The X-ray crystal structure determination of the C2H5OH.H2O solvate of ascidiacyclamide (C36H52N8O6S2), a cytotoxic cyclic peptide from marine tunicate Ascidian, revealed a C2-symmetric saddle-shaped rectangular conformation of the molecule. The water and ethanol molecules are located on the crystallographic diad axis and are held by hydrogen bonds and van der Waals contacts with the polar ring N atoms and nonpolar D-Val side-chain atoms, respectively. The molecular conformation and the interaction with solvent molecules are nearly the same as those of the compound with C2H5OH.2H2O [Ishida, In
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Classical and Car-Parrinello molecular dynamics simulations are performed to study the solvent effect on the conformational distribution of asparagine. Conformational populations obtained from the simulations in gas phase and in nonpolar chloroform solvent are in agreement with the most probable single conformation of asparagine in the gas phase measured in recent laser ablation with molecular beam Fourier transform microwave spectroscopy experiments. We rationalize that intramolecular hydrogen bonding and dipole-dipole interactions between carbonyl groups dictate such a conformational locking
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structurally simpler Glycol nucleic acids (GNAs) have been known to be chemically robust alternatives to canonical nucleic acids, but their conformational and electronic properties remain underexplored. In this work, density functional theory (DFT), time-dependent DFT (TD-DFT), and molecular docking were applied to purine-based GNAs and their Zn(II) complexes. Conformational analysis reveals alternative low-energy conformers with opposite nucleobase orientation relative to their crystal geometries. The Zn(II) coordination leads to reduction of orbital energy gap and increases dipole moment
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how the solvent structure and molecular conformation dictate reaction mechanisms is essential for advancing organocatalysis. In this work, the solvent effect on the proton-transfer step (rate-determining) of the Morita-Baylis-Hillman (MBH) reaction in a protic medium was investigated through a combination of ab initio molecular dynamics, well-tempered metadynamics, and on-flow NMR kinetic experiments. The simulations reveal two competing proton-transfer pathways involving solvent-assisted and acid-base mechanisms. These pathways have comparable free energy barriers and are driven
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chiral molecular recognition is typically achieved through static complementarity between chiral hosts and molecular guests. Dynamic control of such recognition through external stimuli remains an important challenge, particularly for interactions involving extended solid surfaces. Here we show that solvent chirality can act as an external control parameter that modulates the conformation of polysaccharide dispersants and thereby creates a tunable chiral recognition field for one-dimensional nanomaterials. By continuously varying the enantiomeric excess of chiral solvents, the conformation of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chloroquine (CQ) and hydroxychloroquine (HCQ) have been standard antimalarial drugs since the early 1950s, and very recently, the possibility of their use for the treatment of COVID-19 patients has been considered. To understand the drug mode of action at the submicroscopic level (atoms and molecules), molecular modeling studies with the aid of computational chemistry methods have been of great help. A fundamental step in such theoretical investigations is the knowledge of the predominant drug molecular structure in solution, which is the real environment for the interaction with biological ta
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The replica exchange molecular dynamics (REMD) simulation is demonstrated to readily predict the conformations of the macrocyclic drug lorlatinib, as validated by solution NMR studies. In aqueous solution, lorlatinib adopts a conformer identical to its target bound structure. This conformer is stabilized by an extensive hydrogen bond network to the solvents. In chloroform, lorlatinib populates two conformers with the second one being less polar, which may contribute to lorlatinib's ability to cross cell membranes.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acetylcholinesterase is a critical enzyme that regulates neurotransmission by catalyzing the breakdown of neurotransmitter acetylcholine in synapses of the nervous system. It is an important target for therapeutic drugs that treat Alzheimer's disease. Since, the degree of flexibility of the side chains of the residues in the active-site gorge of Acetylcholinesterase is diverse it results in different bound ligand conformations. The side-chain conformations of Ser293, Tyr341, Leu76, and Val73 are flexible, while the side-chain conformations of Tyr72, Tyr 124, Ser125, Phe295, and Arg296 appear t
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a Bayesian inference approach to estimating conformational state populations from a combination of molecular modeling and sparse experimental data. Unlike alternative approaches, our method is designed for use with small molecules and emphasizes high-resolution structural models, using inferential structure determination with reference potentials, and Markov Chain Monte Carlo to sample the posterior distribution of conformational states. As an application of the method, we determine solution-state conformational populations of the 14-membered macrocycle cineromycin B, using a combin
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two-dimensional 1H-15N HMBC NMR spectra of the well-known anticonvulsant carbamazepine dissolved in different organic solvents, recorded on an NMR spectrometer prove the existence of hidden conformers in saturated solutions. Obtained conformer distribution arises due to the presence of the solid phase in saturated solution. A weak influence of ring currents was revealed for different molecular conformations of carbamazepine dissolved in a saturated solution, which provides a simple approach to discovering hidden conformations. Hidden conformers were found in three different solvents: dimethyl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Interfacing single-stranded DNA (ssDNA) with 2D transition metal dichalcogenides are important for numerous technological advancements. However, the molecular mechanism of this process, including the nature of intermolecular association and conformational details of the self-assembled hybrids is still not well understood. Here, atomistic molecular dynamics simulation is employed to study the distinct adsorption behavior of ssDNA on a single-layer MoS2in aqueous environment. The ssDNA sequences [T10, G10, A10, C10, U10, (GT)5, and (AC)5] are chosen on the basis that short ssDNA segments can und
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mastoparan-X, a tetradecapeptide from wasp venom, has been proposed to cause secretion from various kinds of cells by the direct activation of GTP-binding regulatory proteins (G proteins) that couple to phospholipase C. The mechanism of the activation has been shown to be very similar to that of G-protein-coupled receptors in vitro, and the interaction with membranes seems to be very important for the activation of G proteins that are membrane-bound [Higashijima, T., Uzu, S., Nakajima, T., & Ross, E. M. (1988) J. Biol. Chem. 263, 6491-6494]. We report here the precise vesicle-bound conformatio
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin architecture has an enormous impact on gene regulation, DNA replication, repair, and packaging. Chromatin is organized in a complex hierarchical manner in which distant fragments of DNA can interact with each other through DNA loops. DNA loops can interact between themselves to form topologically associated domains (TADs) that are further organized into functional compartments. In the last two decades, Chromatin Conformation Capture (3C technology) and its high-throughput derivatives allowed detailed analysis of the chromatin architecture. The 3C method is based on ligation of distan
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recently, inhibitors of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) main protease (Mpro) have been proposed as potential therapeutic agents for COVID-19. Studying effects of amino acid mutations in the conformation of drug targets is necessary for anticipating drug resistance. In this study, with the structure of the SARS-CoV-2 Mpro complexed with a non-covalent inhibitor, we performed molecular dynamics (MD) simulations to determine the conformation of the complex when single amino acid residue in the active site is mutated. As a model of amino acid mutation, we construct
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acyclic analogues of oligothymidylate and oligoadenylate and their alternating copolymers were synthesized to study their thermal melting, their stability against snake venom phosphodiesterase and their primer/template properties using the Klenow fragment of the Escherichia coli DNA polymerase I enzyme. Acyclic dodecaadenylate (GlyA)12 hybridized to dodecathymidylate p(dT)12, and the complex presented a sharp melting with a Tm at 24 degrees C. This association was confirmed by circular dichroism curves which were similar to those of the natural oligonucleotide duplexes in A-conformation. (GlyA
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The amyloid-β (Aβ) peptide is an intrinsically disordered protein whose self-association into toxic oligomers underlies Alzheimer's disease. Because of its dynamic and heterogeneous nature, identifying the conformational states that nucleate aggregation remains a central challenge. In this work, we introduce a chemically interpretable descriptor of amyloidogenic propensity derived from self-docking analyses of conformational ensembles generated through temperature-replica exchange molecular dynamics (T-REMD) using different and complementary force fields. This descriptor classifies individual
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structures, electronic (charges, molecular electrostatic potential, molecular orbitals) and lipophilic properties of three isostere analogues of torasemide were determined and the influence of the replacement of the sulfonyl urea group on the conformation and electronic properties of the molecules is discussed. Lipophilicity of the compounds seems to be the most discriminating property along the series and affects their pharmacological activities.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The membrane permeability of cyclic peptides and peptidomimetics, which are generally larger and more complex than typical drug molecules, is likely strongly influenced by the conformational behavior of these compounds in polar and apolar environments. The size and complexity of peptides often limit their bioavailability, but there are known examples of peptide natural products such as cyclosporin A (CsA) that can cross cell membranes by passive diffusion. CsA is an undecapeptide with seven methylated backbone amides. Its crystal structure shows a "closed" twisted β-pleated sheet conformation
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is a strong need to develop an insulin delivery system suitable for oral administration and preserving natural (α-helix) insulin conformation. In this work, we fabricated alginate-gelatin hydrogel beads for insulin encapsulation. Altering matrix composition and crosslinking agents has resulted in various surface morphologies and internal spatial organization. The structures of the insulin-loaded matrices were studied using optical and field emission electronic microscopy. We use FTIR spectroscopy to identify insulin conformation changes as affected by the hydrogel matrices. It was found
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TiO2 nanoparticles (NPs) are attracting materials for biomedical applications, provided that they are coated with polymers to improve solubility, dispersion and biocompatibility. Conformation, coverage density and solvent effects largely influence their functionality and stability. In this work, we use atomistic molecular dynamics simulations to study polyethylene glycol (PEG) grafting to highly curved TiO2 NPs (2-3 nm) in different solvents. We compare the coating polymer conformations on NPs with those on (1 0 1) flat surfaces. In water, the transition from mushroom to brush conformation sta
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования