Noncovalent interactions (NCIs) play a fundamental role in ligand organization within enzyme active sites and are increasingly recognized as contributors to selective substrate recognition. The haloalkane dehalogenase LinB provides a suitable system for probing the physicochemical origins of selectivity, as structurally similar substrates exhibit markedly different reactivity. In this work, we investigated LinB-catalyzed dehalogenation pathways for 1,2-dibromopropane (DBP) and the closely related 1,2-dichloropropane (DCP), considering both C1 and C2 nucleophilic attack for each enantiomer. Whi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycosyltransferases (GTs) install and remodel glycans that regulate protein function and shape extracellular matrices and microbial envelopes. Recent high-resolution structures, enabled by cryo-EM and X-ray crystallography, and increasingly complemented by AI-assisted modeling, now capture GTs in mechanistically informative states, including donor-acceptor complexes, gated conformations, and membrane polymerases engaged with nascent chains. In parallel, molecular simulations, including MD and QM/MM methodologies, are being used in selected GTs to map free-energy landscapes and resolve how act
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thiamine-dependent actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) catalyzes the reversible cleavage of 2-hydroxyacyl-CoAs to formyl-CoA and carbonyl compounds. To exploit the enzyme's biotechnological potential, a deeper understanding of the catalysis is required. Previously, AcHACL E493 was identified as an important acid/base catalyst. Here, wild-type and E493 mutant crystal structures representing Michaelis complexes with 2-hydroxyisobutyryl-CoA and (S)-2-methylglyceryl-CoA are provided. Although E493 guarantees high rates of essential proton transfers in AcAHCL-catalyzed on-pathway cleav
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The catalytic mechanism of carbonic anhydrase (CA, EC 4.2.1.1) at least for the physiological CO2 hydration is well understood, with the CO2-bicarbonate interconversion due to the nucleophilic attack of a zinc hydroxide species on the substrate molecule bound in a hydrophobic pocket, followed by a proton transfer reaction for the generation of the nucleophilic species of the enzyme, which is also the rate-determining one. There are five CA inhibition mechanisms described in detail to date, including (i) zinc-binding: (ii) anchoring to the zinc-bound water/hydroxide ion; (iii) occluding the act
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogen Mycobacterium tuberculosis (Mtb) relies on extensive metabolic remodeling and post-translational regulation of its proteins to retain persistence in its host, yet these biochemical functions remain largely uncharacterized, including the actions of lysine deacylases. Here, we characterized Rv1151c, the sole annotated NAD+-dependent deacylase in Mtb, which we designate Mt-Sirt. Using synthetic substrates, peptide libraries, and mutational analysis, we showed that Mt-Sirt exhibits strong selectivity for peptide substrates containing Nε-succinyl-lysine and long-chain fatty-acyl-lysine
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein function relies on accurate and densely packed constellations of amino acids within the active site. The high density in the active site optimizes activity but reduces tolerance to mutations, thereby frustrating efforts to engineer or design new or dramatically improved activity. Introducing new activities may therefore require simultaneous multipoint mutations. Still, in a phenomenon known as epistasis, the outcome of combinations of mutations can differ significantly-and even reverse-the impact of the individual mutations, limiting predictability. To address these challenges we previ
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epistasis, the non-additive effect of mutations, substantially undermines our ability to predict the evolutionary trajectories of enzymes. Epistatic effects are evident in the evolution of serine β-lactamases, where synergistic mutations can enhance antimicrobial resistance. We recently demonstrated that positive epistasis drives clavulanic acid resistance in double-mutant libraries of the β-lactamase BlaC. Here, we employed various biochemical and structural approaches to investigate molecular mechanisms underlying epistasis in the fitness of two double mutant variants, I105Y-S130G and I105G-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Botulinum neurotoxins are the most potent toxins responsible for causing flaccid paralysis of muscles by blocking the release of acetylcholine at the neuromuscular junction. There are no postexposure therapeutics and effective active/passive prophylaxis available for the treatment. Therefore, it is highly desirable to develop a potential antidote to counter botulinum neurotoxicity. In this study, ~800 molecules were mined by a structure similarity search from open databases and docked into the pocket of the catalytic domain of botulinum toxin type E using AutoDock 4.2. Twenty-four small molecu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enzyme inhibition plays a crucial role in drug discovery by governing interactions between molecules and distinct enzymatic sites, facilitating the identification of early drug candidates. However, most nanozymes have been limited to single active site inhibition models, leaving gaps in understanding inhibitor interactions and their dynamic modulation by external stimuli. Hence, an in-depth understanding of nanozyme inhibition across different functional domains, particularly under external stimuli like light irradiation, remains challenging. Herein, we report a carbon nitride photonanozyme wi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thymidylate synthase from Mycobacterium tuberculosis (MtbThyX) is a key enzyme and a promising target for drug development. While specific inhibitors are not yet available, research in this area is crucial. We used alchemical free energy simulations to quantify the stabilising effect of two conserved buried water molecules in the polar active site of MtbThyX, ensuring its structural integrity. Removing one of these localised water molecules quickly opens a lid, allowing another water molecule to enter and seal the active site. The conserved water sites are accessed through two distinct channel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cysteine, a semi-essential amino acid, is found in the active site of a number of vital enzymes of the bacterium Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and in particular those that relate to its survival, adaptability and pathogenicity. Mtb is the causative agent of tuberculosis, an infectious disease that affects millions of people globally. Common anti-tuberculosis targets are focused on immobilizing a vital cysteine amino acid residue in enzymes that plays critical roles in redox and non-redox catalysis, the modulation of the protein, enzyme activity, protein structure and folding, metal coordina
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tyrosinases (TYR) play a key role in melanin biosynthesis by catalyzing two reactions: monophenolase and diphenolase activities. Despite low amino acid sequence homology, TYRs from various organisms (from bacteria to humans) have similar active site architectures and catalytic mechanisms. The active site of the TYRs contains two copper ions coordinated by histidine (His) residues. The catalytic mechanism of TYRs involves electron transfer between copper sites, leading to the hydroxylation of monophenolic compounds to diphenols and the subsequent oxidation of these to corresponding dopaquinones
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cushing's syndrome is an endocrine disorder caused by excess production of the stress hormone cortisol. Precision medicine strategies have identified single allele mutations within the PRKACA gene that drive adrenal Cushing's syndrome. These mutations promote perturbations in the catalytic core of protein kinase A (PKAc) that impair autoinhibition by regulatory subunits and compartmentalization via recruitment into AKAP signaling islands. PKAcL205R is found in ∼45% of patients, whereas PKAcE31V, PKAcW196R, and L198insW and C199insV insertion mutants are less prevalent. Mass spectrometry, cellu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
[FeFe] hydrogenases contain a 6-Fe cofactor that serves as the active site for efficient redox interconversion between H2 and protons. The biosynthesis of the so-called H-cluster involves unusual enzymatic reactions that synthesize organometallic Fe complexes containing azadithiolate, CO, and CN- ligands. We have previously demonstrated that specific synthetic [Fe(CO)x(CN)y] complexes can be used to functionally replace proposed Fe intermediates in the maturation reaction. Here, we report the results from performing such cluster semisynthesis in the context of a recent fully defined cluster ma
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
APOBEC3 proteins (A3s) are enzymes that catalyze the deamination of cytidine to uridine in single-stranded DNA (ssDNA) substrates, thus playing a key role in innate antiviral immunity. However, the APOBEC3 family has also been linked to many mutational signatures in cancer cells, which has led to an intense interest to develop inhibitors of A3's catalytic activity as therapeutics as well as tools to study A3's biochemistry, structure, and cellular function. Recent studies have shown that ssDNA containing 2'-deoxy-zebularine (dZ-ssDNA) is an inhibitor of A3s such as A3A, A3B, and A3G, although
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ETHNOPHARMACOLOGICAL RELEVANCE: The American cockroach (Periplaneta americana L.) belongs to the family Blattidae, order Blattodea, and class Insecta. Its medicinal history in China spans thousands of years. In recent years, the anti-tumour activity of American cockroach has gradually attracted the attention of researchers and has a good application prospect in the treatment of tumours. Periplaneta americana has been found to contain proteins, peptides, amino acids and nucleosides. Pharmacological studies have shown that P. americana has anti-tumour, tissue repair, immunoregulatory and other a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reductive dehalogenases (RDases) are corrinoid-dependent enzymes that reductively dehalogenate organohalides in respiratory processes. By comparing isotope effects in biotically catalyzed reactions to reference experiments with abiotic corrinoid catalysts, compound-specific isotope analysis (CSIA) has been shown to yield valuable insights into enzyme mechanisms and kinetics, including RDases. Here, we report isotopic fractionation (ε) during biotransformation of chloroform (CF) for carbon (εC = -1.52 ± 0.34‰) and chlorine (εCl = -1.84 ± 0.19‰), corresponding to a ΛC/Cl value of 1.13 ± 0.35. Th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonribosomal peptide synthetase heterocyclization (Cy) domains generate biologically important oxazoline/thiazoline groups found in natural products, including pharmaceuticals and virulence factors such as some siderophores. Cy domains catalyze consecutive condensation and cyclodehydration reactions, although the mechanism is unknown. To better understand Cy domain catalysis, here we report the crystal structure of the second Cy domain (Cy2) of yersiniabactin synthetase from the causative agent of the plague, Yersinia pestis. Our high-resolution structure of Cy2 adopts a conformation that enab
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbonic anhydrase II (CAII) is a metalloenzyme that catalyzes the reversible hydration/dehydration of CO2/HCO3-. In addition, CAII is attributed to other catalytic reactions, including esterase activity. Aspirin (acetyl-salicylic acid), an everyday over-the-counter drug, has both ester and carboxylic acid moieties. Recently, compounds with a carboxylic acid group have been shown to inhibit CAII. Hence, we hypothesized that Aspirin could act as a substrate for esterase activity, and the product salicylic acid (SA), an inhibitor of CAII. Here, we present the crystal structure of CAII in complex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atherosclerosis is now widely recognized as a chronic inflammatory disease that involves innate and adaptive immune responses. Both cellular and humoral components of the immune system have been implicated in atherogenesis. Growing evidence suggests that immune cells play crucial roles in atherogenic plaque formation. Vulnerability of the plaque probably plays an important role in rupture. Most ruptures occur at the periphery of the fibrous cap that covers the lipid-rich core-points where the cap is usually thinnest and most heavily infiltrated by macrophage foam cells. Sudden rupture of a pla
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования