PURPOSE: Gemcitabine-cisplatin chemotherapy combined with anti-PD-L1 (GCP) therapy exhibits potent antitumor efficacy in patients with advanced intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC). We aim to determine the intra-tumoral changes of ICC following GCP therapy in this study.
METHODS: We performed single-cell RNA-seq (scRNA-seq) of 15 samples from 3 ICC patients receiving GCP therapy. The major findings of scRNA-seq analyses were further validated via analyzing the bulk RNA-seq data from the FU-iCCA cohort (n=244), as well as performing immunohistochemistry (IHC) and multiplex immunofluorescence …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: As part of the Multiple Myeloma Research Foundation (MMRF) immune atlas pilot project, we compared immune cells of multiple myeloma bone marrow samples from 18 patients assessed by single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), mass cytometry (CyTOF), and cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing (CITE-seq) to understand the concordance of measurements among single-cell techniques. Cell type abundances are relatively consistent across the three approaches, while variations are observed in T cells, macrophages, and monocytes. Concordance and correlation analysis of cel…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microbial biofilms are formed in a variety of clinical situations and increase antibiotic resistance of the pathogen by almost ~1,000 times. The effect of levofloxacin (OFLX) on the biofilms of Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 and the clinical isolates was investigated by crystal violet staining and confocal laser scanning microscope. The transcriptional alteration in the PAO1 biofilms upon OFLX treatment was also analyzed by RNA sequencing (RNA-seq). We found that while OFLX significantly inhibited P. aeruginosa biofilm formation in a dose-dependent manner, it could not completely eradicate…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Circular RNAs (circRNAs) are a class of non-coding RNAs involved in functions including micro-RNA (miRNA) regulation, mediation of protein-protein interactions, and regulation of parental gene transcription. In classical next generation RNA sequencing (RNA-seq), circRNAs are typically overlooked as a result of poly-A selection during construction of mRNA libraries, or are found at very low abundance, and are therefore difficult to isolate and detect. Here, a circRNA library construction protocol was optimized by comparing library preparation kits, pre-treatment options and various total RNA in…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Follicle-stimulating hormone (FSH) acts by binding to FSHRs expressed on ovarian granulosa cells and produces estradiol. FSH is essential fo … e, we functionally rescued Fshb null mice with a gonadotrope-targeted HFSHB transgene and performed RNA-Seq analysis on ovarian RNAs obtained from FSH-intact (WT), FSH-deficient (Fshb KO), and FSH-rescue (HFSHB+ rescue) mice. By comparing WT vs. Fshb KO and Fshb KO vs. HFSHB+ rescue ovarian gene expression datasets, we identified FSH-responsive genes in v …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The expression and biological functions of circular RNAs (circRNAs) in reproductive organs have been extensively reported. However, it is still unclear whether circRNAs are involved in sex change. To this end, RNA sequencing (RNA-seq) was performed in gonads at 5 sexual stages (ovary, early intersexual stage gonad, middle intersexual stage gonad, late intersexual stage gonad, and testis) of ricefield eel, and the expression profiles and potential functions of circRNAs were studied.
RESULTS: Seven hundred twenty-one circRNAs were identified, and the expression levels of 10 circRNAs…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Aortic dissection (AD) is a severe aortic disease with high mortality, and its pathogenesis remains elusive. To explore the regulatory mechanisms of AD, we integrated public RNA sequencing (RNA-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets to screen the hub genes of AD and further analyzed their functions, which may provide references to the diagnosis and treatment of AD.
METHODS: Four AD-related datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Weighted gene co-expression network analysis and differential expression analysis were applied to identif…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Prostate adenocarcinoma (PRAD) is a common malignancy with marked clinical heterogeneity, complicating prognosis and disease monitoring. Traditional tools like the Gleason score lack molecular and microenvironmental insights, underscoring the need for biomarker-driven predictive models.
METHODS: Single-cell RNA-seq data from GEO and bulk RNA-seq data from TCGA were analyzed. scRNA-seq processing used the Seurat package, with cluster-specific genes identified via FindAllMarkers. Differentially expressed genes (DEGs) from bulk data were obtained using limma, and key gene modules wer…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, the increasing frequency of traumatic events has drawn greater attention to post-traumatic stress disorder (PTSD). However, its underlying biological mechanisms remain poorly understood. N6-methyladenosine (m6A) methylation is among the most common RNA modifications, yet to our knowledge, no studies to date have reported alterations in m6A methylation in PTSD. We enrolled 27 individuals with PTSD and 32 healthy controls. Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was used to examine expression differences of m6A methyltransferases. MeRIP-seq and RNA-seq were employed to investigate …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) provides a powerful tool to evaluate the transcriptomic landscape and heterogeneity of thousands of cells in parallel. However, complex study designs or the unavailability of in-house instruments require the temporal disconnection between sample preparation and library construction, raising the need for efficient sample preservation methods which are compatible with scRNA-seq downstream analysis. Several studies evaluated the effect of methanol fixation as preservation method, yet none of them deeply assessed its effect on adult primary dissociated brain …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Inflammation is a complex host response to harmful infections or injuries, playing beneficial and detrimental roles in tissue … tic differentiation of DPSCs and the associated transcriptomic changes using poly-A RNA sequencing (RNA-seq). RNA-seq techniques provide insight into the transcriptome of a cell, offering higher coverage and greater resolution of its dynamic nature.
RESULTS: Following inflammatory stimulation, DPSCs exhibit significantly altered gene profiles, including …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ischemic stroke is a leading cause of death and disability worldwide. Currently, there is an unmet clinical need for pharmacological treatments that can improve ischemic stroke outcomes. In this study, we investigated the role of brain peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARα) in ischemic stroke pathophysiology. We used a well-established model of cerebral ischemia in PPARα transgenic mice and conducted the RNA sequencing (RNA-seq) of mouse stroke brains harvested 48 h post-middle cerebral artery occlusion (MCAO). PPARα knockout (KO) increased brain infarct size following stroke…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genomic studies have linked single nucleotide variants in the enhancer region of the leukemia inhibitory factor receptor (Lifr) gene to chromatin accessibility and the regulation of self-renewal in mouse embryonic stem cells (mESCs). However, the underlying mechanisms remain unclear. This study investigates the role of the transcription factor BTB and CNC homology 1 (BACH1) in regulating the Lifr enhancer and its impact on mESC pluripotency.
METHODS: We performed RNA-sequencing (RNA-seq) to assess the impact of Bach1 knockout on gene expression in mESCs. Additionally, chromatin im…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Epilepsy drug treatments fail in 25-30 % of patients, leading to drug resistance. Temporal lobe epilepsy is the most prevalent subtype associated with drug resistance. Classical drug discovery is a long and extremely costly process with a high failure rate in clinical trials. Drug repurposing is a more cost- and time-effective strategy. Hence, the main objective of this study is to propose drug candidates for the treatment of drug-resistant temporal lobe epilepsy (DR-TLE) through drug repurposing based on transcriptomic profiling.
METHODS: Total RNA-sequencing (RNA-Seq) was perfor…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spermatogenesis is a multi-step biological process where mitotically active diploid (2n) spermatogonia differentiate into haploid (n) sperma … molecular landscape of testicular transcription. Our review discusses the advantages of single-cell RNA-sequencing (Sc-RNA-seq) over bulk RNA-seq concerning testicular tissues. Additionally, we highlight the cellular heterogeneity, spatial transcriptomics, dynamic gene expression and cell-to-cell interactions with distinct cell populations within the test …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The F11 receptor (F11R) gene encoding junctional adhesion molecule A has been associated with gastric cancer (GC) and colorectal cancer (CRC), in which its role and regulation remain to be further elucidated. Recently F11R was also identified as a potential target of adenosine-to-inosine (A-to-I) mediated by the adenosine deaminases acting on RNA (ADARs). Herein, using RNA-Seq and experimental validation, our current study revealed an F11R RNA trinucleotide over-edited by ADAR, with its regulation of gene expression and clinical significance in four GC and three CRC cohorts. Our results found …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cutaneous mycobacterial infections cause substantial morbidity and are challenging to diagnose and treat. An improved understanding of the dermal immune response to mycobacteria may inspire new therapeutic approaches. We conducted a controlled human infection study with 10 participants who received 2 × 106 CFUs of Mycobacterium bovis bacillus Calmette-Guérin (Tice strain) intradermally and were randomized to receive isoniazid or no treatment. Peripheral blood was collected at multiple time points for flow cytometry, bulk RNA sequencing (RNA-seq), and serum Ab assessments. Systemic immune respo…
СтатьяРандомизированное исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Congenital diarrhea is persistent diarrhea that manifests during the neonatal period. Mutations in DGAT1, which is crucial for triglyceride synthesis and lipid absorption in the small intestine, are causal factors for congenital diarrhea. In this study, we aimed to determine the value of tissue RNA sequencing (RNA-seq) for assisting with the clinical diagnosis of some genetic variants of uncertain significance. Methods: We clinically evaluated a patient with watery diarrhea, vomiting, severe malnutrition, and total parenteral nutrition dependence. Possible pathogenic variants were …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Congenital heart disease (CHD) is the most serious congenital defect in newborns with higher mortality. Alternative splicing (AS) plays an essential role in numerous heart diseases. However, our understanding of the link between mRNA splicing and CHD in humans is limited. Here, we try to investigate the genome-wide AS events in CHD using bioinformatics methods. We collected available RNA-seq datasets of CHD-induced pluripotent stem cell-cardiomyocytes (iPSC-CMs) (including single ventricle disease [SVD] and tetralogy of Fallot [TOF]) and non-CHD from the Gene Expression Omnibus database. Then,…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To evaluate whether extending the postmortem interval (PMI) from 12 to 18 hours affects transcript and protein abundances in the human retina.
METHODS: Donor eyes were recovered from postmortem donors (n = 7 pairs) and stored at 2°C-8°C. Only donor eyes with ocular cooling within eight hours of death were examined. The OD retina was preserved at 12 hours and the OS retina at 18 hours postmortem. Retinas were flash frozen with liquid nitrogen. The macular region superior to the fovea was used for RNA sequencing (RNA-seq), whereas the inferior region was processed for tandem mass tag (…
СтатьяСравнительное исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования