Oncogenic fusion proteins generated by chromosomal translocations play major roles in cancer. Among them, fusions between EWSR1 and transcription factors generate oncogenes with powerful chromatin regulatory activities, capable of establishing complex gene expression programs in permissive precursor cells. Here we define the epigenetic and 3D connectivity landscape of Clear Cell Sarcoma, an aggressive cancer driven by the EWSR1-ATF1 fusion gene. We find that EWSR1-ATF1 displays a distinct DNA binding pattern that requires the EWSR1 domain and promotes ATF1 retargeting to new distal sites, lead
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two distinct clinical syndromes have been associated with the p11.12 region of the short arm of chromosome 8: stem-cell myeloproliferative disorder (B-or T-cell lymphoblastic leukemia/lymphoma with myeloid hyperplasia and peripheral blood eosinophilia) and acute myeloid leukemia (myelomonocytic or monocytic with erythrophagocytosis). The FGFR1 and MOZ genes are rearranged in these diseases and encode one of the four fibroblast growth factor receptors and a member of a novel histone acetyltransferase family, respectively. The predicted fusion proteins that are putatively oncogenic - FOP-FGFR1,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Colorectal carcinoma (CRC) harboring oncogenic fusions has been reported to be highly enriched in mismatch repair deficient (dMMR) tumors with MLH1 hypermethylation (MLH1me+) and wild-type BRAF and RAS. In this study, dMMR CRCs were screened for oncogene fusions using sequential DNA and RNA next generation sequencing (NGS).
RESULTS: Comprehensive analysis of fusion variants, genetic profiles and clinicopathological features in fusion-positive dMMR CRCs was performed. Among 193 consecutive dMMR CRCs, 39 cases were identified as MLH1me+ BRAF/RAS wild-type. Eighteen fusion-positive c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BCR-ABL is the oncogenic fusion product of tyrosine kinase ABL1 and a highly frequent driver of acute lymphocytic leukemia (ALL) and chronic myeloid leukemia (CML). The kinase activity of BCR-ABL is strongly elevated; however, changes of substrate specificity in comparison to wild-type ABL1 kinase are less well characterized. Here, we heterologously expressed full-length BCR-ABL kinases in yeast. We exploited the proteome of living yeast as an in vivo phospho-tyrosine substrate for assaying human kinase specificity. Phospho-proteomic analysis of ABL1 and BCR-ABL isoforms p190 and p210 yielded
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nuclear localization of HIPPO-YAP fusion proteins has been implicated in supratentorial ependymoma development. Here, unexpectedly, we find that liquid-liquid phase separation, rather than nuclear localization, of recurrent patient-derived YAP fusions, YAP-MAMLD1 and C11ORF95-YAP, underlies ependymoma tumourigenesis from neural progenitor cells. Mutagenesis and chimaera assays demonstrate that an intrinsically disordered region promotes oligomerization of the YAP fusions into nuclear, puncta-like, membrane-less condensates. Oligomerization and nuclear condensates induced by YAP fusion with a c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The WWTR1 (protein is known as TAZ)-CAMTA1 (WC) fusion gene defines epithelioid hemangioendothelioma, a malignant vascular cancer. TAZ (transcriptional coactivator with PDZ binding motif) is a transcriptional coactivator and end effector of the Hippo tumor suppressor pathway. It is inhibited by phosphorylation by the Hippo kinases LATS1 and LATS2. Such phosphorylation causes cytoplasmic localization, 14-3-3 protein binding and the phorphorylation of a terminal phosphodegron promotes ubiquitin-dependent degradation (the phosphorylation of the different motifs has several effects). CAMTA1 is a p
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: An increase in thyroid cancers, predominantly papillary thyroid carcinoma (PTC), has been recently reported in children.
METHODS: The histopathology of 28 consecutive PTCs from the northeast United States was reviewed. None of the patients (ages 6-18 years; 20 females, 8 males) had significant exposure to radiation. Nucleic acid from tumors was tested for genetic abnormalities (n = 27). Negative results were reevaluated by targeted next-generation sequencing.
RESULTS: Seven of 27 PTCs (26%) had neurotrophic tyrosine kinase receptor (NTRK) fusion oncogenes (NTRK type 3/ets variant
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Centriolar satellites are proteinaceous granules that are often clustered around the centrosome. Although centriolar satellites have been implicated in protein trafficking in relation to the centrosome and cilium, the details of their function and composition remain unknown. FOP (FGFR1 Oncogene Partner) is a known centrosome protein with homology to the centriolar satellite proteins FOR20 and OFD1. We find that FOP partially co-localizes with the satellite component PCM1 in a cell cycle-dependent manner, similarly to the satellite and cilium component BBS4. As for BBS4, FOP localization to sat
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sarcomas are malignant mesenchymal tumors that are extremely rare and divergent. Fusion genes are involved in approximately 30% of sarcomas as driver oncogenes; however, their detailed functions are not fully understood. In this study, we determined the functional significance of 59 sarcoma-related fusion genes. The transforming potential and drug sensitivities of these fusion genes were evaluated using a focus formation assay (FFA) and the mixed-all-nominated-in-one (MANO) method, respectively. The transcriptome was also examined using RNA sequencing of 3T3 cells transduced with each fusion g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial fission is mediated by dynamin-related protein 1 (gene name DNM1L) and fusion by mitofusins (MFN1 and MFN2) and optic atrophy 1. The role of mitochondrial dynamics in liver disease and cancer remains poorly understood. We analyzed single, double, and triple liver-specific KO mice lacking mitochondrial fission and fusion proteins using systematic analyses of mitochondrial morphology, untargeted metabolomics, RNA-seq, hydrodynamic tail vein injection of oncogenes, and human hepatocellular carcinoma samples. Liver-specific Dnm1l-KO (L-Dnm1l-KO) mice showed increased alanine aminotra
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NUT midline carcinoma family member 1 (NUTM1) fusions were originally identified in poorly differentiated and clinically aggressive carcinomas typically located in the midline structures of children and young adults, and collectively known as NUT (midline) carcinomas. Next-generation sequencing later uncovered NUTM1 fusions in a variety of other pediatric and adult cancers of diverse location and type, including hematologic malignancies, cutaneous adnexal tumors, and sarcomas. A vast array of NUTM1 fusions with bromodomain containing 4 (BRD4) or bromodomain containing 3 (BRD3), which are chara
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oncogenic Yes-associated protein (YAP) 1 fusions have been recently identified in several cases of meningioma mostly involving pediatric patients. The meningiomas harboring YAP1-MAML2, which is the most frequent fusion subtype, exhibit activated YAP1 signaling and share similarities with NF2 (neurofibromatosis type 2 gene) mutant meningiomas. We reported a rare case of atypical intraparenchymal meningioma with YAP1-MAML2 fusion in a 20-year-old male. The patient presented with an episode of seizure without a medical history. MRI revealed a lesion in the right temporal lobe without extra-axial
ОбзорКлинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-based phenotypic screening of natural product mixtures can reveal new biological and pharmacological principles but has been largely abandoned, partly because such mixtures can be difficult to deconvolute and often contain toxins that confound "down" assays. We reasoned that these concerns could be partly mitigated by screening prefractionated natural product mixtures in cell-based "up" assays. We tested 326,304 natural product mixtures (40,744 extracts and 285,560 fractions derived from them) in a high throughput screen using mammalian cells expressing an oncogenic version of β-catenin (
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene fusions (GFs) are critical events in pediatric oncology, often serving as oncogenic drivers. However, fusion proteins and their derived neoantigens (GF-NEOs) remain underexplored for targeted immunotherapy. We developed ProteoFusioNEO, a computational tool for the in silico translation of transcriptomic data, analyzing 5,190 pediatric patients with cancer and 935 cell lines, yielding 382 and 446 fusion proteins. We highlight that GFs generate multiple translational outcomes, with 97% being in-frame in patients. Fusion junctions exhibit the sequence motif [KQE][DG], which partly reflects t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fusion genes resulting from chromosomal rearrangements are frequently found in a variety of cancer cells. Some of these are known to be driver oncogenes, such as BCR-ABL in chronic myelogenous leukemia (CML). The products of such fusion genes are abnormal proteins that are ordinarily degraded in cells by a mechanism known as protein quality control. This suggests that the degradation of BCR-ABL protein is suppressed in CML cells to ensure their proliferative activity. Here, we show that ubiquitin-specific protease 25 (USP25) suppresses the degradation of BCR-ABL protein in cells harboring Phil
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many genetically validated targets in cancer, including the transcription factor β-catenin (β-cat), have historically been viewed as undruggable. Cell-based phenotypic screening of chemical compounds can reveal unanticipated biological and pharmacological principles. Natural products are powerful probes because of their superior structural diversity, drug-like properties, and biological activities as compared to unoptimized synthetic compounds. We screened 326,304 natural product mixtures (40,744 extracts and 285,560 fractions derived from them) using mammalian cells expressing an oncogenic ve
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pilocytic astrocytoma is mostly a pediatric tumor with the majority of patients under age 20. Although tumors can occur throughout neuraxis, most tumors are in the cerebellum and optic chiasm. Pilocytic astrocytoma in unusual locations is often associated with different genetic alterations than the classic KIAA1549::BRAF fusion. We report a rare adult pilocytic astrocytoma of the septum pellucidum that presented with progressive headache. A detailed genomic evaluation found a fusion between BRAF and a novel partner RIN2, a gene overexpressed in both low-grade glioma and glioblastoma. The RIN2:
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Defined human primary cell model systems with growth dependence on oncogenes are highly requested to investigate tumor pathogenesis and to validate pharmacological inhibitors that specifically target oncoproteins and their executing protein complex partners. In acute myeloid leukemia (AML), transcription factors such as RUNX1 and MLL1, which are important for normal blood cell development, frequently harbor mutations including chromosomal translocations with other coding genes, resulting in tumor-promoting gain-of-function fusion proteins. These oncoproteins completely modify transcriptional p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oncogenes play a crucial part in human cancer development, and when particular drugs obstruct the proteins produced by these oncogenes, the tumoural process can be ceased. For instance, in chronic myeloid leukaemia (CML), all pathological traits are associated with a single oncogene, BCR-ABL1. CML is a triphasic cancerous disorder of haematopoietic stem cells, marked by a balanced translocation between chromosomes 9 and 22, leading to the genesis of a Philadelphia chromosome encompassing the BCR-ABL1 fusion gene. This fusion oncogene further produces a constitutive active tyrosine kinase prote
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
An increasing number of sarcomas displaying a primitive, monomorphic spindle cell phenotype have been shown to harbor recurrent gene fusions, including biphenotypic sinonasal sarcoma (SNS). Occurring in the sinonasal area of middle-aged patients, SNS is a locally aggressive tumor harboring in 90% of cases recurrent gene fusions involving the PAX3 gene, in which the chimeric transcription factor induces an aberrant dual myogenic and neural phenotype. Here, we report an unusual oropharyngeal monomorphic spindle cell sarcoma in a 53-year-old man that revealed a novel RREB1-MKL2 gene fusion by RNA
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования