DiGeorge/velocardiofacial syndrome (DGS/VCFS) is a disorder caused by a 22q11.2 deletion mediated by non-allelic homologous recombination (NAHR) between low-copy repeats (LCRs). We have evaluated the role of LCR22 genomic architecture and PRDM9 variants as DGS/VCFS predisposing factors. We applied FISH using fosmid probes on chromatin fibers to analyze the number of tandem repeat blocks in LCR22 in two DGS/VCFS fathers-of-origin with proven 22q11.2 NAHR susceptibility. Results revealed copy number variations (CNVs) of L9 and K3 fosmids in these individuals compared to controls. The total numbe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Wolbachia are among the most abundant symbiotic microbes on earth; they are present in about 66% of all insect species, some spiders, mites and crustaceans, and most filarial nematode species. Infected filarial nematodes, including many pathogens of medical and veterinary importance, depend on Wolbachia for proper development and survival. The mechanisms behind this interdependence are not understood. Interestingly, a minority of filarial species examined to date are naturally Wolbachia-free.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We used 454 pyrosequencing to survey the genomes of two d
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: 21-Hydroxylase deficiency (21-OHD) is caused by pathogenic CYP21A2 variations. CYP21A2 is arranged in tandem with its highly homologous pseudogene CYP21A1P; therefore, it is prone to mismatch and rearrangement, producing different types of complex variations. There were few reports on using only one method to detect different CYP21A2 variants simultaneously.
AIMS: Targeted long-read sequencing method was used to detect all types of CYP21A2 variants in a series of patients with 21-OHD.
METHODS: A total of 59 patients with 21-OHD were enrolled from Peking Union Medical College Hosp
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The glucocerebrosidase and metaxin genes lie in a gene-rich region that also includes two corresponding pseudogenes. This gives rise to recombinant alleles. We analysed two groups of patients from Argentina and Spain: 25 bearing the Rec NciI allele and 36 carrying L444P. The mutational mechanism is described and the crossover site precisely defined. Most of the Rec NciI alleles were generated by gene conversion. Rearranged alleles involving the metaxin gene were also identified. The high frequency of Rec NciI alleles associated with a polymorphic rearrangement at the metaxin level is probably
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND HYPOTHESIS: The synaptic pruning hypothesis posits that schizophrenia (SCZ) and autism spectrum disorder (ASD) may represent opposite ends of neurodevelopmental disorders: individuals with ASD exhibit an overabundance of synapses and connections while SCZ was characterized by excessive pruning of synapses and a reduction. Given the strong genetic predisposition of both disorders, we propose a shared genetic component, with certain loci having differential regulatory impacts.
STUDY DESIGN: Genome-Wide single nucleotide polymorphism (SNP) data of European descent from SCZ (N case
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic granulomatous disease (CGD) is an inherited immunodeficiency caused by defects in any of four genes encoding components of the leukocyte nicotinamide dinucleotide phosphate, reduced (NADPH) oxidase. One of these is the autosomal neutrophil cytosolic factor 1 (NCF1) gene encoding the p47phox protein. Most (>97%) CGD patients without p47phox (A47 degrees CGD) are homozygotes for one particular mutation in NCF1, a GT deletion in exon 2. This is due to recombination events between NCF1 and its two pseudogenes (psiNCF1) that contain this GT deletion. We have previously set up a gene-scan me
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chloroplast genome of Pelargonium x hortorum has been completely sequenced. It maps as a circular molecule of 217,942 bp and is both the largest and most rearranged land plant chloroplast genome yet sequenced. It features 2 copies of a greatly expanded inverted repeat (IR) of 75,741 bp each and, consequently, diminished single-copy regions of 59,710 and 6,750 bp. Despite the increase in size and complexity of the genome, the gene content is similar to that of other angiosperms, with the exceptions of a large number of pseudogenes, the recognition of 2 open reading frames (ORF56 and ORF42)
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gaucher disease results from an autosomal recessive deficiency of the lysosomal enzyme glucocerebrosidase. The glucocerebrosidase gene is located in a gene-rich region of 1q21 that contains six genes and two pseudogenes within 75 kb. The presence of contiguous, highly homologous pseudogenes for both glucocerebrosidase and metaxin at the locus increases the likelihood of DNA rearrangements in this region. These recombinations can complicate genotyping in patients with Gaucher disease and contribute to the difficulty in interpreting genotype-phenotype correlations in this disorder. In the presen
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have studied a diverse group of lymphoproliferative disorders (acute lymphoblastic leukaemia (ALL), chronic lymphocytic leukaemia (CLL), non-Hodgkin lymphoma (NHL) and myeloma) to determine if V kappa gene use is random or disease-specific and whether somatic mutations (a late event in B-cell differentiation) can provide additional information on the type of B cell involved in the neoplastic clone. In this group of disorders V kappa gene selection is not random and some members of each V kappa family are preferentially rearranged. V kappa genes from the distal portion of the locus are seldo
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sensorineural hearing impairment (SNHI) is a common disorder with a significant genetic basis. Standard next-generation sequencing (NGS) often fails to accurately identify pathogenic variants in the STRC gene due to its complex genomic structure, including large rearrangements and a highly homologous pseudogene. Long-read sequencing (LRS) offers improved resolution for these complex regions.
METHODS: We developed a comprehensive workflow that integrates PacBio-based LRS with marker-mediated refinements and MLPA validations to specifically address pseudogene interference. This meth
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mycobacteroides abscessus complex (MABC), an emerging pathogen, causes human infections resistant to multiple antibiotics. In this study, the genome data of 1,581 MABC strains were downloaded from NCBI database for phylogenetic relatedness inference, resistance profile identification and the estimation of evolutionary pressure on resistance genes in silico.
RESULTS: From genes associated with resistance to 28 antibiotic classes, 395 putative proteins (ARPs) were identified, based on the information in two antibiotic resistance databases (CARD and ARG-ANNOT). The ARPs most frequent
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Protein Ser/Thr Phosphatase PPP1CC2 is an alternatively spliced isoform of PPP1C that is highly enriched in testis and selectively expressed in sperm. Addition of the phosphatase inhibitor toxins okadaic acid or calyculin A to caput and caudal sperm triggers and stimulates motility, respectively. Thus, the endogenous mechanisms of phosphatase inhibition are fundamental for controlling sperm function and should be characterized. Preliminary results have shown a protein phosphatase inhibitor activity resembling PPP1R2 in bovine and primate spermatozoa.
RESULTS: Here we show conclusi
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pheochromocytomas are neural crest-derived tumors that occur mostly sporadically, but may also be part of inherited syndromes. The molecular pathogenesis of sporadic pheochromocytomas remains unknown. Recently, the susceptibility gene for familial paraganglioma syndrome, a disorder embryologically related to pheochromocytomas, was characterized and shown to encode the small subunit of succinate dehydrogenase (SDHD), which is part of the mitochondrial complex II. This complex regulates oxygen-sensing signals. Importantly, hypoxic signals also appear to be related to the pathogenesis of pheochro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Incontinentia pigmenti (IP) is a rare hereditary disorder affecting 1.2 in 100,000 live births, predominantly females. Genetic analysis of IP is complicated by a homologous pseudogene, making conventional short-read sequencing challenging. While long-range PCR is typically used to overcome this, skewed X-inactivation detection can also aid in assigning variants to IKBKG. We employed a comprehensive approach, incorporating whole-exome sequencing (WES), long-range PCR, RT-PCR, X-inactivation analysis, and nanopore sequencing, to identify and accurately phase a small heterozygous deletion, NM_001
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammalian eggs are surrounded by an extracellular matrix called the zona pellucida (ZP). This envelope participates in processes such as acrosome reaction induction, sperm binding, protection of the oviductal embryo, and may be involved in speciation. In eutherian mammals, this coat is formed of three or four glycoproteins (ZP1-ZP4). While Mus musculus has been used as a model to study the ZP for more than 35 years, surprisingly, it is the only eutherian species in which the ZP is formed of three glycoproteins Zp1, Zp2, and Zp3, Zp4 being a pseudogene. Zp4 was lost in the Mus lineage after it
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hypoxia is a critical factor in the malignant progression of glioma, especially for the highly-invasive mesenchymal (MES) subtype. But the detailed mechanisms in hypoxia-induced glioma MES transition remain elusive. Pseudogenes, once considered to be non-functional relics of evolution, are emerging as a critical factor in human tumorigenesis and progression. Here, we investigated the clinical significance, biological function, and mechanisms of protein disulfide isomerase family A member 3 pseudogene 1 (PDIA3P1) in hypoxia-induced glioma MES transition. In this study, we found that PDIA3P1 exp
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromosomal translocations in T-cell malignancies frequently involve the T-cell receptor (TCR)alpha/delta locus at chromosome 14q11. Although 14q11 abnormalities are found in about 10% of adult T-cell leukemia (ATL) cases, until now there has been no direct evidence showing involvement of the TCR locus in ATL-a malignancy closely associated with HTLV-1 infection. The breakpoints of T-cell malignancies most commonly occur within the Jalpha or Jdelta region of the TCR locus. In ATL, however, despite extensive searching no breakpoint has yet been found in that region. Using fluorescence in situ h
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bioinformatics sequence data mining can reveal hidden microbial symbionts that might normally be filtered and removed as contaminants. Data mining can be helpful to detect Wolbachia, a widespread bacterial endosymbiont in insects and filarial nematodes whose distribution in plant-parasitic nematodes (PPNs) remains underexplored. To date, Wolbachia has only been reported a few PPNs, yet nematode-infecting Wolbachia may have been widespread in the evolutionary history of the phylum based on evidence of horizontal gene transfers, suggesting there may be undiscovered Wolbachia infections in PPNs.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Renal cysts are clinically and genetically heterogeneous conditions. Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most frequent life-threatening genetic disease and mainly caused by mutations in PKD1. The presence of six PKD1 pseudogenes and tremendous allelic heterogeneity make molecular genetic testing challenging requiring laborious locus-specific amplification. Increasing evidence suggests a major role for PKD1 in early and severe cases of ADPKD and some patients with a recessive form. Furthermore it is becoming obvious that clinical manifestations can be mimicked by mutatio
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although over 1400 Salmonella serovars cause usually self-limited gastroenteritis in humans, a few, e.g., Salmonella typhi and S. paratyphi C, cause typhoid, a potentially fatal systemic infection. It is not known whether the typhoid agents have evolved from a common ancestor (by divergent processes) or acquired similar pathogenic traits independently (by convergent processes). Comparison of different typhoid agents with non-typhoidal Salmonella lineages will provide excellent models for studies on how similar pathogens might have evolved.
METHODOLOGIES/PRINCIPAL FINDINGS: We sequ
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования