In Europe, Trichomonas gallinae recently emerged as a cause of epidemic disease in songbirds. A clonal strain of the parasite, first found in the United Kingdom, has become the predominant strain there and spread to continental Europe. Discriminating this epidemic strain of T. gallinae from other strains necessitated development of multilocus sequence typing (MLST). Development of the MLST was facilitated by the assembly and annotation of a 54.7 Mb draft genome of a cloned stabilate of the A1 European finch epidemic strain (isolated from Greenfinch, Chloris chloris, XT-1081/07 in 2007) contain
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent sequencing of Plasmodium vivax field isolates and monkey-adapted strains enabled characterization of SNPs throughout the genome. These analyses relied on mapping short reads onto the P. vivax reference genome that was generated using DNA from the monkey-adapted strain Salvador I. Any genomic locus deleted in this strain would be lacking in the reference genome sequence and missed in previous analyses. Here, we report de novo assembly of a P. vivax field isolate genome. Out of 2,857 assembled contigs, we identify 362 contigs, each containing more than 5 kb of contiguous DNA sequences abs
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Many parasites use multicopy protein families to avoid their host's immune system through a strategy called antigenic variation. RIFIN and STEVOR proteins are variable surface antigens uniquely found in the malaria parasites Plasmodium falciparum and P. reichenowi. Although these two protein families are different, they have more similarity to each other than to any other proteins described to date. As a result, they have been grouped together in one Pfam domain. However, a recent study has described the sub-division of the RIFIN protein family into several functionally distinct gr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Babesia ovis is a unicellular parasite of sheep and goats transmitted by the tick Rhipicephalus bursa. B. ovis infection is widespread and can be lethal, and therefore there is need for a deeper understanding of its biology and pathogenesis. There is currently a single genome available for a clinical isolate of B. ovis, and no laboratory strains have been sequenced so far. In this study we have sequenced and assembled the genome of the Israeli laboratory strain of B. ovis using highly accurate long-read sequencing (PacBio HiFi). The resulting assembly has high contiguity, with the four largest
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apicomplexan parasites are single-celled obligate intracellular eukaryotic organisms that cause significant animal and human disease and pose a substantial health and socioeconomic burden worldwide. Eimeria acervulina is one such parasite of chickens, representative of several Eimeria species causing coccidiosis disease. A complete assembly of the E. acervulina genome may help identify markers of drug-resistance and design recombinant vaccines. We sequenced E. acervulina APU1 strain using Oxford Nanopore Sequencing and Illumina technology in combination with a Hi-C (Omni-C) proximity linkage l
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to interrogate gene function in Plasmodium parasites has been greatly enhanced by the advent of CRISPR/Cas9 systems. The breadth of genome manipulations ranges from single point mutations to large multigene deletions, however many of the technical considerations for designing CRISPR-based experiments are common to any editing approach. This review will discuss protocols for vector construction and donor design for genome editing P. falciparum, including pitfalls, variables, and validation methods.
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Apicomplexan Cryptosporidium andersoni, is a species of gastric Cryptosporidium, is frequently detected in older calves and adult cattle. Genotyping analyses based on 18S ribosomal RNA gene sequences have been performed on a novel C. andersoni genotype, namely the Kawatabi type, and the oocysts were classified into two distinct groups genotypically: Type A (the sequence in GenBank) and Type B (with a thymine nucleotide insertion not in Type A). This study analyzed 3775 cattle at a slaughterhouse and 310 cattle at a farm using microscopy and found 175 Cryptosporidium-positive animals: 171 f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Giardia lamblia genome consists of 12 Mb divided among 5 chromosomes ranging in size from approximately 1 to 4 Mb. The assembled contigs of the genotype A1 isolate, WB, were previously mapped along the 5 chromosomes on the basis of hybridization of plasmid clones representing the contigs to chromosomes separated by PFGE. In the current report, we have generated an MluI optical map of the WB genome to improve the accuracy of the physical map. This has allowed us to correct several assembly errors and to better define the extent of the subtelomeric regions that are not included in the genome
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the recently sequenced Babesia bovis genome, a large pool of genes with unknown function was identified. The ability to complement and knock-out both unknown and previously identified genes would be a valuable tool to better understand gene function in B. bovis parasites. This review describes recent advances in the development of transient and stable transfection systems for B. bovis. Transient transfection constructs were initially generated using the promoter and the 3' region of the rap-1 genes of B. bovis controlling expression of luciferase as a reporter. Successful expression of lu
СтатьяПоддержка правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genetic manipulation techniques, such as transfection, have been previously reported in many protozoan parasites. In Babesia, stable transfection systems have only been established for bovine Babesia parasites. We recently reported a transient transfection system and the selection of promoter candidates for Babesia gibsoni. The establishment of a stable transfection system for B. gibsoni is considered to be urgent to improve our understanding of the basic biology of canine Babesia parasites for a better control of babesiosis.
RESULTS: GFP-expressing parasites were observed by fluo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The human protozoan parasites Leishmania are prototrophic for pyrimidines with the ability of both de novo biosynthesis and uptake of pyrimidines.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: Five independent L. infantum mutants were selected for resistance to the pyrimidine analogue 5-fluorouracil (5-FU) in the hope to better understand the metabolism of pyrimidine in Leishmania. Analysis of the 5-FU mutants by comparative genomic hybridization and whole genome sequencing revealed in selected mutants the amplification of DHFR-TS and a deletion of part of chromosome 10. Point mutations in urac
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The parasite Echinococcus canadensis (G7) (phylum Platyhelminthes, class Cestoda) is one of the causative agents of echinococcosis. Echinococcosis is a worldwide chronic zoonosis affecting humans as well as domestic and wild mammals, which has been reported as a prioritized neglected disease by the World Health Organisation. No genomic data, comparative genomic analyses or efficient therapeutic and diagnostic tools are available for this severe disease. The information presented in this study will help to understand the peculiar biological characters and to design species-specific
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The apicomplexan parasite Toxoplasma gondii is cosmopolitan in nature, largely as a result of its highly flexible life cycle. Felids are its only definitive hosts and a wide range of mammals and birds serve as intermediate hosts. The latent bradyzoite stage is orally infectious in all warm-blooded vertebrates and establishes chronic, transmissible infections. When bradyzoites are ingested by felids, they transform into merozoites in enterocytes and expand asexually as part of their coccidian life cycle. In all other intermediate hosts, however, bradyzoites differentiate exclusively
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we review the key findings on the genetic characterisation of Berenice strains of Trypanosoma cruzi isolated from a 2-year-old child, Berenice, the first patient with Chagas disease described in the literature in 1909. Be-62 and Be-78 strains were isolated from Berenice when she was 55 and 71 years old, respectively. They were comparatively studied, revealing several important genetic differences that indicated the presence of heterogeneous T. cruzi populations within the infection of patient Berenice. Recently, a high-quality whole-genome assembly was generated using the strain Be-62, w
СтатьяОбзорКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria, caused by Plasmodium parasites, kills 610,000 people annually. The increasing availability of large-scale whole-genome sequencing (WGS) datasets enables investigation of parasite genetic diversity, population structure, and the spread of drug resistance. To investigate Plasmodium falciparum evolution, we analyse 17,565 isolates (17,489 previously published; 76 newly sequenced) from 39 countries, using identity-by-descent (IBD) networks, population structure inference, and selection scans. Analyses reveal distinct patterns of selection, transmission, and drug resistance. Selection ana
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial DNA replication and gene expression are essential for cell survival. In Trypanosoma brucei, a protozoan animal and human parasite, the mitochondrial RNA polymerase (mtRNAP, Tb927.11.5780) plays roles in both transcription and DNA replication. This study identifies and characterizes the first mitochondrial transcription factor (mtTF1, Tb927.6.4510) in the Kinetoplastea. The mtRNAP and mtTF1 form a high-molecular-weight complex that localizes to the kinetoplast DNA (kDNA) and is essential for parasite survival in both life cycle stages. Their localization is interdependent, and bot
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryptosporidium is one of the most widespread protozoan parasites that infects domestic and wild animals and is considered the second major cause of diarrhea and death in children after rotavirus. So far, around 20 distinct species are known to cause severe to moderate infections in humans, of which Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium parvum are the major causative agents. Currently, ssurRNA and gp60 are used as the optimal markers for differentiating species and subtypes respectively. Over the last decade, diagnostic tools to detect and differentiate Cryptosporidium species at the gen
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Toxoplasma gondii is an important protozoan parasite that infects all warm-blooded animals and causes opportunistic infections in immuno-compromised humans. Its closest relative, Neospora caninum, is an important veterinary pathogen that causes spontaneous abortion in livestock. Comparative genomics of these two closely related coccidians has been of particular interest to identify genes that contribute to varied host cell specificity and disease. Here, we describe a manual evaluation of these genomes based on strand-specific RNA sequencing and shotgun proteomics from the invasive tachyzoite s
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
East African countries accounted for ~ 10% of all malaria prevalence worldwide in 2022, with an estimated 23.8 million cases and > 53,000 deaths. Despite recent increases in malaria incidence, high-resolution genome-wide analyses of Plasmodium parasite populations are sparse in Kenya, Tanzania, and Uganda. The Kenyan-Ugandan border region is a particular concern, with Uganda confirming the emergence and spread of artemisinin resistant P. falciparum parasites. To establish genomic surveillance along the Kenyan-Ugandan border and analyse P. falciparum population dynamics within East Africa, we g
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The lytic cycle of the protozoan parasite Toxoplasma gondii, which involves a brief sojourn in the extracellular space, is characterized by defined transcriptional profiles. For an obligate intracellular parasite that is shielded from the cytosolic host immune factors by a parasitophorous vacuole, the brief entry into the extracellular space is likely to exert enormous stress. Due to its role in cellular stress response, we hypothesize that translational control plays an important role in regulating gene expression in Toxoplasma during the lytic cycle. Unlike transcriptional profil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования