INTRODUCTION: Type II diabetes mellitus is treated as one of the detrimental diseases and the drugs used for its treatment often lead to sev … ulation to analyze the stability of the docked proteinligand complex. The values of RMSD, RMSF, Rg, SASA and hydrogen bonding of the screened complexes showed high stability and less fluctuations of the apigenin- α-amylase complex.
CONCLUSION: This finding suggests apigenin as alternative therapeutics in treating diabetes mellitus by targeting the enz …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Moxifloxacin (MOX) is regarded as a fourth-generation fluoroquinolone, demonstrating effectiveness against multidrug-resistant tuberculosis … onducted to assess the stability of receptor-ligand complexes by analyzing RMSD, RMSF, H-bonds, and SASA, suggesting that the ligand would remain bound to its original site.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The research aimed to establish a multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae-induced genetic model for mastitis considering the alternative m … ns) of each of the flavonoid-protein complexes was studied regarding the parameters RMSD, RMSF, Rg, SASA, MMGBSA, and intramolecular hydrogen bonds; where all of them resulted significantly. To ratify all the molecular dynamic simulation outputs, the potential stability of the flavonoids in complexing with CbpA can be remarked as Quercetin > Biochanin …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The lack of any effective cure for the infectious COVID-19 disease has created a sense of urgency and motivated the search for effective ant … SD), root mean square fluctuation (RMSF), radius of gyration (Rg), solvent accessible surface area (SASA), total number of contacts, and secondary structure. Prime/MM-GBSA (Molecular Mechanics-General Born Surface Area) and principal component analysis (PCA) analyses also confirmed the stable nature of protein-ligand complexes. Overall, the results sho …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
COVID-19 caused by SARS-CoV-2 has emerged as a potential threat to human life, especially to people suffering from chronic diseases. In this … MSD (root mean square deviation), RMSF (root mean square fluctuation), Rg (radius of gyration), and SASA (solvent accessible surface area) were within the acceptable limits. Free energy calculations using Prime-MM/GBSA suggest that Celecoxib formed the most stable complex with TACE, followed by Glipizide, Sitagliptin, and Lapatinib. The finding of this …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The main protease of SARS-CoV-2 is one of the important targets to design and develop antiviral drugs. In this study, we have selected 40 an … root-mean-square fluctuation (RMSF), radius of gyration (Rg), and solvent accessible surface area (SASA) investigations. PCA is also used to find out the quantitative structure-activity relationship (QSAR) for pattern recognition of the best ligands. Multiple linear regression (MLR) of QSAR reveals the R2 value of 0.842 for the training set and 0.753 …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antifreeze proteins (AFPs) enable the polar living species to survive subzero temperature conditions through effective lowering of the freez … K. Other parameters such as root-mean-square deviation (rmsd), solvent accessibility surface area (SASA), H-bonding and residual density function (RDF) also suggest the same. MD simulations with ice crystal, where AFPs are complexed to ice plane with TIP4P/ice water model, help in finding relevance of dynamic behavior, and physiological temperature be …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Orthopoxvirus known as the monkeypox virus (MPXV) has resurfaced as a global public health concern and is becoming increasingly difficul … ns molecular dynamics (MD) simulations were conducted, analysing metrics including RMSD, RMSF, Rg, SASA, hydrogen bond, protein-ligand contact analyses, PCA, and DCCM. Overall, CIDs: 14378518 (Juglomycin C) from Streptomyces sp. strain 815 and 135779135 (Lamellicolic anhydride) from Coniothyrium cereale demonstrated optimal stability, compactness, and …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SARS-CoV-2 non-structural protein 15 (NSP15) is a uridine-specific endoribonuclease involved in viral RNA processing and immune evasion, … udies revealed stabilized active-site dynamics driven by strong polar interactions, as evidenced by SASA, hydrogen-bonding analysis, RMSD, RMSF, and radius of gyration (Rg) analyses, underscoring the coordinated contribution of polar contacts and hydrophobic interactions in the inhibitor-bound active-site conformation. Collectively, this work provides …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DYRK1A kinase is a multifunctional enzyme involved in cellular homeostasis and signaling regulation, and its dysregulation is associated wit … lar dynamics simulations. RMSD values below 0.5 nm, low RMSF, stable hydrogen bonds, and consistent SASA profiles indicated the structural stability of all complexes. PBSA and GBSA binding free energy calculations yielded values of -14.980 to -37.380 and -30.320 to -45.640 kcal/mol, respectively, indicating strong ligand-receptor interactions. Comprehe …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
African swine fever virus (ASFV) is a highly lethal DNA virus that suppresses the host's immune response by establishing infection. B175L, o … SD, RMSF), protein-ligand contacts, radius of gyration (rGyr), and solvent accessible surface area (SASA) using Schrödinger Maestro. Taken together, these in silico results suggest that T. cordifolia-derived Benzaldehyde, 5-bromo-2-hydroxy-, (5-trifluoromethyl-2-pyridyl) hydrazone, Carbamic acid, N-(3-oxo-4-isoxazolidinyl)-, benzyl ester, and 1H-Indol- …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVE: Hepatitis B virus (HBV) remains a major global health burden, affecting ∼296 million people worldwide. Chronic inf … lexibility that may enable adaptive binding but could reduce interaction stability. RMSD, RMSF, and SASA analyses supported these observations, with glycyrrhisoflavone exhibiting the most favorable overall dynamics.
CONCLUSIONS: Glycyrrhisoflavone and lignans emerge as promising natural leads for HBXIP-targeted therapies, potentially complementing exi …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) plays a pivotal role in 20-60% of cancer cases, including glioblastoma, lung adenocarcinoma, and … exhibited most stable interactions with EGFR. MD simulations at 1000 ns revealed lower RMSD, RMSF, SASA, and Rg values for the Arjunapthanoloside-EGFR complex, indicating enhanced stability. Direct binding validation was limited by the unavailability of purified Arjunapthanoloside; therefore, Arjuna extract was evaluated, which demonstrated potent cyt …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Staphylococcus aureus, a bacterial pathogen, is increasingly linked to severe healthcare-associated diseases, from mild skin infections to t … and the vaccine with the receptor molecule TLR2 showed RMSF (4.247 Å/2.42 Å), RMSD (12.9 Å/7.52 Å), SASA (228.48 nm²/220.29 nm²), Rg (33.76 Å/28.48 Å), and hydrogen bonds (171/165), indicating the vaccine's predicted immune response patterns. These findings computationally prioritize Paulownin and the multi-epitope construct as candidates for further e …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Annona muricata (soursop), a traditional medicinal plant renowned for its anticancer properties due to annonaceous acetogenins, was investig … ver 100 ns confirmed the stability of drug-protein complexes through RMSD, radius of gyration (Rg), SASA, RMSF, and hydrogen bonding patterns. Results demonstrated that these phytochemicals exhibited superior binding affinities compared to standard therapy, 5-fluorouracil, with alpha-tocopherol notably outperforming it. ADMET analyses verified favorabl …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The investigation of melanogenesis and tyrosinase inhibitors is essential for developing safe and effective natural compounds to treat pigme … l stability and dynamic flexibility of maculosin-protein complexes, as indicated by RMSD, RMSF, Rg, SASA, hydrogen bond interactions, PCA, and DCCM analyses. Binding free energy calculations using the MM/PBSA method showed that maculosin exhibited binding energies of -28.76 kcal/mol with mTYR and -22.23 kcal/mol with TYRP1, outperforming standard co-cr …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Due to poorly managed diabetes, diabetic foot ulcers (DFUs) often have elevated MMP-9 levels that slow wound healing. High levels of matrix … Molecular dynamics simulations validated apigenin’s stability, negligible RMSD variations, optimal SASA, and robust receptor binding. This study investigates apigenin, a phytochemical found in Ocimum sanctum, as a prospective inhibitor of MMP-9 for the healing of diabetic foot ulcers.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HIV-1 protease is a key therapeutic target for antiretroviral drug development. In this study, a structure-based high-throughput virtual scr … showed reduced solvent exposure and conformational flexibility upon ligand binding, as supported by SASA and PCA analyses. Free energy decomposition further validated complex stability. Overall, CID-2135609 is a promising candidate for HIV-1 protease inhibition and merits further experimental validation.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pectate lyase (Pel3), an enzyme derived from Clostridium bacteria, plays a significant role in the degradation of pectin and contributes to … (Rg) indicate a decrease in structural compactness in specific regions of the protein. Furthermore, SASA analysis revealed a modest increase in solvent accessibility. RAMD simulations, performed with 120 replicates, showed a short average residence time (∼0.015 ns), suggesting rapid unbinding and weak interaction at the active site. MM-PBSA analysis yi …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study elucidated the interaction mechanisms between potato starch (PS) and cyanidin-3-O-glucoside (C3G) through solvent perturbations ( … environments. At the atomic level, MD simulations showed increased solvent-accessible surface area (SASA) and root-mean-square deviation (RMSD) of starch chains and decreased electrostatic forces in salt solvents, demonstrating that salt ions weaken the PS-C3G interaction by shielding electrostatic attractions, whereas ethanol addition progressively de …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования