Several arboviruses including Dengue, Chikungunya, Zika, West Nile and Japanese encephalitis viruses are emerging and re-emerging in many parts of the world over last two decades. Thus, environmental surveillance of the mosquito borne viruses employing latest next generation sequencing technology could enhance our comprehension about an impending outbreak, thereby, providing opportunity for timely intervention. In this study, Aedes larvae were collected from different locations of Gwalior, Central India, cultured and grown to adult and were screened utilizing metagenomic workflow in Oxford Nan
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the complete reference genome sequences of three Haemophilus ducreyi isolates (ITG3105, CIP76118, and TMA3542), generated using Oxford Nanopore and Illumina sequencing, and hybrid assemblies. Each genome has a closed circular chromosome; ITG3105 and TMA3542 also have plasmids. These reference genomes support genomic, epidemiological, and antimicrobial resistance surveillance of H. ducreyi.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Escherichia coli is a highly diverse bacterial species that includes avian pathogenic E. coli (APEC), one of the most prevalent causative agents of disease in poultry worldwide. Rapid and accurate discrimination of E. coli strains is essential for outbreak management, antimicrobial resistance surveillance, and vaccine development. In this study, we compared the performance of Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy using the IR Biotyper system with Nanopore and Illumina whole-genome sequencing (WGS) for typing 200 E. coli isolates, originating from four poultry rearing farms
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Inflammatory rhabdomyoblastic tumors (IRMT) are newly described entities characterized by a near-haploid karyotype. Most IRMTs exhibit indolent behavior; however, rare malignant transformation has been reported. We report a case of IRMT with malignant progression.
CASE PRESENTATION: A 67-year-old man presented with a painless mass in the left neck. Radiology revealed a 40-mm tumor in the left sternocleidomastoid muscle, with no evidence of distant metastasis.
RESULTS: Core needle biopsy showed densely proliferating polygonal cells with pleomorphic nuclei, necrosis, and atypical m
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sanger sequencing remains the gold standard for characterizing genetic variants in short DNA fragments (<700 bp). However, the increasing demand for short TATs and high sensitivities in variant detection, particularly in oncohematology, is driving the need for more efficient methods. Next-generation sequencing (NGS) has improved sensitivity and allows for the simultaneous analysis of multiple genes, but it is still costly and time-consuming. Consequently, Sanger sequencing continues to be widely used. In this study, we have compared Sanger sequencing with Oxford Nanopore technology
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clonotyping of immunoglobulin heavy chain (IGH) gene rearrangements is critical for diagnosis, prognostication, and measurable residual disease monitoring in chronic lymphocytic leukemia (CLL). Although short-read next-generation sequencing (NGS) platforms, such as Illumina MiSeq, are widely used, they face challenges in spanning full VDJ rearrangements. Long-read sequencing via Oxford Nanopore Technologies (ONT) offers a potential alternative using the compact and cost-effective flow cells.
METHODS: We evaluated IGH clonotyping in samples from 13 CLL patients using ONT MinION wit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The detection and identification of bacterial species in clinical samples are crucial for patient management and antibiotic treatment. When culture-based identification methods fail, 16 S rRNA gene next-generation sequencing (NGS) serves as a valuable alternative. However, its clinical utility is often limited by prolonged time to results (TtR) and limited species-level resolution. This study aimed to develop and validate a faster, more discriminative 16 S rRNA gene NGS workflow. Our current 16 S rRNA gene NGS protocol uses micelle-based PCR (micPCR) targeting the V4 region, followed by Illumi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In various neurodevelopmental disorders (NDDs), sets of differential methylation marks (referred to as DNA methylation signatures or episignatures) are syndrome-specific and useful in evaluating the pathogenicity of detected genetic variants. These signatures have generally been tested using methylation arrays, requiring additional experimental and evaluation costs. As an alternative, long-read sequencing can simultaneously and accurately evaluate genetic and epigenetic changes. In addition, genome-wide DNA methylation profiling with more complete sets of CpG using long-read sequen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Evaluation of antimalarial drug efficacy against Plasmodium falciparum requires molecular correction to distinguish recrudescence from new infections by comparing parasite genotypes before treatment and in recurrent infections. We aimed to assess the utility of nanopore sequencing in providing rapid corrected drug efficacy estimates, particularly in patients from high-transmission settings where polyclonal infections are common. We optimized a multiplexed AmpSeq panel targeting six microhaplotypes to achieve high and uniform coverage. The assay's sensitivity and specificity for detecting minor
Клиническое исследование II фазыСтатьяМногоцентровое исследованиеРандомизированное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) management in endemic regions often grapples with resource constraints, including the scarcity of Mycobacterium tuberculosis (M.tb) culture laboratories. The emergence of M.tb strains with complex drug resistance profiles necessitates rapid and comprehensive drug susceptibility testing (DST) to guide patient treatment. However, traditional phenotypic DST (pDST) for M.tb is costly and time-consuming. In this study, we retrospectively enrolled 829 participants from six specialized TB treatment hospitals in China from September 2022 to July 2023. The diagnostic performance of TB
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-tuberculous mycobacteria pulmonary disease (NTM-PD) has become a significant public health issue threatening human health in recent years. Traditional mycobacterial culture is complex, time-consuming, and unable to identify NTM at the species level. Nanopore-targeted sequencing (NTS) is a novel molecular detection technology that integrates the high sensitivity of targeted multiplex PCR with the high specificity of third-generation long-read sequencing. NTS has significant advantages in diagnosing, precise differentiation of mixed infection pathogens and antibiotic resistance genes in infe
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dermatofibroma (DF) is a benign tumor that forms pedunculated lesions ranging in size from a few millimeters to 2 cm, usually affecting the extremities and trunks of young adults. Histopathologically, DF is characterized by the storiform proliferation of monomorphic fibroblast-like spindle cells. In addition to neoplastic cells, secondary elements such as foamy histiocytes, Touton-type giant cells, lymphoplasmacytes, and epidermal hyperplasia are characteristic histological features. Several histological variants, including atypical, cellular, aneurysmal, and lipidized variants, have been repo
Клинический случайПоддержка исследования: вне правительства СШАСтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The biological relevance and dynamics of mRNA modifications have been extensively studied; however, whether rRNA modifications are dynamically regulated, and under which conditions, remains unclear. Here, we systematically characterize bacterial rRNA modifications upon exposure to diverse antibiotics using native RNA nanopore sequencing. To identify significant rRNA modification changes, we develop NanoConsensus, a novel pipeline that is robust across RNA modification types, stoichiometries and coverage, with very low false positive rates, outperforming all individual algorithms tested. We the
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To explore the genetic basis for a Chinese pedigree affected with Fragile X syndrome (FXS) through Nanopore long-read sequencing.
METHODS: A FXS pedigree who had undergone genetic counseling at the First Affiliated Hospital of Zhengzhou University in April 2023 was selected as the study subject. Nanopore long-read sequencing, triplet-repeat primed PCR (TP-PCR), methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) and trinucleotide polymorphism genotyping of androgen receptor (AR) gene were used to analyze the FMR1 CGG repeat number, methylation, and X chr
Аннотация на английскомСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We aimed to evaluate the performance of Oxford Nanopore Technologies (ONT) sequencing from positive blood culture (BC) broths for bacterial identification and antimicrobial susceptibility prediction. Patients with suspected sepsis in four intensive care units were prospectively enrolled. Human-depleted DNA was extracted from positive BC broths and sequenced using ONT (MinION). Species abundance was estimated using Kraken2, and a cloud-based system (AREScloud) provided in silico predictive antimicrobial susceptibility testing (AST) from assembled contigs. Results were compared to conventional i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The objective of this study was to investigate the early diagnostic value of nanopore sequencing in alveolar lavage smear-negative pulmonary tuberculosis (PTB). A prospective study was conducted on patients hospitalized at Zhuzhou Central Hospital from October 2021 to June 2022 and suspected to have PTB. Alveolar lavage fluid specimens were collected from these patients and simultaneously subjected to centrifugal bacterial collection smear method in a sandwich cup, bifidobacteria solid culture (referred to as culture), Mycobacterium tuberculosis-DNA (TB-DNA), and nanopore sequencing for detect
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As of July 2022, more than 16,000 laboratory-confirmed monkeypox (MPX) cases have been reported worldwide. Until recently, MPX was a rare viral disease seldom detected outside Africa. MPX virus (MPXV) belongs to the Orthopoxvirus (OPV) genus and is a genetically close relative of the Variola virus (the causative agent of smallpox). Following the eradication of smallpox, there was a significant decrease in smallpox-related morbidity and the population's immunity to other OPV-related diseases such as MPX. In parallel, there was a need for differential diagnosis between the different OPVs' clinic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The first case of severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2) was imported to Pakistan in February 2020, since then 8,260 deaths have been witnessed. The virus has been constantly mutating and local transmission cases from different countries vary due to host dependent viral adaptation. Many distinct clusters of variant SARS-CoV-2 have been defined globally. In this study, the epidemiology of SARS-CoV-2 was studied and locally transmitted SARS-CoV-2 isolates from Karachi were sequenced to compared and identify any possible variants.
METHODOLOGY: The real time PCR was perfor
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-genome sequencing of infectious agents enables the identification and characterization of emerging viruses. The MinION device is a portable sequencer that allows real-time sequencing in fields or hospitals. Hantaan orthohantavirus (Hantaan virus, HTNV), harbored by Apodemus agrarius, causes hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) and poses a critical public health threat worldwide. In this study, we aimed to evaluate the feasibility of using nanopore sequencing for whole-genome sequencing of HTNV from samples having different viral copy numbers. Amplicon-based next-generation sequen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During the egg laying period of a hen, one pre-hierarchical follicle, approximately 6-8 mm in size, is selected into the preovulatory hierarchy for ovulatory stage development. These follicles develop from white follicles that are 2-5 mm in size. Although numerous studies have investigated follicle selection, the molecular mechanisms underlying pre-hierarchical follicle development and recruitment remain unclear. In this study, we explored the genes regulating chicken ovarian pre-hierarchical follicular development by sequencing RNA from ≤ 2 mm follicles in ovarian stroma (OS), 3-4 mm small wh
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования