We derive coarse-grained interaction potentials for graphdiyne-protein systems by first constructing all-atom force fields, thereby enabling large-scale simulations of protein corona formation on graphdiyne nanomaterials. Using these potentials, we elucidate the molecular mechanism by which surface hydroxylation tunes protein corona composition in human blood plasma. We identify tryptophan, tyrosine, and proline as the amino acid residues most sensitive to hydroxylation, unravel how hydroxylation modulates corona composition among drug-delivery-relevant functional proteins, and pinpoint the op
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The prolamin peptides in wheat gluten and in the homologous storage proteins of barley and rye cause painful chronic erasure of microvilli of the small intestine epithelium in celiac patients. If untreated, it can lead to chronic diarrhea, abdominal distension, osteoporosis, weight-loss due to malabsorption of nutrients, and anemia. In addition to congenital cases, life-long exposure to gluten proteins in bread and pasta can also induce development of celiac sprue in adults. To date, the only effective treatment is life-long strict abstinence from the staple food grains. Complete exclusion of
СтатьяResearch Support, American Recovery and Reinvestment ActПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With more than one third of the human proteome being structurally disordered, intrinsically disordered proteins (IDPs) are key contributors to complex cellular functions, despite their highly dynamic conformational ensembles remaining elusive to conventional techniques in structural biology. Coarse-grained (CG) simulation methods thus serve as a gold standard to refine IDP ensembles. These methods, when relying on elastic network models or rigid body to sample secondary structure, are however inherently limited in their capability to model and sample transient secondary structure at a residue-
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chinese dairy industries have developed rapidly, providing consumers with high-quality sources of nutrition. However, many problems have also appeared during the development process, especially the low quality of milk. To improve milk quality, a large amount of concentrated feed is usually added to the diet within a certain period of time, which increases the milk production to a certain extent. However, long-term feeding with high-concentration feed can lead to subacute rumen acidosis. Therefore, the present study aimed to determine the effect of adding a buffer on subacute rumen acidosis, an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrinsically disordered proteins (IDPs) are not well described by a single 3D conformation but by an ensemble of them, which makes their structural characterization especially challenging, both experimentally and computationally. Most all-atom force fields are designed for folded proteins and give too compact IDP conformations. α-Synuclein is a well-known IDP because of its relation to Parkinson's disease (PD). To understand its role in this disease at the molecular level, an efficient methodology is needed for the generation of conformational ensembles that are consistent with its known prop
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prominent neuronal and glial tau filamentous inclusions are hallmarks of neurodegenerative tauopathies, among them Alzheimer's disease (AD), progressive supranuclear palsy (PSP), corticobasal degeneration (CBD), Pick's disease (PiD), and argyrophilic grain disease (AgD). AgD is a late onset dementia in which pathologically aggregated tau proteins are found in limbic structures in the shape of distinct argyrophilic grains and coiled bodies. Until now tau protein deposits in AgD have not been assessed biochemically. We therefore decided to investigate the electrophoretic profile of pathological
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The influence of diet on humoral immune responses to gluten- and maize-derived proteins was examined using ELISA and protein blotting techniques. Mice raised on the maize-based (gluten-free) diet responded well to parenteral immunization with each of six gluten-derived protein preparations (whole gliadin, two omega-gliadin fractions, wheat salt-soluble proteins, a peptic-tryptic digest and a subtilisin digest of gluten), as serum antibody levels increased at least 300-fold in each case. In contrast, mice raised on the wheat-based diet responded poorly to immunization with either whole gliadin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite considerable advances in computational chemistry, bridging the gap between the accuracy of all-atom molecular dynamics (AA-MD) and the high-throughput capabilities of docking remains an unsolved problem in protein-ligand binding free energy predictions. In this work, we propose to address this challenge through coarse-grained funnel metadynamics (CG-FMD) with the Martini 3 force field. This approach combines the reduced computational cost of a CG representation with state-of-the-art enhanced sampling techniques and the interpretability of a physics-based force field. Specifically, the
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 26 kDa α-globulin, a minor component of rice seed storage proteins (SSPs), is encoded by the single-copy gene α-globulin 1 (Glb1), which is specifically expressed in the endosperm. However, the specific effects of altered α-globulin content on SSP composition and grain quality remains poorly understood. In this study, we demonstrated that modulation of α-globulin levels significantly enhances both total protein content and accumulation of the essential amino acid lysine in Glb1 knockout mutants and overexpression lines. Notably, specific alterations in SSP composition were observed exclusi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Direct interactions with the surrounding lipid bilayer are crucial for regulating the function of membrane transporters. These interactions are essential for controlling the conformational changes that drive the transport cycle. From a pharmacological perspective, understanding these specific interactions is crucial because transporters in pathogenic bacteria serve as key targets for the development of new antibiotics. However, experimentally characterizing the specific and transient nature of protein-lipid interactions at a molecular level remains a significant challenge. Coarse-grained (CG)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brewer's spent grain (BSG), the primary by-product of beer production, represents a promising and sustainable source of plant-based protein. This review provides a comprehensive overview of extraction techniques for brewer's spent grain protein (BSGP), encompassing conventional methods-such as alkaline, hydrothermal, ethanol, and enzymatic extraction-as well as emerging green approaches, including ultrasound-assisted, microwave-assisted, subcritical water, and deep eutectic solvent extraction. The influence of key extraction parameters on protein yield, purity, and structural integrity is crit
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Particles in simulations are traditionally endowed with fixed interactions. While this is appropriate for particles representing atoms or molecules, objects with significant internal dynamics--like sequences of amino acids or even an entire protein--are poorly modelled by invariable particles. We develop a highly coarse grained polymorph patchy particle with the ultimate aim of simulating proteins as chains of particles at the secondary structure level. Conformational changes, e.g., a transition between disordered and β-sheet states, are accommodated by internal coordinates that determine the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Consumption of gran proteins has been associated with lower risk of type 2 diabetes (T2D), but the underlying mechanisms remain unclear. Gut microbiota plays a key role in glucose metabolism, and dietary proteins can modulate microbial composition and function.
OBJECTIVE: This study aims to evaluate the effects of grain proteins on glucose metabolism, identify key gut microbiota-derived metabolites, and elucidate the molecular mechanisms underlying grain protein-mediated glucose metabolism regulation.
METHODS: Glucose homeostasis and gut microbiota composition were assessed in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Correction for 'Simulation of protein structure using a coarse-grained potential incorporating the backbone dihedral interactions' by Kanika Kole et al., Phys. Chem. Chem. Phys., 2026, 28, 23541-23554, https://doi.org/10.1039/d6cp02188c.
Опубликованное исправлениеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Kernel starch and protein contents are major determinants of maize grain quality and end-use value, whereas yield remains the primary breeding objective. These traits are genetically complex and interrelated, potentially sharing genetic effects while exhibiting trade-offs. Recent advances in quantitative genetics, genome-wide association studies, and multi-omics have generated vast but scattered datasets on maize quality traits. However, an integrated analysis of research trends, genetic architecture, and systematic mining of candidate genes underlying starch and protein contents a
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two experiments were conducted to evaluate the post‑prandial glucose, insulin, and amino acid responses in broiler chickens offered diets containing standard and reduced crude protein (CP) levels. Exp. 1 used 120 straight-run Ross 308 broilers to compare standard (SCP) versus reduced crude protein (LCP) wheat‑based diets from 10 to 38 days post‑hatch where growth performance, starch and amino acid digestibility, carcass traits, abdominal fat deposition, and post‑prandial glucose and insulin dynamics were assessed. Exp. 2 used a 2 × 2 factorial design to examine the interactive effects of dieta
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Distilled grain waste (DGW) is rich in nutrients and can be a potential resource as animal feed. However, DGW contains as much as 14% lignin, dramatically reducing the feeding value. White-rot fungi such as Pleurotus ostreatus could preferentially degrade lignin with high efficiency. However, lignin derivatives generated during alcohol distillation inhibit P. ostreatus growth. Thus, finding a new strategy to adjust the DGW properties to facilitate P. ostreatus growth is critical for animal feed preparation and DGW recycling. In this study, three dominant indigenous bacteria, including Sphingob
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrinsically disordered, low-complexity regions frequently cooperate with folded domains to mediate protein-protein interactions, yet accurately describing these mixed folded-disordered systems remains challenging. To visualize these mixed folded proteins, experimentally guided coarse-grained (CG) molecular dynamics simulations are often employed to extend the timescales required to capture the complex dynamics in play. However, the minimalistic nature of these approaches often compromises structural accuracy and can lead to inaccurate inter-domain interactions. Here we introduce backbone dih
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study evaluated the effects of increasing inclusion levels of low-protein dried distillers' grains with solubles (DDGS) in high-concentrate diets on nutrient intake, digestibility, nitrogen balance, and ingestive behavior of finishing lambs. Four Santa Inês crossbred, uncastrated male lambs (24.8 ± 1.0 kg body weight) were assigned to four dietary treatments in a 4 × 4 Latin square design. Treatments consisted of a control diet without DDGS and diets containing 200, 400, or 600 g/kg dry matter (DM) of low-protein DDGS. DM and TDN intakes showed quadratic responses (p < 0.05) to DDGS inclu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Wheat and, to a lesser extent, sorghum are the dominant feed grains in Australian chicken-meat production. There is considerable local interest in the development of reduced-crude protein (CP) broiler diets in part because this would decrease the need to import soybean meal into the country. Maize is rarely included in Australian broiler diets, but birds appear better able to accommodate dietary CP reductions with maize than with wheat-based diets. Sorghum is more similar to maize than wheat and for this reason wheat- and sorghum-based diets, with standard and reduced-CP concentrat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования