Gene transfer agents (GTAs) are phage-derived elements that have evolved repeatedly across diverse prokaryotes, where they drive high-frequency horizontal gene transfer (HGT). Here, we demonstrate that the Rhodobacter capsulatus GTA (RcGTA) tailspike protein, TspA, is a potent biofilm-degrading enzyme. Purified TspA is effective at both preventing initial biofilm formation and clearing established, mature biofilms. Crucially, TspA enhances RcGTA-mediated gene transfer, suggesting that this enzyme facilitates GTA navigation through the extracellular matrix. Unlike the permanently anchored tails
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Klebsiella pneumoniae, Azotobacter vinelandii and Rhodobacter capsulatus were cultivated in media containing 99MoO4(2-) . The distribution of 99Mo in cells grown under conditions of repression and derepression of nitrogenase synthesis, was investigated by anion-exchange (DEAE-Sephacel) chromatography. Cells of K. pneumoniae took up MoO4(2-) only under conditions of derepression of nitrogenase thus serving the formation of the FeMo cofactor of the MoFe protein (Kp1) as the predominant Mo-containing species. In the case of A. vinelandii, under diazotrophic growth conditions, molybdenum was prefe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mg-chelatase catalyzes the insertion of Mg2+ into protoporphyrin IX at the first committed step of the chlorophyll biosynthetic pathway. It consists of three subunits: I, D, and H. The I subunit belongs to the AAA protein superfamily (ATPases associated with various cellular activities) that is known to form hexameric ring structures in an ATP-dependant fashion. Dominant mutations in the I subunit revealed that it functions in a cooperative manner. We demonstrated that the D subunit forms ATP-independent oligomeric structures and should also be classified as an AAA protein. Furthermore, we add
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sulfide was used as an electron donor early in the evolution of photosynthesis, with many extant photosynthetic bacteria still capable of using sulfur compounds such as hydrogen sulfide (H2S) as a photosynthetic electron donor. Although enzymes involved in H2S oxidation have been characterized, mechanisms of regulation of sulfide-dependent photosynthesis have not been elucidated. In this study, we have identified a sulfide-responsive transcriptional repressor, SqrR, that functions as a master regulator of sulfide-dependent gene expression in the purple photosynthetic bacterium Rhodobacter caps
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The effectiveness of an airlift reactor system in simultaneously removing hydrogen sulfide (H2S) and ammonia (NH3) from synthetic and actual waste gases was investigated. The effects of various parameters, including the ratio of inoculum dilution, the gas concentration, the gas retention time, catalyst addition, the bubble size, and light intensity, on H2S and NH3 removal were investigated. The results revealed that optimal gas removal could be achieved by employing an activated inoculum, using a small bubble stone, applying reinforced fluorescent light, adding Fe2O3 catalysts, and applying a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Direct electron transfer (DET) to proteins is of considerable interest for the development of biosensors and bioelectrocatalysts. While protein structure is mainly used as a method of attaching the protein to the electrode surface, we employed bioinformatics analysis to predict the suitable orientation of the enzymes to promote DET. Structure similarity and secondary structure prediction were combined underlying localized amino-acids able to direct one of the enzyme's electron relays toward the electrode surface by creating a suitable bioelectrocatalytic nanostructure. The electro-polymerizati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lipid A analyses confirm not only the present taxa of the purple nonsulfur bacteria (formerly Rhodospirillaceae), but also phylogenetical relatedness of distinct phototrophic to distinct non-phototrophic bacteria, as was suggested by cataloguing 16S rRNA. For example, lipid A with ester-bound 3-OH-10:0 and the rare amide-linked 3-oxo-14:0 is common to the phototrophic Rhodobacter capsulatus and Rhodobacter sphaeroides and also to Paracoccus denitrificans and Thiobacillus versutus. 'Lipid ADAG' (lipid A with 2,3-diamino-D-glucose (DAG)) occurs in the phototrophic Rhodopseudomonas viridis and Rh
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Differential expression of the genes within the puf operon of Rhodobacter capsulatus is accomplished in part by differences in the rate of degradation of different segments of the puf transcript. We report here that decay of puf mRNA sequences specifying the light-harvesting I (LHI) and reaction center (RC) photosynthetic membrane peptides is initiated endoribonucleolytically within a discrete 1.4-kilobase segment of the RC-coding region. Deletion of this segment increased the half-life of the RC-coding region from 8 to 20 min while not affecting decay of LHI-coding sequences upstream from an
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The three-dimensional supramolecular structures and the states of order of the acyl chains of lipid A from different Gram-negative species were investigated at 40 degrees C, high water content (80-90%), and different [lipid A]/[Mg2+] molar ratios using synchrotron radiation X-ray diffraction and Fourier-transform infrared spectroscopy. Measurements were made on free lipid A from Salmonella minnesota R595, mono- and bi-phosphoryl, as well as those from the non-enterobacterial strains Rhodobacter capsulatus 37b4, Rhodopseudomonas viridis F, and Rhodocyclus gelatinosus 29/1. Parallel to differenc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ubihydroquinone:cytochrome c oxidoreductase, or cytochrome bc1, is central to the production of ATP by oxidative phosphorylation and photophosphorylation in many organisms. Its three-dimensional structure depicts it as a homodimer with each monomer composed of the Fe-S protein, cytochrome b, and cytochrome c1 subunits. Recent genetic approaches successfully produced heterodimeric variants of this enzyme, providing insights into its mechanism of function. However, these experimental setups are inherently prone to genetic rearrangements as they carry repeated copies of cytochrome bc1 structu
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
5-Aminolevulinic acid (5-ALA), a vital precursor for the biosynthesis of tetrapyrrole compounds, has been widely applied in agriculture and medicine, while extremely potential for the treatment of cancers, corona virus disease 2019 (COVID-19) and metabolic diseases in recent years. With the development of metabolic engineering and synthetic biology, the biosynthesis of 5-ALA has attracted increasing attention. 5-Aminolevulinic acid synthase (ALAS), the key enzyme for 5-ALA synthesis in the C4 pathway, is subject to stringent feedback inhibition by heme. In this work, cysteine-targeted mutation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Porin, from Rhodabacter capsulatus, was chemically modified with methoxypoly(ethylene glycol) (m-PEG; molecular mass = 5000 Da) succinimidyl carbonate to yield methoxypoly(ethylene glycol)-porin (m-PEG-SC-Porin), as previously reported for bacteriorhodopsin [Sirokman, G., & Fasman, G. D. (1993) Protein Sci. 3, 1101-1170]. The m-poly(ethylene glycol)-porin (m-PEG-SC-Porin 50) conjugate, containing one poly(ethylene glycol) chain, was water soluble. The secondary structure of the conjugate in water was mainly random coil. Circular dichroism spectroscopy showed it was predominantly in the beta-pl
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the essential function of lipopolysaccharides (LPS) in Gram-negative bacteria, it is largely unknown how the exact amount of this molecule in the outer membrane is controlled. The first committed step in LPS biosynthesis is catalyzed by the LpxC enzyme. In Escherichia coli, the cellular concentration of LpxC is adjusted by the only essential protease in this organism, the membrane-anchored metalloprotease FtsH. Turnover of E. coli LpxC requires a length- and sequence-specific C-terminal degradation signal. LpxC proteins from Salmonella, Yersinia, and Vibrio species carry similar C-term
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NtrYX is a sensor-histidine kinase/response regulator two-component system that has had limited characterization in a small number of Alphaproteobacteria. Phylogenetic analysis of the response regulator NtrX showed that this two-component system is extensively distributed across the bacterial domain, and it is present in a variety of Betaproteobacteria, including the human pathogen Neisseria gonorrhoeae. Microarray analysis revealed that the expression of several components of the respiratory chain was reduced in an N. gonorrhoeae ntrX mutant compared to that in the isogenic wild-type (WT) str
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The function of cytochrome bc1, a widespread energy-conserving enzyme, requires the coordinated activity of two quinone-binding sites (Qo catalyzing oxidation of ubiquinol and Qi catalyzing reduction of ubiquinone). The operation of Qo, but not Qi, involves large-scale movement of the head domain of iron-sulfur protein (ISP-HD). How the respective sites accommodate quinone molecules for efficient catalysis remains elusive. Here, we present high-resolution cryoelectron microscopy structures of bacterial cytochrome bc1 with native ubiquinone molecules in various states. They show that the quinon
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Caulobacter crescentus DNA methyltransferase CcrM (M.CcrMI) methylates the adenine residue in the sequence GANTC. The CcrM DNA methyltransferase is essential for viability, but it does not appear to be part of a DNA restriction-modification system. CcrM homologs are widespread in the alpha subdivision of gram-negative bacteria. We have amplified and sequenced a 258-bp region of the cerM gene from several of these bacteria, including Rhizobium meliloti, Brucella abortus, Agrobacterium tumefaciens, and Rhodobacter capsulatus. Alignment of the deduced amino acid sequences revealed that these
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydrogen sulfide (H2S) and polysulfide are critical signaling molecules in bacteria, with distinct roles in regulating oxidative stress and redox balance. This study investigates the molecular mechanisms underlying the sulfur sensing and regulatory functions of two homologous transcription factors, SqrR from Rhodobacter capsulatus and YgaV from Escherichia coli. In vitro thiol-specific labeling and SDS-PAGE analyses demonstrate that apo-SqrR and apo-YgaV respond selectively and sensitively to polysulfides, rather than H2S itself, under both aerobic and anaerobic conditions. UV-visible spectros
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Production of reactive oxygen species (ROS) induces oxidative damages, decreases cellular energy conversion efficiencies, and induces metabolic diseases in humans. During respiration, cytochrome bc(1) efficiently oxidizes hydroquinone to quinone, but how it performs this reaction without any leak of electrons to O(2) to yield ROS is not understood. Using the bacterial enzyme, here we show that a conserved Tyr residue of the cytochrome b subunit of cytochrome bc(1) is critical for this process. Substitution of this residue with other amino acids decreases cytochrome bc(1) activity and enhances
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
p-coumaric acid is an important bioactive natural product and a crucial precursor for the synthesis of downstream phenylpropanoids. Compared with plant extraction and chemical synthesis methods, microbial production of p-coumaric acid offers unique advantages, including environmental friendliness, short production cycles, and high conversion efficiency. Streptomyces species possess a complete shikimate pathway and an extensive aromatic amino acid metabolic network, being promising chassis for the production of p-coumaric acid. This study aims to achieve efficient heterologous biosynthesis of p
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Catalase-peroxidases or KatGs from seven different organisms, including Archaeoglobus fulgidus,Bacillus stearothermophilus, Burkholderia pseudomallei, Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Rhodobacter capsulatus and Synechocystis PCC 6803, have been characterized to provide a comparative picture of their respective properties. Collectively, the enzymes exhibit similar turnover rates with the catalase and peroxidase reactions varying between 4900 and 15,900s(-1) and 8-25s(-1), respectively. The seven enzymes also exhibited similar pH optima for the peroxidase (4.25-5.0) and catalase rea
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.