DPANN are small-celled archaea that are generally predicted to be symbionts, and in some cases are known episymbionts of other archaea. As the monophyly of the DPANN remains uncertain, we hypothesized that proteome content could reveal relationships among DPANN lineages, constrain genetic overlap with bacteria, and illustrate how organisms with hybrid bacterial and archaeal protein sets might function. We tested this hypothesis using protein family content that was defined in part using 3,197 genomes including 569 newly reconstructed genomes. Protein family content clearly separates the final
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The archaeal isolate J.3.6.1-F.2.7.3T was obtained from an anaerobic enrichment culture, where it may play an important role in methane production during pyrite formation. The new isolate formed a species-level clade with Methanospirillum hungatei strains GP1 and SK, which is separate from the type strain JF-1T. Cultivation-independent surveys indicate the occurrence of this phylogenetic group in sediments and anaerobic digesters. The abundance of this clade appears to be negatively affected by high nitrogen loads, indicating a sensitivity to certain nitrogen compounds that is not known in M.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The gut microbiota comprises a diverse and dynamic community of microorganisms that collectively enhance host metabolism, physiology, and overall functionality. In this context, the swine archaeome remains largely underexplored despite growing evidence that archaea may greatly influence host health. Advances in high-throughput approaches provide new opportunities to reveal the dynamics and composition of archaea. Herein, we uncover the taxonomic and functional landscape of the piglet archaeome during the weaning transition under multiple experimental conditions, integrating shotg
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Anaerobic digestion is a complex microbial process that mediates the transformation of organic waste into biogas. The performance and stability of anaerobic digesters relies on the structure and function of the microbial community. In this study, we asked whether the deterministic effect of wastewater composition outweighs the effect of reactor configuration on the structure and dynamics of anaerobic digester archaeal and bacterial communities. Biotic and abiotic factors acting on microbial community assembly in two parallel anaerobic digestion systems, an upflow anaerobic sludge blanket diges
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The archaeal model microorganism Methanothermobacter marburgensis has been studied for methane production for decades. However, genetic modifications are required to harness M. marburgensis for the generation of novel archaeal cell factories for industrial-scale production of commodity and high-value chemicals. Only the development of tools for genetic engineering opens up this possibility. Here, we present the establishment of the first markerless mutagenesis system for genetic modification of M. marburgensis. This system allows the recycling of positive selection markers and enab
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microorganisms produce natural products that are frequently used in the development of antibacterial, antiviral, and anticancer drugs, pesticides, herbicides, or fungicides. In recent years, genome mining has evolved into a prominent method to access this potential. antiSMASH is one of the most popular tools for this task. Here, we present version 3 of the antiSMASH database, providing a means to access and query precomputed antiSMASH-5.2-detected biosynthetic gene clusters from representative, publicly available, high-quality microbial genomes via an interactive graphical user interface. In v
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In all organisms, specialized systems are devoted to repair of DNA lesions induced by exposure to UV light. In both Eucarya and Bacteria, UV-induced pyrimidine dimers in the transcribed strand of active genes are repaired at a faster rate compared to the non-transcribed strand and the rest of the genome. Preferential repair of transcribed strands requires the Transcription-Repair Coupling Factor in Escherichia coli and the CSA and CSB proteins in humans. These factors are needed for coupling of transcription to nucleotide excision repair (NER), a major pathway for repair of UV-induced lesions.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A common belief is that evolution generally proceeds towards greater complexity at both the organismal and the genomic level, numerous examples of reductive evolution of parasites and symbionts notwithstanding. However, recent evolutionary reconstructions challenge this notion. Two notable examples are the reconstruction of the complex archaeal ancestor and the intron-rich ancestor of eukaryotes. In both cases, evolution in most of the lineages was apparently dominated by extensive loss of genes and introns, respectively. These and many other cases of reductive evolution are consistent with a
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methyl mercury, a toxic compound, is produced by anaerobic microbes and magnifies in aquatic food webs, affecting the health of animals and humans. The exploration of mercury methylators based on genomes is still limited, especially in the context of river ecosystems. To address this knowledge gap, we developed a genome catalogue of potential mercury-methylating microorganisms. This was based on the presence of hgcAB from the sediments of a river affected by two run-of-river hydroelectric dams, logging activities and a wildfire. Through the use of genome-resolved metagenomics, we discovered a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DPANN is known as highly diverse, globally widespread, and mostly ectosymbiotic archaeal superphylum. However, this group of archaea was overlooked for a long time, and there were limited in-depth studies reported. In this investigation, 41 metagenome-assembled genomes (MAGs) belonging to the DPANN superphylum were recovered (18 MAGs had average nucleotide identity [ANI] values of <95% and a percentage of conserved proteins [POCP] of >50%, while 14 MAGs showed a POCP of <50%), which were analyzed comparatively with 515 other published DPANN genomes. Mismatches to known 16S rRNA gene primers we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent omics studies have provided invaluable insights into the metabolic potential, adaptation, and evolution of novel archaeal lineages from a variety of extreme environments. We utilized a genome-resolved metagenomic approach to recover eight medium- to high-quality metagenome-assembled genomes (MAGs) that likely represent a new order ("Candidatus Sysuiplasmatales") in the class Thermoplasmata from mine tailings and acid mine drainage (AMD) sediments sampled from two copper mines in South China. 16S rRNA gene-based analyses revealed a narrow habitat range for these uncultured archaea limite
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mechanisms for the maintenance of chronic viruses are poorly understood, particularly for archaeal viruses. Here, we identify the product of Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (SSV1) ORF a291 as a putative virally encoded toxin required for growth inhibition but dispensable for viral replication and virion production. Viruses lacking ORF a291 replicated their genomes and formed morphologically normal spindle-shaped particles, yet failed to inhibit the growth of uninfected Saccharolobus solfataricus. Substitution of residues at a predicted N-terminal signal peptide cleavage site abolished growth
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methanogenesis mediated by archaea is the main source of methane, a strong greenhouse gas, and thus is critical for understanding Earth's climate dynamics. Recently, genes encoding diverse methanogenesis pathways have been discovered in metagenome-assembled genomes affiliated with several archaeal phyla1-7. However, all experimental studies on methanogens are at present restricted to cultured representatives of the Euryarchaeota. Here we show methanogenic growth by a member of the lineage Korarchaeia within the phylum Thermoproteota (TACK superphylum)5-7. Following enrichment cultivation of 'C
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Signal peptides direct proteins from the cytoplasm to the periplasm. These N-terminal peptides are cleaved upon entry to the periplasm by either signal peptidase I, or signal peptidase II for lipoproteins. Signal peptidase I is a serine protease that has either a serine-lysine or serine-histidine catalytic dyad present in the active site. The recognition site for signal peptide cleavage by signal peptidase I has been defined primarily by an Ala-X-Ala motif at the C-terminal end of the signal peptide, one amino acid away from the cleavage site. We used a verified set of signal peptidase I cleav
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most microbial species are represented by a single genome in public databases. The lack of genomes for these 'singleton' organisms limits our understanding of their pan-genome diversity and evolution. Although the Sequence Read Archive (SRA) contains millions of sequencing datasets that could be used to expand our understanding of many species, the extent to which under-represented microbial species are present at levels sufficient for genome recovery is unclear. Here, we show that the pre-computed taxonomic profiles generated by the National Center for Biotechnology Information SRA Taxonomy A
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Short tandem repeats (STRs) are widespread, dynamic repetitive elements with a number of biological functions and relevance to human diseases, genome plasticity and adaptation. However, their prevalence across taxa remains poorly characterized.
RESULTS: Here, we examined the prevalence and distribution of STRs across the complete genomes of 117,861 organisms spanning the tree of life. We find that there are large differences in the frequencies of STRs between organismal genomes, and these differences are largely driven by the taxonomic group an organism belongs to. Using simulated
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During attempts to obtain novel, human-associated species of the domain Archaea, a coccoid micro-organism, designated strain B10(T), was isolated in pure culture from a sample of human faeces collected in Marseille, France. On the basis of its phenotypic characteristics and 16S rRNA and mcrA gene sequences, the novel strain was classified as a methanogenic archaeon. Cells of the strain were non-motile, Gram-staining-positive cocci that were approximately 850 nm in diameter and showed autofluorescence at 420 nm. Cells were lysed by 0.1% (w/v) SDS. With hydrogen as the electron donor, strain B10
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Candidate Phyla Radiation (CPR), also referred to as superphylum Patescibacteria, is a very large group of bacteria with no pure culture representatives discovered by 16S rRNA sequencing or genome-resolved metagenomic analyses of environmental samples. Within the CPR, candidate phylum Parcubacteria, previously referred to as OD1, is prevalent in anoxic sediments and groundwater. Previously, we had identified a specific member of the Parcubacteria (referred to as DGGOD1a) as an important member of a methanogenic benzene-degrading consortium. Phylogenetic analyses herein place DGGOD1a within
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The family Krittikaviridae includes dsDNA viruses associated with the marine archaeal lineage Poseidoniales. These viruses have been identified through metagenomic analysis of brackish estuarine samples and are closely related to other 'magroviruses'. The family belongs to the order Magrovirales and includes the genus Velanvirus and the species Velanvirus brisbanense. Viruses in the family have a genome of about 80 kbp that includes modules for DNA replication and virion morphogenesis. Krittikavirids are predicted to form virions with an icosahedral capsid and helical tail, characteristic of v
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The porcine gut microbiome is crucial for pig health and key to its production performance. However, genome-level analysis across multiple kingdoms remains limited. Here, we reconstructed the unified pig gastrointestinal genome (UPGG), including bacterial, archaeal, and annotated over 78 million non-redundant protein-coding genes using 5784 metagenome samples. We identified antibiotic resistance genes (ARGs) and mobile genetic elements (MGEs), and the distribution of 72,056 metabolic gene clusters within existing populations. We have constructed pan-genomes of 436 high-quality microbial specie
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования