MOTIVATION: Peptide identification of data-independent acquisition (DIA) mass spectrometry applying the peptide-centric approach heavily relies on the spectral library matching, such as the fragment intensity similarity. If the intensity similarity is calculated through all possible fragment ions of a targeted peptide instead of just a few fragment ions provided by the spectral library, the matching will be more comprehensive and reliable, and thus the identification will be more confident. In addition, the emergence of high precision spectrum predictors, like Prosit, also makes it possible to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although Huntington's disease is caused by the expansion of a CAG triplet repeat within the context of the 3144-amino acid huntingtin protein (HTT), studies reveal that N-terminal fragments of HTT containing the expanded PolyQ region can be produced by proteolytic processing and/or aberrant splicing. N-terminal HTT fragments are also prevalent in postmortem tissue, and expression of some of these fragments in model organisms can cause pathology. This has led to the hypothesis that N-terminal peptides may be critical modulators of disease pathology, raising the possibility that targeting aberra
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identification of peptide immunogens in a pathogen proteome can help to develop diagnostic kits, therapeutics, and preventive vaccines. Traditional methods for identifying such peptides are often laborious, time-consuming, and resource intensive, resulting in limited efficiency and scalability. Given the extensive size and diversity of viral proteomes, the use of state-of-the-art computational tools has become essential for identifying immunogenic fragments. This study presents MHCmet, a deep learning tool for identifying such peptide fragments that bind human MHC class I receptors. The key in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efficient and stable production of recombinant monoclonal antibodies requires sufficient expression of light (LC) and heavy (HC) chains within host cells. Conventional bicistronic systems such as internal ribosome entry site (IRES)- or 2 A peptide-based vectors often suffer from imbalanced translation efficiencies or the presence of residual peptide tags that can compromise antibody quality. We developed a novel bicistronic expression platform, designated the cassette exon-associated (CAE) system, which exploits alternative splicing derived from the HEG1 gene to generate two mRNA isoforms from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Receptor-mediated endocytosis plays an important role in accumulation of aminoglycosides in renal proximal tubule. To prevent aminoglycoside-induced nephrotoxicity following concentrated accumulation of gentamicin in the kidney, effect of cationic proteins and their peptide fragments, which could inhibit gentamicin binding to its binding receptor(s), was investigated. Among several substrates for megalin, an endocytic receptor responsible for renal accumulation of aminoglycosides, cytochrome c potently inhibited gentamicin accumulation in renal cortex. Concentration-dependent inhibition by cyt
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: The detection of incomplete exchanges and interstitial fragments by fluorescence in situ hybridization using a telomeric peptide nucleic acid (PNA) probe.
MATERIALS AND METHODS: Isolated human lymphocytes were exposed in vitro to X-rays at a dose of 3 Gy. Aberrations were analysed in the first mitosis after irradiation using a telomeric PNA probe.
RESULTS: After an acute dose of 3 Gy, only about 16% of the cells contained a pair of incomplete chromosome elements with telomeric signals at only one terminal end. Acentric interstitial fragments, lacking telomeric signals, were observed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The untetracontapeptide corresponding to the entire amino acid sequence of deacetylthymosin beta 11 was synthesized by assembling six peptide fragments via the azide followed by deprotection with 1 M trifluoromethanesulfonic acid-thioanisole in trifluoroacetic acid in the presence of dimethylselenide. The synthetic peptide was tested for its effect on the impaired blastogenic response of phytohemagglutinin-stimulated T-lymphocytes of a uremic patient with common variable immunodeficiency. The synthetic peptide had some restoring activity on the impaired blastogenic response of T-lymphocytes in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bovine milk κ-casein-derived caseinomacropeptide (CMP) is produced in large quantities during cheese-making and has various biological activities demonstrated via in vitro and in vivo experiments. Previous studies examined protein degradation and peptide release after casein or whey protein consumption. However, whether purified intact CMP that is partially glycosylated survives intact to its presumed site of bioactivity within the gut remains unknown.
OBJECTIVES: The aim of this study was to determine the extent to which purified intact CMP (including glycosylated forms) is diges
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND PURPOSE: Human endogenous retroviruses (HERV) K/W seem to play a role in fostering and exacerbation of some neurological diseases, including amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Given these findings, the immunity response against HERV-K and HERV-W envelope surface (env-su) glycoprotein antigens in serum and cerebrospinal fluid (CSF) was investigated for ALS, multiple sclerosis (MS) and Alzheimer's disease patients and in healthy controls.
METHODS: Four antigenic peptides derived respectively from HERV-K and HERV-W env-su proteins were studied in 21 definite or probable ALS pati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Normal human kidney contains a neutral endopeptidase that can degrade human myelin basic protein peptide 43-88. In the present study, renal homogenates prepared from postmortem tissue obtained from four persons with multiple sclerosis, two with amyotrophic lateral sclerosis, one each with olivopontocerebellar atrophy, subacute sclerosing panencephalitis, and Guillain-Barré syndrome, and four controls were analyzed for the enzymes present that degrade human myelin BP peptide 43-88. There was no evidence that the activity in renal tissue for degrading human BP peptide 43-88 is qualitatively diff
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gluten is the collective name for a class of proteins found in wheat, rye, barley and oats. Eating gluten triggers an inappropriate auto-immune reaction in ∼70 million people globally affected by coeliac disease, where the gut reacts to gluten proteins and this triggers an immune response, resulting in intestinal inflammation and damage. Gluten-free foods are now commonplace, however, it is difficult to accurately determine the gluten content of products claiming to be gluten-free using current methodologies as the antibodies are non-specific, show cross-reactivity and have different affinitie
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
After digestion with trypsin, alpha-chymotrypsin, or chemical cleavage using CNBr, fragments of the tick-borne encephalitis (TBE) virus glycoprotein were isolated which retained their reactivity with neutralizing monoclonal antibodies defining a denaturation-resistant antigenic domain. Upon immunization of mice, these fragments induced antibodies reactive with the immunizing peptide, the denatured glycoprotein and the native glycoprotein as a constituent of the whole virus. The immune sera revealed the same properties as the monoclonal antibodies that were used to select the fragments for immu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
alpha-Latrotoxin (alpha-LTX) binding sites to functionally active monoclonal antibodies (MA) A4 and A24 were localized using three approaches: hydrolysis of the toxin followed by the N-terminal sequencing of immunoreactive peptides; the study of antibody interaction with several recombinant alpha-LTX fragments; and Western immunoblotting of synthetic overlapping peptides (6-8 aa) whose structures correspond to that of the immunoreactive alpha-LTX fragment. It was shown that the MA A4 epitope is located within the F234-M294 protein fragment and that of MA A24 interacts with the fragment 347FDKD
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cross-linking can be used to identify spatial relationships between amino acids in proteins or protein complexes. A rapid and sensitive method for identifying the site of protein cross-linking using dithiobis(sulfosuccinimidyl propionate) (DTSSP) is presented and illustrated with experiments using murine cortactin, actin and acyl-CoA thioesterase. A characteristic 66 Da doublet, which arises from the asymmetric fragmentation of the disulfide of DTSSP-modified peptides, is observed in the mass spectra obtained under MALDI-TOF/TOF-MS conditions and allows rapid assignment of cross-links in modif
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A previously undescribed toxic peptide named Cl13 was purified from the venom of the Mexican scorpion Centruroides limpidus. It contains 66 amino acid residues, including four disulfide bonds. The physiological effects assayed in 7 different subtypes of voltage gated Na+-channels, showed that it belongs to the β-scorpion toxin type. The most notorious effects were observed in subtypes Nav1.4, Nav1.5 and Nav1.6. Although having important sequence similarities with two other lethal toxins from this scorpion species (Cll1m and Cll2), the recently developed single chain antibody fragments (scFv) o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The C-terminal-fragments of alpha1-antitrypsin (AAT) have been identified and their diverse biological roles have been reported in vitro and in vivo. These findings prompted us to develop a monoclonal antibody that specifically recognizes C-36 peptide (corresponding to residues 359-394) resulting from the protease-associated cleavage of AAT. The C-36-targeting mouse monoclonal Immunoglobulin M (IgM) antibody (containing κ light chains, clone C42) was generated and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)-tested by Davids Biotechnologie GmbH, Germany. Here, we addressed the effectiveness of th
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Short peptides containing the Arg-Gly-Asp (RGD) fragment can selectively bind to integrins on the surface of tumor cells and are attractive transport molecules for the targeted delivery of therapeutic and diagnostic agents to tumors (for example, glioblastoma). We have demonstrated the possibility of obtaining the N- and C-protected RGD peptide containing 3-amino-closo-carborane and a glutaric acid residue as a linker fragment. The resulting carboranyl derivatives of the protected RGD peptide are of interest as starting compounds in the synthesis of unprotected or selectively protected peptide
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Capillary Morphogenesis Gene 2 protein (CMG2) is a transmembrane, integrin-like receptor and the primary receptor for the anthrax toxin. CMG2 also plays a role in angiogenic processes. However, the molecular mechanism that mediates the observed CMG2-related angiogenic effects is not fully elucidated. Previous studies have reported that CMG2 binds type IV collagen (Col-IV), a vital component of the vascular basement membrane, as well as other ECM proteins. Here, we further characterize the interaction between CMG2 and individual peptides from Col-IV and explore the effects of this interaction o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАVideo-Audio MediaПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To determine the origin of circulating parathyroid hormone fragments, hormonal peptides released from bovine parathyroid tissue in a physiologically responsive in vitro "perifusion" system were analyzed by gel exclusion chromatography and region-specific radioimmunoassays. When exposed to low Ca++, the tissue released large quantities of intact hormone (parathyroid hormone 1--84) as well as amino- and carboxyl-terminal fragments. Fragments of the hormone were also released when the tissue was exposed to high Ca++, but the carboxyl fragments comprised a much greater proportion of the hormonal p
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parallel Accumulation with Mobility-Aligned Fragmentation (PAMAF) achieves near-complete ion utilization and high spectral specificity by fragmenting all mobility-separated precursors without quadrupole isolation. Leveraging the ultrahigh mobility resolution of SLIM, this quadrupole-free strategy maximizes ion utilization efficiency and offers a promising approach in mass spectrometry-based proteomics, particularly for low-abundance peptides or low-input samples. However, the unique data structure of PAMAF where precursor-fragment relationships are encoded along the mobility dimension renders
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования