Most RNA molecules adopt multiple alternative structures, forming dynamic ensembles that cannot be captured by single-structure prediction. Recent advances in chemical probing methods (e.g. DMS-MaPseq and SHAPE-MaP sequencing) now provide single-molecule signals that reflect this structural heterogeneity, enabling computational reconstruction of RNA conformational states. However, existing ensemble-inference approaches based on expectation-maximization (EM) often suffer from instability, convergence to suboptimal local optima, and poor scalability on high-dimensional, sparse mutation matrices,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA molecules were once regarded merely as intermediates in the transmission of genetic information from DNA, but are now emerging as key players in complex cellular regulation. Driven by the recent discovery of diverse functions of non-coding and coding RNAs, a deep understanding of RNA structure, and ultimately their interaction has become essential for both basic and applied research in RNA biology, including drug discovery efforts targeting RNA. However, its inherent structural instability and variability have made experimental analyses, such as X-ray crystallography and NMR, challenging a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The three-dimensional organization of the DNA within the nucleus plays a key role in regulating gene expression. Over the past two decades, advances in chromosome conformation capture (3C) technologies, in tandem with other methods, have shown that the genome forms a complex structure at multiple scales. Early studies identified large-scale structures such as chromosome territories, compartments and topologically associating domains (TADs). As the resolution of 3C techniques has improved, it has become possible to identify contacts between regulatory elements in detail and more recently, it ha
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polyelectrolyte complex micelles (PCMs) are promising nucleic acid nanocarriers; however, nucleic acids are usually treated as generic polyanions, leaving the impact of nucleotide sequence and partially hybridized structures unclear. Here, we systematically tune DNA stiffness in PCMs using (i) single-stranded sequences with varied purine contents and (ii) hybridization structures in the form of hairpins, single-tailed duplexes, and double-tailed duplexes. Small-angle X-ray scattering, electron microscopy, and dynamic light scattering reveal a strong bending penalty imposed by increasing DNA st
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A huge percentage of anticancer therapeutics are small molecules that can dynamically bind and modify proteins and nucleic acids effectively. In this article, we have investigated the interaction of synthetic polyamine analogues 333 (C9H24N4·4HCl; 334 g/mol), compound BE333 (C13H32N4·4HCl; 390 g/mol), compound BE3333 (C16H34N5.5HCl; 478.5 g/mol), and compound BE343 (C14H34N4·4HCl; 404 g/mol) with tRNAPhe. The polyamine analogues have been prepared based on the structure of the natural polyamine spermine. In this investigation, we wanted to see how the structural features of the synthetic polya
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction between dopamine and RNA structures holds significant potential for understanding neurotransmitter-driven RNA modulation and biosensor design. Here, we employ all-atom molecular dynamics (MD) simulations to investigate the concentration-dependent binding of dopamine to poly(rA)/poly(rU) complex. We reveal that the dopamine molecules are preferentially trapped by poly(A)/poly(U) complex where the dopamine catechol rings became oriented parallel towards to RNA amine rings, although with the increase of dopamine concentration we track a multi-mode binding of dopamine molecules, i.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
By offering exquisite programmability, sequence-specific DNA self-assembly is the foundation of structural DNA nanotechnology but necessitates custom-designed DNA strands. Finding assembly principles orthogonal to base pairing is thus desirable not only to organize DNA in a sequence-independent manner but also to bring additional levels of control over preformed DNA self-assembled structures. Here, we report that self-assembled DNA nanotubes, upon the addition of DNA-condensing multivalent cations, including the naturally occurring polyamines spermidine and spermine, spontaneously condense to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We performed experiments to elucidate the conformations of a single centimeter-sized bead chain through the mechanical vertical agitation under different crowding levels mediated by granular spheres. The bead chain adopted various conformations, such as a compact toroid, swelled toroid, rod-like shape, and random coil, depending on the solution conditions and experimental parameters like the crowding level and strength of the mechanical agitation. The characteristic conformations generated in macroscopic real-world experiments at several tens of centimeters exhibited similarity with those of a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The coil-globule transition is a key phenomenon in polymer physics, where polymer chains shift between collapsed and extended states. This study investigates the relaxation dynamics of T4 DNA transitioning from an electrohydrodynamically compressed globule to a relaxed coil state in polyethylene glycol (PEG) solutions of varying molecular weights. Using an AC electric field to induce globule formation, we analyzed DNA expansion upon field cessation. Higher molecular weight PEG, particularly PEG 20000, markedly prolonged relaxation times and exhibited broader distributions compared to PEG 4000
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To comprehend the binding properties of η6-arene Ru(II) complexes with poly(U)*poly(A)•poly(U) triplex, two arene Ru(II) complexes with different fluorine substituent positions, [(η6-C6H6)Ru(o-fpip)Cl]PF6 (Ru1,η6-C6H6 = benzene ring, o-fpip = 2-(2'‑fluorine) imidazo [4,5-f] Biver et al. (2008), Gupta et al. (2012) [1, 10] phenanthroline) and [(η6-C6H6)Ru(p-fpip)Cl]PF6 (Ru2,η6-C6H6 = benzene ring, o-fpip = 2-(4'‑fluorine) imidazo [4,5-f] Biver et al. (2008), Gupta et al. (2012) [1, 10] phenanthroline), have been synthesized and characterized in this study. The binding of Ru1 and Ru2 with poly(U
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pemetrexed is a well-known and widely used antineoplastic drug under the category of cytotoxic, folate anti-metabolites that is used in chemotherapeutic treatments, especially in malignant mesothelioma and non-small cell lung carcinoma. Here, the binding mechanism and interactions of Pemetrexed with double strain fish sperm deoxyribonucleic acid (dsDNA) were studied thoroughly both experimentally and theoretically, using multi-spectroscopic techniques and molecular docking simulations. Our ultimate goal is to understand better the potential of such antineoplastic drugs and, hence, to design dr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atomic force microscopy (AFM) enables determination of physical properties from single DNA molecules. Insertion of aromatic molecules into the structure of DNA results in morphological changes. However, the accompanying changes to elastic properties due to this insertion are not fully understood. AFM was used to examine the morphological effects of intercalator binding and report changes in the elastic properties of intrinsically straight DNA molecules. The persistence length and polymer extension were characterized in the presence of three intercalating molecules: ethidium bromide and the les
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: RNA viruses have genomes with a distinct nucleotide composition and codon usage. We present the global characteristics of the RNA genome of Zika virus (ZIKV), an emerging pathogen within the Flavivirus genus. ZIKV was first isolated in 1947 in Uganda, caused a widespread epidemic in South and Central America and the Caribbean in 2015 and has recently been associated with microcephaly in newborns.
METHODS: The nearly 11 kb positive-stranded RNA genome of ZIKV was analyzed for its nucleotide composition, also in the context of the folded RNA molecule. Nucleotide trends were investig
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromium is a toxic and carcinogenic compound widely distributed in environment. In the present study we have investigated the interaction of chromium oxide with DNA employing UV/vis and fluorescence spectroscopy as well as Circular dichroism, thermal denaturation, retardation polyacrylamide gel electrophoresis and DNA-cellulose affinity techniques. The results showed that the binding of chromium oxide to DNA is concentration dependent; at low concentration shows a little effect but ant higher concentrations (>100μg/ml) reduced the absorbance at 260 and 210nm producing hypochromicity. Also λ(m
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A new type of internucleotide phosphorodithioate linkage is described, wherein one of the sulfur atoms occupies a 5'-bridging position. Representative dinucleotides possessing such a bond were synthesized by S-alkylation of nucleoside-3'-O-phosphorodithioates with 5'-halogeno-5'-deoxy-nucleosides. A fully protected dithymidylate containing internucleotide 5'-S-phosphorodithioate linkage was converted into a 3'-O-phosphoramidite derivative and employed for introduction of a modified dinucleotide into a predetermined position of the oligonucleotide sequence. The 5'-S-phosphorodithioate linkage i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Investigations into the biophysical properties of single molecules traditionally involve well defined in vitro systems where parameters such as solvent viscosity and applied forces are known a priori. These systems provide means to develop models describing the polymers response to a variety of conditions, including the entropically driven relaxation of a stretched biopolymer upon release of the tension inducing force. While these techniques have proven instrumental for recent advancements in the fields of polymer physics and biophysics, how applicable they are to life inside the cell remains
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Japanese encephalitis (JE) virus genomic RNAs were purified from virions. Two hundred nucleotides at the 3' end of JE virus genomic RNA were directly sequenced by using reverse transcriptase. The nucleotide sequence at the 3' end of the viral RNA was conserved among four kinds of JE virus strains. The sequence has no AU-rich region that is present at the 3' termini of alphavirus RNAs. We also compared the nucleotide sequences at the 3' ends of RNAs from three different flaviviruses and found several common sequence elements. A secondary structure at the 3' end of JE virus genomic RNA was propo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antisense strategies that target DNA·RNA hybrid structures offer potential for the development of new therapeutic drugs. The α-sarcin loop region of the 23S [corrected] rRNA domain has been shown to be a high value target for such strategies. Herein, aminoglycoside interaction with three RNA·DNA α-sarcin targeted duplexes (rR·dY, rR·S-dY, and rR·2'OMe-rY) have been investigated to determine the overall effect of aminoglycoside interaction on the stability, affinity, and conformation of these hybrid duplexes. To this end, UV thermal denaturation, circular dichroism spectroscopy, fluorescence in
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Japanese encephalitis (JE) is inflammation and swelling of the brain caused by the JE virus (JEV), a mosquito-borne member of the Flavivirus family. There are around 68,000 JE cases worldwide each year, many of which result in permanent brain damage and death. There is no specific treatment for JE. Here we present the crystal structure of the JEV capsid protein, a potential drug target, at 1.98 Å, and compare it to other flavivirus capsid proteins. The JEV capsid has a helical secondary structure (α helixes 1-4) and a similar protein fold to the dengue virus (DENV), the West Nile virus (WNV),
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA damage assays have various limitations in types of lesions detected, sensitivity, specificity and samples that can be analyzed. The Northern Lights Assay (NLA) is based on 2D Strandness-Dependent Electrophoresis (2D-SDE), a technique that separates nucleic acids based on length, strandness, structure and conformation changes induced by damage. NLA is run on a microgel platform in 20-25 min. Each specimen is analyzed in pairs of non-digested DNA to detect single- and double-stranded breaks (DSBs) and Mbo I-digested DNA to detect other lesions. We used NLA to evaluate DNA in solution and iso
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования