Identifying the potential miRNA-disease association (MDA) has a greater impetus to the development of drug prevention, treatment and other fields. For the traditional prediction methods, they are characterized by long time and large cost. With the continuous development of bioinformatics, the prediction of MDA using computational methods can better advance the human development in the field of MDA. The existing computational methods, on the other hand, usually have the disadvantages of low prediction accuracy, weak generalization ability and single data used. In order to better develop the ass
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)'s Job Dispatcher framework provides access to a wide range of core databases and analysis tools that are of key importance in bioinformatics. As well as providing web interfaces to these resources, web services are available using REST and SOAP protocols that enable programmatic access and allow their integration into other applications and analytical workflows and pipelines. This article describes the various options available to researchers and bioinformaticians who would like to use our resources via the web interface employing RESTful web se
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This paper proposes a high-precision theoretical and computational neurorehabilitation framework for Mild Cognitive Impairment (MCI), connecting computational neuroscience and clinical practice through qEEG-guided neurofeedback training (NFT). By employing sLORETA to identify putative pathological nodes within the Default Mode Network (DMN)-specifically the Precuneus and the Posterior Cingulate-the model utilizes spectral decomposition to isolate the aperiodic 1/f component, reducing background noise bias and allowing the calculation of a pure individual alpha frequency (IAF) to inform recalib
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Diffuse midline glioma (DMG) remains one of the most lethal cancers affecting children, adolescents and young adults and is near-universally resistant to treatment. Histone H3-alterations establish a profoundly dysregulated epigenetic landscape that promotes extensive intratumoral heterogeneity and cellular plasticity, key drivers of therapeutic resistance and treatment failure. Although single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics have transformed the study of tumor evolution, the mechanisms underpinning treatment resistance in DMG remain poorly understood. This Review exam
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: In recent years, the availability of multi-omics data has increased substantially. Multi-omics data integration methods mainly aim to leverage different molecular layers to gain a complete molecular description of biological processes. An attractive integration approach is the reconstruction of multi-omics networks. However, the development of effective multi-omics network reconstruction strategies lags behind.
RESULTS: In this study, we introduce collaborative graphical lasso, a novel approach that extends graphical lasso by incorporating collaboration between omics layers, there
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Machine learning and bioinformatics have become indispensable components of modern biomedical research [...].
Редакционная статьяIntroductory Journal ArticleПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bioinformatics data analysis faces significant challenges. As data analysis often takes the form of pipelines or workflows, workflow managers (WfMs) have become essential. Data flow programming constitutes the preferred approach in WfMs, enabling parallel processes activated reactively based on input availability. While this paradigm typically follows a linear, acyclic progression, cyclic workflows are sometimes necessary in bioinformatics analyses. These cyclic workflows also present an opportunity to explore workflow interactivity, a feature not widely implemented in existing WfM
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary and metastatic brain tumours are associated with poor clinical outcomes, largely owing to limited therapeutic advances and an incomplete understanding of brain tumour biology. Increasing evidence suggests that microbial communities play an important part in shaping systemic immunity and tumour biology. Microbes and microbial by-products from the gut and oral cavity can influence the central nervous system through the gut-oral-brain axis, providing potential mechanisms by which distant microbes shape the brain tumour microenvironment. A growing body of literature has identified distinct
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug discovery remains constrained by high attrition rates, prolonged timelines, and limited ability to translate molecular insights into effective therapies. Although reductionist approaches targeting individual molecules have delivered transformative medicines, successful patient-centric treatment remains a major challenge. Furthermore, increasing evidence demonstrates that therapeutic outcomes emerge from complex, dynamic, and context-dependent biological networks. Systems biology has provided a framework to understand these interactions, yet its predictive capability has been limited by bi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Guidance for preventing myocardial infarction and ischemic stroke by tailoring treatment for individual patients with atherosclerosis is an unmet need. Such development may be possible with computational modeling. Given the multifactorial biology of atherosclerosis, modeling must be based on complete biological networks that capture protein-protein interactions estimated to drive disease progression. Here, we aimed to develop a clinically relevant scale model of atherosclerosis, calibrate it with individual patient data, and use it to simulate optimized pharmacotherapy for individua
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leishmaniasis is a significant vector-borne health problem affecting 88 countries, transmitted by the bite of female sandflies (phlebotomine). It manifests in various clinical forms, such as diffuse cutaneous leishmaniasis, mucocutaneous leishmaniasis, and visceral leishmaniasis (VL). The most chronic and possibly fatal form, VL, is caused by Leishmania donovani (L. donovani). The critical need for novel, effective therapeutic targets is highlighted by the escalating costs, toxicity, and side effects of existing treatments, as well as the increasing occurrence of drug-resistant parasites. The
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In a recent National Research Council document, new strategies for risk assessment were described to enable more accurate and quicker assessments. This report suggested that evaluating individual responses through increased use of bio-monitoring could improve dose-response estimations. Identification of specific biomarkers may be useful for diagnostics or risk prediction as they have the potential to improve exposure assessments. This paper discusses systems biology, biomarkers of effect, and computational toxicology approaches and their relevance to the occupational exposure limit setting pro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug ranking plays a pivotal role in drug repurposing and precision medicine by prioritizing candidate therapies under biological and clinical constraints. A major challenge is identifying drugs whose efficacy remains consistent across multiple human tissues, as heterogeneity in gene expression, regulatory mechanisms, and tissue-specific biology can lead to variable or unreliable therapeutic effects. Many existing approaches focus on single tissues or aggregate performance across tissues, obscuring important sources of variability. We present CoDER (Consistent Drug Efficacy Ranking), a graph-b
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene sequence prediction not only effectively identifies homologous genes but also provides crucial insights into gene function and evolutionary relationships, making it one of the significant research directions in the field of bioinformatics. Given the high sensitivity of bioinformatics data, particularly gene sequences, plaintext transmission and processing in cloud environments pose risks of privacy leakage. To address this, this study innovatively proposes an analytical method combining Mamba neural network-based gene sequence prediction with homomorphic encryption, enabling secure data t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The human microbiome is an abundant reservoir of bioactive molecules with considerable therapeutic potential in oncology. Among these microbial products, bacteriocins and other postbiotic metabolites have emerged as promising anticancer agents due to their diverse biological activities and ability to modulate multiple cancer-related pathways. Growing evidence suggests that microbiome-derived compounds may provide novel opportunities for the development of safer and more targeted cancer therapeutics.
OBJECTIVES: This review aims to comprehensively evaluate the current knowledge on
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aims to bridge toxicological target prediction and bladder cancer transcriptomics by systematically identifying molecular signatures and pathways that converge between PFOA-associated toxicological effects and bladder cancer biology, using an integrative multi-cohort computational framework.
METHODS: Bioinformatics strategies were applied to assemble 9,591 putative molecular targets associated with perfluorooctanoic acid (PFOA) from five independent databases. Differential expression analysis and weighted gene co-expression network analysis were then conducted across fiv
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NUPACK is a growing software suite for the analysis and design of nucleic acid structures, devices, and systems serving the needs of researchers in the fields of nucleic acid nanotechnology, molecular programming, synthetic biology, and across the life sciences. NUPACK algorithms have pioneered the treatment of complex and test tube ensembles containing arbitrary numbers of interacting strand species, providing crucial tools for capturing concentration effects essential to analyzing and designing the intermolecular interactions that are a hallmark of these fields. Analysis and design of multit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucella spp., are Gram negative bacteria that cause disease by growing within monocyte/macrophage lineage cells. Clinical manifestations of brucellosis are immune mediated, not due to bacterial virulence factors. Acquired immunity to brucellosis has been studied through observations of naturally infected hosts (cattle, goats), mouse models (mice), and human infection. Even though Brucella spp. are known for producing mechanisms that evade the immune system, cell-mediated immune responses drive the clinical manifestations of human disease after exposure to Brucella species, as high antibody re
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large language models (LLMs) have demonstrated impressive capabilities in summarization, reasoning, and content generation, yet their inability to directly interpret large-scale omics data has limited their utility in data-driven hypothesis generation-particularly in mechanism discovery that demands the integration and interpretation of multimodal datasets, heterogeneous models, and deep domain expertise. Conversely, traditional computational algorithms excel at quantitative analysis of omics data but often rely heavily on labor-intensive, expert-driven interpretation to extract biologically m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The increased recognition of intrinsically disordered proteins (IDPs) as critical mediators in viral infections has shifted attention toward fuzzy drug targets, challenging the conventional structure-based paradigms of drug discovery due to their inherent conformational flexibility. The binding of viral IDPs and IDRs to host factors occurs in dynamic, multivalent, and context-dependent interactions and constitute flexible complexes, which form the basis of pathogenicity and immune evasion. In this review, the disordered proteins of viruses are considered with a combination of molecular, comput
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.