BACKGROUND AND OBJECTIVE: Smoking disturbs the bronchial-mucus-barrier. This study assesses the cellular composition and gene expression shifts of the bronchial-mucus-barrier with smoking to understand the mechanism of mucosal damage by cigarette smoke exposure. We explore whether single-cell-RNA-sequencing (scRNA-seq) based cellular deconvolution (CD) can predict cell-type composition in RNA-seq data.
METHODS: RNA-seq data of bronchial biopsies from three cohorts were analysed using CD. The cohorts included 56 participants with chronic obstructive pulmonary disease [COPD] (38 smokers; 18 ex-…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: miR-21 is a central regulator of cardiac fibrosis, and its inhibition in small-animal models has been shown to be an effective a … ction was assessed in vivo, followed by histological analyses and deep ribonucleic acid sequencing (RNA-seq) of the myocardium and genetic deconvolution analysis.
RESULTS: AntimiR-21 effectively suppressed the remodeling-associated increase of miR-21. At 33 days after ischemia/reperfusion injury, LNA-21-treated hearts exhibited reduced cardiac fibrosis a …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To investigate the interplay between physical activity and cardiometabolic traits in human skeletal muscle, we characterized gene expression and chromatin accessibility across skeletal muscle cell types in 263 Finnish individuals from the FUSION Tissue Biopsy Study. We analyzed single-nucleus RNA-seq data (168,309 nuclei), single-nucleus ATAC-seq data (242,069 nuclei), and bulk RNA-seq data. Lower insulin resistance (HOMA-IR) and higher total physical activity were both associated with higher proportions of Type 1 nuclei and lower proportions of Type 2x nuclei. Traits typically associated with…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurately inferring cell-type-specific gene regulatory networks (GRNs) is crucial for understanding cellular heterogeneity, lineage determination, and disease progression mechanisms. Although single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) enables high-resolution expression profiling, its inherent sparsity and high noise levels pose challenges to reliable GRN reconstruction. To address these issues, we propose cell type-specific gene regulatory network (CTN), a regulatory inference framework based on bilateral self-representation matrix decomposition, which integrates bulk RNA-seq data with scRNA-seq …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alport syndrome (AS) is a prevalent inherited kidney disorder mainly caused by mutations in COL4A3, COL4A4, and COL4A5 genes. To elucidate the genetic variants of AS, we implemented a sequential sequencing strategy within a Chinese cohort of 555 patients, comprising whole-exome sequencing (WES) for all participants, followed by whole-genome sequencing (WGS), RNA sequencing (RNA-seq), and nanopore long-read sequencing (NLR-seq) for selected individuals. We identify 431 distinct variants in 509 (91.7%) patients, with 42.2% being novel. Beyond WES, additional sequencing approaches resolve 23 pati…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myocardial infarction (MI) triggers adverse cardiac events, immune responses, and nervous system activation, but the neural and neuroimmune mechanisms remain understudied. Using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and tissue clearing, we identified transient receptor potential vanilloid-1 (TRPV1)-expressing vagal sensory neurons (VSNs) that increase ventricular innervation post MI. Ablating these VSNs mitigated MI pathology, reducing infarct size, abnormal electrocardiograms, cardiac dysfunction, sympathetic innervation, and pro-inflammatory cytokine interleukin 1β (IL-1β). Single-nuclei RN…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Like all organs, the thymus grows in size and function rapidly during development, but this growth comes to a halt after birth. However, the molecular mechanisms behind such a transition in the thymus remain obscure. Using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of the murine thymic stroma, we identified that major transcriptomic changes occur in the endothelium and mesenchyme across the transition to homeostasis. Differentially expressed gene and intercellular network analyses of temporally resolved scRNA-seq data revealed fibroblast-derived insulin-like growth factor 2 (IGF2) as a candidate d…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Uterine dendritic cells (uDCs) are critical for endometrial function, yet their origin and functional roles during the pre- and post-implantation periods in the human endometrium remain largely unknown. We hypothesize that distinct uDC subsets carry out specialized functions and that resident progenitor DCs generate these subtypes. Employing single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on uterine tissues collected across different menstrual phases and during early pregnancy, we identify several uDC subtypes, including resident progenitor DCs. CITE-seq was performed on endometrial single-cell suspens…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: To analyze and compare the mRNA N6-methyladenosine modifications in transverse aortic constriction induced mice hearts and normal mice hearts.
MATERIALS AND METHODS: Colorimetric quantification was used to probe the changes in m6A modifications in the total RNA. The expression of m6A-related enzymes was analyzed via qRT-PCR and western blotting. RNA-seq and MeRIP-seq were performed to identify genes with differences in m6A modifications or expression in the transcriptome profile.
RESULTS: Compared with the control group, the TAC group exhibited higher m6A methylation levels. FTO and WTA…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rationale: Prostate cancer metastasizes to the bone with the highest frequency and exhibits high resistance to 177Lu-prostate-specific membrane antigen (PSMA) radioligand therapy. Little is known about bone metastatic prostate cancer (mPCa) resistance to radiation. Methods: We filtered the metastatic eRNA using RNA-seq, MeRIP-seq, RT-qPCR and bioinformation. Western blot, RT-qPCR, CLIP, co-IP and RNA pull-down assays were used for RNA/protein interaction, RNA or protein expression examination. MTS assay was used to determine cell viability in vitro, xenograft assay was used to examine the tumo…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Aging and delayed parenthood are major social concerns. Men older than 35 years, which is an advanced paternal age, experience reduced sperm quality and fertility.
METHODS: In this study, 12-month-old mice served as a model for males of advanced paternal age. RNA sequencing (RNA-seq) of epididymides from 2- and 12-month-old mice was performed.
RESULTS: Spermatogonia and sperm counts were significantly lower in these mice. We identified 449 differentially expressed genes by RNA-seq. Altered pathways were enriched using Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (K…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The placenta is a highly heterogeneous organ, and its dysfunction is central to preeclampsia (PE). Although single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) enables high-resolution characterization, its high cost limits large-scale clinical use. scSemiProfiler integrates deep generative modeling with bulk RNA-seq to infer single-cell transcriptomes, but the original framework relies on an active learning module to select informative samples. In this study, we evaluate a simplified workflow that omits active learning, assessing its performance under these constrained conditions in complex, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We used precision nuclear run-on with sequencing (PRO-seq) in conjunction with quantitative RT-qPCR to map transcription, and transcript abundance in terminally differentiated LUHMES neurons before (mock) and after infection with Herpes Simplex Virus 1 (HSV-1). Initial PRO-seq analysis of cellular transcription demonstrated that the mock-infected differentiated LUHMES neurons expressed genes associated with differentiated neurons. This gene set included transcription of genes related to dopaminergic signaling, cell adhesion, and neuronal cell differentiation. By contrast, epithelial cells tran
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has emerged as a transformative tool in biomedical research, overcoming the limitations of bulk RNA sequencing by resolving cellular heterogeneity, identifying rare cell subtypes, and reconstructing dynamic regulatory networks. This technology holds unprecedented potential for advancing Traditional Chinese Medicine (TCM) research, which faces challenges in deciphering the multi-component, multi-target mechanisms and heterogeneous syndromes using conventional methods.
METHODS: Relevant studies were retrieved from PubMed, Web of Science, Google…
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cardiac autonomic nervous system is crucial in controlling cardiac function, such as heart rate and cardiac contractility, and is divide … isease is still enigmatic in many aspects. Novel technologies such as single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) hold promise for the genetic characterization of tissues at single-cell resolution. However, the relatively large size of neurons may impede the standardized use of these techniques. Here, this protocol exploits droplet-based single-nucleus RNA seq …
СтатьяVideo-Audio MediaПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A simple method for extraction of high quality RNA from cells that have been fixed, stained and sorted by flow cytometry would allow routine … rescent staining and flow sorting. RNA can then be extracted by standard methods and processed into RNA-seq libraries using commercial kits; mRNA abundances measured by poly(A)+ RNA-seq correlate well between freshly harvested cells and fixed, stained and sorted cells. We validate the applicability of this approach to flow cytometry by staining MCF-7 cell …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the last two decades, the medical sciences have changed their approach to pathogenesis as well as to the diagnosis and treatment of compl … uch as Alzheimer's disease. In this work, we developed a subpathway analysis method for single-cell RNA-seq experiments which isolates differentially expressed subpathways indicating potentially perturbed biological processes. The differential expression status of each gene is negotiated among well-established RNA-seq differential expression analysis tool …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA structure has been increasingly recognized as a critical player in the biogenesis and turnover of many transcripts classes. In eukaryotes, the prediction of RNA structure by thermodynamic modeling meets fundamental limitations due to the large sizes and complex, discontinuous organization of eukaryotic genes. Signatures of functional RNA structures can be found by detecting compensatory substitutions in homologous sequences, but a comparative approach is applicable only within conserved sequence blocks. Here, we developed a computational pipeline called PHRIC, which is not limited to conse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell type-specific analysis is crucial for uncovering biological insights hidden in bulk tissue data, yet single-cell or single-nuclei approaches are often cost-prohibitive for large samples. We introduce EPIC-unmix, a novel two-step empirical Bayesian method combining reference single-cell/single-nuclei and bulk RNA-seq data to improve cell type-specific inference, accounting for the difference between reference and target datasets. Under comprehensive simulations, we demonstrate that EPIC-unmix outperforms alternative methods in accuracy. Applied to Alzheimer’s disease brain RNA-seq data, EP…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a common endocrine disorder influenced by genetic and environmental factors, yet the molecular mechanisms linking endocrine-disrupting chemicals (EDCs) to ovarian dysfunction remain unclear. Here, we establish a letrozole-induced PCOS-like rat model and integrate bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq of human granulosa cells (GCs), and functional validation to identify CBX2 as a critical epigenetic regulator connecting EDC exposure to PCOS pathogenesis. Transcriptomic profiling revealed dysregulated cell cycle progression, disrupted cholesterol homeostasis, and …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования