We report the relative stabilities, in the form of complex lifetimes, of complexes between the tRNAs complementary, or nearly so, in their anticodons. The results show striking parallels with the genetic coding rules, including the wobble interaction and the role of modified nucleotides S2U and V (a 5-oxyacetic acid derivative of U). One important difference between the genetic code and the pairing rules in the tRNA-tRNA interaction is the stability in the latter of the short wobble pairs, which the wobble hypothesis excludes. We stress the potential of U for translational errors, and suggest
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three Pd(II)-based complexes of 1,10-phenanthroline and N- or O-coordinating ligands have been synthesised and tested with different relevant biosubstrates like double-stranded DNA, double and triple helix of RNA, DNA G-quadruplexes of different conformations and bovine serum albumin. Here a correlation between N- vs O-coordinating elements and binding mechanism emerged, where the N-coordinating ligands proved to be the most promising. These outcomes were confirmed also in the cellular experiments. The Pd(II) complex with naphthalene-1,8-diamine is the one that is able to be carried by BSA, to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although numerous biophysical tools have provided effective systems to study nucleic acids, our current knowledge on how RNA structure complements its function is limited. Therefore, development of robust tools to study the structure–function relationship of RNA is highly desired. Toward this endeavor, we have developed a new ribonucleoside analog, based on a (selenophen-2-yl)pyrimidine core, which could serve as a fluorescence probe to study the function of RNA in real time and as an anomalous scattering label (selenium atom) for the phase determination in X-ray crystallography. The fluoresce
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although they share certain biological properties with nucleic acid based infectious agents, prions, the causative agents of invariably fatal, transmissible neurodegenerative disorders such as bovine spongiform encephalopathy, sheep scrapie, and human Creutzfeldt Jakob disease, propagate by conformational templating of host encoded proteins. Once thought to be unique to these diseases, this mechanism is now recognized as a ubiquitous means of information transfer in biological systems, including other protein misfolding disorders such as those causing Alzheimer's and Parkinson's diseases. To a
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuropsychopharmacologia Hungarica : a Magyar Pszichofarmakologiai Egyesulet lapja = official journal of the Hungarian Association of Psychopharmacology2014hun
α-synuclein, a small protein (140 amino acids) encoded by the SNCA gene is the best known isoform of the synuclein protein family. Though its physiological role is still not fully clarified, there is growing experimental evidence for a causal role of α-synuclein in the so-called conformational-neurodegenerative diseases. Conformational changes in the structure of the native soluble protein form insoluble neurotoxic aggregates and finally contribute to the formation of inclusion Lewy-bodies and Lewy-neurites. Neurodegeneration first hits the olfactory system, the peripheral autonomic nervous sy
Аннотация на английскомСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Аннотация не предоставлена источником. Откройте карточку для перехода к публикации.
КомментарийНовостьПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precise, context-sensitive control of protein synthesis is critical in eukaryotic cells, and mRNA structure has emerged as a central mechanism for achieving this control. mRNA structures influence every stage of translation. During initiation, structures within 5' untranslated regions modulate ribosome association with mRNA and the balance between translation of the main open reading frame and use of upstream or alternative start sites. During elongation, structures in the coding sequence govern ribosome pausing in ways that can either protect mRNA stability or trigger decay. During terminatio
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clusters of nanoparticles enable electric and magnetic resonances and strong light-molecule interactions, including plasmonic resonance energy transfer (PRET). The optical nanocircuit concept provides a predictive RLC framework for these responses, but experimental realization has been limited by insufficient control over nanogaps and molecular placement. Here, we introduce a molecularly addressable optical nanocircuit based on a robust three-dimensional (3D) DNA origami. We demonstrate that gold nanoparticles and dye-loaded origami function as distinct circuit elements, with the latter acting
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Circular RNAs (circRNAs) are a class of endogenous biological macromolecules characterized by their covalently closed, single-stranded structures, which confer exceptional stability and sequence-specific back-splice junctions (BSJ). Exploiting these unique structural features for diagnostic purposes remains challenging, particularly in multiplexed formats. Here, we report a modular biosensing platform that integrates the structural specificity of circRNA BSJ recognition with the conformation-dependent fluorescence emission of engineered RNA aptamers. This system, termed FRA-MOML, utilizes liga
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a coarse-grained model that describes the unfolding process and thermodynamics of ribonucleic acid (RNA) molecules. We obtained and analyzed a set of 1944 three-dimensional RNA structures of various molecular weights and under diverse conditions from the Protein Data Bank. We reduced the description of these molecules from an all-atom representation to a single interacting point per nucleotide, located at its center of mass. From this information, we calculated characteristic properties of the RNA chains, such as the bond distribution function and the contour length, which allowed u
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanical behavior of single-stranded DNA (ssDNA) controls its biological function and underpins the design of DNA-based nanodevices, yet the microscopic origin of temperature-dependent elasticity remains incompletely quantified. Here, we use the salt-aware, sequence-dependent oxDNA2 coarse-grained model to map how intra-strand stacking and temperature jointly determine ssDNA mechanics for two prototypical homopolymers, poly(dA)50 and poly(dT)50, across 27-100 °C at 1.0 M monovalent salt. Large ensembles of independent simulations were used to extract equilibrium observables such as persi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A short (<150 bp) double-stranded DNA (dsDNA) molecule ligated end to end forms a DNA minicircle. Due to sequence-dependent, nonuniform bending energetics, such a minicircle is predicted to adopt a certain inside-out orientation, known as the poloidal orientation. Despite theoretical and computational predictions, experimental evidence for this phenomenon has been lacking. In this study, we introduce a single-molecule approach to visualize the poloidal orientation of DNA minicircles. We constructed a set of DNA minicircles, each containing a single biotin located at a different position along
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) is a recoding mechanism utilized by viruses to expand their coding capacity and modulate the stoichiometric ratio of -1 frame and 0 frame translation products. The stability of mRNA secondary structure at the ribosomal entry site within the frameshifting stimulating elements (FSEs) determines the frameshifting efficiency. Here, we report the development of a programmable mRNA-based platform that detects specific mature microRNA (miRNA or miR) by converting their presence into a quantifiable protein output through miRNA-triggered -1 PRF. We designe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biomolecular condensation lays the foundation of forming biologically important membraneless organelles, but abnormal condensation processes are often associated with human diseases. Ribonucleic acid (RNA) plays a critical role in the formation of biomolecular condensates by mediating the phase transition through its interactions with proteins and other RNAs. However, the physicochemical principles governing RNA phase transitions, especially for short RNAs, remain inadequately understood. Here, we report that small CAG repeat (sCAG) RNAs composed of six to seven CAG repeats, which are pathogen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conformation and compaction of nucleic acids (NAs), particularly DNA, are vital for any organism but are poorly studied in vivo because of the absence of noninvasive techniques. In this study, we introduce label-free low-frequency (LF) Raman imaging for mapping NA conformation and compaction in eukaryotic cells. Specifically, we find that the LF Raman spectrum in the nucleus strongly differs from that in the cytoplasm: first, by the prominent π-band indicating the ordered arrangement of nucleotides and second, by the low intensity highlighting the compact DNA packing. Using low-frequency imagi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates transfer ribonucleic acid (tRNA) conformational dynamics in the context of MELAS (mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes) using solid-state silicon nitride (SiN) nanopore technology. SiN nanopores in thin membranes with specific dimensions exhibit high signal resolution, enabling real-time and single-molecule electronic detection of tRNA conformational changes. We focus on human mitochondrial tRNALeu(UAA) (mt-Leu(UAA)) that decodes Leu codons UUA/UUG (UUR) during protein synthesis on the mt-ribosome. The single A14G substitution in mt
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Secondary structures formed by expanded CUG RNA are involved in the pathobiology of myotonic dystrophy type 1. Understanding the molecular basis of toxic RNA structures can provide insights into the mechanism of disease pathogenesis and accelerate the drug discovery process. Here, we report the crystal structure of CUG repeat RNA containing three U-U mismatches between C-G and G-C base pairs. The CUG RNA crystallizes as an A-form duplex, with the first and third U-U mismatches adopting a water-mediated asymmetric mirror isoform geometry. We found for the first time that a symmetric, water-brid
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Magnesium, the most abundant divalent cation in cells, catalyzes RNA cleavage but also promotes RNA folding. Because folding can protect RNA from cleavage, we predicted a 'Goldilocks landscape', with local maximum in RNA lifetime at Mg2+ concentrations required for folding. Here, we use simulation and experiment to discover an innate and sophisticated mechanism of control of RNA lifetime. By simulation we characterized RNA Goldilocks landscapes and their dependence on cleavage and folding parameters. Experiments with yeast tRNAPhe and the Tetrahymena ribozyme P4-P6 domain show that structured
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herein, we reported the differential binding ability of aminoglycosides to DNA structures using electrochemical method through principal component analysis (PCA) to classify different DNA secondary structures and understand the link between secondary structure and DNA conformation. In these analyses, the DNA with different secondary structure motifs: bulge, internal loop, hairpin loop and stem loop were designed. The aminoglycosides as receptors were modified on the surface of electrode. In the presence of DNA, the DNA will be absorbed on the surface of electrode via the recognition of DNA and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Among the class of enediyne antibiotics endowed with potent antitumour activities, the calicheamicin derivative known as ozogamicin is selectively targeted to several leukaemia cell types by means of tailor-made immunoconjugates. Binding of these drugs to the DNA minor groove in a sequence-specific fashion eventually causes double-stranded cleavage that results in cell death. Use of calicheamicin ε, an unreactive analogue of calicheamicin γ1I, has demonstrated that these structurally sophisticated molecules inflict bending on certain DNA oligonucleotides of defined sequence to the extent that
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.