UNLABELLED: The Neisseria gonorrhoeae ferric uptake regulator (Fur) protein controls expression of iron homeostasis genes in response to intracellular iron levels. In this study, using transcriptome sequencing (RNA-seq) analysis of an N. gonorrhoeae fur strain, we defined the gonococcal Fur and iron regulons and characterized Fur-controlled expression of an ArsR-like DNA binding protein. We observed that 158 genes (8% of the genome) showed differential expression in response to iron in an N. gonorrhoeae wild-type or fur strain, while 54 genes exhibited differential expression in response to Fu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thioridazine (TZ)-induced accumulation of the universal efflux pump substrate ethidium bromide and its subsequent efflux by Salmonella strains with various degrees of overexpressed efflux pumps takes place automatically at pH 7.4, is independent of a metabolic source, is not affected by a proton ionophore and is precluded by palmitic acid. Salmonella enterica serotype Enteritidis cultured in medium containing increasing concentrations of TZ does not grow during the first 6-8h, after which time its growth is similar to unexposed controls. At the end of a 16-h exposure period, the organism is re
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) is an infectious disease induced by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). TB continues to pose a significant global health concern owing to limitation in vaccination effectiveness, diagnostic accuracy, and extended treatment regimen that foster drug resistance. Mtb dormancy is a non-replicative, metabolically modified condition that enables the bacterium to survive inside host macrophages, resulting in latent TB infection for years. This survival strategy is activated by stressors like hypoxia and low pH, resulting in phenotypic drug resistance and the capacity to reactivate when
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Despite the onset of highly effective modulator therapies people with Cystic Fibrosis continue to experience recurrent microbial lung infections. Many of these individuals will have at least one positive culture per year for Pseudomonas aeruginosa , a bacterium that readily adapts to chronic CF airway disease. Of these adaptations, the formation of a protective biofilm and changes in motility are hallmarks of established infections. We have shown previous evidence that glycerol metabolism and the P. aeruginosa glycerol regulon repressor, GlpR, is linked to enhanced biofilm producti
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues for RNA-seq have advantages over fresh frozen tissue including abundance and availability, connection to rich clinical data, and association with patient outcomes. However, FFPE-derived RNA is highly degraded and chemically modified, which impacts its utility as a faithful source for biological inquiry.
METHODS: True archival FFPE breast cancer cases (n = 58), stored at room temperature for 2-23 years, were utilized to identify key steps in tissue selection, RNA isolation, and library choice. Gene expression fidelity was evaluated b
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shigella flexneri is the causative agent of bacillary dysentery and is a facultative intracellular pathogen. Its virulence regulon is subject to tight control by several mechanisms involving the products of over 20 genes and an array of environmental signals. The reguIon is carried on a plasmid that is prone to instability and to integration into the chromosome, with associated silencing of the virulence genes. Closely related regulons are found in other species of Shigella and in enteroinvasive Escherichia coli. A wealth of detailed information is now available on the Shigella virulence gene
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One-third of the world's population carries Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the infectious agent that causes tuberculosis (TB), and every 17 s someone dies of TB. After infection, Mtb can live dormant for decades in a granuloma structure arising from the host immune response, and cholesterol is important for this persistence of Mtb. Current treatments require long-duration drug regimens with many associated toxicities, which are compounded by the high doses required. We phenotypically screened 35 6-azasteroid analogues against Mtb and found that, at low micromolar concentrations, a subset of
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella enterica serovar Paratyphi A is a human-specific serovar that, together with Salmonella enterica serovar Typhi and Salmonella enterica serovar Sendai, causes enteric fever. Unlike the nontyphoidal Salmonella enterica serovar Typhimurium, the genomes of S. Typhi and S. Paratyphi A are characterized by inactivation of multiple genes, including in the flagellum-chemotaxis pathway. Here, we explored the motility phenotype of S. Paratyphi A and the role of flagellin in key virulence-associated phenotypes. Motility studies established that the human-adapted typhoidal S. Typhi, S. Paratyph
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genomes of two closely related thermophilic cyanobacterial isolates, designated Synechococcus isolate OS-A and Synechococcus isolate OS-B', from the microbial mats of Octopus Spring (Yellowstone National Park) have been sequenced. An extensive suite of genes that are controlled by phosphate levels constitute the putative Pho regulon in these cyanobacteria. We examined physiological responses of an axenic OS-B' isolate as well as transcript abundances of Pho regulon genes as the cells acclimated to phosphorus-limiting conditions. Upon imposition of phosphorus deprivation, OS-B' stopped divi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Juvenile xanthogranuloma (JXG) is the most common non-Langerhans cell histiocytic disorder in children. However, the pathogenesis remains unclear.
METHODS: Lesional and adjacent normal (NOR) skin samples were obtained from patients with histologically confirmed JXG. Each biopsy sample was processed for either bulk or single-cell RNA sequencing (scRNA‑seq). Differentially expressed genes (DEGs) in the bulk transcriptome were identified and subjected to functional enrichment analyses. ScRNA-seq data were analyzed using the Seurat software for cell clustering and annotation. Single-c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chlamydia trachomatis is an obligate intracellular bacterium whose unique developmental cycle consists of an infectious elementary body and a replicative reticulate body. Progression of this developmental cycle requires temporal control of the transcriptome. In addition to the three chlamydial sigma factors (σ66, σ28, and σ54) that recognize promoter sequences of genes, chlamydial transcription factors are expected to play crucial roles in transcriptional regulation. Here, we investigate the function of GrgA, a Chlamydia-specific transcription factor, in C. trachomatis transcriptomic expressio
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Different pleiotropic transcriptional regulators are known to function in the coordination of regulons concerned with carbon, nitrogen, sulfur, phosphorus and iron metabolism, but how expression profiles of these different regulons are coordinated with each other is not known. The basis for the effects of cysB mutations on carbon utilization in Escherichia coli and Salmonella typhimurium was examined. cysB mutations affected the utilization of some carbon sources more than others and these effects could be partially, but not completely, reversed by the inclusion of cysteine or djenkolate in th
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To analyze bacteriological treatment failure in streptococcal pharyngitis, 40 consecutive Streptococcus pyogenes isolates from 18 patients were characterized. For 17 patients, isolates were indistinguishable with respect to emm type, random amplified polymorphic DNA pattern, and presence of prtF1 encoding the fibronectin-binding protein F1. prtF1 was detected only in the 11 isolates (4 patients) with emm12 and in the single isolate with emm6. Further analysis by vir(mga) regulon typing, sequencing of sic encoding the streptococcal inhibitor of complement from 19 isolates with emm1 (9 patients)
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acinetobacter baumannii strain 17978 is an opportunistic pathogen with a unique DNA damage repair response that lacks the LexA repressor but induces ~150 genes after DNA damage. It uses the UmuD homolog UmuDAb and the small protein DdrR, unique to Acinetobacter, to repress multiple horizontally acquired umuDC error-prone polymerase genes through an unknown mechanism. We used reverse transcription-quantitative PCR and immunoblotting to elucidate UmuDAb regulatory requirements and DdrR contributions to the corepression of this specialized regulon. Mutations in the putative UmuDAb helix-turn-heli
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GdhR is a GntR-type regulator of Neisseria gonorrhoeae encoded by a gene (gdhR) belonging to the MtrR regulon, which comprises multiple genes required for antibiotic resistance such as the mtrCDE efflux pump genes. In previous work we showed that loss of gdhR results in enhanced gonococcal fitness in a female mouse model of lower genital tract infection. Here, we used RNA-Seq to perform a transcriptional profiling study to determine the GdhR regulon. GdhR was found to regulate the expression of 2.3% of all the genes in gonococcal strain FA19, of which 39 were activated and 11 were repressed. W
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vibrio cholerae is a Gram-negative bacillus that is the causative agent of cholera. Pathogenesis in vivo occurs through a series of spatiotemporally controlled events under the control of a gene cascade termed the ToxR regulon. Major genes in the ToxR regulon include the master regulators toxRS and tcpPH, the downstream regulator toxT, and virulence factors, the ctxAB and tcpA operons. Our current understanding of the dynamics of virulence gene expression is limited to microarray analyses of expression at selected time points. To better understand this process, we utilized a systems biology ap
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) remains a significant cause of pneumonia, bacteremia, sepsis, meningitis, and otitis media. The ability of pneumococcus to enter a state of genetic competence is central to pneumococcal adaptability and virulence. Activation of the competence state enables pneumococcus to uptake exogenous DNA for genetic transformation, acquire genome plasticity and antimicrobial resistance, while also regulating stress tolerance, biofilm formation, and coordinated expression of virulence factors. This review summarizes current evidence on competence-regulated virulence
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The whooping cough agent Bordetella pertussis controls the expression of its large virulence regulon in a coordinated manner through the two-component signal transduction system BvgAS. In addition to the genes coding for bona fide virulence factors, the Bvg regulon comprises genes of unknown function. In this work, we characterized a new Bvg-activated gene called BP2936. Homologs of BP2936 are found in other pathogenic Bordetellae and in several other species, including plant pathogens and environmental bacteria. We showed that the gene product of BP2936 is a membrane-associated methyl-transfe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vibrio cholerae is the waterborne bacterium responsible for worldwide outbreaks of the acute, potentially fatal cholera diarrhea. The primary factors this human pathogen uses to cause the disease are controlled by a complex regulatory program linking extracellular signaling inputs to changes in expression of several critical virulence genes. Recently it has been uncovered that many non-coding regulatory sRNAs are important components of the V. cholerae virulence regulon. Most of these sRNAs appear to require the RNA-binding protein, Hfq, to interact with and alter the expression of target gene
СтатьяПоддержка правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The soxRS regulon is activated by redox-cycling drugs such as paraquat and by nitric oxide. The >15 genes of this system provide resistance to both oxidants and multiple antibiotics. An association between clinical quinolone resistance and elevated expression of the soxRS regulon has been observed in Escherichia coli, but this association has not been explored for other enteropathogenic bacteria. Here we describe a soxRS-constitutive mutation in a clinical strain of Salmonella enterica (serovar Typhimurium) that arose with the development of resistance to quinolones during treatment. The eleva
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.