Patient selection for synthetic lethal-based cancer therapy may be improved by assessment of gene-specific loss of heterozygosity (LOH) and biallelic loss of function (LOF). This report describes SyNthetic lethal Interactions for Precision Diagnostics (SNiPDx), a targeted next-generation sequencing (NGS) panel for detection of LOH and biallelic LOF alterations in 26 target genes focused on DNA damage response pathways, in tumor-only formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples. NGS was performed across all exons of these 26 genes and encompassed a total of 7632 genome-wide single-nucleotid…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Little is known about the molecular pathogenesis of neuroendocrine tumors (NET) of the gastro-entero-pancreatic (GEP) system. We analyzed genetic and epigenetic alterations as well as the CpG island methylator phenotype (CIMP). The study comprised 118 well-differentiated fore- and mid-gut GEP-NET from 71 patients. In addition to loss of heterozygosity (LOH), microsatellite instability (MSI) and the methylation status of various tumor associated genes were examined. The expression profile of p16, APC and MENIN was investigated by immunohistochemistry. None of the tumors was highly microsatellit…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DICER1-mutant primary intracranial sarcoma (DICER1-mutant PIS) is a rare and aggressive central nervous system (CNS) malignancy primarily af … pathogenic mutations in TP53, PDGFRA, and KEAP1. Additionally, somatic SMARCB1 allelic loss due to loss of heterozygosity was identified. Due to its insidious clinical presentation and overlapping morphological characteristics, DICER1-mutant PIS is often challenging to diagnose accurately, and no standardized therapeutic guidelines currently exist. The patient underwen …
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Germline pathogenic variants in BRCA1/2 and mismatch repair (MMR) genes have distinct therapeutic implications. However, concurr … subsequent immunohistochemistry confirmed loss of PMS2 expression in tumor cells. Conversely, BRCA2 loss of heterozygosity was not detected; our assessment of BRCA-related involvement was limited to LOH because HRD scoring was not available from the clinical CGP. Based on an MMR-deficient phenotype, the patient received gemcitabine/cisplatin plus pembrolizumab, achievin …
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meiotic recombination ensures accurate chromosome segregation and promotes genetic diversity by generating crossovers between homologous chromosomes1. Although essential in most sexually reproducing organisms, recombination is variably regulated and can be absent in some lineages, a condition known as achiasmy2. However, obligate achiasmy in both sexes of a sexual species has not been documented. Here we investigate Rhynchospora tenuis, a flowering plant with the lowest known chromosome number and inverted meiosis3. Combining genomics with molecular experiments, we show that R. tenuis undergoe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We performed a detailed and comprehensive study of the involvement of tumor suppressor genes in human prostate cancer. We utilized primers flanking either the restriction fragment length polymorphism (RFLP) or variable number of tandem repeat [VNTR; microsatellite or simple repeat site (SRS)] polymorphic sites to polymerase chain reaction (PCR) amplify the genomic DNA and detect loss of heterozygosity of the target genes. Quantitative reverse transcription (RT)-PCR was performed to measure the mRNA expression levels and PCR/single strand conformational polymorphism (SSCP) and DNA sequencing ca…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biallelic rare pathogenic loss-of-function (LOF) variants in lipoprotein lipase (LPL) cause familial chylomicronemia syndrome (FCS). Heterozygosity for these same variants is associated with a highly variable plasma triglyceride (TG) phenotype ranging from normal to severe hypertriglyceridemia (HTG), with longitudinal variation in phenotype severity seen often in a given carrier. Here, we provide an updated overview of genetic variation in LPL in the context of HTG, with a focus on disease-causing and/or disease-associated variants. We provide a curated list of 300 disease-causing variants dis
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gallbladder carcinoma is the most common cancer of the biliary tract with dismal survival largely due to delayed diagnosis. Biliary tract intraepithelial neoplasia (BilIN) is the common benign tumor that is suspected to be precancerous lesions. However, the genetic and evolutionary relationships between BilIN and carcinoma remain unclear. Here we perform whole-exome sequencing of coexisting low-grade BilIN (adenoma), high-grade BilIN, and carcinoma lesions, and normal tissues from the same patients. We identify aging as a major factor contributing to accumulated mutations and a critical role o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The relationship between endocervical cancer and cancer susceptibility syndromes is not yet fully understood. We present 2 cases of endocervical cancer: 1 arising in a patient carrier with a pathogenic BRCA1 variant and the second detected in a Lynch syndrome family carrying the MSH2 germline pathogenic variant.
CASE DESCRIPTION: Somatic analyses including loss of heterozygosity and fluorescent in situ hybridization demonstrated that the second hit in patient 1 is BRCA1-related. Mismatch repair somatic analyses in the second family demonstrated that the endocervical cancers of p…
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Campomelic dysplasia (CD) is an autosomal dominant, perinatal lethal skeletal dysplasia characterized by a small chest and short long bones with bowing of the lower extremities. CD is the result of heterozygosity for mutations in the gene encoding the chondrogenesis master regulator, SOX9. Loss-of-function mutations have been identified in most CD cases so it has been assumed that the disease results from haploinsufficiency for SOX9. Here, we identified distal truncating SOX9 mutations in four unrelated CD cases. The mutations all leave the dimerization and DNA-binding domains intact and cultu
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report here on the first family with short stature and Silver-Russell-like phenotype due to a microdeletion in 12q14.3. The Netchine-Harbison clinical scoring system was used for the clinical diagnosis of Silver-Russell syndrome (SRS). The three affected first-degree relatives (index patient, mother and brother) presented with prenatal and postnatal growth retardation, feeding difficulties, a prominent forehead and a failure to thrive, but did not show relative macrocephaly. In addition, our index patient showed dysmorphic facial features, periodically increased sweating, and scoliosis. Lea
Клинический случайСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heterozygosity for human signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) dominant-negative (DN) mutations underlies an autosomal dominant form of hyper-immunoglobulin E syndrome (HIES). We describe patients with an autosomal recessive form of HIES due to loss-of-function mutations of a previously uncharacterized gene, ZNF341 ZNF341 is a transcription factor that resides in the nucleus, where it binds a specific DNA motif present in various genes, including the STAT3 promoter. The patients' cells have low basal levels of STAT3 mRNA and protein. The autoinduction of STAT3 production,
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cenani-Lenz syndrome (CLS) is an autosomal recessive skeletal dysplasia that results in malformations of the distal limb, renal anomalies, and characteristic facies. In 2010, this condition was found to be caused by mutations in LRP4, a member of the low-density lipoprotein family of receptors. LRP4 has been shown to antagonize LRP5/LRP6 activation of WNT and β-catenin signaling. Loss of LRP4 function leads to excessive Wnt and β-catenin signaling in the limb bud, which causes abnormal limb development. The large majority of patients with CLS reported in the literature have splicing and missen
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The relation with SNF5 mutation and chromosome 22 abnormalities is not clear in hematological neoplasms.
METHODS: To elucidate the relevance of the SNF5 gene on 22q11.2, karyotypes were reviewed in 283 hematological neoplasms. Loss of heterozygosity (LOH) on 22q was analyzed in 21 plasma cell myelomas without chromosome 22 abnormalities. Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) on the SNF5 gene was analyzed in 8 hematological neoplasms with 22q- or -22, and 8 chronic myelogenous leukemias (CMLs) in blast crisis. Fluorescence in situ hybridizatio…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurofibromatosis type 1 (NF1) is one of the most common autosomal dominantly inherited conditions. A range of complications has been described, including gastrointestinal manifestations. Gastric carcinoid tumours are associated with multiple endocrine neoplasia, atrophic gastritis and pernicious anaemia but have not been reported in NF1 in the absence of other predisposing factors. We report the occurrence and investigation of a gastric carcinoid tumour in a 23-year-old woman with previously uncomplicated NF1. Analysis of the tumour tissue revealed loss of heterozygosity at the NF1 gene locus…
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cholangiocarcinoma is a crucial health problem in Northeast Thailand where liver fluke infection is endemic. However, molecular genetic and epigenetic mechanisms involved in carcinogenesis of this cancer remain unclear. We attempted to study genetic and epigenetic alterations of hMLH1 gene in 65 intrahepatic cholangiocarcinoma using polymerase chain reaction (PCR) based microsatellite marker D3S1611 and methylation-specific PCR, respectively. Of 65 cases, 29 (44.6%) showed hypermethylation of hMLH1 promoter. Loss of heterozygosity (LOH) of hMLH1 was detected in 12 of 51 informative cases (23.5…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ectodermal dysplasia-skin fragility syndrome is a rare autosomal recessive inherited disease characterized by skin fragility, nail dystrophy and hyperkeratosis of palms and soles. Skin biopsy shows the loss of cell adhesion and the decrease of desmosomes in number and size. Mutations in PKP1 have been found to be the underlying cause of the syndrome. We report here a Chinese case of ectodermal dysplasia-skin fragility syndrome. Mutation analysis revealed compound heterozygosity for mutations in PKP1 of the proband. A new splice site mutation (c.1053 T>A+c.1054+1 G>T) near the 3' end of exon 5
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deletions of chromosome 5, del(5q), are frequently observed in myelodysplasia (MDS). We evaluated molecular detection of loss of heterozygosity (LOH) as a diagnostic method to detect del(5q) in a series of 60 MDS cases at a single institution. LOH was compared to cytogenetics on the same clinical specimen, resolving ambiguous cases by fluorescent in situ hybridization (FISH) and additional LOH. There was poor concordance between molecular and cytogenetic results, but most discrepancies could be resolved by FISH and additional LOH. Molecular analysis was of low sensitivity because most cases co…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The MEN1 gene has recently been cloned as the gene responsible for multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) and its germline mutations hav … ding region, on the promoter, 5' and 3' untranslated regions of the MEN1 gene. We next examined the loss of heterozygosity (LOH) in the proband's parathyroid tumors using two benign polymorphisms (C2249G in intron 1 and 2248del3 in exon 10) in the MEN1 gene to detect LOH. LOH was not found in any of the four separate regions of the tumor tissues.
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thymic carcinoid is a rare malignancy with about 150 cases reported to date. It is associated with multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN- … tant metastasis are common with no known effective treatment. Its male predominance, the absence of loss of heterozygosity (LOH) in the MEN1 region, clustering in some MEN-1 families and the findings of different MEN1 mutations in these clustered families suggest the involvement of additional aetiological factors. We propose that computed tomography (CT) or magnetic res …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования