In this work, we have characterized the interactions of monospermine porphyrin derivative with calf thymus DNA (ct-DNA) and poly (dG-dC)2 in both B and Z conformation. By several spectroscopic techniques (UV-vis, electronic circular dichroism and resonance light scattering), the binding modes of monospermine porphyrin derivative with different DNA sequences have been elucidated. In the presence of ct-DNA, the porphyrin binds along the external double helix as well as in the presence of B conformation of poly (dG-dC)2 . Whilst when the Z form of the poly (dG-dC)2 is induced, a slight intercalat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The range of applications for aptamers, small oligonucleotide-based receptors binding to their targets with high specificity and affinity, has been steadily expanding. Our understanding of the mechanisms governing aptamer-ligand recognition and binding is however lagging, stymieing the progress in the rational design of new aptamers and optimization of the known ones. Here we demonstrate the capabilities and limitations of native ion mobility-mass spectrometry for the analysis of their higher-order structure and non-covalent interactions. A set of related cocaine-binding aptamers, displaying a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using pattern recognition of RNA with small molecules (PRRSM) with fluorescent RNA chemosensors and aminoglycosides, we reveal the impact of changing environmental conditions on the differentiation of a range of RNA structures as well as the ability to predict different sequence/size compositions of five canonical RNA motifs.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The large-scale conformation of DNA molecules plays a critical role in many basic elements of cellular functionality and viability. By targeting the structural properties of DNA, many cancer drugs, such as anthracyclines, effectively inhibit tumor growth but can also produce dangerous side effects. To enhance the development of innovative medications, rapid screening of structural changes to DNA can provide important insight into their mechanism of interaction. In this study, we report changes to circular DNA conformation from intercalation with ethidium bromide using all-atom molecular dynami
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biological macromolecules including DNA, RNA, and proteins, have intrinsic features that make them potential building blocks for the bottom-up fabrication of nanodevices. RNA is unique in nanoscale fabrication due to its amazing diversity of function and structure. RNA molecules can be designed and manipulated with a level of simplicity characteristic of DNA while possessing versatility in structure and function similar to that of proteins. RNA molecules typically contain a large variety of single stranded loops suitable for inter- and intra-molecular interaction. These loops can serve as moun
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 5' nucleotides of the double-stranded RNAs of yeast killer factor have been isolated by digestion with pancreatic, T1 and T2 RNase followed by two-dimensional electrophoresis. They were identified by bacterial alkaline phosphatase and snake venom phosphodiesterase digestions. Both the larger double-stranded RNA (L, of 2.5 x 10(6) daltons) and the smaller double-stranded RNA (M, of 1.4 x 10(6) daltons) have the 5' end groups pppGp. These 5' ends are dissimilar to those of the double-stranded RNAs of animal viruses but may be characteristic of the 5' ends of the double-stranded RNAs of funga
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drugs, in general, exhibit their pharmacological activity in binding with intracellular targets. Numerous anticancer and antibacterial drugs target DNA as one of their primary intracellular targets. Dexlansoprazole (DLP) is a heterocyclic compound containing benzimidazole moiety and a proton pump inhibitor used to treat gastroesophageal reflux disease. The interaction of dexlansoprazole with calf thymus DNA (ct-DNA) has been studied using biophysical methods. The UV-Visible studies revealed a binding constant of 2.15 ± 0.3 × 104 M-1 which is close to the value of 2.44 ± 0.3 × 104 M-1 obtained
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aptamers are short nucleic-acid biopolymers selected to have high affinity and specificity for protein or small-molecule target analytes. Aptamers can be engineered into split-aptamer biosensors comprising two nucleic acid strands that coassemble as they bind to a target, resulting in a large signal change from attached molecular probes (e.g., molecular beacons). The kinetics of split-aptamer assembly and their dependence on target recognition are largely unknown; knowledge of these kinetics could help in design and optimization of split-aptamer biosensors. In this work, we measure assembly ki
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sequences of 191 flavivirus RNAs belonging to four sero-groups were used to predict the secondary structure of the 3' noncoding region (3' NCR) directly upstream of the conserved terminal hairpin. In mosquito-borne flavivirus RNAs (n = 164) a characteristic structure element was identified that includes a phylogenetically well-supported pseudoknot. This element is repeated in the dengue and Japanese encephalitis RNAs and centers around the conserved sequences CS2 and RCS2. In yellow fever virus RNAs that contain one CS2 motif, only one copy of this pseudoknotted structure was found. The conser
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Homology between DNAs of some orthopoxviruses: vaccinia, neurovaccinia, cowpox, ectromelia, variola and white-pox was studied. By the method of molecular hybridization of labelled virion DNAs of the viruses studied with an excess of unlabelled vaccinia DNA and further treatment of the hybridized products by the single-stranded-specific nuclease S1, it was shown that the concentration of unlabelled vaccinia virus DNA, converting 50% of homologous labelled DNA into a hybrid, converted under similar experimental conditions into a hybrid 50% of labelled neurovaccinia virus DNA, 48% of white-pox vi
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the results of the first comprehensive DFT study on the d(A)3·d(T)3 and d(G)3·d(C)3 nucleic acid duplexes. The ability of mini-helixes to preserve the conformation of B-DNA in the gas phase and under the influence of such factors as: solvent, uncompensated charge, and counter-ions was evaluated using M06-2X functional with 6-31G(d,p) basis set. The accuracy of the models was ascertained based on their ability to reproduce key structural features of natural B-DNA. Analysis of the helicity suggests that the helical conformations adopt geometrical parameters which are close to those of
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precise regulation of DNA polymerase activity remains a central challenge in nucleic acid amplification, particularly in systems susceptible to nonspecific amplification. Here, we report a generalizable 3'-hydroxyl-regenerating primer platform for photoactivatable DNA polymerase regulation in nucleic acid amplification. This platform exploits the conserved requirement of polymerase function, namely the recognition of a free 3'-hydroxyl terminus for both primer extension and exonuclease initiation. By engineering a nonhydroxylated 3' terminus linked to a photocleavable moiety, both processes ar
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleic acid vaccines (DNA and mRNA) induce immunity by driving in situ antigen expression in host cells. For nonviral pathogens, however, host expression can impose post-translational modifications absent from the native microbial antigen. Tuberculosis remains a leading cause of infectious mortality, and nucleic acid vaccines targeting the Mycobacterium tuberculosis antigen 85 (Ag85) complex did not confer protective efficacy in clinical trials. We hypothesized that host-derived N-glycosylation of Ag85 immunogens expressed in mammalian cells compromises immune recognition. Here, we define str
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-canonical nucleic acid structures play significant roles in cellular processes through selective interactions with proteins. While both natural and artificial G-quadruplexes have been extensively studied, the functions of i-motifs remain less understood. This study investigates the artificial aptamer BV42, which binds strongly to influenza A virus hemagglutinin and unexpectedly retains its i-motif structure even at neutral pH. However, BV42 conformational heterogeneity hinders detailed structural analysis. Molecular dynamics simulations and chemical modifications of BV42 helped us to ident
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The complete nucleotide sequence of the Japanese encephalitis virus (JEV) genome RNA was determined. The JEV genome contains 10,976 nucleotides and encodes a single long open reading frame (ORF) of 10,296 nucleotides corresponding to 3432 amino acid residues. This long polypeptide is thought to be cleaved into three structural proteins and several nonstructural proteins of the virus. The genetic location of the three structural proteins was determined by comparing the deduced amino acid sequence from the nucleotide sequence with the N-terminal amino acid sequences that were determined from the
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The limited precision of controlled drug release remains a major challenge for precision cancer therapy. Herein, a protein and nucleic acid dual-biomarker-responsive CRISPR AND logic nanodevice, termed LogiCas, is developed by integrating APE1 and miRNA-21 as dual inputs for precise tumor therapy. Leveraging the stringent conformational matching required for Cas12a activation, LogiCas utilizes the terminal redundancy restriction of the split activator to establish a dual-lock, stepwise activation mechanism consisting of APE1-mediated pre-unlocking and miRNA-21-mediated terminal activation, enf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SARS-CoV-2 Nucleocapsid (N) protein is responsible for condensation of the viral genome. Characterizing the mechanisms controlling nucleic acid binding is a key step in understanding how condensation is realized. Here, we focus on the role of the RNA binding domain (RBD) and its flanking disordered N-terminal domain (NTD) tail, using single-molecule Förster Resonance Energy Transfer and coarse-grained simulations. We quantified contact site size and binding affinity for nucleic acids and concomitant conformational changes occurring in the disordered region. We found that the disordered NTD
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-Quadruplex DNAs represent out-of-the-way nucleic acid conformations, frequently formed by guanine-rich sequences. They have emanated as cancer-associated targets for designed small molecules. The variation in the binding affinity of the synthesized compounds to duplex and quadruplex structures is an intriguing quest, solved by spectroscopic analysis. In this paper, we report the synthesis of a porphyrin-cyclodextrin conjugate, characterized by utilizing FT-IR, NMR, and mass spectrometry. Further, two benzimidazolylguanidines are synthesized which form host: guest complexes with the porphyrin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Current promising treatments for many diseases are based on the use of therapeutic nucleic acids, including DNA. However, the list of nanocarriers is limited due to their low biocompatibility, high cost, and toxicity. The design of synthetic building blocks for creating universal delivery systems for genetic material is an unsolved problem. In this work, we propose PAMAM dendrimers with rigid thiacalixarene core in various conformations, i.e., PAMAM-calix-dendrimers, as a platform for a supramolecular universal constructor for nanomedicine. Results: Third generation PAMA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Substitution of one non-bridging oxygen in a natural phosphodiester internucleotide linkage with a borano (-BH3) group results in a chiral phosphorus center in boranophosphate. UV thermal melting profiles were recorded for DNA duplexes formed between a DNA 9-mer with either an Sp or a Rp boranophosphate linkage in the middle and the complementary DNA 9-mer, as well as for their unmodified parent duplex. The thermal stability of the DNA duplexes was in the order of normal > Sp borano > Rp borano. CD spectra of all three duplexes exhibited typical B-DNA profile, which closely resembled each othe
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.