Using anion-exchange high performance liquid chromatography under non-denaturing conditions, the conformational flexibility of adenosine-, ampicillin-, and quinine aptamers were studied. It was found that all three aptamers showed more than one species when not subjected to thermal anneal. Addition of ligand to untreated aptamers did not significantly change the structural distribution. Upon heating followed by slow cooling, however, all three aptamers were found to exist virtually solely in one structure, presumably the partial hairpin species. It was also found that sonication of quinine apt
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many potent antibiotics fail to treat bacterial infections due to emergence of drug-resistant strains. This surge of antimicrobial resistance (AMR) calls in for the development of alternative strategies and methods for the development of drugs with restored bactericidal activities. In this context, we surmised that identifying aptamers using nucleotides connected to antibiotics will lead to chemically modified aptameric species capable of restoring the original binding activity of the drugs and hence produce active antibiotic species that could be used to combat AMR. Here, we report the synthe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aptamer-based methods for detecting pesticides are more efficient than antibody-based methods by high thermal stability, low molecular weight, easy modification, and low cost. In this study, the systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) process, combined with next-generation sequencing (NGS), was performed to select aptamers specific to the pesticide, diazinon, which was fixed on a sol-gel-coated nanoporous-anodized aluminum oxide membrane to overcome the immobilization effect of general method and simplify the elution step. The frequency of specific nucleotide sequence
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aptamers are short oligonucleotides capable of binding specifically to various targets (i.e., small molecules, proteins, and whole cells) which have been introduced in biosensors such as in the electrochemical aptamer-based (E-AB) sensing platform. E-AB sensors are comprised of a redox-reporter-modified aptamer attached to an electrode that undergoes, upon target addition, a binding-induced change in electron transfer rates. To date, E-AB sensors have faced a limitation in the translatability of aptamers into the sensing platform presumably because sequences obtained from Systematic Evolution
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Riboswitches are structural elements in the 5' untranslated regions of many bacterial messenger RNAs that regulate gene expression in response to changing metabolite concentrations by inhibition of either transcription or translation initiation. The preQ1 (7-aminomethyl-7-deazaguanine) riboswitch family comprises some of the smallest metabolite sensing RNAs found in nature. Once ligand-bound, the transcriptional Bacillus subtilis and translational Thermoanaerobacter tengcongensis preQ1 riboswitch aptamers are structurally similar RNA pseudoknots; yet, prior structural studies have characterize
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuroinflammation is the precursor for several neurodegenerative diseases (NDDs), such as Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD), and multiple sclerosis (MS). Targeting neuroinflammation has emerged as a promising strategy to address a wide range of CNS pathologies. These NDDs still present significant challenges in terms of limited and ineffective diagnosis and treatment options, driving the need to explore innovative and novel therapeutic alternatives. Aptamers are single-stranded nucleic acids that offer the potential for addressing these challenges through diagnostic and therap
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The generally accepted model of the miRNA-guided RNA down-regulation suggests that mature miRNA targets mRNA in a nucleotide sequence-specific manner. However, we have shown that the nucleotide sequence of miRNA is not the only determinant of miRNA specificity. Using specific nucleases, T1, V1 and S1 as well as NMR, UV/Vis and CD spectroscopies, we found that miR-21, miR-93 and miR-296 can adopt hairpin and/or homoduplex structures. The secondary structure of those miRNAs in solution is a function of RNA concentration and ionic conditions. Additionally, we have shown that a formation of miRNA
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacillus anthracis, the causative agent of anthrax, poses a substantial threat to public health and national security, and is recognized as a potential bioweapon due to its capacity to form resilient spores with enduring viability. Inhalation or ingestion of even minute quantities of aerosolized spores can lead to widespread illness and fatalities, underscoring the formidable lethality of the bacterium. With an untreated mortality rate of 100%, Bacillus anthracis is a disconcerting candidate for bioterrorism. In response to this critical scenario, we employed state-of-the-art computational too
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) is critical for identifying genetic disorders, assessing pathogen drug resistance and preventing infection transmission. Achieving a delicate balance across sequence-specific recognition, RNA structural stability and functional efficacy based on SNP-induced changes is crucial for precise genotyping using RNA-based probes. Here we report on in silico-designed aptamer-based RNA switches, referred to as 'fast aptamer-based reporters for single-nucleotide-specific identification and genotyping through hybridization' (FARSIGHTs), that ena
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatitis C virus (HCV)-encoded nonstructural protein 3 (NS3) possesses protease, NTPase, and helicase activities, which are considered essential for viral proliferation. Thus, HCV NS3 is a good putative therapeutic target protein for the development of anti-HCV agents. In this study, we isolated specific RNA aptamers to the helicase domain of HCV NS3 from a combinatorial RNA library with 40-nucleotide random sequences using in vitro selection techniques. The isolated RNAs were observed to very avidly bind the HCV helicase with an apparent Kd of 990 pM in contrast to original pool RNAs with a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The continuous emergence of SARS-CoV-2 variants with enhanced transmissibility and immune escape capability underscores the urgent need for mutation-independent anti-viral strategies. SARS-CoV-2 non-structural protein 12 (NSP12), which encodes the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), is an essential component of the viral replication complex and represents a highly conserved target for therapeutic intervention. In this study, we developed RNA aptamers, composed of 2'-hydroxyl nucleotides or 2'-fluoro pyrimidines, targeting NSP12 using the SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid and accurate detection of pathogenic bacteria is a pressing concern in the fields of public health, food safety, and environmental monitoring. However, traditional methods often prove to be slow and difficult to quantify accurately. Thus, there is a pressing need to develop advanced methods that enable rapid detection which is sensitive and inexpensive. Aptamers, which are short nucleic acid sequences derived through a process called systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX), offer a promising alternative due to their unique binding characteristics. These prop
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present an optimer-enabled photonic crystal paper device (OPCD) for rapid, multiplexed detection of orthopoxviruses, alongside a fundamental insight into aptamer structure-function relationships. By systematically truncating computationally designed 40-nucleotide DNA aptamers targeting A-type inclusion protein (A27L) proteins from cowpox, monkeypox, and vaccinia viruses, we identified a structural threshold at 32 nucleotides that defines the minimal functional binding core. Level 1 optimers (32 nt) retain 88-92% of the parent aptamer affinity while reducing synthesis costs by ∼20%, achievin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Target-immobilized magnetic beads-based Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (target-immobilized Mag-SELEX) has emerged as a powerful tool for aptamer selection owing to its convenience, efficiency, and versatility. However, in this study we systematically investigated non-specific adsorption in target-immobilized Mag-SELEX and found that the non-specific adsorption of the oligonucleotides to target-labeled magnetic beads was comparable to that of the screening libraries, indicating a substantial portion of captured sequences likely stem from non-specific adsorption. Longe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucellae are Gram-negative, aerobic, non-motile coccobacilli causing brucellosis in man and animals. The disease is one of the most significant yet neglected global zoonoses. Especially in developing countries, brucellosis is causing public health problems and economic losses to private animal owners and national revenues. Composed of oligonucleotides, aptamers are chemical analogues of antibodies that are promising components for developing aptamer-based rapid, sensitive, and specific tests to identify the Brucella group of bacteria. For this purpose, aptamers were generated and selected by
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Roxithromycin is a broad-spectrum antibiotic widely used in human and livestock. It is continually released and accumulated in our natural environment. It exhibited an extreme resistance to microbial biodegradation and has a serious impact on ecosystem and human health. It is in urgent need of establishing a rapid and efficient method for the detection of environmental roxithromycin. This study was based on capture-SELEX to select aptamers against roxithromycin from an initial library containing randomized ssDNA sequences. Candidate aptamers were obtained by 16 rounds of capture-SELEX process.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Interleukin-17A (IL-17A) is an important pro-inflammatory cytokine observed in the development of many disorders, such as psoriasis, rheumatoid arthritis, and multiple sclerosis. The anti-IL-17A biological drugs, including Secukinumab, Ixekizumab, and Brodalumab, are monoclonal antibodies approved for several disease treatments. Due to the disadvantages of biological therapies, including their immunogenicity, difficulties in scale generation, and high production costs and time, it is necessary to find new alternative anti- IL-17A agents for these monoclonal antibodies. Our study ai
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Danofloxacin is a synthetic fluoroquinolone with broad spectrum antibacterial activity that is used for the treatment of respiratory diseases in animal husbandry. However, danofloxacin has many adverse reactions and is toxic to humans. Especially, it detrimentally affects muscle, central nerve system, peripheral nerve system, liver, and skin in those who ingest foods in which danofloxacin has accumulated. Prescreening and determination of the level of danofloxacin in foods or food products is necessary for human health. Aptamers are composing of oligonucleotides that specifically interact with
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enzyme activity requires sequential binding and chemical transformation of substrates. While directed evolution and random mutagenesis are common methods for improving catalytic activity, these methods do not allow for independent control of KM and kcat. To achieve such control, we envisioned that the colocalization of aptamers and enzymes that act on the same molecule could increase catalytic efficiency through preconcentration of substrate. We explored this concept with cocaine esterase and anticocaine aptamers having varying KD values, both encapsulated in MS2 virus-like particles. Rate enh
СтатьяПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aptamers are single-stranded DNA or RNA molecules capable of tightly binding to specific targets. These functional nucleic acids are obtained by an in vitro Darwinian evolution method coined SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment). Compared to their proteinaceous counterparts, aptamers offer a number of advantages including a low immunogenicity, a relative ease of large-scale synthesis at affordable costs with little or no batch-to-batch variation, physical stability, and facile chemical modification. These alluring properties have propelled aptamers into the forefron
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.