Analyzing single omics and integrating multimodal omics datasets to capture functional dysregulation in disease remains challenging. Here, we propose a bioinformatics framework that leverages curated datasets of protein complexes ('complexome') as a foundation for proteomics data integration. Available for human and other model organisms, the complexome provides a global view of cellular function, enabling queries with proteomics datasets. We first benchmarked how protein abundances across human tissues shape distinct complexomic profiles, serving to fingerprint biological activity. Next, we a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Accurate cancer subtyping is critically important for cancer treatment due to significant molecular heterogeneity. While existing methods with multi-omics integration have achieved some success in cancer subtype identification by leveraging the rich information provided by multi-omics data, most approaches remain limited by an overemphasis on cross-omics consistency at the expense of intra-omics specificity. Furthermore, a two-step scheme is often adopted to extract cluster structure from a consistency matrix or a continuous indicator matrix by k-means, which inevitably leads to in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Uterine fibroids are the most common benign gynecological tumors, affecting up to 70-80% of women, yet still lack clinically validated biomarkers for disease stratification, monitoring, or therapeutic targeting. Advances in multi-omics technologies offer unprecedented opportunities for biomarker discovery; however, their application in fibroid research remains fragmented across platforms, biological samples, and study designs, limiting translational progress.
METHODS: The PubMed, Embase, and Scopus databases were searched from 2000 to July 15, 2025, to identify relevant studies.
СтатьяСистематический обзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA2 coordinates essential maintenance processes, including cell-cycle progression; however, its aberrant activity has been implicated in cancer cell survival under oncogene-induced replication stress. To date, no comprehensive pan-cancer investigation of DNA2 has been conducted. Employing TCGA cohorts and complementary public databases, we executed the first pan-cancer multi-omics study of DNA2, examining transcriptomic, genomic variations, survival, immune infiltration, single-cell functional states, protein-protein interaction enrichment, and pharmacogenomic drug-response data across tumor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: The rapid development of spatial multi-omics technology enables the simultaneous measurement of gene and protein expression alongside spatial location, providing valuable insights into tissue heterogeneity. However, challenges such as low spatial resolution and high feature dimensionality complicate data integration and biological interpretation.
RESULTS: To address these issues, we propose SpaMFG, an innovative feature-group-level framework for interpretable spatial multi-omics integration. SpaMFG leverages spatial location information and introduces a spatial proximity weighting
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glioma progression is shaped by molecular heterogeneity, therapy resistance, and an immunosuppressive tumor microenvironment. Lysosomal remodeling has emerged as a hallmark of glioma adaptation; however, the regulation of individual lysosomal enzymes to malignant progression remains poorly understood. Lysosomal acid phosphatase 2 (ACP2) has been implicated in developmental and metabolic disorders, but its role in glioma has not been systematically investigated. In this study, we conducted an integrative multi-omics analysis to define the transcriptional, clinical, functional, and cellular corr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biallelic KIF1C variants are associated with a spectrum of neurological phenotypes, including spasticity, cerebellar ataxia, chorea, and dystonia. Most reported patients involve single-nucleotide variants, whereas copy number variants (CNVs) have been described only once in the PubMed-listed literature. The therapeutic potential of deep-brain stimulation (DBS) in KIF1C-related disease has not yet been evaluated. We report a patient presenting with spasticity, ataxia, dystonia, and head tremor, in whom prior exome sequencing was inconclusive. A multi-omics approach was applied, including optica
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 17th Annual Frontiers in Cancer Science (FCS) conference (2025) highlighted the convergence of multiomics, computational biology, and ancestry-specific genomics to advance proactive cancer care. Key insights included the role of epigenetic plasticity in maintaining tumor-propagating states and the identification of metabolic vulnerabilities, such as the WNK1-mTORC1 axis in leukemia and MAF-driven glutamine metabolism in myeloma. The meeting underscored the systemic nature of cancer, detailing how "cancer-educated" neutrophils prime premetastatic niches and how spatial exclusion mechanisms …
Conference ProceedingsПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bronchiectasis is a heterogeneous chronic airway disease primarily driven by persistent infection, microbial dysbiosis and dysregulated host immunity. While culture-based microbiology has historically informed clinical management, advances in high-throughput sequencing and multi-omic technologies have transformed our understanding of the airway ecosystem, revealing that disease activity is shaped not only by individual pathogens, but by complex and dynamic host-microbe interactions. Despite the breadth of descriptive microbiome data, translation into clinically actionable diagnostics or therap
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder with limited treatment options, mainly due to late diagnosis and partial understanding of its molecular aspects. Traditional biomarker discovery approaches have significantly contributed to AD diagnostics but suffer from limitations. The advent of omics technologies (genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics) has revolutionized the search for novel biomarkers by enabling comprehensive molecular profiling. Genomic studies have identified risk-associated variants such as APOE4, while epigenomic altera
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell sequencing has transformed our understanding of cellular heterogeneity, enabling the construction of multi-omics atlases through data integration. However, conventional atlas updates require full reintegration of all datasets, creating scalability challenges that limit the timeliness and adaptability of biomedical research. Here we present multimodal integration with continual learning (MIRACLE), an online learning framework for scalable multimodal integration. Using dynamic architecture adaptation and data rehearsal, MIRACLE continually integrates diverse datasets while preserving
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To elucidate the molecular characteristics of synergistic interactions across the clinical stages of coronary heart disease (CHD)-specifically stable angina pectoris (SAP), unstable angina pectoris (UAP), and acute myocardial infarction (AMI)-through integrated metabolomic and proteomic analyses. Based on a cohort including SAP, UAP, AMI, and healthy controls, metabolomic and proteomic analyses were performed to identify differentially expressed molecules, followed by KEGG pathway enrichment analysis. Pathways co-enriched across both omics platforms were selected to construct metabolite-protei
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clear cell renal cell carcinoma exhibits striking intra-tumoral heterogeneity at morphological and genetic levels, complicating treatment and contributing to disease progression. CcRCCs with rhabdoid differentiation are highly aggressive tumors characterized by distinct histopathologies. However, the relationship between morphology, underlying molecular alterations, and tumor behavior remains largely unclear. Here, we present Deep Visual Multi-Omics, an approach integrating digital pathology, morphology-guided single-cell isolation, and ultra-sensitive multi-omics profiling to link cell morpho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
S-palmitoylation is a crucial post-translational modification that regulates diverse cellular processes, particularly signalling pathways. The ZDHHC family of enzymes catalyzes this modification, however, the role of ZDHHC16 in cancer warrants in-depth investigation. This study presents a comprehensive pan-cancer analysis of ZDHHC16, examining its expression patterns, clinical relevance, associations with immune responses, genomic characteristics, and potential as a therapeutic target. We further analysed single-cell and spatial transcriptomic data to identify specific cell populations associa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A fundamental design pattern in biomolecular studies is to assay the same set of samples (organisms, tissue biopsies, or individual cells) by multiple different 'omics assays. Group Factor Analysis (GFA) and its adaptation to high-dimensional settings, Multi-Omics Factor Analysis (MOFA), are widely used as a first-line approach to analyze such data and are effective in detecting patterns of correlation, organize them into so-called latent factors, and identify common and assay-specific factors. However, in many applications, a subset of the found factors just rediscovers already known covariat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is the most common and aggressive form of renal malignancy. Although therapeutic strategies such as targeted agents and immune checkpoint inhibitors have progressed, the prognosis for patients with advanced ccRCC remains unsatisfactory. Cysteine-rich epidermal growth factor-like domain 2 (CRELD2), a protein localized to the endoplasmic reticulum, is involved in several biological processes, yet its function in ccRCC has not been clearly characterized.
METHODS: We conducted an integrative multi-omics study to investigate the role of CRELD2 in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Chinese longsnout catfish (Leiocassis longirostris) is a commercially valuable freshwater species in China. We elucidated molecular mechanisms underlying testicular development of L. longirostris across five stages (stages I to V) through integrated transcriptomic and proteomic analyses, which is crucial for enhancing its sperm quality and efficient reproduction. Enrichment analyses identified several key pathways as essential for testicular development, including TGF-β signaling, Wnt signaling, ECM-receptor interaction, ferroptosis, cell cycle regulation, and ubiquitin-mediated proteolysi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The emerging concept of the pathobiome has revolutionized our understanding of disease etiology by emphasizing the complex interactions between multiple pathogens and their hosts during disease progression. Although significant advancements have been made in characterizing the pathobiome in human, animal, and plant diseases, the pathobiome associated with seaweed diseases remains unexplored. Saccharina japonica, a commercially important farmed seaweed, has increasingly suffered from bleaching disease during its nursery stage, severely compromising the supply of healthy sporelings a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The field of natural product (NPs) discovery has significantly evolved with the advent of multi-omics approaches, encompassing genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics. This review highlighting targeted isolation strategies and the comprehensive applications of omics in investigating natural products. Omics technologies, including genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics, have emerged as powerful tools that revolutionize the traditional methods of natural product discovery. This review delves into the integration of multi-omics technology in the isolation and disc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rising global CO2 level influences plant growth, productivity, and nutritional quality, and elevated CO2 (ECO2) is commonly utilized in greenhouses to enhance vegetable crop yields. However, the molecular mechanism underlying plant responses to ECO2 remains unclear. This study examined the impacts of ECO2 on the nutritional quality and growth characteristics of two widely cultivated broccoli varieties, 'Yanxiu' and 'Qiuli'. A pot experiment was carried out in environmentally auto-controlled growth chambers over a period of 100 days, under both ambient CO2 (ACO2, 420/470 ppm, daytime/nightt
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования