Combined proteomics, metabolomics, and lipidomics analyses require long liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) run times, limiting throughput and increasing costs for large-scale studies. Here, we present single-injection multi-omics analysis by direct infusion (SMAD), an integrated platform leveraging ion mobility mass spectrometry and self-developed software tools to enable single injection multi-omics analysis without liquid chromatography. SMAD allows quantification of over 9000 metabolite m/z features and over 1300 proteins from the same sample in less than 5 min. We validated th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Targeting E3 ubiquitin ligases with chemical probes remains a major challenge, despite their central roles in cellular regulation and disease. Constitutive photomorphogenic 1 (COP1) is an E3 ligase whose complex, adaptor-dependent biology has made its selective targeting difficult. Here, we develop a peptide-based affinity selection mass spectrometry (Pep-AS-MS) platform to discover new peptide based COP1 binders. Leveraging a mass spectrometry compatible library design, fluorescence-guided selection optimisation, and an open-source software driven target-decoy database strategy for peptide id
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry (MS)-based proteomics has emerged as a versatile platform in modern drug discovery, enabling system-wide interrogation of protein abundance, posttranslational modifications (PTMs), turnover, structural stability, and interactions with small molecules in native biological contexts. In this review, we introduce recent advances in MS and summarize how scalable, high-throughput technologies support target identification and mechanism-of-action studies. We discuss global profiling of the proteome and PTMs under drug perturbation, as well as proteome-wide stability assays such as t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phytic acid (PA), owing to its strong acidity and multidentate metal-chelating properties, readily forms multiple adduct/complex ions in mass spectrometry and is prone to pronounced matrix effects, resulting in complicated spectra and compromised sensitivity and quantitative robustness, which poses a major challenge for rapid and accurate PA quantification. Herein, we developed a rapid quantitative method for PA based on trimethylsilyldiazomethane (TMSD) methyl-ester derivatization coupled with paper spray mass spectrometry (PS-MS). PA was derivatized with TMSD to yield the methylated product
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Normalization is a critical step in metabolomics studies to ensure the quality of metabolomics data, reduce quantitative variability, and enable confident and robust statistical analyses. From an analytical perspective, metabolomics normalization encompasses multiple distinct processes. Broadly, normalization can refer to (1) sample normalization, which mitigates variation due to differences in total metabolite amounts; (2) signal correction, which reduces batch effects, instrumental fluctuations, and retention time drifts during data collection; and (3) statistical transformation and scaling,
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viruses depend on host protein networks to replicate, assemble progeny, and spread between cells and organisms. Defining these virus-host protein interactions is challenging because they are highly dependent on infection stage, cell type, species, and because mechanistic interpretation requires information about structural interfaces and conformational states. Cross-linking mass spectrometry (XL-MS) addresses these challenges by adding a spatial and structural dimension to virus-host interactomics in native systems. In this review, we discuss how XL-MS has advanced from targeted analysis of vi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plant-based multiomics approaches provide powerful tools for elucidating metabolic regulation, biochemical diversity, and functional responses to genetic and environmental variation. However, plant matrices pose unique analytical challenges due to their chemical complexity, high levels of secondary metabolites, and strong matrix effects that can compromise reproducibility if workflows are not carefully standardized. This article presents a comprehensive and integrated set of protocols for untargeted plant metabolomics, lipidomics, and proteomics, coupled with robust data processing, statistica
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a complex endocrine and metabolic disorder, and its diagnosis remains controversial due to heterogeneous phenotypes and varying diagnostic criteria. Insulin resistance and its metabolic consequences are central features of PCOS management. Metabolomics has increasingly been applied to elucidate the pathophysiology of complex disorders. In this study, we sought to determine which serum metabolites and metabolic pathways are differentially altered in women with PCOS compared with healthy controls, thereby addressing whether metabolomic profiling ca
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Structural elucidation using untargeted tandem mass spectrometry (MS/MS) has played a critical role in advancing scientific discovery [1, 2]. However, differentiating molecular fragmentation patterns between isobaric structures remains a prominent challenge in metabolomics [3-10], drug discovery [11-13], and reaction screening [14-17], presenting a significant barrier to the cost-effective and rapid identification of unknown molecular structures. Here, we present a geometric deep learning model, ICEBERG, that simulates collision-induced dissociation in mass spectrometry to generate chemically
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tandem mass spectrometry (MS/MS) has become a common clinical laboratory testing modality has demonstrated success in distinguishing between small protein variations in transthyretin amyloidosis. Since many common clinically significant RBC antigens are also small protein variations, this study aimed to determine if MS/MS could correctly detect common RBC antigens within the Rh, Kell, Duffy, MNS, Kidd, Diego, and Lutheran blood group systems.
STUDY DESIGN AND METHODS: Residual samples from serotyped/genotyped blood donors at a hospital-based blood donation center from February to
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry-based proteomics has been applied to many fields and has made major contributions to our understanding of biology and medicine. Translation of this technology and assays to patient testing has been limited despite grand expectations. The amyloid protein identification by LC-MS test is one successful example of the adaptation of this technology by molecular and clinical pathology laboratories. Through the illustration of this assay, we will address some of these challenges and outline a process for validation and implementation of mass spectrometry-based proteomics in the mole
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Periodontitis is a growing public health concern worldwide. Salivary volatile metabolites have emerged as promising biomarkers for the diagnosis of periodontal disease. However, research on the collection and identification of these metabolites in periodontitis patients remains limited.
OBJECTIVES: To explore methods for collecting and identifying salivary volatile metabolites in periodontitis patients and investigate their potential as biomarkers for diagnosing periodontal disease.
METHOD: Oral exhaled breath and saliva samples were collected from 115 periodontitis patients and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The analysis of the microstructure of supramolecular copolymers is difficult because of their dynamic character. Here, benzene-1,3,5-tricarboxamide (BTA) co-assemblies are analysed by ion mobility - mass spectrometry (IM-MS) to reveal the presence of various sequences. For example, the IM-MS mobilogram for hexamers composed of 4 units from a first monomer and 2 units from a second monomer is a broad distribution due to the presence of 9 possible isomeric sequences, which can be sorted out based on calculated collision cross-sections. This approach gives unprecedented information on supramolecu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Male infertility is fundamentally rooted in developmental defects of germ cells and associated molecular dysregulation, yet the underlying mechanisms remain poorly understood. Data-independent acquisition (DIA) has emerged as a powerful tool in discovery proteomics, enabling the identification of disease biomarkers, therapeutic targets, and molecular pathways with high precision and reproducibility. To analyse the aberrant regulatory events in human sperm proteins associated with male reproductive disorders in a high-throughput, reproducible, and reliable manner, we employed the Orbitrap Astra
СтатьяDatasetПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The intentional targeting of RNA with small molecules is recognized as a viable pathway to new therapeutics with potential to vastly expand the druggable chemical space. The practical considerations to deliberately target RNA are however still largely under development, including optimal methods to identify small molecules for binding to RNA. Native mass spectrometry (nMS) is established as a valuable biophysical screening method for identifying small molecule hits for protein targets but has been used to a much lesser extent with oligonucleotides. Herein we applied nMS to the analysis of bind
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Roseomonas mucosa is difficult to identify using routine analytical techniques. We herein report a case of peritoneal dialysis (PD)-related peritonitis caused by R. mucosa identified using matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS). A 70-year-old woman was admitted to our hospital with PD-related peritonitis. Blood agar medium of dialysate culture derived colony pale pink in color, and the organism was identified as R. mucosa using MALDI-TOF MS. She was successfully treated with ciprofloxacin and meropenem without catheter removal. To our know
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The influence of solvent properties on ion generation by swab spray ionization was investigated. The ability of a variety of solvents of different relative permittivity, surface tension, and viscosity to form a stable and reproducible electrospray was examined. It is demonstrated that in swab spray ionization, a crucial balance between solvent composition, applied potential, and the solvent flow fed to the swab head must be maintained. The solvent composition was found to significantly affect the shape of the Taylor cone and the emerging cone jet, which eventually have an impact on the resulti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The integration of complementary analytical platforms is nowadays the most common strategy for comprehensive metabolomics analysis of complex biological systems. In this chapter, we describe methods and tips for the application of a mass spectrometry multi-platform in Alzheimer's disease research, based on the combination of direct mass spectrometry and orthogonal hyphenated approaches, namely, reversed-phase ultrahigh-performance liquid chromatography and gas chromatography. These procedures have been optimized for the analysis of multiple biological samples from human patients and transgenic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The dense O-glycosylation of mucins plays an important role in the defensive properties of the mucus hydrogel. Aberrant glycosylation is often correlated with inflammation and pathology such as COPD, cancer, and Crohn's disease. The inherent complexity of glycans and the diversity in the O-core structure constitute fundamental challenges for the analysis of mucin-type O-glycans. Due to coexistence of multiple isomers, multidimensional workflows such as LC-MS are required. To separate the highly polar carbohydrates, porous graphitized carbon is often used as a stationary phase. However, LC-MS w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Evaluating lipid profiles in human tissues and biofluids is critical in identifying lipid metabolites in dysregulated metabolic pathways. Due to various chemical characteristics, single-run lipid analysis has not yet been documented. Such approach is essential for analyzing pathology-related lipid metabolites. Age-related macular degeneration, the leading cause of vision loss in western countries, is emblematic of this limitation. Several studies have identified alterations in individual lipids but the majority are based on targeted approaches. In this study, we analyzed and identified approxi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования