Spatial transcriptomics and in situ hybridisation techniques have become essential for contextualising single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data by mapping cell type- and state-specific mRNA expression within intact tissues. Beyond validating scRNA-seq predictions, these spatial methods provide critical insight into the localisation of specific cell types and their spatial relationships with neighbouring cells. However, current approaches rely on light microscopy (LM), which, despite advances, lacks the resolution needed to resolve detailed cell morphology or subcellular RNA localisation in …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Consanguinity provides shortcuts to identify homozygous recessive mutations. However, deep-intronic variants escape standard sequencing (panel; exome/WES), and their pathogenicity cannot be inferred from genomic data. We applied WES, long-read genome and long-read-RNA-sequencing (LR-WGS, LR-RNA-Seq) in a Syrian patient with biochemically evident GM2-gangliosidosis.
RESULTS: No exonic HEXA, HEXB and GM2A mutations were found. LR-WGS/LR-RNA-Seq revealed a homozygous HEXB variant, c.771 + 985G > A, activating a 97 bp pseudo-exon.
CONCLUSIONS: Integrative genome and transcriptome seq…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diabetic kidney disease (DKD) is a major microvascular complication of diabetes, characterized by abnormal mesangial cell (MC) proliferation, yet the underlying mechanisms remain unclear.
METHODS: Using RNA-seq and qRT-PCR, Mov10 was identified as the most highly expressed splicing factor (SF) in high-glucose MCs among seven candidates (Mov10, Ssb, Rbm25, Fastk, Dek, Nsrp1, Cwc15). Functional assays (EdU, CCK-8) assessed MC proliferation, while qRT-PCR and Western blot measured inflammatory and fibrotic markers. RIP-seq, RNA-seq, and bioinformatics analyses were used to identify M…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Cardiac aging is a major risk factor for the development of cardiovascular diseases. Although evidence suggests an association be … s was conducted using methylated RNA immunoprecipitation sequencing (MeRIP-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) to identify aberrant m6A peaks. Furthermore, gene set enrichment analysis (GSEA) was performed to identify gene sets associated with cardiac aging. Functional validation of key molecules was carried out through in vitro experiments.
RESULTS: The o …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell and single-nucleus RNA sequencing are revolutionizing our understanding of cellular biology. The identification of molecular mar … re with reagents required for single-cell transcriptomic analysis. Single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) offers an alternative strategy when intact cells with high-quality RNA cannot be obtained by enzymatic or mechanical dissociation. Here, we present an optimized reproducible methodology for nuclei isolation from the fat body of Anopheles gambiae mo …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Helicobacter pylori (H.pylori) infection is an important factor in the occurrence of human gastric diseases, but its pathogenic … of infection (MOI) from of 10:1 to 50:1]. Furthermore, we performed m6A methylation sequencing and RNA-sequencing on the cell model and RNA-sequencing on animal model. Results: Quantitative detection of RNA methylation showed that H. pylori infection group had higher m6A modification level. M6A methylation sequencing identified 2,107 significantly change …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell and single-nuclei RNA-sequencing (scRNA-seq and snRNA-seq) analyze cell-specific transcriptomes. However, only snRNA-seq applies to frozen biobanked samples. For human pancreatic islets, marker genes and reference-based cell type annotation methods are mainly from scRNA-seq datasets and may not be suitable for snRNA-seq. We compared human islet scRNA-seq and snRNA-seq data from the same donors (N = 4) and evaluated annotation methods by studying cell type composition and gene detection, and identified novel marker genes. We compared cell type annotations: (1) manual annotation base…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA structure plays a crucial role in diverse biological processes beyond the translation of genetic information. Therefore, the development of reliable methods for RNA structure prediction is essential for understanding RNA structure-related functions. However, accurate and comprehensive RNA structure prediction remains challenging. Here, we focus on secondary structure prediction of transfer RNA (tRNA) using structure probing coupled with next-generation sequencing (tRNA structure-seq). In silico prediction of Saccharomyces cerevisiae tRNA secondary structures achieves only 56.9% accuracy on
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The papillary thyroid carcinoma (PTC) usually shows an excellent prognosis. But some patients suffer recurrence after treatment. Recent progress in RNA sequencing (RNA-Seq) allows us to explore whole-transcriptomic gene expression profiles to develop RNA-seq based predictive model for stratifying the risk of recurrence of PTC. RNA-seq and clinical data from The Cancer Genome Atlas thyroid carcinoma cohort were divided chronologically into a training cohort (before 2011, n = 240) and a validation cohort (after 2011, n = 239). A risk score model was developed in training cohort using univariate …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Monocytes are an important cell type in chronic periodontitis (CP) by interacting with oral bacteria and mediating host immune response. The aim of this study was to reveal new functional genes and pathways for CP at monocyte transcriptomic level.
METHODS: We performed an RNA-sequencing (RNA-seq) study of peripheral blood monocytes (PBMs) in 5 non-smoking moderate to severe CP (case) individuals vs. 5 controls. We took advantage of a microarray study of periodontitis to support our findings. We also performed pathway-based analysis on the identified differentially expressed (DEx) …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The mechanisms through which chronic stress-related genes influence the diagnosis of osteoporosis (OP), where chronic stress serves as a risk factor, remain unclear. This study aimed to identify chronic stress-related biomarkers using multi-omics approaches and explore their potential applications in the diagnosis and treatment of OP.
METHODS: Bulk RNA sequencing (bulk RNA-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from public databases were integrated. Differential expression analysis, weighted gene co-expression network analysis, and machine learning algorithms (such as…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Japanese encephalitis virus (JEV), a neurotropic flavivirus, is a leading cause of viral encephalitis in Asia and remains a major public health concern. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as important regulators of immune and neurological diseases; however, their roles in viral encephalitis remain largely unknown. Here, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), bulk RNA sequencing (RNA-seq), in vivo validation, and functional analyses were integrated to comprehensively characterize lncRNA dynamics during Japanese encephalitis (JE).
RESULTS: ScRNA-seq analysis revealed wides…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pyroptosis at the maternal-fetal interface plays an important role in fetal growth restriction development. hsa_circ_0081343 c … flammatory cytokines (IL-1β, IL-6, and TNF-α) were measured using RT-qPCR, Western blot, and ELISA. RNA-seq and ChIP-seq were used to identify the downstream signaling pathways of hsa_circ_0081343 and Rbm8a in HTR8-SVneo. RNA pull-down assays, Western blot, and RT-qPCR were performed to investigate the interactions between hsa_circ_0081343 and Rbm8a.
RES …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate detection of oncogenic gene fusions is becoming increasingly important given the availability of highly effective targeted therapie … d specificity, while direct identification of fusion transcripts in whole-transcriptome sequencing (RNA-seq) profiles provides broader applicability but limited sensitivity, as fusion junctions are frequently supported by a minimal number of reads or even no reads at all. In this study, a novel approach was employed to accurately detect clinically actiona …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genome-wide association studies (GWAS) have pinpointed a multitude of risk loci associated with Juvenile Idiopathic Arthritis (JIA), but it is challenging to decipher novel plasma proteins. To address this, we applied an integrative omics pipeline to uncover novel proteins associated with JIA risk.
METHODS: In this research, we utilized an integrative omics method to identify new plasma proteins associated with JIA. Complementary results from an independent cohort were analyzed through Whole Genome Sequencing (WGS), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and bulk RNA sequencing (…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico2022eng
PURPOSE: Translocation renal cell carcinoma (tRCC) is a subtype that occurs predominantly in children and young individuals. Metastatic tRCC … irmed the tRCC. Organoids derived from the dissected tissues were cultured and verified by FISH and RNA-seq. HTS was performed to seek promising drugs, and potential mechanisms were explored by RNA-seq and cell-based studies.
RESULTS: We successfully established a metastatic tRCC organoid with PRCC-TFE3 fusion, a common fusion subtype, and its characteri …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Megakaryocytes (MKs) and low-density granulocytes (LDGs) are implicated in immune dysregulation and vascular pathology in autoimmune diseases (ADs), yet their precise subsets and pathological interactions remain poorly defined. We aimed to characterize MK and LDG subpopulations and elucidate their potential intercellular communication in ADs using single-cell transcriptomic analysis.
METHODS: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was performed on peripheral blood mononuclear cells from 10 treatment-naive AD patients (4 pSS, 3 RA, and 3 SLE) and 3 healthy controls (HCs). MKs and L…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-Seq analysis of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) samples has emerged as a highly effective approach and is increasingly being used in clinical research and drug development. However, the processing and storage of FFPE samples are known to cause extensive degradation of RNAs, which limits the discovery of gene expression or gene fusion-based biomarkers using RNA sequencing, particularly methods reliant on Poly(A) enrichment. Recently, researchers have developed an exome targeted RNA-Seq methodology that utilizes biotinylated oligonucleotide probes to enrich RNA transcripts of int…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing creates diverse RNA isoforms from individual genes, yet single-cell CRISPR screens are limited to gene-level quantification and cannot detect changes in alternative splicing and transcript isoforms. To overcome this limitation, we develop CRISPore-seq, which couples massively-parallel CRISPR perturbations with joint short- and long-read transcriptomics. CRISPore-seq simultaneously captures genetic perturbations and expression of genes, full-length transcripts and surface proteins in single cells. CRISPore-seq long reads identify 80% more transcript isoforms than short read
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The CXCR2-CXCL1 axis is critical in tumorigenesis, specifically, CXCL1 is a secreted chemokine implicated in tumor progression, angiogenesis … adical cystectomy after neoadjuvant chemotherapy, and qPCR expression values were validated against RNA-seq TPM. The assay showed high concordance between fresh frozen and FFPE tissues (P = 0.78), stable RNA profiles under appropriate storage, and robust performance across a 5-100 ng input range when RNA DV200 exceeded 15%. Expression remained reliable in …
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования