Helicobacter pylori infection is strongly associated with gastritis, gastroduodenal ulcer disease and gastric carcinoma. The virulence of H. pylori strains increases with the presence of the pathogenicity island PAI, which encodes a Type 4 Secretion System and the oncoprotein CagA. Two major CagA types can be distinguished by differences in the repetitive EPIYA region in the C-terminal sequence; the more virulent East Asian CagA type with EPIYA-A, -B, and -D motifs and the Western CagA type with EPIYA-A, -B, and C motifs, the virulence of which is associated with the multitude of EPIYA-C motif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Underwater adhesion remains a complex challenge due to the interference of water with traditional bonding mechanisms. Marine organisms, such as mussels, sandcastle worms, and barnacles, have evolved specialized adhesive proteins that overcome these limitations through functional amino acid motifs. This review highlights how post-translationally derived amino acid motifs, such as 3,4-dihydroxylphenylalanine (DOPA) and phosphoserine, drive interfacial adhesion and the curing process through interfacial binding, metal coordination, and crosslinking. Alongside these, canonical amino acids, such as
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present the complete amino acid sequence of Imperatoxin A (IpTx(a)), a 33-amino-acid peptide from the venom of the scorpion P. imperator which activates Ca2+ release channels/ryanodine receptors (RyR) of sarcoplasmic reticulum (SR). The amino acid sequence of IpTx(a) shows no homology to any scorpion toxin so far described, but shares some homology to the amino acid sequence of Tx2-9 and agelenin, two spider toxins that target neuronal P-type Ca2+ channels. We also describe the total synthesis of IpTx(a) and demonstrate that it efficiently activates RyRs with potency and affinity identical
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two phosphatidylinositol 4-kinase isozymes, type 3 and type 2, have been separated on hydroxylapatite after solubilizing bovine brain microsomes with Triton X-114. Employing a newly developed renaturation procedure following SDS-PAGE, we demonstrate that a 200 kDa polypeptide carries the enzyme activity of this type 3 isoform. Chromatography on hydroxylapatite, Heparin-Sepharose, Superdex 200 and finally SDS-PAGE results in an approximately 30,000-fold purification. Tryptic peptides generated from the 200 kDa polypeptide after SDS-PAGE have been sequenced and the obtained data have been used f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To analyze the gene sequences of Trx1 and Trx2 of Helicobacter pylori (HP) from different gastric diseases, define the amino acid sequences and investigate the relationship with these diseases.
METHODS: The HP strains were isolated from gastric mucosa of 25 patients with chronic gastritis, peptic ulcer and gastric cancer respectively and cultured on solid blood agar medium. The primers of Trx1 and Trx2 were designed according to the sequences of GenBank. The Trx1 and Trx2 were respectively amplified by PCR (polymerase chain reaction) and were sequenced by the bioinformatics method.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mammalian verprolin family consists of three family members: WIP, WIRE and CR16. WIRE was recently found to bind to WASP and N-WASP and to have roles in regulating actin dynamics downstream of the platelet-derived growth factor beta-receptor. In the current study, the WASP-binding domain of WIRE was identified, with the core of the binding motif encompassing amino acid residues 408-412. A stretch of aromatic amino acid residues close to the core motif also participates in WASP binding. Amino acid substitutions in each of these motifs abrogated WASP binding, suggesting that both motifs are
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bipolar-disorder (manic-depressive illness) is a severe chronic illness affecting ∼1% of the adult population. It is treated with mood-stabilizers, the prototypic one being lithium-salts (lithium), but it has life threatening side-effects and a significant number of patients fail to respond. The lithium-inhibitable enzyme inositol-monophosphatase (IMPase) is one of the viable targets for lithium's mechanism of action. Calbindin-D28k (calbindin) up-regulates IMPase activity. The IMPase-calbindincomplex was modeled using the program MolFit. The in-silico model indicated that the 55-66 amino-acid
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We identified and cloned a novel 9,078-bp cDNA, designated TPRDI, from the Down syndrome-critical region by exon trapping. The cDNA encodes a putative protein (TPRDI) of 2,025 amino acid residues. Two isoforms, TPRDII (8,992 bp) and TPRDIII (7,416 bp), were also isolated. TPRDII, which is probably an alternative splicing product from the TPRD gene transcript, encodes two large open reading frames (ORFs) of 200 amino acid residues and 1,792 amino acid residues, respectively. TPRDIII, which is probably generated by transcription from an alternative start site of the TPRD gene, encodes a putative
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Short linear motifs (SLiMs) are key to cell physiology mediating reversible protein-protein interactions. Precise identification of SLiMs remains a challenge, being the main drawback of most bioinformatic prediction tools, their low specificity (high number of false positives). An important, usually overlooked, aspect is the relation between SLiMs mutations and disease. The presence of variants in each residue position can be used to assess the relevance of the corresponding residue(s) for protein function, and its (in)tolerance to change. In the present work, we combined sequence variant info
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: To investigate Helicobacter pylori (H. pylori) CagA diversity and to evaluate the association between protein polymorphisms and the occurrence of gastric pathologies.
METHODS: One hundred and twenty-two clinical isolates of H. pylori cultured from gastric biopsies obtained from Colombian patients with dyspepsia were included as study material. DNA extracted from isolates was used to determine cagA status, amplifying the C-terminal cagA gene region by polymerase chain reaction. One hundred and six strains with a single amplicon were sequenced and results were used to characterize the 3' v
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-Amino acids serve as essential motifs in a wide array of bioactive compounds, pharmaceuticals, and natural products, playing a crucial role in the development of peptides and peptidomimetics. Transition-metal-catalyzed carbonylative functionalization represents an ideal strategy for synthesizing carbonyl-containing compounds. In this context, we disclose a primary tosyl amidyl radical initiated 1,2-amino-alkoxycarbonylation of unactivated alkenes, which offers a straightforward and efficient approach to synthesize β-amino acid derivatives.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The CuI -catalyzed selective α-alkylation of α-amino acid and peptide derivatives with 2-alkyl-1,3-dioxolanes is reported. This oxidative coupling is distinguished by its site-specificity, high diastereoselectivity, and chirality preservation and exhibits absolute chemoselectivity for N-aryl glycine motifs over other amino acid units. Collectively, the method allows for the assembly of challenging quaternary centers, as well as compounds derived from natural products of high structural complexity, which may provide ample opportunities for late-stage functionalization of peptides.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intersectin 1L (ITSN1L) acts as a specific guanine nucleotide exchange factor (GEF) for the small guanine nucleotide binding protein Cdc42 via its C-terminal DH domain. Interestingly, constructs of ITSN1L that comprise additional domains, for instance the five SH3 domains amino-terminal of the DH domain, were shown to be inhibited in their exchange factor activity. Here, we investigate the inhibitory mechanism of ITSN1L in detail and identify a novel short amino acid motif which mediates autoinhibition. We found this motif to be located in the linker region between the SH3 domains and the DH d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Banzi is a mosquito borne flavivirus which belongs to the Uganda S serocomplex. No nucleotide sequence data have previously been reported from any virus of this serocomplex. We have determined the nucleotide sequence of the NS5 gene from Banzi virus and the predicted amino acid sequence was elucidated. Previously identified conserved RNA polymerase, methyltransferase and flavivirus NS5 amino acid motifs were present in the Banzi virus NS5 protein. These data add to the evidence for the functional importance of the regions. The encoded amino acid sequence was compared with the predicted amino a
Сравнительное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pocket motifs and their amino acid positions of HLA molecules are known to govern antigen presentation to effector cells. Our objective was to analyse their influence on the risk of graft-versus-host disease (GVHD) and relapse after umbilical cord blood transplant (UCBT). The transplant characteristics of 849 patients with acute leukaemia were obtained from the Eurocord/EBMT database. Higher acute (a) GVHD was associated with homozygosity of UCB HLA-C amino acid positions 77 and 80 (NN/KK) (p = 0.008). Severe aGVHD was associated with HLA-A pocket B YSAVMENVHY motif (p = 0.002) and NN and RR g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The NTPase/helicase of Flaviviridae viruses is one of the essential components of their replication complex. The enzyme is defined by the presence of seven highly conserved amino acid motifs. Random screening of numerous hepatitis C virus (HCV) derived peptides, revealed a basic amino acid stretch corresponding to motif VI of the HCV NTPase/helicase (amino acids 1487-1500 of the HCV polyprotein). This peptide inhibited the unwinding activity of the enzyme with an IC(50)=0.2 microM. Peptides corresponding to motif VI of HCV, West Nile virus (WNV) and Japanese encephalitis virus (JEV) were synth
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins play a crucial role in biological processes, with their functions closely related to structure. Protein functions are often associated with specific motifs, which are short amino acid sequences exhibiting particular patterns. Most bioinformatics tools focus on identifying known motifs and they lack the ability to analyze the impact of single substitutions on entire domains or motifs. To address these limitations, we developed PMScanR (Protein Motif Scanner in R), an R package that automates the prediction and evaluation of the impact of single amino acid substitutions on protein motif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The subtilisin-like macrocyclase PatGmac is produced by the marine cyanobacterium Prochloron didemni. This enzyme is involved in the last step of the biosynthesis of patellamides, a cyanobactin type of ribosomally expressed and post-translationally modified cyclic peptides. PatGmac recognizes, cleaves, and cyclizes precursor peptides after a specific recognition motif comprised of a C-terminal tail with the sequence motif -AYDG. The result is the native macrocyclic patellamide, which has eight amino acid residues. Macrocyclase activity can be exploited by incorporating that motif in other shor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Giardia lamblia undergoes surface antigenic variation. The variant-specific surface proteins (VSPs) are a distinct family of cysteine-rich proteins. Characteristically, cysteine residues occur mostly as CXXC tetrapeptides. Four of the reported five VSPs contain a putative metal-binding domain that resembles other metal-binding motifs; the fifth is closely related but lacks an essential histidine. Three different native VSPs bound Zn2+. Co2+, Cu2+, and Cd2+ inhibited Zn2+ binding. Analysis of recombinant VSP fusion proteins showed that the putative binding motif bound Zn2+. Surprisingly, peptid
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cohesin complex is responsible for the fidelity of chromosomal segregation during mitosis. It consists of four core subunits, namely Rad21/Mcd1/Scc1, Smc1, Smc3, and one of the yeast Scc3 orthologs SA1 or SA2. Sister chromatid cohesion is generated during DNA replication and maintained until the onset of anaphase. Among the many proposed models of the cohesin complex, the 'core' cohesin subunits Smc1, Smc3, and Rad21 are almost universally displayed as tripartite ring. However, other than its supportive role in the cohesin ring, little is known about the fourth core subunit SA1/SA2. To gai
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.