Linkage-disequilibrium (LD) mapping is a powerful tool for fine-mapping disease genes. Recently, McPeek and Strahs [(1999) Am J Hum Genet 65:858-875] proposed a multilocus model for LD mapping based on the decay of haplotype sharing. Here we extend their approach in two ways. First, instead of assuming each marker allele has an equal chance to mutate to one of the other marker alleles, we use the stepwise-mutation model to describe the mutation process for microsatellite markers. Second, in addition to the independence model and the constant population size model they considered, we model the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coeliac disease (CD) is a multigenic and multifactorial enteropathy triggered by gluten-composing proteins. A possible involvement of the intestinal Aminopeptidase N (APN) was investigated by an association analysis. SSCP analysis detected four variants at position 281, 378, 956 and 2957 (referred to no. g178535, GenBank) that were studied in 193 Italian CD families. The haplotypic combinations were determined from family segregation and pairwise linkage disequilibria (D' = D/Dmax) between the polymorphic sites were calculated. Significant D' values ranged between 0.78 and 0.31. Association wi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To determine if HLA class I and II alleles previously found to be associated with (or protective against) pauciarticular-onset juvenile rheumatoid arthritis (pauci-onset JRA) in population-association studies are transmitted from heterozygous parents to an extent different from the expected 50%.
METHODS: One hundred one Caucasian North American families that had a child with pauci-onset JRA and at least 1 parent who was heterozygous for the allele of interest were available for analysis. Both biologic parents and all children (affected and unaffected) were typed for HLA class I and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allele frequencies for polymorphisms in the apolipoprotein E and the apolipoprotein CII genes were determined in subjects of Ashkenazi Jewish origin with late-onset Alzheimer's disease and in unaffected control subjects from the same ethnic group. A significant association was observed between late-onset Alzheimer's disease and the epsilon 4 (112Cys-->Arg) allele of apolipoprotein E; however, no association was detected with apolipoprotein CII. These results suggest that the association with epsilon 4 is probably not due to linkage disequilibrium.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Two new SNPs have been recently associated to Alzheimer's disease in African American populations: FCGRIIB rs1050501 C/T, and PILRA rs1859788 A/G. The risk of Alzheimer's disease in FCGRIIB C and PILRA A allele carriers is three times higher than in non-carriers. However, the association between these and other single nucleotide polymorphisms (SNPs) has not been assessed.
METHODS: Linkage disequilibrium analysis, with r= 0.8 as a threshold value, was used to impute new candidate SNPs, on genomic data from both genes in 26 populations worldwide (n= 2504) from the 1000Genomes databa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dopamine receptor D2 (DRD2) is expressed in the central nervous system and has a high affinity for many antipsychotic drugs. Besides several epidemiological investigations on association of DRD2 locus polymorphism(s) with neuropsychiatric problems and addictive behavior, a few polymorphisms in this locus have also been used to understand genomic diversity and population migratory histories globally. The present study attempts to understand the genomic diversity/affinity among four endogamous groups of Andhra Pradesh (India) against the backdrop of diversity studies from other parts of India an
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic technologies developed in the last 20 years have lead to novel and exciting methods to identify genes and specific nucleotides within genes that control phenotypes in field collected organisms. In this review we define and explain two of these methods: linkage disequilibrium (LD) mapping and quantitative trait nucleotide (QTN) mapping. The power to detect valid genotype-phenotype associations with LD or QTN mapping depends critically on the extent to which segregating sites in a genome assort independently. LD mapping depends on markers being in disequilibrium with the genes that condi
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Linkage studies using multiplex families have repeatedly implicated chromosome 8 as involved in schizophrenia etiology. The reported areas of linkage, however, span a wide chromosomal region. The present study used the founder population of the Central Valley of Costa Rica and phenotyping strategies alternative to DSM-IV classifications in attempts to further delimitate the areas on chromosome 8 that may harbor schizophrenia susceptibility genes. A linkage disequilibrium screen of chromosome 8 was performed using family trios of individuals with a history of psychosis. Four discrete regions sh
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
American journal of medical genetics. Part B, Neuropsychiatric genetics : the official publication of the International Society of Psychiatric Genetics2005eng
Chromosome 12q23-q24 has been implicated by several linkage studies as harboring a gene for bipolar affective disorder. We performed linkage disequilibrium (LD) mapping with 17 microsatellite markers across a 1.6 Mb-wide segment forming the central part of our narrowest linkage region. A significant signal (P = 0.0016) was identified for one microsatellite marker in our UK Caucasian case-control sample (347 cases, 374 controls). Genes, including regulatory elements, around this marker were screened for mutations and the LD structure of the region determined by genotyping 22 SNPs and insertion/
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cloning and sequencing of the gamma-globin gene of a sickle cell anemia patient homozygous for the Bantu haplotype has revealed a gene conversion that involves the replacement of an A gamma sequence by a G gamma sequence in the promoter area of the A gamma gene. This event is similar to another gene conversion believed to be responsible for the very high homology between gamma-globin genes, suggesting that the promoter area of these genes is prone to this type of genetic rearrangement. Further analysis demonstrated that the chromosome bearing this gene conversion has a very high frequency amon
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To analyze the difference between the frequencies of HLA-A-B, B-DRB1 and A-B-DRB1 haplotype, as well as their linkage disequilibrium pattern in patients with acute lymphoblastic leukemia(ALL) and healthy controls from Northern Chinese Han.
METHODS: The frequencies of HLA-A-B, B-DRB1, A-B-DR haplotypes and linkage disequilibrium were estimated by Expectation Maximization method based on the genotypes of 643 patients with ALL and 2 0359 unrelated healthy donors, and the statistical significance between the two groups were estimated by chi-square test. Linkage disequilibrium was analy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mediation of Epstein-Barr virus (EBV)-specific cytotoxicity in T lymphocyte via the perforin/granzyme pathway has been demonstrated; therefore, a study involving cytolytic molecules was essential for the clarification of hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) pathogenesis. This investigation, which analysed the frequency of three allelic mutations of granzyme-B (55Q/R, 95P/A and 247Y/H) in patients with EBV-HLH and infectious mononucleosis, identified the high prevalence of the QPY haplotype in EBV-HLH patients in comparison with healthy controls. A > G polymorphism was also detected in intr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Traditional linkage analysis in large families is the most promising approach for mapping disease genes of monogenic heritable disorders when the number of informative meioses is sufficient. With rare diseases, however, the low availability of informative pedigrees poses a significant limitation. As an adjunct to family linkage methods, association studies based on the investigation of individual haplotypes from a number of unrelated patients (i.e. linkage disequilibrium analysis) have recently been employed in mapping hereditary disease loci. However, such haplotype analysis is hampered by a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Susceptibility to coeliac disease is genetically determined by possession of specific HLA DQ alleles, acting in concert with one or more non-HLA linked genes. The pattern of familial risk is most parsimonious with a multiplicative model for the interaction between these two classes of genes. Haplotype sharing probabilities across the HLA region in affected sibling pairs suggest that genes within the MHC complex contribute no more than 40% of the sibling familial risk of coeliac disease, making the non-HLA linked gene (or genes) the stronger determinant of coeliac disease susceptibi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gene for Progressive myoclonus epilepsy of Unverricht-Lundborg type (EPM1) has previously been mapped by linkage to markers on chromosome 21q22.3. By analyzing crossover events in multiplex disease families with newly detected markers from the region we were able to narrow the localization of EPM1 to an interval of approximately 7 cM, between loci D21S212 and CD18. To further refine the localization of the EPM1 gene we applied linkage disequilibrium mapping in 38 Finnish families, consisting of 12 with multiple affected children and 26 with a single affected child. Based on existing knowle
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The urofacial (Ochoa) syndrome (UFS) is a rare autosomal recessive disease characterized by congenital obstructive uropathy and abnormal facial expression. The patients present with enuresis, urinary-tract infection, hydronephrosis, and voiding dysfunctions as a result of neurogenic bladders. To map the UFS gene, a genome screen using a combination of homozygosity-mapping and DNA-pooling strategies was performed in 20 selected patients, one patient pool, and three control pools (unaffected relatives). After analyses of 36 randomly chosen markers, D10S677 was identified as being linked to and a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A non-progressive recessive cerebellar ataxia was identified in a highly inbred Cayman island population. Cayman cerebellar ataxia is characterized by marked psychomotor retardation, and prominent cerebellar dysfunction manifested by nystagmus, intention tremor, dysarthric speech, and an ataxic gait. In this study, we identify linkage to chromosome 19p 13.3 using pooled DNA samples of affected individuals from an isolated population as PCR template for a genome wide screen with short tandem repeat markers. Our data demonstrate that the DNA pooling approach to identify disease gene loci is feas
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The distribution of four X-linked mutants (G6PD, Deutan, Protan and Xg) among lowland and once highly malarial populations of Sardinia discloses a clear-cut example of linkage disequiligrium between two of them (G6PD and Protan). In the same populations the distribution of G6PD-deficiency versus colorblindness of the Deutan type and the Xg blood-group is not significantly different from that expected at equilibrium. These data suggest indirectly that the loci for G6PD and Protan may be nearer to one another than those for G6PD and Deutan.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Persistent right aortic arch (PRAA) is a congenital vascular ring anomaly common in several dog breeds. In German Pinscher, the disorder is characterized by a left retroesophageal subclavian artery in combination with a ligamentum arteriosum originating at the aberrant left subclavian artery (PRAA-SA-LA). In this study, we genotyped 38 microsatellite markers on canine chromosome 26 (CFA26) in German Pinschers and tested them for linkage and association. We found a chromosome-wide significantly linked genomic region on CFA26, which corresponds to the human DiGeorge syndrome critical region (DGC
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The haplotype H1 of the tau gene, MAPT, is highly associated with progressive supranuclear palsy (PSP) and corticobasal degeneration (CBD).
OBJECTIVE: To investigate the pathogenic basis of this association.
METHODS: Detailed linkage disequilibrium and common haplotype structure of MAPT were examined in 27 CEPH trios using validated HapMap genotype data for 24 single nucleotide polymorphisms (SNPs) spanning MAPT.
RESULTS: Multiple variants of the H1 haplotype were resolved, reflecting a far greater diversity of MAPT than can be explained by the H1 and H2 clades alone. Based on t
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования