Mammalian placentation represents one of the most striking evolutionary innovations among vertebrates, and accumulating evidence indicates that virus-derived genes-particularly the metavirus-derived PEG10 and PEG11/RTL1-have played indispensable but distinct roles: PEG10 in the emergence of therian viviparity and PEG11/RTL1 in the subsequent differentiation between marsupial and eutherian placental types. Notably, the metavirus-derived SIRH/RTL gene group, which includes PEG10 and PEG11/RTL1, exhibits unique and diverse functions not only in placenta development but also within microglia of th
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Standard probabilistic models of coding sequence evolution effectively identify where and when selection acts but remain agnostic to the mechanistic realization of these forces. We introduce PRIME (PRoperty Informed Models of Evolution), a framework of codon-level maximum likelihood methods-including global (G-PRIME), episodic (E-PRIME), and site-specific (S-PRIME) implementations-that explicitly model amino acid exchangeability as a function of physicochemical properties. By parameterizing attributes such as molecular volume, hydropathy, and secondary structure propensities, PRIME aims to res
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Given the rapid mutation and high transmissibility of coronaviruses, especially SARS-CoV-2, comparative genomic studies are crucial for understanding viral evolution, transmission dynamics, and therapeutic development. In prior work, we analyzed and compared the spectral distribution patterns of various k-mer subsets across 920 genome sequences, spanning from primates to prokaryotes. This revealed an evolutionary mechanism in genome sequences, indicating the presence of both CG and TA-specific selection modes. In the present study, we further investigate the specific selection modes in coronav
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Since its emergence in 2019, SARS-CoV-2 has undergone continuous evolution, raising questions about codon usage and adaptation to the human host. Because viral fitness depends on rapid replication and efficient protein production, evolutionary processes that optimize translation speed and accuracy may be favoured. The aim of this study was to investigate temporal and gene-specific changes in synonymous codon usage in this coronavirus to assess whether its evolution reflects adaptation to the human translational machinery. To address this question, we analyzed 84,324 genomes collect
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic DNA encodes regulatory information that determines where, when, and to what extent genes are expressed. Theoretically, we should be able to identify these transcriptional "instructions" by examining genomic DNA sequence alone, yet this has remained challenging. Here we present the Vertebrate Regulatory MOdule Detector (VRMOD), a method that accurately predicts gene regulatory sequences using only the query genomic sequences. We applied VRMOD to 309 Ensembl genomes, generating a compendium of high-resolution, genome-position-fixed cis-regulatory modules without parameter tuning. We perf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Filamentous plant pathogens secrete effectors to successfully establish host infections. In resistant crop varieties, plant immunity can be triggered by immune receptors that recognize these effectors. Resistant crop varieties are grown in large-scale monocultures imposing strong selection pressure on pathogens, driving rapid evolution of effector repertoires resulting in the frequent breakdowns of resistance within just a few growing seasons. The oomycete Peronospora effusa, responsible for downy mildew on spinach, is an example of a rapidly adapting pathogen, but it is yet unknown how P. eff
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The origin of eukaryotes remains a central enigma in biology1. Continuing debates agree on the pivotal role of a symbiosis between an alphaproteobacterium and an Asgard archaeon2,3. However, the nature, timing and contributions of other potential bacterial partners4-6 and the role of interactions with viruses7-9 remain contentious. To address these questions, we used advanced phylogenomic approaches and comprehensive datasets spanning the known diversity of cellular life and viruses. Our analysis provided a revised reconstruction of the last eukaryotic common ancestor (LECA) proteome, in which
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: During host colonization, fungal plant pathogens secrete effector-like proteins that alter host cell physiology and target plant-associated microbes. However, rapid evolution and low sequence conservation hinder the study and characterization of these proteins. The fungus Zymoseptoria passerinii infects Hordeum spp. and includes lineages adapted to wild and domesticated barley. To date, the evolution of effector-like proteins in this species has not been addressed.
RESULTS: We combined multiple structure-based and network analyses to unravel the secretome of Z. passerinii. We firs
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A common mechanism by which emerging plant pathogens gain the ability to infect new hosts is hybridization. Despite its widespread occurrence, the outcomes of hybridization remain largely unpredictable within current evolutionary frameworks, making empirical studies key for identifying patterns and establishing principles underlying hybrid evolution. Here, we track the evolutionary trajectory of Blumeria graminis forma specialis triticale (B.g. triticale), or triticale powdery mildew, a pathogen that emerged recently through hybridization of two powdery mildew forms specialized on wheat (B.g.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proximity labeling (PL) can identify endogenous proteins in specific subcellular regions. APEX2 (enhanced ascorbate peroxidase 2) enables PL with high temporal resolution by oxidizing biotin phenol (BP) into a radical that promiscuously tags nearby proteins, followed by the isolation and identification of the tagged biomolecules. However, the BP radical has a relatively large diffusion radius, limiting spatial resolution. Replacing the phenol in BP with nitrophenol (NP) could shorten the labeling radius by shortening the radical lifetime, but existing PL heme peroxidases cannot efficiently oxi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biological carbon fixation is the basis of all ecosystems. Out of the seven known pathways organisms use to fix CO2, the acetyl-CoA pathway is assumed to be the most ancient. Its enzymes bear primordial traits, including carbon-metal bonds and an abundance of transition metal clusters. Ancient traits can also be reflected in structural folds adopted by the enzymes and the catalytic strategies they employ. Here I show that the most common catalytic strategies used to accelerate reactions in the acetyl-CoA pathway are cofactor-aided catalysis, electrostatic interactions and general acid/base cat
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dynamic patterns of gene gain and loss play a major role in the diversification of eukaryotes, reflecting adaptation to a broad range of ecological contexts. Reconstructing the evolutionary history of genes provides a powerful framework for understanding how functional innovation shapes life-history traits. Here, we report a comprehensive analysis of gene gain and loss across the fission yeast clade, whose evolutionary trajectory remains elusive. Reductive evolution of metabolic genes is a major contributor to species diversification, as observed in other fungal taxa. Notably, we uncovered an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Expanded inverted repeats (IRs) occur in Rhododendron plastomes, but their extent and evolutionary context remain incompletely resolved because repeat-rich genomes can be difficult to assemble from short reads. Methods: We assembled and curated the plastome of Rhododendron spinuliferum using publicly available PacBio HiFi reads and evaluated whether the same junction architecture was present using Illumina PE400 reads from a different individual. Results: Bandage-guided graph resolution and junction-spanning reads supported a 209,482 bp quadripartite plastome comprising
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sex chromosome evolution has traditionally been viewed as a linear, time-dependent process. However, numerous comparative studies across diverse taxa have revealed that homomorphy can persist over long evolutionary time scales. Similarly, recent reports of unexpectedly rapid Y chromosome degeneration, particularly in species with evolved X chromosome dosage compensation, suggest alternative evolutionary trajectories that challenge the assumption of gradual decay. However, the mechanisms and consequences of rapid Y chromosome degeneration remain unclear. The Poecilia genus presents a valuable c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Detecting episodic positive selection along individual phylogenetic branches is a central goal of molecular evolution. The dominant approach, PAML's branch-site likelihood ratio test, is powerful under correctly specified models but inflates type I error under multinucleotide mutations (MNMs), which occur at 1-3% of substitution events in mammalian genomes and cannot be represented by standard codon substitution models. We present PHYLOSPECT (Phylogenetic Spectral Operator-based Codon Testing), a likelihood-free, operator-based framework for branch-specific selection detection. Branch-specific
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Neotropical region comprises approximately 27% of mammal diversity, and rodents of the tribe Oryzomyini represent a significant portion of that. This diversity is reflected in the karyotype variability of the tribe, with a huge number of chromosomal rearrangements involving autosomal, sex, and B chromosomes. Supernumerary B chromosomes were described for more than 10 species, four of them belonging to the genus Holochilus. Therefore, we sequenced the genome of two H. nanus specimens with different karyotypes: a female with (HNA-XXB) and a male without (HNA-XY) a B chromosome. We also seque
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PREMISE: The presence of more than two full chromosome sets, polyploidy, is an important component in plant evolution. However, knowledge of the frequency of polyploidization and which pathways contribute to polyploid formation and gene flow among cytotypes remains limited.
METHODS: Flow cytometry and chromosome counts were used to determine genome size of Artemisia tridentata parents and offspring. Reduced-representation sequencing was used on the parents, offspring, and conspecific taxa to confirm genetic relationships among parents and offspring.
RESULTS: A polyploidization rate of 0.22%
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enterococcus faecalis is an important opportunistic pathogen associated with persistent oral infections, biofilm formation, and antimicrobial tolerance, which makes phages targeting this species of both therapeutic and evolutionary interest. Here, we describe the isolation and characterization of Abitsa, a novel lytic Enterococcus phage representing a new species within the genus Efquatrovirus. Abitsa formed small plaques and displayed siphovirus-like morphology. It showed an optimal multiplicity of infection of 0.01, a short latent period of 10 min and a burst size of 28 ± 5 virions per infec
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bivalent peptide toxins comprising 2 cysteine-rich domains have evolved from single-domain precursors on multiple occasions in animal venoms, resulting in enhanced molecular target selectivity and avidity. Although bivalent toxins are emerging as prevalent in animal venoms, the genomic and evolutionary processes driving the transitions between single- and multi-domain architectures remain poorly understood. Here, we investigated the evolution of bivalent inhibitor cystine knot (ICK) toxins in spider venom. We first generated a genome assembly of the tree-dwelling funnel-web spider Hadronyche c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transfer RNAs (tRNAs) are essential components of the translation machinery. Their abundance and diversity shape decoding capacity as well as the efficiency and accuracy of protein synthesis. Because tRNA abundance is encoded in the genome through tDNA copy number, chromosomal organization, and cis-regulatory sequences controlling transcription, these features are expected to influence the translational system. However, the principles governing nuclear tDNA organization remain poorly understood. Here, we analyzed nuclear tDNA repertoires across 53 photosynthetic eukaryotes spanning major Archa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования