Eukaryotic initiation factor 4B (eIF4B) is a multidomain protein with a range of activities that serves primarily to promote association of messenger RNA to the 40S ribosomal subunit during translation initiation. We report here the solution structure of the eIF4B RNA recognition motif (RRM) domain. It adopts a classical RRM fold, with a beta alpha beta beta alpha beta topology. The most striking difference with other RRM structures is in the disposition of loop 3, which connects the beta 2 and beta 3 strands and is implicated in RNA recognition. This loop folds down against the body of the RR
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic pressure-overload cardiac hypertrophy is associated with an increased risk of morbidity/mortality, largely due to maladaptive remodeling and dilatation that progresses to dilated cardiomyopathy. Alternative splicing is an important biological mechanism that generates proteomic complexity and diversity. The recent development of next-generation RNA sequencing has improved our understanding of the qualitative signatures associated with alternative splicing in various biological conditions. However, the role of alternative splicing in cardiac hypertrophy is yet unknown. The present study
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a high-priority pathogen with high case-fatality rates, yet approved therapeutics remain unavailable. The CCHFV L segment encodes a ∼450-kDa RNA-dependent RNA polymerase (L protein) orchestrating viral replication, but its structural mechanisms remain elusive. Here, we present high-resolution cryo-EM structures of the CCHFV L protein in apo, 5' vRNA-bound, 5'/3' promoter-bound, and inhibitor-bound states. The catalytic core exhibits the canonical architecture of the Bunyavirales order, featuring conserved motifs and coordinated promoter recognit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RsmA family of RNA-binding proteins are global post-transcriptional regulators that mediate extensive changes in gene expression in bacteria. They bind to, and affect the translation rate of target mRNAs, a function that is further modulated by one or more, small, untranslated competitive regulatory RNAs. To gain new insights into the nature of this protein/RNA interaction, we used X-ray crystallography to solve the structure of the Yersinia enterocolitica RsmA homologue. RsmA consists of a dimeric beta barrel from which two alpha helices are projected. From structure-based alignments of t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long noncoding RNAs are thought to regulate gene expression by organizing protein complexes through unclear mechanisms. XIST controls the inactivation of an entire X chromosome in female placental mammals. Here we develop and integrate several orthogonal structure-interaction methods to demonstrate that XIST RNA-protein complex folds into an evolutionarily conserved modular architecture. Chimeric RNAs and clustered protein binding in fRIP and eCLIP experiments align with long-range RNA secondary structure, revealing discrete XIST domains that interact with distinct sets of effector proteins. C
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Certain riboviruses can cause severe pulmonary complications leading to death in some infected patients. We propose that DNA damage induced-apoptosis accelerates viral release, triggered by depletion of host RNA binding proteins (RBPs) from nuclear RNA bound to replicating viral sequences. Methods: Information theory-based analysis of interactions between RBPs and individual sequences in the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), Influenza A (H3N2), HIV-1, and Dengue genomes identifies strong RBP binding sites in these viral genomes. Replication and expressio
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a positive-sense single-stranded RNA virus belonging to the genus Flavivirus in Flaviviridae. It can cause the server infectious diseases named tick-borne encephalitis (TBE), which is characterized by paralysis and epilepsy. However, no effective treatment for TBE has been developed targeting TBEV. The NS3 helicase from TBEV plays an essential role in viral replication, which makes it an important target for drug design. In this study, the crystal structure of TBEV NS3 helicase has been determined to the resolution of 2.14 Å. Subsequent alignment with ho
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ERDRP-0519 is a non-nucleoside polymerase inhibitor developed against measles virus (MeV) of the Morbillivirus genus. Here, we show that ERDRP-0519 also cross-inhibits Nipah virus (NiV) of the Henipavirus genus with reduced potency. ERDRP-0519 binds to a shared pocket within the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) palm domains of MeV, peste des petits ruminants virus (PPRV), and NiV polymerases. ERDRP-0519 forms more extensive interactions with Morbillivirus polymerases, whereas binding to NiV polymerase requires substantial RdRp motif rearrangements, likely incurring an energetic cost and res
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human 15.5K protein binds to the 5' stem-loop of U4 snRNA, promotes the assembly of the spliceosomal U4/U6 snRNP, and is required for the recruitment of the 61K protein and the 20/60/90K protein complex to the U4 snRNA. In the crystallographic structure of the 15.5K-U4 snRNA complex, the conformation of the RNA corresponds to the family of kink-turn (K-turn) structural motifs. We simulated the complex and the free RNA, showing how the protein binding and the intrinsic flexibility contribute to the RNA folding process. We found that the RNA is significantly more flexible in the absence of t
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human transactive responsive (TAR) DNA-binding protein 43 (TDP-43) is involved in a number of physiological processes in the body. Its primary function involves RNA regulation. The TDP-43 protein is also involved in many diseases such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS), frontotemporal dementia (FTD), Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD) and even cancers. These TDP-43 mediated diseases are collectively called as TDP-43 proteinopathies. Intense research in the last decade has increased our understanding on TDP-43 structure and function in biology. The three-dimensional stru
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-quadruplexes (GQs) have been primarily studied in the context of cancer and neurodegenerative pathologies. However, recent research has shifted focus to their existence and functional roles in viral genomes, revealing GQ-regulated key pathways in various human pathogenic viruses. While GQ structures have been reported in the genomes of emerging and re-emerging viruses, RNA viruses have been understudied compared to DNA viruses, including notable examples such as human immunodeficiency virus-1, hepatitis C virus, Ebola virus, Nipah virus, Zika virus, and SARS-CoV-2. The flavivirus family, com
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial A-site RNA is one of the key targets towards the development of new antibacterials including new treatment options for tuberculosis. Using DAPI as a prototype, we have explored the potential of bisamidines as a potential chemical motif for bacterial A-site recognition. We have demonstrated that the binding of DAPI shows a concentration-dependent thermal stabilization of the bacterial A-site RNA (ΔTm = 9.9 °C). The binding, however, does not show pH-dependent changes upon lowering of pH. Both UV-vis and CD experiments show that the DAPI binding involves base stacking with the RNA
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) is a ubiquitous RNA post-transcriptional modification found in coding as well as non-coding RNAs. m6A has also been found in viral RNAs where it is proposed to modulate host-pathogen interactions. Two m6A sites have been reported in the HIV-1 Rev response element (RRE) stem IIB, one of which was shown to enhance binding to the viral protein Rev and viral RNA export. However, because these m6A sites have not been observed in other studies mapping m6A in HIV-1 RNA, their significance remains to be firmly established. Here, using optical melting experiments, NMR spectrosc
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mitochondrial replicative DNA helicase is an essential cellular protein that shows high similarity with the bifunctional primase-helicase of bacteriophage T7, the gene 4 protein (T7 gp4). The N-terminal primase domain of T7 gp4 comprises seven conserved sequence motifs, I, II, III, IV, V, VI, and an RNA polymerase basic domain. The putative primase domain of metazoan mitochondrial DNA helicases has diverged from T7 gp4 and in particular, the primase domain of vertebrates lacks motif I, which comprises a zinc binding domain. Interestingly, motif I is conserved in insect mtDNA helicases. Her
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structure of the RNA binding target for Saccharomyces cerevisiae ribosomal protein L32 was examined using chemical and enzymatic probes as well as thermodynamic methods. In vivo, the production of yeast RPL32 is regulated by a feedback mechanism whereby RPL32 binds to the 5' end of its transcript and inhibits splicing. The binding site of ribosomal protein L32 on the L32 RNA transcript can be reduced to fewer than 30 nucleotides which compromise a stem-internal loop-stem structural motif. The internal loop is closed by a potential G-U pair, is asymmetric and contains mostly purines. The ex
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aptamers, nucleic acid ligands targeting specific molecules, have emerged as drug candidates, sensors, imaging tools and nanotechnology building blocks. The predominant method for their discovery, systematic evolution of ligands by exponential enrichment, while successful, is laborious, time-consuming and often results in candidates enriched for unintended criteria. Here we present UltraSelex, a noniterative method that combines biochemical partitioning, high-throughput sequencing and computational signal-to-background rank modeling for discovering RNA aptamers in about 1 day. UltraSelex ident
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transcription factors IRF4 and BLIMP1 (PRDM1) promote plasma cell (PC) differentiation by repressing B cell identity genes while inducing the unfolded protein response, ER/Golgi biogenesis, and immunoglobulin secretion. How IRF4 and BLIMP1 partition and coordinate their genomic activities during plasma cell differentiation remains unresolved. Using naïve human B cells and a stepwise in vitro differentiation system, we performed CRISPR/Cas9 perturbations of IRF4 or PRDM1 in plasma cell precursors followed by single-cell RNA sequencing. Despite their mutually reinforced expression and shared
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Group B Streptococcus (GBS; S. agalactiae) causes chorioamnionitis, neonatal sepsis, and can also cause disease in healthy or immunocompromised adults. GBS possesses a type II-A CRISPR-Cas9 system, which defends against foreign DNA within the bacterial cell. Several recent publications have shown that GBS Cas9 influences genome-wide transcription through a mechanism uncoupled from its function as a specific, RNA-programmable endonuclease. We examine GBS Cas9 effects on genome-wide transcription through generation of several isogenic variants with specific functional defects. We compare whole-g
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In humans, neurodegenerative disorders such as Huntington's disease (HD) and many spinocerebellar ataxias (SCAs) have been found to be associated with CAG trinucleotide repeat expansion. An important RNA-mediated mechanism that causes these diseases involves the binding of the splicing regulator protein MBNL1 (Muscleblind-like 1 protein) to expanded r(CAG) repeats. Moreover, mutant huntingtin protein translated from expanded r(CAG) also yields toxic effects. To discern the role of mutant RNA in these diseases, it is essential to gather information about its structure. Detailed insight into the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study sought to identify the downstream target genes of enolase 1 (ENO1), clarify the role of ENO1 in gastric cancer (GC), and provide novel insights into the regulatory mechanisms of ENO1 in the occurrence and development of GC.
METHODS: We performed RNA-immunoprecipitation sequencing in MKN-45 cells to study the types and abundance of pre-messenger RNA (mRNA)/mRNA bound by ENO1, the binding sites and motifs, the relationship between ENO1 binding and its regulation of transcription level, and alternative splicing level by combining with RNA-sequencing (RNA-seq) data to furth
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.