Adult T-cell leukemia lymphoma (ATLL) is a rare T cell neoplasm that is endemic in Japanese, Caribbean, and Latin American populations. Most North American ATLL patients are of Caribbean descent and are characterized by high rates of chemo-refractory disease and worse prognosis compared with Japanese ATLL. To determine genomic differences between these 2 cohorts, we performed targeted exon sequencing on 30 North American ATLL patients and compared the results with the Japanese ATLL cases. Although the frequency of TP53 mutations was comparable, the mutation frequency in epigenetic and histone
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The strong cytotoxicity of wild-type CcdB limits its use as a counter-selection marker, as leaky expression can cause unintended cell death. Here, we report the rational engineering of a tunable CcdB variant with minimal basal toxicity while retaining inducible lethality. Using a structure-aware deep learning-guided strategy, we prioritized mutations predicted to alter CcdB-DNA gyrase binding energetics and experimentally identified variants with reduced basal toxicity and retained inducible killing. Targeted validation identified CcdB_L96P, which significantly reduces basal toxicity while pre
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RBM10 modulates transcriptome-wide cassette exon splicing. Loss-of-function RBM10 mutations are enriched in thyroid cancers with distant metastases. Analysis of transcriptomes and genes mis-spliced by RBM10 loss showed pro-migratory and RHO/RAC signaling signatures. RBM10 loss increases cell velocity. Cytoskeletal and ECM transcripts subject to exon inclusion events included vinculin (VCL), tenascin C (TNC), and CD44. Knockdown of the VCL exon inclusion transcript in RBM10-null cells reduced cell velocity, whereas knockdown of TNC and CD44 exon inclusion isoforms reduced invasiveness. RAC1-GTP
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ABSTRACT: Overall survival of acute myeloid leukemia (AML) remains limited. Inhibitors of the master mitotic kinase PLK1 have emerged as promising therapeutics, demonstrating efficacy in an undefined subset of patients with AML. However, the clinical success of PLK1 inhibitors remains hindered by a lack of predictive biomarkers. The Fanconi anemia (FA) pathway, a tumor-suppressive network comprised of at least 22 genes, is frequently mutated in sporadic AML. In this study, we demonstrate that FA pathway disruption sensitizes AML cells to PLK1 inhibition. Mechanistically, we identify novel inte
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ATR plays key roles in cellular responses to DNA damage and replication stress, a pervasive feature of cancer cells. ATR inhibitors (ATRi) are in clinical development for treating various cancers, including those with high replication stress, such as is elicited by ARID1A deficiency, but the cellular mechanisms that determine ATRi efficacy in such backgrounds are unclear. Here, we have conducted unbiased genome-scale CRISPR screens in ARID1A-deficient and proficient cells treated with ATRi. We found that loss of transcription factor KLF5 has severe negative impact on fitness of ARID1A-deficien
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Low-grade serous ovarian cancer (LGSOC) is a rare subtype of epithelial ovarian cancer with high fatality rates in advanced stages due to its chemoresistant properties. LGSOC is characterized by activation of MAPK signaling, and recent clinical trials indicate that the MEK inhibitor (MEKi) trametinib may be a good treatment option for a subset of patients. Understanding MEKi-resistance mechanisms and subsequent identification of rational drug combinations to suppress resistance may greatly improve LGSOC treatment strategies. Both gain-of-function and loss-of-function CRISPR-Cas9 genome-wide li
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleotide excision repair (NER) is a critical DNA repair pathway responsible for removing bulky, helix-distorting DNA lesions, including ultraviolet radiation-induced photoproducts and platinum drug-DNA adducts. This review provides a comprehensive overview of current understanding of NER in cancer, with particular emphasis on its role in therapeutic response. We discuss the molecular mechanisms of DNA repair in cancer, the significance of NER in platinum-based therapies, results from in vitro studies across various cancer types, findings from patient-based studies, and outcomes from clinical
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes play conserved roles in chromosome organization, segregation, and repair in all domains of life. In Bacillus subtilis, SMC is required for the segregation of newly replicated origins. To investigate whether other proteins function with SMC in this process, we performed a synthetic lethal screen with an smc hypomorphic allele (smc*) that is mildly defective in chromosome segregation. In addition to recovering previously reported genetic interactions of smc with parB and spoIIIE, our screen identified minJ and divIVA as essential in the smc*
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors (PARPi) have revolutionized Homologous recombination deficient (HRD) solid tumors by using the synthetic lethality which BRCA 1/2 mutated cancer cells depend on for DNA repair. Standard PARP inhibitors such as olaparib, rucaparib, niraparib, and talazoparib have been shown to inhibit both PARP1 and PARP2, and have shown significant clinical efficacy in breast, ovarian, prostate, and pancreatic cancers. However, their clinical efficacy is limited by their hematological toxicities such as anemia, thrombocytopenia, and neutropenia that requires reduction in
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM) is characterized by genomic instability and therapeutic resistance. Emerging evidence indicates that germline DNA damage response (DDR) mutations, including BRCA1/2, ATM, and CHEK2 variants, contribute to MM susceptibility, clonal evolution, and treatment response. Inherited DDR defects promote chromosomal instability, reshape the immune microenvironment, and facilitate therapy-driven disease progression. Recent advances in multiomics profiling, single-cell sequencing, and liquid biopsy have improved the functional interpretation and clinical monitoring of DDR alterations
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ovarian cancer is the second the most common gynaecological malignancy in developed countries. 70% of patients relapse in the first 3 years following debulking surgery and first-line chemotherapy. Niraparib is a poly adenosine diphosphate ribose polymerase inhibitor which uses the concept of synthetic lethality in the presence of a mutation in the breast cancer susceptibility gene (BRCA), and is now recommended as maintenance treatment in patients with platinum-sensitive relapse of ovarian cancer. It has been shown to increase progression-free survival. We present a case of a 68-year-old woman
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) pathway drives replicative immortality in aggressive malignancies, particularly sarcomas and gliomas. Clinical ALT stratification has relied on screening for structural ATRX and DAXX mutations. However, this genotypic approach fails to capture the dynamic macro-reprogramming required to sustain ALT. Here, we established and validated a 28-gene transcriptomic signature that captures the ALT-associated transcriptomic phenotype of the ALT phenotype. Using multivariate Cox proportional hazards models and time-dependent ROC analyses, we demonstrate tha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: : Advances in DNA sequencing technology have created a wealth of information regarding the genomic landscape of prostate cancer. It had been thought that BRCA1 and BRCA2 mutations were associated with only a small fraction of prostate cancer cases. However, recent genomic analysis has revealed that germline or somatic inactivating mutations in BRCA1 or BRCA2, or other genes involved in the homologous recombination (HR) pathway of DNA repair collectively occur in as much as 20%-25% of advanced prostate cancers. A synthetic lethal therapeutic approach using poly(ADP-ribose) polymeras
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Loss-of-function calcium-sensing receptor (CASR) mutations cause mineral metabolism disorders, familial hypocalciuric hypercalcemia, or neonatal severe hyperparathyroidism and increase the risk of femoral fracture, chronic kidney disease, coronary heart disease, and other diseases. In severe cases, CaSR mutations are lethal. Off-label use of the CaSR-positive allosteric modulator (PAM), cinacalcet, corrects hypercalcemia in some patients with CaSR mutations. However, other patients remain unresponsive to cinacalcet, attesting to the need for novel treatments. Here, we compared the effects of c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Polybromo 1 (PBRM1), encoding the BAF180 subunit of the polybromo-associated BAF (PBAF) chromatin-remodeling complex, is commonly lost or mutated across malignancies. Despite its prevalence, tailored therapeutics for PBRM1-defective cancers remain limited. PBRM1 loss is associated with elevated replication stress and DNA damage responses, implying dependence on compensatory repair pathways. Given the lack of genotype-matched drugs, exploiting DNA-repair dependencies may provide a precision option for PBRM1-deficient disease. We pursued a synthetic-lethality strategy in colorectal c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genetic interactions, including synthetic lethality (SL) and synthetic viability (SV), are crucial for understanding tumor-specific vulnerabilities and mechanisms of drug resistance. However, predicting drug response at single-cell resolution based on SL and SV remains challenging.
METHODS: Here, we construct a large-scale atlas of cell-type-specific SL and SV networks across 14 human cancers using scRNA-seq datasets. Based on this atlas, we develop DISCERN (Drug response Inference from Single-Cell gEnetic inteRactioNs), a novel computational framework designed to infer single-cel
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PARP inhibitors (PARPi)-based synthetic lethal therapy demonstrates limited efficacy for most cancer types that are homologous recombination (HR) proficient. To potentiate the PARPi application, a nanocarrier based on 5-azacytidine (AZA)-conjugated polymer (PAZA) for the codelivery of AZA and a PARP inhibitor, BMN673 (BMN) is developed. AZA conjugation significantly decreased the nanoparticle (NP) size and increased BMN loading. Molecular dynamics simulation and experimental validations shed mechanistic insights into the self-assembly of effective NPs. The small PAZA NPs demonstrated higher ef
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hereditary cancer syndromes hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer (HLRCC) and succinate dehydrogenase-related hereditary paraganglioma and pheochromocytoma (SDH PGL/PCC) are linked to germline loss-of-function mutations in genes encoding the Krebs cycle enzymes fumarate hydratase and succinate dehydrogenase, thus leading to elevated levels of fumarate and succinate, respectively1-3. Here, we report that fumarate and succinate both suppress the homologous recombination (HR) DNA-repair pathway required for the resolution of DNA double-strand breaks (DSBs) and for the maintenance of
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a re-emerging pathogen in Kazakhstan, where the increasing risk of its spread underscores the need for improved healthcare preparedness, including the development of local vaccines. However, the absence of reference TBEV strains in the country presented a major challenge. To address this, we generated a prototype strain (Vasilchenko) of the Siberian TBEV genotype, predominant in Kazakhstan, using synthetic genome and molecular infectious clone technology. A DNA-launched TBEV molecular clone was assembled from DNA fragments, enabling virus rescue upon pla
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Germline loss-of-function mutations in BRCA1 and BRCA2 markedly increase susceptibility to breast, ovarian, and other cancers. Mechanistically, BRCA2 facilitates RAD51 recruitment to sites of DNA damage, whereas BRCA1 regulates homologous recombination repair (HRR) through double-strand break resection and broader DNA damage response signaling. These insights underpin targeted therapies such as poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors (PARPis), which induce synthetic lethality in homologous recombination-deficient tumors. Clinically, PARPis have demonstrated significant benefit in BRCA1/2-mutat
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования