Gene regulatory network inference is a key approach for elucidating molecular mechanisms underlying complex diseases, but accurately inferring them from high-dimensional data, especially when sample sizes are imbalanced, remains a significant challenge. Although the L1-type regularization methods have been used for gene network inference, the existing methods often fail under conditions involving high dimensionality, noise, and unequal sample sizes across phenotypes. To overcome these limitations, this study developed netRL, a novel computational framework that integrates the Random Lasso with
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: MicroRNAs (miRNAs) are a class of small noncoding RNAs that inhibit the translation of target messenger RNAs (mRNAs). Given that a single miRNA can regulate the translation of many mRNAs, miRNAs have emerged as critical regulators of physiological processes. MiRNAs have been linked to the development and progression of cancers, neurodegenerative and other diseases, most recently using high-throughput miRNA "miRNome" sequencing. As miRNome sequencing represents a newer 'omics application, limited guidance is available for how to analyze this data. Existing interfaces that enable non
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In taxonomic research, traditional phylogenetic tree and structure analyses of genetic data are increasingly complemented by machine-learning-based identification and representation learning. Although the amount of DNA data needed to train state-of-the-art machine learning models often exceeds what can realistically be collected and sequenced in biological studies, the number of samples can be extended artificially through data augmentation. Genetic data augmentation usually refers to the introduction of random base variations, translocations, and reverse complementing. These augmentations do
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how cells migrate in response to external cues has important implications for biology, medicine, and bioengineering. Chemical, mechanical, and electrical signals are the primary drivers of directed cell migration, and each has been extensively studied over the past decades. Among them, chemical cues were the first to be investigated and remain the most widely studied due to their undeniable role in in vivo guidance. Mechanical signals, particularly substrate stiffness gradients, have gained prominence for their ubiquity across cell types and their potential to direct migration. M
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein expression within oncogenic or suppressive pathways is a hallmark indicator of oncogenesis. While traditional AI models in digital pathology attempt to predict singular proteins, there is a need to predict the downstream expression of proteins to indicate the propagation of signals. RNA expression provides novel information, but does not provide information about the downstream propagation of protein signals or whether those signals are functional. Using Reverse Phase Protein Array (RPPA) data with whole-slide images (WSIs) from the publicly available Cancer Genome Atlas Breast Adenoca
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute liver injury and cardiovascular disease interact, forming a mutually exacerbating vicious cycle. However, the dynamic influence of hepatic vascular impedance on cardiac function has not been systematically elucidated. To address this gap, a closed-loop hemodynamic model based on lumped parameters was developed, encompassing the heart, liver, and the systemic arterial and venous circulation. This model was used to analyze how alterations in hepatic vascular impedance influence cardiac function and to provide a theoretical foundation for understanding liver-heart comorbidities. Healthy sub
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein interactions play a pivotal role in determining the biological functions of living cells. Gaining structural insights into protein interfaces can illuminate their role in function and diseases and highlight their potential as therapeutic targets. In response, there has been a marked increase in efforts by the scientific community to decipher the nuances of macromolecular interfaces, aiming to predict interactions and binding specificity of different components within complexes. The "Proteins, Interfaces, Structures, and Assemblies" (PISA) software has become a standard tool for analyzi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The last decades have seen a great improvement in our understanding of visuospatial working memory (VSWM). Despite this progress, less is known about how information is stored, retained, and removed from VSWM when novel information is presented sequentially. Here, we present a novel computational model of the dynamics of VSWM that extends and improves classical ideas. Our analysis relies on data from three clinical trials involving neurotypicals and people with autism performing a smartphone based sequential VSWM task. In addition, we applied the model to data from a large clinical trial in pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracting circuit mechanisms from neuronal population activity is challenging due to the heterogeneous neuronal properties and diverse strengths in synaptic connections. Standard inference methods, such as Generalized Linear Models (GLMs), typically regress for parameters on all neuronal activity at once. Such a global fitting approach can face identifiability difficulties-for example, where the statistical estimation of strong, opposing weights becomes ill-conditioned in excitatory-inhibitory balanced networks. Here, we introduce FLux-based Effective Coupling (FLEC), a framework that maps sp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ubiquitylation is a crucial posttranslational modification that regulates cellular homeostasis and has been linked to a range of diseases. Identification and analysis of ubiquitylated proteins and ubiquitylation sites have historically been successfully performed by mass spectrometry from in vitro and in vivo samples. However, to address some of the challenges and improve the efficiency of ubiquitylation analysis by mass spectrometry, computational tools have been developed and are becoming increasingly popular. In this chapter, we summarize the available computational tools for predicting ubi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coccidioides posadasii is a pathogenic fungus endemic to the arid regions of the Americas, causing coccidioidomycosis, a debilitating respir … this research gap, our study employs a multi-faceted approach integrating genomics, proteomics, and computational biology to elucidate the pathogenesis of C posadasii and identify potential therapeutic targets. Our methodology involved retrieving genomic data from 5 strains of C posadasii and generating core proteomes using OrthoFinder, enabling the identification of e …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to process visual stimuli rich with motion represents an essential skill for animal survival and is largely already present at the onset of vision. Although the exact mechanisms underlying its maturation remain elusive, spontaneous activity patterns in the retina, known as retinal waves, have been shown to contribute to this developmental process. Retinal waves exhibit complex spatio-temporal statistics and contribute to the establishment of circuit connectivity and function in the visual system, including the formation of retinotopic maps and the refinement of receptive fields in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Olivocerebellar learning is highly adaptable, unfolding over minutes to weeks depending on the task. However, the stabilizing mechanisms of the synaptic dynamics necessary for ongoing learning remain unclear. We constructed a model to examine plasticity dynamics under stochastic input and investigate the impact of inferior olive (IO) reverberations on Purkinje cell (PCs) activity and synaptic plasticity. We explored Upbound and Downbound cerebellar micromodules, which are organized loops of IO neurons, cerebellar nuclei neurons and microzones of PCs characterized by their unique molecular prof
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational multi-scale pandemic modelling remains a major and timely challenge. Here we identify specific requirements for a new class of models simulating pandemics across three scales: (1) pathogen evolution, often punctuated by the rapid emergence of new variants, (2) human interactions within a heterogeneous population, and (3) public health responses which constrain individual actions to control the disease transmission. We then present a pandemic modelling framework satisfying these requirements and capable of simulating feedback loops between dynamics unfolding at these different sca
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neural tube formation is one of the most important developmental events as it gives rise to the key organs comprising the central nervous system. Failure in the proper closure of the neural tube results in congenital abnormalities, namely neural tube defects (NTDs). Previous studies have identified several single nucleotide variations that are considered risk factors and established a genetic background for the increased incidence of NTDs and factors. This study aims to provide a comprehensive functional analysis of NTD-related missense mutations in terms of their potential effects
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The FragPipe computational proteomics platform is gaining widespread popularity among the proteomics research community because of its fast processing speed and user-friendly graphical interface. Although FragPipe produces well-formatted output tables that are ready for analysis, there is still a need for an easy-to-use and user-friendly downstream statistical analysis and visualization tool. FragPipe-Analyst addresses this need by providing an R shiny web server to assist FragPipe users in conducting downstream analyses of the resulting quantitative proteomics data. It supports major quantifi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CTNNB1 pathogenic variants are related to the improper functioning of the WNT/β-catenin pathway, promoting the development of different types of cancer of somatic origin. Bioinformatics analyses of genetic variation are a great tool to understand the possible consequences of these variants on protein structure and function and their probable implication in pathologies. The objective of this study is to describe the impact of the missense variants of uncertain significance (VUS) of the CTNNB1 gene on structure and function of the β-catenin protein. The CTNNB1 variants were obtained from the Gno
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-resolution temporal data on contacts between hosts provide crucial information on the mixing patterns underlying infectious disease transmission. Publicly available data sets of contact data are however typically recorded over short time windows with respect to the duration of an epidemic. To inform models of disease transmission, data are thus often repeated several times, yielding synthetic data covering long enough timescales. Looping over short term data to approximate contact patterns on longer timescales can lead to unrealistic transmission chains because of the deterministic repeti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bioactive peptides are important bioactive molecules composed of short-chain amino acids that play various crucial roles in the body, such as regulating physiological processes and promoting immune responses and antibacterial effects. Due to their significance, bioactive peptides have broad application potential in drug development, food science, and biotechnology. Among them, understanding their biological mechanisms will contribute to new ideas for drug discovery and disease treatment.
RESULTS: This study employs generative adversarial capsule networks (CapsuleGAN), gated recurr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nephritis and osteoporosis are debilitating medical conditions that significantly impact human health and reduce quality of life. To develop potential therapeutic strategies for these disorders necessitates understanding the genetic and molecular mechanisms. Here, we employed bioinformatics techniques purposed to find key genes and associated pathways responsible for nephritis-osteoporosis comorbidity. Six microarray datasets of systemic lupus erythematosus (SLE) and osteoporosis were retrieved from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Post normalization of data sets LIMMA package was u
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования