BACKGROUND: Periodontal ligament stem cells (PDLSCs) hold great promise for periodontal regeneration therapy. However, their self-renewal an … wed by assessment of cell proliferation and multilineage differentiation capacities. Transcriptome (RNA-seq), chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq), and RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq) were applied to delineate downstream signaling pathways and RNA–protein interactions. Protein synthesis regulation was further investigated by im …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endometriosis, a gynecological disorder marked by pelvic pain and infertility, has its pathogenesis and pathophysiology significantly influe … cell proliferation, epithelial-to-mesenchymal transition (EMT), and cell cycle processes in vitro. RNA-seq and acRIP-seq analyses revealed that the knockdown of NAT10 impaired cell proliferation and the TGF-beta signaling pathway. We further identified that ac4C RNA modification enhanced TGFB1 mRNA stability and expression levels, and inhibition of NAT10 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pancreatic fibrosis is an early diagnostic feature of the common inherited disorder cystic fibrosis (CF). Many people with CF (p … to term, which is equivalent to ~ 13 weeks to term in human. RNA was extracted from tissue for bulk RNA-seq and single cells were prepared from 80-day, 120-day and term samples for scRNA-seq. Data were validated by immunochemistry.
RESULTS: Transcriptomic evidence from bulk RNA-seq showed alterations in the CFTR-/- pancreas by 65-days of gestation, which …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diabetic cardiomyopathy (DCM) is a major contributor to heart failure in diabetic patients, characterized by profound metabolic remodeling and diastolic dysfunction. However, the multi-layered epitranscriptomic and post-transcriptional networks involved in this disease remain poorly understood. To address this, we established a type 2 diabetes-associated DCM mouse model using a high-fat diet (HFD) combined with low-dose streptozotocin (STZ) injections. By integrating single-molecule direct RNA sequencing (DRS-seq), chromatin accessibility profiling (ATAC-seq), and conventional bulk RNA-seq, we…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) is a powerful technique that can barcode individual cells and thus used to obtain a gene expression profile for every individual cell within a tissue. This makes scRNA-seq an excellent method for characterizing rare cell populations such as stem cells. We describe how scRNA-seq can be utilized to examine limbal epithelial stem cell population as well as investigate the contribution of autophagy to the function of limbal epithelial stem cells. To accomplish this, we used the Beclin1 heterozygous (Beclin1 het) mouse, a well-established model of autophagy de…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-cycle dynamics of gene expression are fundamental to life, yet their mechanistic basis remains unclear. A prevailing model, derived fro … ss the G1-to-G2-phase boundary in normal fibroblasts. Using FUCCI cell-cycle reporters coupled with RNA-seq and GRO-seq, we defined the cell-cycle dynamics of nascent transcription and mature RNA abundance in BJ-5ta human fibroblasts. Transcription and mature RNA accumulation were strongly temporally concordant. Genes with peak transcription in G1, early …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Up-frameshift protein 1 (UPF1)-mediated mRNA decay maintains transcriptome integrity and cellular homeostasis. However, its role in amyotrophic lateral sclerosis (ALS), a neurodegenerative disease characterized by TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) pathology and disrupted mRNA metabolism in motor neurons (MNs), remains unresolved. Here, we integrated RNA sequencing (RNA-seq) after UPF1 knockdown with RNA immunoprecipitation (RIP)-seq of phosphorylated UPF1 to delineate direct UPF1 targets in induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived MNs. These transcripts are enriched for autophagy and str…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) is the second most frequently diagnosed cancer worldwide and represents a major challenge for public health. Despite advances in molecular profiling, important gaps remain in our understanding of tumorigenesis and the regulatory mechanisms underlying CRC progression. The most widely adopted classification system is the Consensus Molecular Subtypes (CMS), which stratifies CRC into four biologically distinct subtypes. We investigated the role of A-to-I RNA editing across CMS subtypes in a cohort of 100 CRC patients at various disease stages. Bulk RNA-seq data were analyze…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Recursive splicing (RS) is a process in which an intron is removed from a nascent RNA molecule in two or more splicing events rather than one. We introduce a novel approach for detecting recursive splice sites (RSSs), the intronic loci at which RS events occur, based on alignment of total RNA-seq data to short, customized "target" sequences. We applied this approach to a data set from a recent study of gene expression in the human brain, using parameters corresponding to a very low false discovery rate, and found 3,022 RSSs that appear in 2,775 distinct introns from 2,407 genes. 2,…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIM: Chronic lymphocytic leukemia (CLL) exhibits marked biological heterogeneity, and immunoglobulin heavy chain variable (IgHV) mutation status remains a key prognostic biomarker. We evaluated patient IgHV status via RNA sequencing (RNA-seq) and examined real-life clinical outcomes in a retrospective CLL cohort.
MATERIALS AND METHODS: Eighty-seven adults diagnosed with CLL between 2020 and 2022 at three centers were included. Total RNA from peripheral blood underwent anchored multiplex polymerase chain reaction with the Immunoverse BCR-IGH IGKL v1.0 kit (Integrated DNA Technologie…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chorioamnionitis is an intrauterine infection involving inflammation of the chorion, amnion, and placenta. It leads to a fetal systemic inflammatory response that can alter the transcription of neonatal immune genes. We have previously shown that neonatal monocytes gain the activating histone tail modification H3K4me3 at promoter sites of immunologically important genes as development progresses from preterm neonate to adult. In this study, we applied ChIP-seq and RNA-seq to evaluate the impact of chorioamnionitis on the neonatal monocyte H3K4me3 histone modification landscape over the course …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The versatility of somatosensation arises from heterogeneous dorsal root ganglion (DRG) neurons. However, soma transcriptomes of individual human (h)DRG neurons-critical information to decipher their functions-are lacking due to technical difficulties. In this study, we isolated somata from individual hDRG neurons and conducted deep RNA sequencing (RNA-seq) to detect, on average, over 9,000 unique genes per neuron, and we identified 16 neuronal types. These results were corroborated and validated by spatial transcriptomics and RNAscope in situ hybridization. Cross-species analyses revealed div…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human ecdysoneless protein (ECD) plays an essential role in regulating cell cycle progression and cell survival. ECD has previously been implicated in RNA splicing through its association with spliceosomal proteins. Here, using electrophoretic mobility shift assay, fluorescence polarization assays, and mutational analysis, we demonstrate that ECD directly binds to RNA. Enhanced CLIP-seq analysis identified a broad repertoire of mRNAs bound to ECD in cells. RNA-seq analyses revealed that ECD depletion leads to widespread splicing aberrations and altered gene expression. ECD binding to RNAs was …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWAS) have identified numerous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with various diseases, inc … with matched tumor and normal m6A RNA immunoprecipitation sequencing (m6A-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) datasets. We first identified differentially methylated m6A sites and assessed whether cancer-associated SNPs were enriched within these regions. These analyses revealed that cancer-associated SNPs were significantly enriched within hypermethylated …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MEF2D gene related fusions, define a unique B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (BCP-ALL) with poor prognosis. In this study, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on three MEF2D fusion cases and collected transcriptomic data of 81 BCP-ALL cases with MEF2D fusions from public datasets. By comparing scRNA-seq profiles with those of normal bone marrow cells and other BCP-ALL subtypes, we identified a characteristic pre-B cell developmental arrest specific to the MEF2D subtype. Single-cell analyses indicated a pronounced reduction of major histocompatibility complex (MHC) …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gestational diabetes mellitus (GDM) is a common metabolic disorder during pregnancy, involving multiple immune and inflammatory factors. Macrophages play a crucial role in its development. This study integrated scRNA-seq and RNA-seq data to explore macrophage-related diagnostic genes and GDM subtypes. For scRNA-seq data, cell clusters were annotated using the SingleR package and validated with marker gene expression profiles, while hdWGCNA analysis identified three gene modules related to macrophages. A diagnostic model for GDM derived from endothelial cell transcriptomes was constructed by em…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology2022eng
BACKGROUND: Oral submucosal fibrosis (OSF) is a precancerous condition that closely related to the habit of chewing betel nut. The OSF patie … we investigated the effect and mechanism of arecoline on m6A modification.
METHODS: MeRIP-Seq and RNA-seq were performed in arecoline-stimulated cells. Quantitative polymerase chain reaction and western blot were performed to detect the expression of m6A writers and erasers. CCK-8 and flow cytometry analyses were performed to measure the cell viability …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ligand-activated Retinoid X Receptors (RXRs) regulate gene networks essential for neural development, neuroinflammation, and metabolism. Understanding how RXR activation influences chromatin architecture and gene expression may reveal mechanisms relevant to neurodegenerative diseases. We used Bexarotene-treated APP/PS1ΔE9 mice to study RXR-mediated regulatory mechanisms by integrating single-nucleus ATAC-seq (snATAC-seq) with single-cell RNA-seq (scRNA-seq) and validating differentially accessible chromatin peaks using RXR ChIP-seq. Transcription factor (TF) footprinting analysis mapped regula…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this chapter, we describe TraCeR and BraCeR, our computational tools for reconstruction of paired full-length antigen receptor sequences and clonality inference from single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data. In brief, TraCeR reconstructs T-cell receptor (TCR) sequences from scRNA-seq data by extracting sequencing reads derived from TCRs by aligning the reads from each cell against synthetic TCR sequences. TCR-derived reads are then assembled into full-length recombined TCR sequences. BraCeR builds on the TraCeR pipeline and accounts for somatic hypermutations (SHM) and isotype switching. Here w…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microglia/macrophage-induced neuroinflammation plays a crucial role in the progression of traumatic brain injury (TBI). However, the involvement of N6-methyladenosine (m6A) RNA modifications in this process remains elusive. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and m6A RNA immunoprecipitation sequencing (MeRIP-seq) across multiple time points postinjury revealed a strong correlation between m6A modifications and genes enriched in microglia/macrophages. Furthermore, the m6A demethylase ALKBH5 was identified as a key regulator of dynamic m6A patterns at the injury site. ALKBH5 suppression in mi…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования