Point-of-care (POC) diagnostics are one of the quick and sensitive detection approaches used in current clinical applications, but always face a performance tradeoff between time-to-result and assay sensitivity. One critical setting where these limitations are evident is the detection of sepsis, where 6-10mL of whole blood may contain as little as one bacterial colony forming unit (cfu). The large sample volume, complex nature of the sample and low analyte concentration necessitates signal enhancement using culture-based or molecular amplification techniques. In the time-critical diagnosis of
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viral-induced DNA damage triggers both eukaryotic and prokaryotic innate immunity. Here, we report that self-DNA ends generated routinely during normal termination of bacterial replication suffice to trigger the P2-encoded OLD antiphage system. Normally, these physiological triggers are cleared by the dual helicase-nuclease activities of the conserved RecBCD enzyme, which acts as an immune safeguard analogous to mammalian TREX1 exonuclease and plant DBR1 debranching enzyme. However, when this clearance fails, the transient self-DNA ends persist and are recognized by ATP-bound OLD dimers via a
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clostridium perfringens forms metabolically dormant endospores that withstand extreme environmental conditions. Small acid-soluble proteins (SASPs) are ubiquitous DNA-binding proteins in endospores that promote resistance. While their protective role has been previously characterized, we aimed to provide further biophysical insight into the nature of these interactions, focusing on variant-specific structural dynamics through novel single-molecule and NMR approaches. Here, we characterize the DNA-binding properties and structural features of two Ssp4 variants using single-molecule fluorescence
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The serious threat of multidrug-resistant (MDR) bacterial infections necessitates innovative and effective strategies to overcome antibiotic resistance. Although antimicrobial peptidomimetics (AMPMs) have demonstrated significant efficacy in addressing bacterial resistance, challenges such as low target selectivity and high toxicity remain. In an attempt to address such challenges, we designed a series of amidated oligopyridinium peptidomimetics that could target both bacterial membranes and DNA selectively over human cells. A lead compound, 1c, exhibited potent broad-spectrum antibacterial ac
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Listeria monocytogenes (Lm) is an opportunistic foodborne pathogen responsible for gastrointestinal illnesses and life-threatening invasive infections. Antimicrobial resistance, virulence, and rapid adaptation to stressful environments in Lm lie in part on its mobile genetic elements (MGE). Here, we aim to characterize the MGE pool of a clinical Lm population using 936 genomes sampled across New York State (USA) from 2000 - 2021. We built a network based on sequence homology among putative MGEs. Within the network are communities of densely interconnected MGEs indicating high genetic similarit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intestinal dysbiosis is a major contributor to colorectal cancer (CRC) development, leading to bacterial translocation into the bloodstream. This study aimed to evaluate the presence of circulated bacterial DNA (cbDNA) in CRC patients (n = 75) and healthy individuals (n = 25). DNA extracted from peripheral blood was analyzed using PCR, with specific primers targeting 16S rRNA, Escherichia coli (E. coli), and Fusobacterium nucleatum (F. nucleatum). High 16S rRNA and E. coli detections were observed in all patients and controls. Only the detection of F. nucleatum was significantly higher in meta
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacteriophages, viruses that infect bacteria, have great specificity for their bacterial hosts at the strain and species level. However, the relationship between the phageome and associated bacterial population dynamics is unclear. Here we generated a computational pipeline to identify sequences associated with bacteriophages and their bacterial hosts in cell-free DNA from plasma samples. Analysis of two independent cohorts, including a Stanford Cohort of 61 septic patients and 10 controls and the SeqStudy cohort of 224 septic patients and 167 controls, reveals a circulating phageome in the pl
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Determination of pathogen-specific bacterial DNA load (BDL) in blood has been shown to be directly correlated with severity of infection in patients with bacteremia. In the diagnostic work-up of patients with Staphylococcus aureus bacteremia (SAB), determination of the primary focus is imperative, because of implications for treatment duration, and ultimately prognosis. Here we investigate whether measurement of BDL in patients with SAB can distinguish between intravascular and extravascular foci of infection.
METHODS: In a consecutive cohort of 43 patients with positive blood cul
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analyzing degraded evidence is an important challenge in forensic casework. Saliva remaining at a crime scene may deteriorate, due to various factors, making it difficult to identify. This study aims to clarify the efficacy of oral gram-positive and -negative bacterial DNA-based identification of saliva for analyzing highly degraded samples. Saliva samples were subjected to three different degradation treatments (heat denaturation: 40-80 °C in wet conditions; microbial decomposition: 1-5 days in humid soil; and ultraviolet (UV) irradiation: 0.01-1 J/cm2). We compared saliva markers' detectabil
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the impending crisis of antimicrobial resistance, there is an urgent need to develop novel antimicrobials to combat difficult infections and MDR pathogenic microorganisms. DNA replication is essential for cell viability and is therefore an attractive target for antimicrobials. Although several antimicrobials targeting DNA replication proteins have been developed to date, gyrase/topoisomerase inhibitors are the only class widely used in the clinic. Given the numerous essential proteins in the bacterial replisome that may serve as a potential target for inhibitors and the relative paucity o
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Previous studies have quantified bacterial loads of Neisseria gonorrhoeae in the pharynx and rectum of men but not the urethra. We quantified the bacterial load of N. gonorrhoeae in men with symptomatic and asymptomatic urethral gonorrhoea infections.
METHODS: Consecutive men diagnosed with urethral gonorrhoea by Aptima Combo 2 testing of urine at the Melbourne Sexual Health Centre between March and July 2016 were eligible for the study: symptomatic men with purulent urethral discharge and asymptomatic men with no urethral symptoms. The gonococcal bacterial load in both groups was
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The objective of this study was to characterize the in vitro and in vivo biological properties of a novel series of small-molecule bacterial type IIA topoisomerase inhibitors.
METHODS: Bacterial susceptibility testing was performed by broth microdilution. Resistance frequencies were determined by plating bacteria onto agar containing test compound and enumerating mutants. Bacteria were passaged using subinhibitory concentrations of antibacterials to generate resistance. Target enzyme inhibition was determined by exposure to antibacterials and DNA; topoisomers were visualized by ge
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To detect bacterial DNA in mastoid granulation tissue from patients with chronic suppurative otitis media (CSOM).
MATERIAL AND METHOD: A two-step polymerase chain reaction (nested polymerase chain reaction) technique was employed. A 16s rRNA universal primer common to all bacteria was used as a bracket primer for the first step PCR reaction. Primers specific to P aeruginosa and S. aureus were then used as nested primers for the second step PCR. Products of this process were identified by DNA sequencing.
RESULTS: Among 15 clinical specimens collected, five showed positive bands spe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
After 200 years of practice, vaccinology has proved to be very effective in preventing infectious diseases. However, several human and animal pathogens exist for which vaccines need to be improved or simply have not yet been discovered. The era of molecular genetic has given a new breath for vaccine development with the achievement of the "Third Generation of Vaccines": the DNA vaccine. In this article, we reviewed strategies that have been used to improve and modulate the immune response induced by DNA vaccines, using as a model the intracellular bacterial pathogen Brucella abortus. First, we
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ultraviolet-light emitting diodes (UV-LEDs) have garnered attention for their efficient bacterial inactivation. However, in previous studies, it has been difficult to strictly compare the bacterial inactivation effect of UV irradiation among wavelengths differing by a few nanometers because detailed UV irradiation conditions for comparison, such as the LED characteristics at each wavelength and power supply characteristics, have not been established. Therefore, this study aimed to evaluate UV inactivation of 10 bacterial strains across 13 wavelengths (250-365 nm) using a standardized irradiati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NK-lysin is an antimicrobial protein produced by cytotoxic T lymphocytes and natural killer cells. In this study, we examined the biological property of a peptide, NKLP27, derived from tongue sole (Cynoglossus semilaevis) NK-lysin. NKLP27 is composed of 27 amino acids and shares little sequence identity with known NK-lysin peptides. NKLP27 possesses bactericidal activity against both Gram-negative and Gram-positive bacteria including common aquaculture pathogens. The bactericidal activity of NKLP27 was dependent on the C-terminal five residues, deletion of which dramatically reduced the activi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer-related mortality in the United States. While the gut microbiota has been shown to influence CRC development, the specific contribution of bacteria to DNA methylation and carcinogenesis remains underexplored.
RESULTS: We colonize two groups of GF ApcMin/+ mice with two consortia, one harboring a pks+ E. coli strain with "low-pks" activity (DSMZ) and the second with a clinical isolate exhibiting "high-pks" activity (UM149). These colonized mice are exposed to DSS-induced colitis, and analyzed for tumor burden, DNA methyl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although bacterial infections have been recognized as a possible cause of male infertility, the effect of bacterial infections on sperm quality and sperm DNA fragmentation remains controversial. The current study aimed to investigate the prevalence rate of bacterial infection in subfertile men and its effect on semen quality. Seminal fluid was collected from 172 male members of infertile couples attending the andrology infertility center and a group of 35 fertile subjects as a control. Sperm parameters and DNA fragmentation were evaluated based on the type of bacteria in all ejacul
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The rapid identification of pathogenic bacteria is important for determining an appropriate antimicrobial therapy for pneumonia, but traditional bacterial culture is time-consuming and labourious. The aim of this study was to develop and evaluate a DNA microarray assay for the simultaneous detection of fifteen bacterial species directly from respiratory tract specimens in patients with pneumonia. These species included Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, My
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The aim of this pilot study was to detect correlations of microbiological DNA, inflammatory proteins, and infection parameters in patients with periodontal disease (PD) and valvular heart disease (VHD).
METHODS: A perioperative comprehensive dental examination for the investigation of periodontal status, including sampling of specific subgingival bacteria, was performed in 10 patients with indication for surgery of aortic valve stenosis with or without concomitant myocardial revascularization. Standard protocol biopsies were taken from right atrium (A), left septal myocardium (M),
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования