We present a genome assembly of Petasites hybridus (Butterbur; Streptophyta; Magnoliopsida; Asterales; Asteraceae). The assembly consists of two haplotypes with total lengths of 2 802.87 megabases and 2 756.82 megabases. Most of haplotype 1 (95.61%) is scaffolded into 30 chromosomal pseudomolecules. Haplotype 2 was assembled to scaffold level. The mitochondrial sequence has a length of 302.34 kilobases and the plastid genome assembly has a length of 150.22 kilobases. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 41 187 protein-coding genes. This assembly was generated as part of the D
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a genome assembly of Veronica serpyllifolia (Thyme-leaved Speedwell; Streptophyta; Magnoliopsida; Lamiales; Plantaginaceae). The assembly consists of two haplotypes with total lengths of 368.14 megabases and 347.49 megabases. Most of haplotype 1 (99.76%) is scaffolded into 7 chromosomal pseudomolecules. Haplotype 2 was assembled to scaffold level. The mitochondrial sequence has a length of 334.11 kilobases and the plastid genome assembly has a length of 150.93 kilobases. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 24 804 protein-coding genes. This assembly was generated a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PREMISE: The genus Yucca is a group of ~50 species of woody monocots endemic to the North American arid regions. Their obligate pollination mutualism with yucca moths is considered a "textbook example" of coevolution and is hypothesized to have promoted rapid diversification. However, testing this hypothesis has been difficult due to uncertainty about the placement of a rogue taxon, Yucca queretaroensis, a rare endemic of the Sierra Gorda region of central Mexico. Past work placed this species in different positions within the Agavoideae, producing starkly different age estimates for Yucca (25
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Iron-sulfur clusters (FeS) are ancient and ubiquitous protein cofactors that play fundamental roles in many aspects of cell biology. These cofactors cannot be scavenged or trafficked within a cell and thus must be synthesized in any subcellular compartment where they are required. We examined the FeS synthesis proteins found in the relict plastid organelle, called the apicoplast, of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Using a chemical bypass method, we deleted four of the FeS pathway proteins involved in sulfur acquisition and cluster assembly and demonstrated that they are all e
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a genome assembly of Acaena ovalifolia (Two-spined Acaena; Streptophyta; Magnoliopsida; Rosales; Rosaceae). The assembly consists of two haplotypes with total lengths of 687.12 megabases and 687.19 megabases. Most of haplotype 1 (99.59%) is scaffolded into 21 chromosomal pseudomolecules. Most of haplotype 2 (99.12%) is scaffolded into 21 chromosomal pseudomolecules. The mitochondrial sequence has a length of 365.03 kilobases and the plastid genome assembly has a length of 156.05 kilobases. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 51 813 protein-coding genes. This assem
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a genome assembly of Hypericum pulchrum (slender St John's-wort; Streptophyta; Magnoliopsida; Malpighiales; Hypericaceae). The assembly consists of two haplotypes with total lengths of 373.14 megabases and 367.88 megabases. Most of haplotype 1 (94.8%) is scaffolded into 9 chromosomal pseudomolecules. Haplotype 2 was assembled to scaffold level. The mitochondrial sequences have lengths of 217.84 and 276.52 kilobases and the plastid genome assembly has a length of 149.16 kilobases. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 29 497 protein-coding genes. This assembly was ge
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pungent capsaicinoid is synthesized only in chili pepper (Capsicum spp.). The production of vanillylamine from vanillin is a unique reaction in the capsaicinoid biosynthesis pathway. Although putative aminotransferase (pAMT) has been isolated as the vanillylamine synthase gene, it is unclear how Capsicum acquired pAMT. Here, we present a phylogenetic overview of pAMT and its homologs. The Capsicum genome contained 5 homologs, including pAMT, CaGABA-T1, CaGABA-T3, and two pseudogenes. Phylogenetic analysis indicated that pAMT is a member of the Solanaceae cytoplasmic GABA-Ts. Comparative genome
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It is understood that a cyanobacterium was the progenitor of plastids and that the biosynthesis of cell wall peptidoglycan was lost during chloroplast evolution. However, accumulated data, especially from the moss Physcomitrium patens, suggest that peptidoglycan remains essential for plastid division in some land plants. A fundamental set of peptidoglycan biosynthesis (Mur) genes has been identified in the genomes of these land plants, while many angiosperms no longer encode some core Mur genes, including a bifunctional penicillin-binding protein (PBP). Ten incomplete Mur genes were previously
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plastome structure and gene content are invariant across almond and its wild relatives; the spacers rpl33-rps18, rps2-rpoC2 and psbB-psbT are the most variable regions and strongest candidate markers for Amygdalus. Almond (Prunus dulcis) is a major tree nut crop whose domestication narrowed its genetic base, whilst its wild relatives retain adaptive diversity. Complete plastomes remain scarce for almond. We sequenced three new plastomes (P. arabica, P. argentea and P. dulcis) from Türkiye and compared them with ten further Prunus plastomes from public reads, giving 13 uniformly annotated genom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In phylogeographic studies, genetic distances between individuals are typically small: In the European endemic, declining medicinal plant Arnica montana L., range-wide biogeographic patterns so far remained obscure as sequence diversity in plastome marker regions is very low. While entire chloroplast genomes promise higher resolution, comparing them in great detail is a technical challenge, requiring high accuracy and repeatability in sequencing, assembly and annotation, automated across large sample sets. Using A. montana as our working example, we developed the PlastidPipeline, which consist
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Menaquinone (vitamin K2) shuttles electrons between membrane-bound respiratory complexes under microaerophilic conditions. In photosynthetic eukaryotes and cyanobacteria, phylloquinone (vitamin K1) participates in photosystem I function. Here we elucidate the evolutionary history of vitamin K metabolism in algae and plants. We show that Chlamydiales intracellular pathogens made major genetic contributions to the synthesis of the naphthoyl ring core and the isoprenoid side-chain of these quinones. Production of the core in extremophilic red algae is under control of a menaquinone (Men) gene clu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Apicomplexans are the causative agents of major human diseases such as malaria and toxoplasmosis. A novel group of apicomplexans, recently named corallicolids, have been detected in corals inhabiting tropical shallow reefs. These apicomplexans may represent a transitional lifestyle between free-living phototrophs and obligate parasites. To shed light on the evolutionary history of apicomplexans and to investigate their ecology in association with corals, we screened scleractinians, antipatharians, alcyonaceans, and zoantharians from shallow, mesophotic, and deep-sea communities. We
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The tribe Elatostemateae, with approximately 1300 species, is the most species-rich group within Urticaceae, yet plastome evolution and several intergeneric relationships remain incompletely resolved. We analyzed 40 species representing the major extant lineages of Elatostemateae using complete plastomes and nuclear ribosomal DNA (nrDNA); Metapilea was excluded because suitable DNA material was unavailable. Plastomes retained the typical angiosperm quadripartite structure and ranged from 143,738 to 163,969 bp. Comparative analyses revealed large inversions in the large single-copy (LSC) region
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plastid-based production of recombinant proteins has emerged as a transformative platform for global health applications, offering high-yield, low-cost, and scalable alternatives to conventional microbial and mammalian systems. Chloroplasts facilitate exceptional transgene expression (often exceeding 40% of total soluble protein (TSP)), due to leveraging high genome copy numbers per cell, precise multi-gene stacking, minimal position effects, and maternal inheritance for biocontainment. Critically, recent advances have progressed beyond proof-of-concept. Edible crops, such as lettuce, have bee
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most plant-pollinator interactions are mutualistic, involving rewards provided by flowers or inflorescences to pollinators. Antagonistic plant-pollinator interactions, in which flowers offer no rewards, are rare and concentrated in a few families including Araceae. In the latter, they involve trapping of pollinators, which are released loaded with pollen but unrewarded. To understand the evolution of such systems, we compiled data on the pollinators and types of interactions, and coded 21 characters, including interaction type, pollinator order, and 19 floral traits. A phylogenetic framework c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The malaria parasite Plasmodium falciparum has a nonphotosynthetic plastid called the apicoplast, which contains its own genome. Regulatory mechanisms for apicoplast gene expression remain poorly understood, despite this organelle being crucial for the parasite life cycle. Here, we identify a nuclear-encoded apicoplast RNA polymerase σ subunit (sigma factor) which, along with the α subunit, appears to mediate apicoplast transcript accumulation. This has a periodicity reminiscent of parasite circadian or developmental control. Expression of the apicoplast subunit gene, apSig, together with apic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding chloroplast biogenesis is key given the importance of photosynthesis and chloroplast metabolism. Chloroplast assembly has been extensively studied in angiosperms, where the main hallmarks have been established, including the need for nuclear and plastid genome coordination through anterograde and retrograde signals. However, recent works in other photosynthetic lineages have revealed both divergent and conserved regulators. These differences likely represent adaptive strategies that emerged during the evolution of the green lineage and highlight the need for evolutionary studies
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Morelloid clade (black nightshades) is one of the most strongly supported clades within the megadiverse Solanum genus. It comprises 76 globally distributed, non-spiny herbaceous and suffrutescent species. While often erroneously considered poisonous weeds, several species are economically important as orphan crops. The clade is closely related to tomato and potato but, due to a lack of focused breeding efforts, remains a putative reservoir of genetic diversity for crop improvement. Despite this potential, we lack fundamental knowledge on the evolution of the Morelloid clade. The group incl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clematis tangutica (Maxim.) Korsh. is a Tibetan medicinal plant, but its chloroplast genome and plastid gene evolution remain unexplored. Here, we assembled the complete chloroplast genome of C. tangutica and investigated the adaptive evolution of the ycf2 gene.
METHODS: Chloroplast DNA was extracted from fresh leaves and sequenced on the Illumina HiSeq PE150 platform. We then performed comprehensive genomic analyses, including genome structure characterization, repeat and SSR identification, comparative genomics, and positive selection analysis of the ycf2 gene.
RESULTS: The gen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Veronica L. is one of the most species-rich genera in Plantaginaceae and several species have medicinal, horticultural, or ecological value.
METHODS: In this study, the complete chloroplast genomes of three Veronica species were assembled and annotated using Illumina sequencing data.
RESULTS: The plastomes exhibited a typical quadripartite structures, with total lengths of 150,202 bp for Veronica biloba L., 151,159 bp for Veronica ciliata Fisch. and 151,098 bp for Veronica vandellioides Maxim. Each genome contained 130-132 unique genes, including 86-87 protein-coding genes, 36-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.