The triterpene synthase AaOSC-22030 from Artemisia argyi exhibits remarkable catalytic promiscuity, converting 2,3-oxidosqualene into diverse triterpenoid skeletons. In this study, we employed multiscale molecular dynamics, static QM/MM calculations, and site-directed mutagenesis to elucidate the origins of this diversity. Our analysis identifies residue 728 as a pivotal determinant. We reveal that the substitution of a conserved aromatic residue with a polar serine (S728) creates a relaxed steric environment, permitting broad conformational exploration, while simultaneously serving as a gener
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Gram-negative Shewanellaceae family is well known for its ability to transfer catabolically derived electrons to extracellular terminal electron acceptors through electron conduits that permeate the outer membrane. The primary conduit is MtrCAB, a trimeric porin-cytochrome complex that contains the cell surface exposed decaheme cytochrome MtrC. This donates electrons to extracellular substrates, including OmcA, soluble metals, organic electron shuttles, and insoluble metal oxides. However, it is not clear whether this broad substrate specificity requires specific sites for binding and redu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The functional significance of a non-conserved cysteine residue (C86) proximal to the interfacial region of Rhipicephalus microplus triosephosphate isomerase (RmTIM) was investigated through systematic substitution with aspartic acid (C86D), lysine (C86K), and alanine (C86A) via site-directed mutagenesis. Kinetic analyses revealed substantial perturbations in enzymatic parameters for the C86D and C86K variants, with marked alterations in maximal velocity (Vmax), substrate affinity (Km), catalytic turnover (kcat), and catalytic efficiency (kcat/Km). Thermodynamic destabilization was universally
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The diiron-containing YtfE protein in Escherichia coli is pivotal in counteracting nitrosative stress, a critical barrier to bacterial viability. This study delves into the biochemical complexity governing YtfE's conversion of nitric oxide (NO) to nitrous oxide, a key process for alleviating nitrosative stress. Through site-directed mutagenesis, we explored YtfE's molecular structure, with a particular focus on two internal transport tunnels important for its activity. Our findings illuminate Tunnel 1 as the primary conduit for substrate transport, regulated by conformational shifts within the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thiram is a toxic fungicide extensively used for the management of pathogens in fruits. Although it is known that thiram degrades in plant tissues, the key enzymes involved in this process remain unexplored. In this study, we report that a tau class glutathione S-transferase (GST) from Carica papaya can degrade thiram. This enzyme was easily obtained by heterologous expression in Escherichia coli, showed low promiscuity toward other thiuram disulfides, and catalyzed thiram degradation under physiological reaction conditions. Site-directed mutagenesis indicated that G-site residue S67 shows a k
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: New Delhi Metallo-β-Lactamase (NDM-1) is one of the most recent additions to the β-lactamases family. Since its discovery in 2009, NDM-1 producing Enterobacteriaceae have disseminated globally. With few effective antibiotics against NDM-1 producers, there is an urgent need to design new drug inhibitors through the help of structural and mechanistic information available from mutagenic studies.
RESULTS/CONCLUSIONS: In our study we focus the attention on the non-catalytic residue Leucine 209 by changing it into a Phenylalanine. The L209F laboratory variant of NDM-1 displays a drasti
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AfGcHK is a globin-coupled histidine kinase that is one component of a two-component signal transduction system. The catalytic activity of this heme-based oxygen sensor is due to its C-terminal kinase domain and is strongly stimulated by the binding of O2 or CO to the heme Fe(II) complex in the N-terminal oxygen sensing domain. Hydrogen sulfide (H2S) is an important gaseous signaling molecule and can serve as a heme axial ligand, but its interactions with heme-based oxygen sensors have not been studied as extensively as those of O2, CO, and NO. To address this knowledge gap, we investigated th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lesch-Nyhan disease and its attenuated variants are caused by mutations in the HPRT1 gene, which encodes the purine recycling enzyme hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase. The mutations are heterogeneous, with more than 400 different mutations already documented. Prior efforts to correlate variations in the clinical phenotype with different mutations have suggested that milder phenotypes typically are associated with mutants that permit some residual enzyme function, whereas the most severe phenotype is associated with null mutants. However, multiple exceptions to this concept have be
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many snake venom phospholipase A(2)s (vPLA(2)s) present biological effects that are independent of hydrolytic activity. Here we review the evidence for the calcium-independent membrane damaging activity of vPLA(2)s, the possible relevance of this activity on their biological effects, and models for the mechanism of membrane permeabilization by these proteins.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Live attenuated Shigella vaccines have shown promise in inducing protective immune responses in human clinical trials and as carriers of heterologous antigens from other mucosal pathogens. In the past, construction of Shigella vaccine strains relied on classical allelic exchange systems to genetically engineer the bacterial genome. These systems require extensive in vitro engineering of long homologous sequences to create recombinant replication-defective plasmids or phage. Alternatively, the lambda red recombination system from bacteriophage facilitates recombination with as little as 40 bp o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We show that an unusual transcriptional regulator, called IrrA, regulates many genes in the symbiotic N2-fixing bacterium Rhizobium leguminosarum in response to iron availability. Several operons in R. leguminosarum are expressed at lower levels in cells grown in Fe-depleted compared to Fe-replete medium. These include hemA1, which encodes the haem biosynthesis enzyme amino-levulinic acid synthase; sufS2BCDS1XA, which specify enzymes for FeS cluster synthesis; rirA, a global, Fe-responsive transcriptional repressor; RL0400, which likely encodes an unusual FeS cluster scaffold; and the possible
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The penicillin G acylase (PGA) and cephalosporin acylase (CA) families, which are members of the N-terminal (Ntn) hydrolases, are valuable for the production of backbone chemicals like 6-aminopenicillanic acid and 7-aminocephalosporanic acid (7-ACA), which can be used to synthesize semi-synthetic penicillins and cephalosporins, respectively. Regardless of the low sequence similarity between PGA and CA, the structural homologies at their active-sites are very high. However, despite this structural conservation, they catalyze very different substrates. PGA reacts with the hydrophobic aromatic si
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several mutations of presenilin (PS)-1, 2 result in early onset Alzheimer disease. Using the yeast two-hybrid system, the interaction between PS2 loop domain and the C-terminal region of mu-calpain was previously identified. Calpain is a calcium dependent-protease and there are two isoforms, m-calpain and mu-calpain, which differ in the calcium concentration required for activation. m-Calpain needs about 10(-3) M calcium ions, whereas mu-calpain about 10(-5) M. When PS and calpain were separately expressed in COS cells by cDNA transfection and then combined in vitro, or both were co-transfecte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transient absorption spectroscopy in the time range from -1 ps to 4 ns, and over the wavelength range from 420 to 550 nm, was applied to the Glu46Gln mutant of the photoactive yellow protein (PYP) from Ectothiorhodospira halophila. This has allowed us to elucidate the kinetic constants of excited state formation and decay and photochemical product formation, and the spectral characteristics of stimulated emission and the early photocycle intermediates. Both the quantum efficiency ( approximately 0.5) and the rate constants for excited state decay and the formation of the initial photochemical
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A snake venom-derived alpha-neurotoxin, alpha-bungarotoxin (alphaBgtx), is the classic competitive antagonist of nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs). The very high specificity and essentially irreversible binding of alphaBgtx to various nAChRs make alphaBgtx the prime candidate for studying the molecular determinants of specificity for nAChR-ligand interactions. To facilitate site-directed mutagenesis of alphaBgtx for functional analysis, we have developed a recombinant expression system for alphaBgtx using the methylotropic yeast Pichia pastoris. A synthetic gene coding for alphaBgtx w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nine types of human G6PD gene mutated at the positions of nt 1376 and nt 1388 by site-directed mutagenesis were transformed into the strain of G6PD dificent E. coli HB 351(DE3). The mutated gene was expressed successfully and the enzyme kinetic studies undertaken according to WHO standardization. The results showed that the arginine residues at the positions of 459 and 463 of G6PD gene play an important role in maintaining activity of the enzyme. The amino acid structure, polarity, and electronic property may be responsible for it. The arginine residues at the positions of 459 and 463 are also
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this report, we have analyzed the function of two Sp1 sites present in the epithelium-specific MUC1 promoter. Using promoter-reporter gene (CAT) constructs, we found that mutagenesis of either of the Sp1 binding motifs at -576/-568 and -99/-90, reduced transcription in MUC1-expressing epithelial cell lines. However, abolition of the binding site at -99/-91 by mutagenesis also resulted in increased transcriptional activity in non-epithelial cell lines, suggesting involvement of the site in tissue-specific expression. In vitro binding assays revealed a novel binding motif at -101/-89 (AGGGGGC
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
L-Asparaginase, an enzyme drug used for the treatment of acute lymphoblastic leukemia and its effective usage in clinical arena is complicated owing to the significant Glutaminase side activity. To develop variants of the enzyme with reduced Glutaminase activity, in silico mutagenesis was done by replacing amino acids in the vicinity of the ligand binding site. It was identified that replacement of enzyme's active site amino acid Asp96 with Alanine decreased the Glutaminase activity by 30% and also increased the Asparaginase activity by 40%. Docking studies were carried out by Autodock 4.0 and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ordered polycyclization catalyzed by oxidosqualene synthases (OSCs) morph a common linear precursor into structurally complex and diverse triterpene scaffolds with varied bioactivities. We identified three OSCs from Iris tectorum. ItOSC2 is a rare multifunctional α-amyrin synthase. Sequence comparisons, site-directed mutagenesis and multiscale simulations revealed that three spatially clustered residues, Y531/L256/L258 form an unusual Y-LL triad at the active site, replacing the highly conserved W-xY triad occurring in other amyrin synthases. The discovery of this unprecedented active site arc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efforts to reveal specific aspects of protein structure with channel function have been carried out for more than a decade. Recent progresses in this field have been achieved by site-directed mutagenesis of the sodium channel DNA as well as other techniques. Among them I briefly review four topics in this article: (1) extracellular mouth of the ion conducting pore and ion selectivity filter which are correlated to the site of tetrdotoxin binding, (2) cytoplasmic mouth of the ion pore which is correlated with the binding site of local anesthetics, (3) inactivation gate, parts of which are relat
Аннотация на английскомСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования