donors) were performed to identify the most crucial informati…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: CTCF, a highly studied transcription factor, is essential for chromatin interaction maintenance. Several independent studies report that CTCF interacts with RNAs in vitro and in cells. Yet continuous debates about the authenticity of the RNA-binding affinity of CTCF and its biological role remain in large part due to limited research techniques available, such as CLIP-seq.
RESULT: Here, we investigate RNA's role in CTCF's transcription factor function through its chromatin occupancy. To systematically explore whether RNAs affect CTCF's ability to bind DNA, we perturb CTCF-RNA inte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CLIP-seq (crosslinking immunoprecipitation and sequencing) is widely used to map the binding sites of a protein of interest on the transcriptome, and generally employs UV to induce the covalent bonds between protein and RNA, which allows stringent washing. However, dsRNA is inefficiently crosslinked by UV, making it difficult to study the interactions between dsRNA binding proteins and their substrates. A dsRNA endoribonuclease DROSHA initiates the maturation of microRNA (miRNA) by cleaving primary miRNA (pri-miRNA). Despite the importance of DROSHA in miRNA maturation and sequence determinati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For adaptation to a high salinity marine environment, cartilaginous fishes have evolved a ureosmotic strategy. They have a highly elaborate "four-loop nephron" in the kidney, which is considered to be important for reabsorption of urea from the glomerular filtrate to maintain a high concentration of urea in the body. However, the function and regulation, generally, of the "four-loop nephron" are still largely unknown due to the complicated configuration of the nephron and its many subdivided segments. Laser microdissection (LMD) followed by RNA-sequencing (RNA-seq) analysis is a powerful techn…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rapid responses involving fast redistribution of messenger(m)RNA and alterations of mRNA translation are pertinent to ongoing homeostatic ad … of the cytoplasmic RNA state is only possible with a limited number of methods. Transcriptome-wide, RNA-seq-based ribosome profiling-type experiments are among the most informative sources of data for the control of translation. However, absence of a uniform RNA and RNA:protein intermediate stabilization can lead to different biases, particularly in the f …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria symptoms are caused by the development of the parasites within the blood of an infected host. Bulk RNA sequencing (RNA-seq) of infected blood can reveal interactions between parasites and the host immune system during an infection, but because multiple developmental stages with distinct transcriptional profiles are concurrently present in infected blood, it is necessary to correct such analyses for differences in cell composition among samples. Gene expression deconvolution is a statistical approach that has been developed for inferring the cell composition of complex tissues character…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования