SecA protein is a vital protein in bacterial protein transport systems and has been reported as a promising drug target in various bacteria, including the multidrug-resistant Acinetobacter baumannii for which development of novel drugs are urgently needed. To this end, the present study aims to screen natural compounds as potential inhibitors against SecA protein of this pathogen. Initially, structural modeling of SecA protein was performed to generate multiple models, which were assessed using various criteria. The most reliable model, Rank3 from AlphaFold2, was selected for molecular dynamic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry has arguably become the core technology for the characterization of food proteins and peptides. The application of mass spectrometry-based techniques for the qualitative and quantitative analysis of the complex protein mixtures contained in most food preparations is playing a decisive role in the understanding of their nature, structure, functional properties and impact on human health. The application of mass spectrometry to protein analysis has been revolutionized in the recent years by the development of soft ionization techniques such as electrospray ionization and matrix
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ectopic pregnancy (EP) and normal intrauterine pregnancy (IUP) serum proteomes were quantitatively compared to systematically identify candidate biomarkers. A 3-D biomarker discovery strategy consisting of abundant protein immunodepletion, SDS gels, LC-MS/MS, and label-free quantitation of MS signal intensities identified 70 candidate biomarkers with differences between groups greater than 2.5-fold. Further statistical analyses of peptide quantities were used to select the most promising 12 biomarkers for further study, which included known EP biomarkers, novel EP biomarkers (ADAM12 and ISM2),
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A series of 1-ns MD simulations were performed on the scorpion toxin Lqh III in native and disulfide bond broken states. The removal of disulfide bonds has caused hydrogen bond network alteration in the five-residue turn, the long loop, the alpha-helix, the loop connecting strands II and III, and the C-terminal region. In addition and more importantly, it has influenced the amplitude of the fluctuations of five-residue turn, loops, and C-terminal region with a minor effect on the fluctuations of the cysteines in the broken bond sites. These findings suggest that disulfide bonds are not the mos
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ovarian endometriosis is a common gynecological condition characterized by the abnormal growth of endometrial-like tissue in locations outside the uterus, and its development remains poorly understood. This study aims to investigate potential protein regulatory networks and assess their impact on disease risk using both protein quantitative trait locus (pQTL) analysis and Mendelian randomization (MR) techniques.
METHODS: This study systematically integrates two major genome-wide pQTL databases, UKB-PPP and deCODE, to identify pQTL signals associated with ovarian endometriosis. Add
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thalidomide is a known teratogen that causes malformations especially in heart and limbs. Its mechanism of teratogenicity is still not fully elucidated. Recently, a new target of thalidomide was described, TBX5, and was observed a new interaction between HAND2 and TBX5 that is disrupted in the presence of thalidomide. Therefore, our study aimed to raise potential candidates for thalidomide teratogenesis, through systems biology, evaluating HAND2 and TBX5 interaction and heart and limbs malformations of thalidomide. Genes and proteins related to TBX5 and HAND2 were selected through TF2DNA, REAC
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathological features of Alzheimer's disease are the formation of amyloid plaques and entanglement of nerve fibers. Studies have shown that Cu may be involved in the formation of amyloid plaques. However, their role has been controversial. The aim of this study was to explore the role of Cu in AD. We applied the "R" software for our differential analysis. Differentially expressed genes were screened using the limma package. Copper metabolism-related genes and the intersection set of differential genes with GSE5281 were searched; functional annotation was performed. The protein-protein inte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ischemic stroke is caused by insufficient blood supply to the brain. It has acute onset, often disturbance of consciousness, and high mortality and disability rate. However, relationship between ribosomal proteins (RP)-S15 and mitochondrial ribosomal proteins (MRP)-S27 and ischemic stroke remains unclear. The ischemic stroke datasets GSE22255, GSE16561, and GSE199435 were downloaded from gene expression omnibus generated by GPL6883, GPL11154, and GPL570. Differentially expressed genes (DEGs) were screened, and the construction and analysis of protein-protein interaction network, functional enr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objective: We aim to identify the crucial genes or potential biomarkers associated with uterine fibroids (UFs), which may provide clinicians with evidence about the diagnostic biomarker of UFs and reveal the mechanism of its progression. Methods: The gene expression and genome-wide DNA methylation profiles were obtained from Gene Expression Omnibus database (GEO). GSE45189, GSE31699, and GSE593 datasets were included. GEO2R and Venn diagrams were used to analyze the differentially expressed genes (DEGs) and extract the hub genes. Gene Ontology (GO) analysis was performed by the online tool Dat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: The present study was conducted to determine the genes with common expression in blood and appendix tissue samples in order to introduce them as possible diagnostic biomarkers.
BACKGROUND: Diagnosis of acute appendicitis (AA) without applying computed tomographytomography (CT), subjecting the patient to significant radiation, can be surprisingly difficult. Blood circulation may have conscious alterations in its RNA, protein, or metabolite composition.
METHODS: The genes related to appendix tissue and blood samples of the patients with AA were extracted from public databases. Fold change
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: this study was conducted to investigate expression of the genes associated with CD in the target tissue in order to estimate contribution of each single gene to development of immune response. Then, the same set of genes was evaluated in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs).
BACKGROUND: Celiac disease (CD) is a chronic systemic autoimmune disease of the small intestine occurring in genetically-susceptible individuals. There are several genes related to immune response.
METHODS: For this purpose, the genes related to CD were extracted from public databases (documents of proteomics
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Food contamination by staphylococcal enterotoxins (SEs) is responsible for many food poisoning outbreaks (FPOs) each year, and they represent the third leading cause of FPOs in Europe. SEs constitute a protein family with 27 proteins. However, enzyme immunoassays can only detect directly in food the five classical SEs (SEA-SEE). Thus, molecular characterization methods of strains found in food are now used for FPO investigations. Here, we describe the development and implementation of a genomic analysis tool called NAuRA (Nice automatic Research of alleles) that can detect the presence of 27 S
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Late diagnosis and systemic dissemination essentially contribute to the invariably poor prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC). Therefore, the development of diagnostic biomarkers for PDAC are urgently needed to improve patient stratification and outcome in the clinic. By studying the transcriptomes of independent PDAC patient cohorts of tumor and non-tumor tissues, we identified 81 robustly regulated genes, through a novel, generally applicable meta-analysis. Using consensus clustering on co-expression values revealed four distinct clusters with genes originating from exocrine/e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chinese sturgeon Acipenser sinensis belongs to the family Acipenseridae, an ancient species of actinopterygian fishes. In order to advance molecular research on its reproduction, ontogenetic development, we were seeking for genomic information in the NCBI expressed sequence tag (EST database). We found 3384 indentified cDNA sequences which were assembled into 861 unigenes. Blast analysis revealed 301 unigenes shared high similarity with genes in the public databases, and these were classified into three groups: 202 known genes, 81 putative genes and 8 unknown genes. The remainder (560 genes) h
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Regulators of G protein signaling (RGS) proteins modulate G protein-coupled receptor (GPCR) signaling by acting as negative regulators of G proteins. Genetic variants in RGS proteins are associated with many diseases, including cancers, although the impact of these mutations on protein function is uncertain. Here we analyze the RGS domains of 15 RGS protein family members using a novel bioinformatic tool that measures the missense tolerance ratio (MTR) using a three-dimensional (3D) structure (3DMTR). Subsequent permutation analysis can define the protein regions that are most significantly in
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Semiliquidambar cathayensis is a traditional medicinal plant and endemic species in China. Its roots, branches, leaves, bark, and nectar are known to have therapeutic effects against rheumatoid arthritis, lumbar muscle strain, and several other diseases. However, limited knowledge regarding the molecular properties of S. cathayensis highlights the need for further research in order to elucidate the underlying pathways governing the synthesis of its active ingredients and regulation of its accumulation processes.
METHODS: We conducted transcriptome sequencing of the leaf, stem and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Primary open-angle glaucoma (POAG) is the most common type of glaucoma. The potential influence of some DEGs on the progression of POAG was still incomplete. In this study, we integrated transcriptome data with clinical data to investigate the relationship between them in POAG patients.
METHODS: The gene expression profile (GSE27276) from Gene Expression Omnibus (GEO) was used to identify DEGs. The LIMMA package of R was used to identify the DEGs (Diboun et al., 2006). The adjusted P values (adj P value) were calculated instead to avoid the appearance of false-positive results. Ge
СтатьяОтозванная публикацияПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Thyroid carcinoma (THCA) has a low mortality rate, but its incidence has been rising over the years. We need to pay attention to its progression and prognosis. In this study, a transcriptome sequencing analysis and bioinformatics methods were used to screen key genes associated with THCA development and analyse their clinical significance and diagnostic value.
METHODS: We collected 10 pairs of THCA tissues and noncancerous tissues, these samples were used for transcriptome sequencing to identify disordered genes. The gene expression profiles were obtained from the Gene Expression
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Uncharacterized proteins from newly sequenced genomes provide perfect targets for fold and function prediction.
RESULTS: For 38% of the entire genome of Mycoplasma genitalium, sequence similarity to a protein with a known structure can be recognized using a new sequence alignment algorithm. When comparing genomes of M. genitalium and Escherichia coli, > 80% of M. genitalium proteins have a significant sequence similarity to a protein in E. coli and there are > 40 examples that have not been recognized before. For all cases of proteins with significant profile similarities, there a
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY (GtoPdb; www.guidetopharmacology.org) is an open-access, expert-curated database of molecular interactions between ligands and their targets. We describe expansion in content over nine database releases made during the last two years, which has focussed on three main areas of infection. The COVID-19 pandemic continues to have a major impact on health worldwide. GtoPdb has sought to support the wider research community to understand the pharmacology of emerging drug targets for SARS-CoV-2 as well as potential targets in the host to block viral entry and redu
DatasetСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования