Mitomycin C (MC) is an anticancer agent that alkylates DNA to form monoadducts and interstrand cross-links. Decarbamoylmitomycin C (DMC) is an analogue of MC lacking the carbamate on C10. The major DNA adducts isolated from treatment of culture cells with MC and DMC are N2-deoxyguanosine (dG) adducts and adopt an opposite stereochemical configuration at the dG-mitosene bond. To elucidate the molecular mechanisms of DMC-DNA alkylation, we have reacted short oligonucleotides, calf thymus, and M. luteus DNA with DMC using biomimetic conditions. These experiments revealed that DMC is able to form
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic hepatitis B virus (HBV) infections result in 887,000 deaths annually. The central challenge in curing HBV is eradication of the stable covalently closed circular DNA (cccDNA) form of the viral genome, which is formed by the repair of lesion-bearing HBV relaxed circular DNA delivered by the virions to hepatocytes. The complete and minimal set of host factors involved in cccDNA formation is unknown, largely due to the lack of a biochemical system that fully reconstitutes cccDNA formation. Here, we have developed experimental systems where various HBV relaxed-circular-DNA substrates are r
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The channel structure of the Ku protein elegantly reveals the mechanistic basis of sequence-independent DNA-end binding, which is essential to genome integrity after exposure to ionizing radiation or in V(D)J recombination. However, contradicting evidence indicates that this protein is also involved in the regulation of gene expression and in other regulatory processes with intact chromosomes. This computational study predicts that a putative DNA binding domain of this protein, the SAP domain, can form DNA-bound complexes with relatively high affinities (ΔG ≈ -20 kcal mol(-1)). The binding mod
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endogenous chromosomes contain centromeres to direct equal chromosomal segregation in mitosis and meiosis. The location and function of existing centromeres is usually maintained through cell cycles and generations. Recent studies have investigated how the centromere-specific histone H3 variant CENP-A is assembled and replenished after DNA replication to epigenetically propagate the centromere identity. However, existing centromeres occasionally become inactivated, with or without change in underlying DNA sequences, or lost after chromosomal rearrangements, resulting in acentric chromosomes. N
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During chronic hepatitis B virus (HBV) infection, virus persistence relies on the maintenance of a pool of covalently closed circular DNA (cccDNA) in the nuclei of infected hepatocytes. To achieve this, HBV DNA has to be transported from the cytoplasm to the nucleus. By carrying out subcellular fractionation experiment, both of the relaxed-circular (RC) and single-stranded (SS) HBV DNA were found in the cytoplasm whereas only RC form could be detected in the nucleus of a hepatoblastoma cell line (HepG2) stably producing HBV. This fraction of nuclear RC viral DNA was clearly demonstrated in the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The minimal DNA-binding domain of the yeast ADR1 transcription factor consists of two Cys2-His2 zinc fingers and an additional 20 residues N-terminal and proximal to the fingers. The accessory sequence likely plays a role in contacting DNA. Paramagnetic cobalt was incorporated into the fingers of an ADR1 DNA-binding construct (ADR1z) to serve as a probe of the proximity of the accessory sequence to the zinc fingers. NMR signals from the accessory region are not perturbed by cobalt incorporation. Previous studies showed that this region is random coil in the ADR1z construct in the absence of DN
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studies were performed to ascertain the relationship of human papovavirus JC to BK virus and to simian virus 40 (SV40) by further restriction endonuclease analysis and by DNA-DNA competition hybridization on membrane filters. Form I DNA extracted from two new isolates from cases of progressive multifocal leukoencephalopathy of human papovaviruses that were JC-like in their antigenic properties were found to yield restriction endonuclease fragmentation patterns similar to those of prototypic JC virus DNA and different from those of BK or SV40. Form I DNA preparations of JC and BK viruses were f
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The DNA-binding form of the calf uterine androgen receptor (AR) was subjected to limited protease digestion using chymotrypsin, trypsin and a rat prostate cytosol protease. The properties of the generated polypeptide fragments were identified and compared with those of the intact AR. Physicochemical characterization was achieved through sedimentation analysis, gel filtration chromatography and DEAE anion exchange chromatography. Intactness of functional binding domains was evaluated by measuring the retention of steroid- and DNA-binding capacity. Under non-denaturing conditions the intact AR i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Over the years, multiple studies have linked phenotypic plasticity to changes in gene expression and alternative splicing, but the role of epigenomic regulation, such as DNA methylation, in mediating plastic responses are still poorly understood. DNA methylation has been proposed as a promising regulatory mechanism because of its potential effects on transcriptional activity and pre-mRNA splicing, especially when present within gene bodies in insects. Here, we examined the role of DNA methylation in the developing wings of the Bicyclus anynana butterflies by testing its association with differ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer is a disease that begins with mutation of critical genes: oncogenes and tumor suppressor genes. Our research on carcinogenic aromatic hydrocarbons indicates that depurinating hydrocarbon-DNA adducts generate oncogenic mutations found in mouse skin papillomas (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:10422, 1995). These mutations arise by mis-replication of unrepaired apurinic sites derived from the loss of depurinating adducts. This relationship led us to postulate that oxidation of the carcinogenic 4-hydroxy catechol estrogens (CE) of estrone (E1) and estradiol (E2) to catechol estrogen-3,4-quino
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oxidative damage in neuronal cells and DNA has been implicated in the pathogenesis of various neurodegenerative diseases. We have demonstrated that DNA strand breakage is induced synergistically when plasmid DNA is incubated in the presence of both an NO-releasing compound (diethylamine NONOate, spermine NONOate, sodium nitroprusside) and a catecholamine (e.g., L-DOPA, dopamine, etc.). Either an NO-releasing compound or a catecholamine alone induced much fewer strand breaks. Tyrosine and tyramine as well as O-methylated derivatives of DOPA and dopamines did not exert this synergistic effect in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA damage recognition subunits such as DDB2 and XPC protect the human skin from ultraviolet (UV) light-induced genome instability and cancer, as demonstrated by the devastating inherited syndrome xeroderma pigmentosum. Here we show that the beneficial DNA repair response triggered by these two genome caretakers critically depends on a dynamic spatiotemporal regulation of their homeostasis. The prolonged retention of DDB2 and XPC in chromatin, because of a failure to readily remove both recognition subunits by the ubiquitin-dependent p97/VCP/Cdc48 segregase complex, leads to impaired DNA excis
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Bacterial DNA methylation is a reversible genetic modification affecting gene regulation without significant DNA sequence alteration, thereby enabling rapid adaptation to various environments. However, traditional motif-based approaches detect DNA methylation at low resolution, limiting the identification of DNA methylation variation and often restricting analysis of multiple methylation forms. Methods: Here, we used Oxford Nanopore Technologies sequencing to examine genome-wide variation in three DNA methylation forms (N6-methyladenine, N4-methylcytosine, and 5-methylcy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We show that GAA instability in Friedreich's Ataxia is a DNA-directed mutation caused by improper DNA structure at the repeat region. Unlike CAG or CGG repeats, which form hairpins, GAA repeats form a YRY triple helix containing non-Watson-Crick pairs. As with hairpins, triplex mediates intergenerational instability in 96% of transmissions. In families with Friedreich's Ataxia, the only recessive trinucleotide disease, GAA instability is not a function of the number of long alleles, ruling out homologous recombination or gene conversion as a major mechanism. The similarity of mutation pattern
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Centromeres are central to chromosome segregation and genome stability, and thus their molecular foundations are important for understanding their function and the ways in which they go awry. Human centromeres typically form at large megabase-sized arrays of alpha satellite DNA for which there is little genomic understanding due to its repetitive nature. Consequently, it has been difficult to achieve genome assemblies at centromeres using traditional next generation sequencing approaches, so that centromeres represent gaps in the current human genome assembly. The role of alpha satellite DNA h
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A subgroup of human autosomal recessive ataxias is also characterized by disturbances of eye movement or oculomotor apraxia. These include ataxia telangiectasia (A-T); ataxia telangiectasia like disorder (ATLD); ataxia oculomotor apraxia type 1 (AOA1) and ataxia oculomotor apraxia type 2 (AOA2). What appears to be emerging is that all of these have in common some form of defect in DNA damage response which could account for the neurodegenerative changes seen in these disorders. We describe here sensitivity to DNA damaging agents in AOA1 and evidence that these cells have a defect in single str
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Site-specific DNA binding molecules offer the potential for genetic manipulation of mammalian cells. Peptide nucleic acids (PNAs) are a DNA mimic in which the purine and pyrimidine bases are attached to a polyamide backbone. PNAs bind with high affinity to single-stranded DNA via Watson-Crick base pairing and can form triple helices via Hoogsteen binding to DNAPNA duplexes. Dimeric bis-PNAs capable of both strand invasion and triplex formation can form clamp structures on target DNAs. As a strategy to promote site-directed recombination, a bis-PNA was coupled to a 40-nt donor DNA fragment homo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Defective DNA repair drives chronic kidney disease (CKD), but mechanisms are unclear. Airik and colleagues use a genetic model of defective DNA repair mimicking karyomegalic nephritis, a form of CKD characterized by tubular epithelial cells (TEC) with large nuclei and tubulointerstitial nephritis. They show that DNA damage in TEC triggers endoreplication leading to polyploid TEC and CKD. Blocking endoreplication preserved kidney function, suggesting that DNA damage triggers CKD via TEC polyploidization, questioning the concept of G2/M-arrest.
СтатьяКомментарийПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The DNA binding domain of Adr1, the protein derived from alcohol dehydrogenase regulatory gene 1, is unusual for zinc finger proteins in that it consists of two classical Cys2His2 zinc fingers and an amino-terminal proximal accessory region termed PAR. PAR is unstructured in the free protein and becomes structured in the DNA-bound form. We investigated the role of PAR in DNA binding using molecular and biochemical approaches, and its importance for activation in vivo, using Adr1-dependent reporter genes. PAR was unimportant for DNA binding when a third finger was added to Adr1, and its importa
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Some differences were detected in the spectrum of DNA-binding proteins in blood serum of healthy volunteers and of patients with various forms of hemoblastoses. Two fractions of high molecular mass proteins were found to be main components of DNA-binding proteins in blood serum of both healthy persons and these patients. The DNA-binding proteins with a molecular mass less than 150 kDa were not detected under conditions of normal state, in myeloblast and lymphoblast forms of acute leukemia and in chronic phase of chronic myeloleukemia. However, additional fraction of DNA-binding proteins about
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиОригинал на русском
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.