BACKGROUND: Posterior capsular opacification (PCO) is the main reason affecting the long-term postoperative result of cataract patient, and it is well accepted that fibrotic PCO is driven by transforming growth factor beta (TGFβ) signaling. Ferroptosis, closely related to various ocular diseases, but has not been explored in PCO.
METHODS: RNA sequencing (RNA-seq) was performed on both TGF-β2 treated and untreated primary lens epithelial cells (pLECs). Differentially expressed genes (DEGs) associated with ferroptosis were analyzed using Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Ge…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conjunctivochalasis (CCH) is a common ocular disease, especially in aged people. However, the molecular mechanism of CCH on transcriptional level has been unclear. In this study, we characterized the transcriptional landscape of human conjunctiva and compared the transcriptome between normal persons (n = 10) and CCH patients (n = 11). Illumina RNA sequencing (RNA-seq) was performed to obtain transcriptional data, and these data were analyzed using various bioinformatics methods, including read mapping, the analysis of gene expression, gene ontology (GO) analysis and Kyoto Encyclopedia of Gene …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mesangial cells are essential for the structure and function of glomeruli, but the mechanisms underlying these roles are not well understood. Here, we performed a single-cell RNA-sequence (RNA-seq) analysis of mouse mesangial cells using the Fluidigm C1 platform. We found that gene expression in individual mesangial cells was tremendously heterogeneous, with mean correlation coefficients of 0.20, and most mesangial genes were actually expressed in only a portion of mesangial cells and are therefore presumably dispensable. In contrast, 1,045 genes were expressed in every single mesangial cell a…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Postoperative liver failure due to insufficient liver cell quantity and function remains a major cause of mortality following surgery. Hence, additional investigation and elucidation are required concerning suitable surgeries for promoting in vivo regeneration.
METHODS: We established the portal vein ligation (PVL) and associated liver partition and portal vein ligation for staged hepatectomy (ALPPS) mouse models to compare their in vivo regeneration capacity. Then, RNA-seq and microRNA-seq were conducted on the livers from both mouse models. Weighted gene co-expression network an…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Long non-coding RNAs regulate gene expression through chromatin remodeling, transcriptional control, and post-transcriptional mo … ainable identification of lncRNA drivers in three different cancer type case studies, two with bulk RNA-seq datasets [Chronic Lymphocytic Leukemia and Prostate Adenocarcinoma] and one by combining bulk RNA-seq and scRNA-seq omics datasets [Breast Invasive Carcinoma], uncovering lncRNA drivers that illuminate lncRNA-mediated programs in cancer progression. …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The enteric nervous system (ENS) is an essential network of neurons and glia in the bowel wall. Defects in ENS development can result in Hirschsprung disease (HSCR), a life-threatening condition characterized by severe constipation, abdominal distention, bilious vomiting, and failure to thrive. A growing body of literature connects HSCR to alterations in miRNA expression, but there are limited data on the normal miRNA landscape in the developing ENS. We sequenced small RNAs (smRNA-seq) and messenger RNAs (mRNA-seq) from ENS precursor cells of mid-gestation Ednrb-EGFP mice and compared them to …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several fusion genes are directly involved in the initiation and progression of cancers. Numerous bioinformatics tools have been developed to detect fusion events, but they are mainly based on RNA-seq data. The whole-exome sequencing (WES) represents a powerful technology that is widely used for disease-related DNA variant detection. In this study, we build a novel analysis pipeline called Fuseq-WES to detect fusion genes at DNA level based on the WES data. The same method applies also for targeted panel sequencing data. We assess the method to real datasets of acute myeloid leukemia (AML) and…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
COVID-19 disease is characterized by a dysregulation of the innate arm of the immune system. However, the mechanisms whereby innate immune c … R848 (a TLR7/8 ligand), and were then analyzed for several functional assays and also subjected to RNA-seq experiments. Results highlight a remarkable response of neutrophils to SCV2-RNAs in terms of TNFα, IL-1ra, CXCL8 production, apoptosis delay, modulation of CD11b and CD62L expression, and release of neutrophil extracellular traps. By RNA-seq experim …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Degenerative diseases progress through gradual cell-intrinsic damage that is difficult to resolve with bulk transcriptomics or discrete cell … es and hepatocytes on a health-to-damage axis. Across mouse and human single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), single-nucleus RNA-seq (snRNA-seq), spatial transcriptomics, proteomics, histology, and clinical datasets, PDS and HDS robustly detect disease-associated damage, align disease models as well as unperturbed cells, and reveal conserved pathways. The …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adult human hearts show limited regeneration after acute myocardial infarction (AMI) despite a small subpopulation (~5%) of cardiomyocytes re-entering the cell cycle. We integrated public single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq and ATAC-seq datasets from human fetal hearts and adult infarcted hearts to investigate why cell-cycle-active cardiomyocytes fail to complete division. These cells were enriched in the infarct zone (IZ) and activated early cell-cycle programs, but showed insufficient reactivation of late mitotic and cytokinesis execution machinery, particularly ANL…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how spatial organization and cell-cell interactions shape gene regulatory programs is central to decoding tissue development and function. The transition at birth, marked by increased circulatory demands and rapid tissue growth, requires precise spatiotemporal coordination of cardiac maturation. In this study, we generated a high-resolution spatial and temporal atlas of the postnatal mouse heart by integrating single-nucleus RNA sequencing with image-based spatial transcriptomics. This framework revealed dynamic cellular interactions, niche-specific signaling and transcriptional
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The role of RNA N6-methyladenoine (m6A) eraser AlkB homologue 5 (ALKBH5) in colorectal cancer (CRC) stem cells (CSCs) is unclear. Here, we find that ALKBH5 expression positively correlates with CSC markers in CRC patients. ALKBH5 induces self-renewal and stemness markers in colorectal CSCs and patient-derived organoids (PDOs). Colon-stem cell specific Alkbh5 knockin accelerates carcinogen-induced CRC, while tumorigenesis is attenuated in colon-stem cell specific Alkbh5 knockout mice. Integrated RNA-seq, MeRIP-seq and Ribo-seq reveal FAM84A as an ALKBH5 target. ALKBH5 demethylates m6A-modified …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome (ME) is a severe, debilitating disease, with substantial evidence pointing to immune dysregulation as a key contributor to pathophysiology. To characterize the gene regulatory state underlying T cell dysregulation in ME, we performed multiomic analysis across T cell subsets by integrating single-cell RNA-seq, RNA-seq, and ATAC-seq and further analyzed CD8+ T cell subpopulations following symptom provocation. Specific subsets of CD8+ T cells, as well as certain innate T cells, displayed the most pronounced dysregulation in ME. We observed upreg…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Differences in prognostic outcomes are prevalent in patients with colorectal cancer liver metastases. Comparative analysis of tissue samples … ingle-nucleus sequencing. In this study, employing snRandom-seq, a single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) technology specifically for FFPE samples, we tested multiple lesion samples from 18 distinctive colorectal cancer liver metastasis cases with diverse prognostic outcomes that have been preserved for at least three years (mostly over five years). Th …
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Short-read RNA-seq studies of grafted plants have led to the proposal that thousands of messenger RNAs (mRNAs) move over long distances between plant tissues1-7, potentially acting as signals8-12. Transport of mRNAs between cells and tissues has been shown to play a role in several physiological and developmental processes in plants, such as tuberization13, leaf development14 and meristem maintenance15; yet for most mobile mRNAs, the biological relevance of transport remains to be determined16-19. Here we perform a meta-analysis of existing mobile mRNA datasets and examine the associated bioin…
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medaka (Oryzias latipes) is a teleost fish with an XX/XY sex determination system, similar to that of mammals. However, under high temperature conditions, XX medaka is masculinised by elevation of cortisol, the major teleost glucocorticoid. In this study, to identify novel factors in the gonads acting downstream from cortisol during sexual differentiation, we performed RNA sequencing (RNA-seq) analysis using the gonadal regions of larvae reared at normal temperature with and without cortisol, and at high temperature. The RNA-seq and real-time PCR analyses showed that expression of some peroxis…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While cervical cancer (CC) prognosis depends on tumor staging, the spatiotemporal evolution of tumor microenvironment (TME) heterogeneity during metastatic progression remains poorly characterized at single-cell resolution. We employed an integrative multi-omics approach, combining single-cell RNA sequencing (scRNA-seq; n = 11), spatial transcriptomics (ST), and bulk RNA-seq data from the TCGA-CESC cohort (n = 304), to systematically map TME remodeling across CC progression stages. scRNA-seq was performed on primary lesions from patients with localized (n = 3), regional (n = 4), and metastatic…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: The RUNX family of transcription factors is critical for heart development, physiology, and cardiovascular disease. However, current m … to evaluate its role in cardiac fibrosis. Multi-omics approaches, including MeRIP-seq, single-cell RNA-seq, RNA-seq, and ChIP-seq, combined with histological and biochemical analyses, were employed to elucidate the mechanism by which YTHDF1 regulates Runx1 expression. Runx1 was reconstituted in Ythdf1-deficient cardiac fibroblasts and mouse hearts to ass …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Meningiomas are the most common primary intracranial tumor in adults and systemic therapy is urgently needed for high-grade fata … mmunohistochemistry staining and multiplex immunofluorescence staining. Single-cell RNA sequencing (RNA-seq), bulk RNA-seq and whole exon seq data were analyzed to identify genomic signatures that represent the immunogenic subgroup of meningiomas. Public databases were explored to determine a potential mechanistic link between SMARCB1 and the interleukin- …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Pulpitis is a common and painful disease characterised by complex and dynamic immune responses and may lead to irreversible tissue damage or tooth loss. Macrophages act as key sentinels that exhibit differential metabolic reprogramming, tightly orchestrating the immune microenvironment. However, the specific metabolic mechanisms governing macrophage-driven inflammatory activation in pulpitis remain unclear. Here, we reveal a specific lipid metabolism-driven immune pathway within macrophages in pulpitis.
METHODOLOGY: An integrative analysis of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), lipid…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования