The output of a genome assembler generally comprises a collection of contiguous DNA sequences (contigs) whose relative placement along the genome is not defined. A procedure called scaffolding is commonly used to order and orient these contigs using paired read information. This ordering of contigs is an essential step when finishing and analyzing the data from a whole-genome shotgun project. Most recent assemblers include a scaffolding module; however, users have little control over the scaffolding algorithm or the information produced. We thus developed a general-purpose scaffolder, called B
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The potassium efflux system, Kef, protects bacteria against the detrimental effects of electrophilic compounds via acidification of the cytoplasm. Kef is inhibited by glutathione (GSH) but activated by glutathione-S-conjugates (GS-X) formed in the presence of electrophiles. GSH and GS-X bind to overlapping sites on Kef, which are located in a cytosolic regulatory domain. The central paradox of this activation mechanism is that GSH is abundant in cells (at concentrations of ∼10-20 mM), and thus, activating ligands must possess a high differential over GSH in their affinity for Kef. To investiga
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: This study explores the comparative bioremediation potential of pigmented bacteria isolated from diverse ecological niches. Three distinct isolates were identified: Shewanella xiamenensis (U2f, from goldfish gills), Paracoccus sp. (THN1, a rose thorn endophyte), and Kocuria sp. (YC, an incidental laboratory isolate).
METHODS: The isolated bacterial pigments were characterized using FTIR spectroscopy. The isolates and a developed bacterial consortium were evaluated for their ability to tolerate, decolorize, and degrade various synthetic dyes (Congo red, malachite green, bromophen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microbial fuel cells (MFCs) directly convert microbial metabolism into electrical signals, offering a self-powered platform for biochemical oxygen demand (BOD) detection. However, sluggish electron transfer across the microbe-electrode interface remains a major barrier to rapid response. Here, Shewanella putrefaciens was employed as a model electroactive bacterium, and a three-dimensional hierarchical conductive scaffold comprising iron-cobalt sulfide nanoflowers supported on nickel foam was constructed. Polydopamine (PDA) and chitosan (CS) functional layers were separately introduced to coord
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gentisic acid (GA), a natural polyphenolic compound, possesses significant anti-inflammatory activity, but its molecular mechanism, particularly its association with the intestinal microbiota and specific signaling pathways, remains unclear.
PURPOSE: In this study, we aimed to clarify anti-inflammatory targets, pathways and mechanism of GA using network pharmacology, in vitro and in vivo experiments, and microbiome analysis.
MATERIALS AND METHODS: Network pharmacology was used to predict the anti-inflammatory targets and pathways of GA. Lipopolysaccharide (LPS)-induced RAW 264.7
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urban mangrove sediments receive continuous inputs of industrial and domestic pollutants, yet the microbial basis of pollutant transformation in these chronically impacted systems remains insufficiently resolved. This study investigated xenobiotic degradation potential in sediments from two urban mangrove locations along the Mandovi estuary, Goa, India, through reanalysis of previously generated shotgun metagenomic data. The assembled metagenomes showed enrichment of degradation pathways associated with aromatic and aliphatic pollutants commonly linked to urban contamination. A high representa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The accumulation of heavy metals in aquatic environments poses critical threats to aquaculture, with iron (Fe) being one of the most prevalent contaminants from industrial and agricultural effluents. This study evaluated the acute toxicity and mechanistic impacts of ferrous sulfate (FeSO₄) on the Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Acute toxicity tests established the 96-h median lethal concentration (LC₅₀) of Fe at 2.52 mg/L, determined across exposure intervals of 0, 24, 48, 72, and 96-h at nominal concentrations ranging from 0.2, 1.0, 5.0, 25.0, 125.0, and 625.0 mg/L. No mortality
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Frozen mysid shrimp is the core feed for commercial seahorse aquaculture, yet quality deterioration caused by long-term cold storage severely constrains the survival and reproductive performance of seahorses. By integrating targeted metabolomics, physicochemical spoilage indicators, and 16S rRNA high-throughput sequencing, this study multidimensionally analyzed the stage-specific mechanisms of nutritional degradation and microecological deterioration of mysid feed at -20 °C under fresh (0 months), short-term frozen (2 months), and long-term frozen (10 months) conditions. The results demonstrat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The misuse and overuse of antimicrobials drive the emergence of antimicrobial resistance (AMR), a critical global health concern. While wastewater treatment plants (WWTPs) are essential for removing microorganisms and contaminants, they also serve as hotspots for antibiotic-resistant bacteria (ARB) and antimicrobial resistance genes (ARGs), facilitating their persistence and dissemination. This study investigated AMR in two WWTPs and one drinking water treatment plant (DWTP) in the Baix Llobregat area of Barcelona, Spain. Four sampling campaigns were conducted during winter and summer 2023 acr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fresh fish is a highly perishable product and is easily spoiled by microbiological activity and chemical oxidation of lipids. However, microbial spoilage is the main factor linked with the rapid fish sensorial degradation due to the action of specific spoilage organisms (SSOs) that have the ability to dominate over other microorganisms and produce metabolites responsible for off-flavours. We explored the microbial dynamics in fresh anchovies stored in different packaging (air, modified atmosphere, under vacuum) and temperatures (0, 4 and 10 °C) using shotgun metagenomics, highlighting the sele
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For the sustainable farming of disease-free and healthy shrimps, antimicrobial use is frequent nowadays in shrimp-cultured system. Considering the serious impact of global antimicrobial resistance (AMR), the present study was focused to investigate the prevalence of antimicrobial-resistant vibrios among infected shrimps (Penaeus vannamei) from two brackish water-cultured farms. Diverse species of vibrios viz. V. alginolyticus, V. parahaemolyticus, V. cholerae, V. mimicus, and V. fluvialis along with Aeromonas hydrophila, A. salmonicida and Shewanella algae were recovered from the shrimps on TC
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ever since the development of the first antibiotic compound with anticancer potential, researchers focused on isolation and characterization of prospective microbial natural products with potential anti-infective and anticancer activities. The present work describes the production of bioactive metabolites by heterotrophic bacteria associated with intertidal seaweeds with potential anti-infective and anticancer activities. The bacteria were isolated in a culture-dependent method and were identified as Shewanella algae MTCC 12715 (KX272635) and Bacillus amyloliquefaciens MTCC 12716 (KX272634) ba
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The reducing capacity (RC) and microbially mediated electron-transfer capacity (ETC) of compost-derived fulvic acid (FA) are closely related to its molecular structure and may influence Fe biogeochemical cycling. However, how these redox functions evolve with FA structure during composting remains poorly understood. Using Fe(III) as a prevalent environmental electron acceptor, this study innovatively quantified the reducing capacity(RC) and microbially mediated electron-transfer capacity(ETC) of FA throughout a full-scale municipal solid waste (MSW) composting process and linked these function
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plant capacity to regulate treatment stability and ecological function of iron-biochar (IC) based constructed wetlands (CWs) operated under long-term PFOA exposure remains insufficiently understood. In this study, compared with unplanted system, plant (Iris pseudacorus) increased the dynamic transformation of ammonium and nitrate, limited nitrite accumulation, thus promoting total nitrogen removal, which was, on average, 12.54% higher in planted system. Besides, vegetation increased total phosphorus and chemical oxygen demand removal efficiency by 14.21% and 7.97% on average. These improvement
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tetrodotoxin (TTX) is a potent neurotoxin widely distributed in pufferfish and other marine organisms, yet its microbial biosynthetic basis remains unresolved because no definitive bacterial TTX gene cluster has been identified. This study develops a hypothesis-generating comparative-genomic framework to prioritize bacterial genomes for experimental investigation of TTX-related metabolism; it does not demonstrate bacterial TTX biosynthesis. Thirteen genomes representing Pseudoalteromonas, Cytobacillus, Shewanella, and Vibrio were analyzed using whole-genome comparison, average amino acid ident
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemical precipitation of struvite is promising for phosphorus recovery from wastewater. However, metal cations with high phosphate affinity, such as Cd2+, can reduce struvite phase purity and promote heavy-metal incorporation, limiting practical safety. In this study, seawater was used as the magnesium source and Shewanella oneidensis MR-1 as the mineralizing strain to establish a struvite biomineralization system under Cd2+ stress, aiming to remove aqueous Cd2+ using MR-1 while producing struvite with low Cd content. An artificial Cd2+ stress gradient of 1-30 mg L-1 was applied, with 30 mg L
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Electroactive bacteria mediate electron exchange with external compounds through a process known as extracellular electron transfer (EET). A key step in EET is the transfer of electrons from the menaquinone pool to inner membrane-associated quinol-cytochrome c oxidoreductase complexes, which subsequently relay electrons to periplasmic redox partners. Gene-knockout and proteomic analyses have identified several critical components involved in EET in Geobacter sulfurreducens, including six inner membrane oxidoreductase gene clusters. Of these, three - CbcL, ImcH, and CbcBA - have been linked to
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Psychromonas arctica, Shewanella frigidimarina, and Pseudoalteromonas elyakovii have been identified and characterized as major spoilage bacteria in packed blue mussels (Mytilus edulis). This study aimed to analyze spoilage bacterial growth and to characterize the specific metabolic products of these spoilage bacteria. For this purpose, bacterial solutions were transferred onto irradiated mussel substrates and exposed to air or modified atmospheres (MAs) with the following compositions of (%CO2/O2/N2): (40/60/0) and (25/75/0). These packages were stored at 4 °C for 15 days, with quality monito
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVES: The Canary Islands (Spain) serve as the entry point to the European Union for thousands of people each year, many of whom arrive by sea in small boats known as "pateras". The extreme conditions of the journey often result in complex clinical presentations upon arrival.
OBJECTIVE: To evaluate the characteristics of patients admitted to a tertiary referral center after a journey in a patera boat.
MATERIALS AND METHODS: We conducted a retrospective cross-sectional observational study including migrant patients after a journey in a patera boat who required admission to
СтатьяНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Farming seabass (Dicentrarchus labrax) is an essential activity in the Mediterranean basin including the Aegean Sea. The main seabass producer is Turkey accounting for 155,151 tons of production in 2021. In this study, skin swabs of seabass farmed in the Aegean Sea were analysed with regard to the isolation and identification of Pseudomonas. Bacterial microbiota of skin samples (n = 96) from 12 fish farms were investigated using next-generation sequencing (NGS) and metabarcoding analysis. The results demonstrated that Proteobacteria was the dominant bacterial phylum in all samples. At the spec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.