Diarrhea is an acute disease of cattle that has been extensively studied in calves; however, it has been far less investigated in adult cattle, despite its significant impact on milk production and animal health. In this study, we investigated an outbreak in a dairy herd in Uruguay for which initial diagnostic testing for the main known pathogens yielded negative results. Therefore, the outbreak was further investigated in depth using shotgun metagenomic sequencing, molecular virology assays and viral isolation. Of the three fecal samples from affected cows that were submitted for diagnostic t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monitoring antibiotic-resistant bacteria (ARB) and understanding the effects of antimicrobial drugs on the human microbiome and resistome are crucial for public health. However, no study has investigated the association between antimicrobial treatment and the microbiome-resistome relationship in long-term care facilities, where residents act as reservoirs of ARB but are not included in the national surveillance for ARB. We conducted shotgun metagenome sequencing of oral and stool samples from long-term care facility residents and explored the effects of antimicrobial treatment on the human mic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The vaginal microbiome plays an important role in female health; it is associated with reproductive success, susceptibility to sexually transmitted infections, and, importantly, the most prevalent vaginal condition in reproduction-age women, bacterial vaginosis (BV). Traditionally, 16S rRNA gene sequencing-based approaches have been used to characterize the composition of vaginal microbiomes, but shallow shotgun metagenomic sequencing (SMS) approaches, in particular when implemented with the Oxford Nanopore Technologies, have important potential advantages with respect to cost effe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent studies have revealed a specific relationship between gut bacteria and inflammatory skin profiles. We aimed to perform a species-level comparative metagenomic analysis of the gut microbiome in patients with psoriasis, hidradenitis suppurativa (HS), and pemphigus foliaceus (PF). We included omnivorous nonsmokers and nondrinkers with psoriasis (n = 24), HS (n = 10), and PF (n = 11), as well as healthy controls (n = 10). We collected faecal samples from all patients for classic parasitological analysis. Gut microbiome analysis was conducted using shotgun next-generation sequencing. We used
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Broad-spectrum antibiotics are invaluable tools for treating pathogenic infections, but their sustained use can contribute to changes in gut microbiome membership and the emergence of antimicrobial resistance. While these unintended side effects are independently well documented, the relationship between them has seldom been investigated. To address this, we quantified the effects of 28-d antibiotic cocktail exposure on metagenome-assembled genomes and antibiotic resistance genes in common marmosets using a custom whole-genome shotgun sequencing pipeline and quantitative polymerase chain react
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The SARS-CoV-2 pandemic has underscored the need for field specimen collection and transport to diagnostic and public health laboratories. Self-collected nasal swabs transported without dependency on a cold chain have the potential to remove critical barriers to testing, expand testing capacity, and reduce opportunities for exposure of health professionals in the context of a pandemic.
OBJECTIVE: We compared nasal swab collection by study participants from themselves and their children at home to collection by trained research staff.
METHODS: Each adult participant collected 1 na
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Environmental microbiome research has advanced through three complementary sequencing modalities, targeted 16S rRNA amplicon sequencing, whole-genome shotgun (WGS) metagenomics, and long-read full-length 16S rRNA profiling, each supported by distinct toolsets with heterogeneous outputs, variable configurations, and different levels of reproducibility documentation. Existing pipelines are typically modality-specific, require substantial configuration expertise, or produce outputs that need further custom scripting before standard ecological analyses can begin. This analytical fragme
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shotgun metagenomics, when sufficient read depth exists for each taxon, enables capturing metagenome-assembled genomes (MAGs) directly from a microbial community. In 2021, an aromatherapy spray contaminated with Burkholderia pseudomallei caused an outbreak of melioidosis in the United States. Metagenome-assembled genome binning depends in part on different nucleotide compositions, and the contaminated aromatherapy spray contained other bacteria, including related species (e.g., Burkholderia cepacia, Burkholderia cenocepacia, Burkholderia multivorans, Burkholderia pseudomultivorans, Cupriavidus
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report a case of a 31-year-old Filipino male with travel history to several European countries in July 2022. He developed five non-tender, well-defined, umbilicated pustules with erythematous borders on the upper lip, left gluteal area, bilateral knees, and left ankle. Skin punch biopsy findings were suggestive of a viral infection. Mpox infection from Clade II (previously known as the West African clade) was confirmed by detecting and amplifying the G2R_G, G2R_WA and C3L gene targets using qPCR. Shotgun metagenomic sequencing subsequently identified a Mpox genome sequence belonging to B.1.
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chlamydia trachomatis is a sexually transmitted pathogen and a global public health concern. Little is known about the microbial composition and function across endocervical, vaginal, and rectal microbiomes in the context of C. trachomatis infection. We evaluated the microbiomes of 10 age-matched high-risk Fijian women with and without C. trachomatis using metagenomic shotgun sequencing (MSS). Lactobacillus iners and Lactobacillus crispatus dominated the vagina and endocervix of uninfected women. Species often found in higher relative abundance in bacterial vaginosis (BV)-Mageeibacillus indoli
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shotgun metagenomes from complex environments such as soil uncover vast biodiversity. Yet most short reads produced by shotgun sequencing cannot be taxonomically or functionally annotated, as they lack a sufficiently comprehensive reference, obscuring the true structure and function of microbial communities. We introduce BBERT, a nucleotide large language model optimized for short reads. Testing on a large cohort of soil metagenomes, we found that BBERT identifies bacterial sequence syntax without relying on reference databases, enabling accurate assignment of taxonomic domain, coding potentia
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-genome sequencing (WGS) has potential for determining the complete drug-resistance profile of clinical Mycobacterium tuberculosis (Mtb) strains. Cetyltrimethylammonium-bromide (CTAB), the conventional method for Mtb DNA extraction, is labour-intensive and difficult to implement in routine laboratory settings. This study evaluated the performance of commercial kits to extract DNA from clinical primary liquid cultures (CPC). Mtb-positive decontaminated sputum sediments were pooled and used to inoculate mycobacteria-growth-indicator tubes (MGIT). Positive non-contaminated MGIT cultures were
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Synthetic microbial communities offer an opportunity to conduct reductionist research in tractable model systems. However, deriving abundances of highly related strains within these communities is currently unreliable. 16S rRNA gene sequencing does not resolve abundance at the strain level, standard methods for analysis of shotgun metagenomic sequencing do not account for ambiguous mapping between closely related strains, and other methods such as quantitative PCR (qPCR) scale poorly and are resource prohibitive for complex communities. We present StrainR2, which utilizes shotgun m
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We developed a highly scalable 'shotgun' DNA synthesis technology by utilizing microchip oligonucleotides, shotgun assembly and next-generation sequencing technology. A pool of microchip oligonucleotides targeting a penicillin biosynthetic gene cluster were assembled into numerous random fragments, and tagged with 20 bp degenerate barcode primer pairs. An optimal set of error-free fragments were identified by high-throughput DNA sequencing, selectively amplified using the barcode sequences, and successfully assembled into the target gene cluster.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chicken infectious anaemia virus (CIAV), infectious bursal disease virus (IBDV), and Eimeria spp. are major immunosuppressive pathogens in chickens that predispose host to secondary infections, including Clostridium septicum-associated hepatic necrosis. In this case, shotgun metagenomic sequencing was applied to identify C. septicum that could not be isolated by traditional bacterial culture in Samgye chickens. Six 35-day-old Samgye chicken carcasses were submitted for disease diagnosis; histopathological examination, and bacterial and viral isolation/identification were performed. Pooled live
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study evaluated the presence of bacterial species in the placenta of women with pre-eclampsia and compared with that of normotensive women. One hundred and twenty participants, comprising 60 pre-eclamptic (30 early- and late-onset, respectively) and 60 age-matched normotensive women (30 early and late-gestation normotensive, respectively) were recruited. After informed consent was obtained, the placenta were obtained through caesarean section with sterile and standardized clinical procedures. DNA was extracted from each tissue, and the samples were pooled into six libraries and sequenced
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We announce five shotgun metagenomics data sets from two Norwegian premise plumbing systems. The samples were shotgun sequenced on two lanes of an Illumina HiSeq 3000 instrument (THRUplex chemistry, 151 bp, paired-end reads), providing an extensive resource for sequence analyses of tap water and biofilm microbial communities.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Target-enriched metagenomic sequencing improves detection of antimicrobial resistance genes (ARGs) relative to standard shotgun metagenomics, but whether DNA input amount influences resistome characterization has not been systematically evaluated.
METHODS: We evaluated target-enriched sequencing using fecal microbial communities from multiple host species and compared results across library preparation kits, DNA input amounts, and sequencing approaches. Composite fecal samples from livestock and humans and individual canine samples were processed using three library preparation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many helminths and protozoa are transmitted to humans through the consumption of contaminated food or water, and this underlines the importance of methods for their detection in these matrices. Due to the difficulties in isolating parasites prior to their identification, indirect detection methods are used, mostly relying upon targeted amplification of nucleic acids via PCR and/or qPCR. With the development of high throughput sequencing technologies, an untargeted detection method, shotgun metagenomics, became available. By sequencing the total DNA extracted from a given source, and through bi
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Whole metagenome shotgun sequencing (WMS) is widely used to profile microbial function. However, technical variability in sequencing and analysis often obscures true biological patterns. Large-scale studies are particularly susceptible to batch effects, such as differences in sequencing depth and platform and annotation strategies, as well as sample-to-flow-cell assignments. However, the relative effects of these factors on functional inference in such studies have yet to be systematically evaluated. We analyzed oral-rinse WMS data from 671 Nigerian youths aged 9-18, sequenced on t
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования