A novel trirhavirus, tentatively named "goji trirhavirus 1" (GqTRV1), was identified by high-throughput sequencing of a "Ningnongqi17" goji sample exhibiting severe leaf twisting symptoms, collected from a commercial plantation in Yinchuan, Ningxia, China. The complete genome sequence of GqTRV1 was determined by RT-PCR and the rapid amplification of cDNA ends (RACE) method. The genome of GqTRV1 comprises three negative-sense single-stranded RNAs (RNA1, RNA2, and RNA3), which encode eight putative proteins, including L, N, P2, P3, P4, P6, P7, and P8. Conserved 3'-AAUUCUUUUGN(N)nCUC-5' motifs we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-exome sequencing has been incredibly successful in identifying causal genetic variants and has revealed a number of novel genes associated with blood and other diseases. One limitation of this approach is that it overlooks mutations in noncoding regulatory elements. Furthermore, the mechanisms by which mutations in transcriptionalcis-regulatory elements result in disease remain poorly understood. Here we used CRISPR/Cas9 genome editing to interrogate three such elements harboring mutations in human erythroid disorders, which in all cases are predicted to disrupt a canonical binding motif
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transcription factors IRF4 and BLIMP1 (PRDM1) promote plasma cell (PC) differentiation by repressing B cell identity genes while inducing the unfolded protein response, ER/Golgi biogenesis, and immunoglobulin secretion. How IRF4 and BLIMP1 partition and coordinate their genomic activities during plasma cell differentiation remains unresolved. Using naïve human B cells and a stepwise in vitro differentiation system, we performed CRISPR/Cas9 perturbations of IRF4 or PRDM1 in plasma cell precursors followed by single-cell RNA sequencing. Despite their mutually reinforced expression and shared
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolation of disease resistance gene analogs (RGAs) using the conserved motifs of the resistance genes has attracted considerable attention since it was first reported more than a decade ago. In this study, RGAs are isolated using homology-based PCR to target the nucleotide binding site (NBS) conserved regions from hexaploid wheat varieties and a few accessions of wild types. Based on sequence similarity analysis, 83 of the sequenced clones were clustered as groups. Of these RGAs, 40 were in the NBS-LLR class, containing kinase-1a (GGVGKTT or GGVGKTA), kinase-2 (KRFLIVLDDXW), kinase-3a (GSXIVV
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the Pacific common minke whale (Balaenoptera acutorostrata ), a new variant of Brucella has been detected using the polymerase chain reaction. Detailed analysis of the porin protein genes, omp2a and omp2b from the whale Brucella showed that these two genes have some motifs in common with Atlantic marine strains in the 5'-terminal one-third region. On the other hand, the nucleotide sequences in the 3'-terminal two-thirds region of the two genes were almost identical to the respective genes of terrestrial strains. Thus, Pacific whale Brucella omp2 genes are chimeras between marine and terrest
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The primary structure of the cone-rod homeobox protein (CRX), a member of the OTX-like homeobox protein family, in the rat was deduced from the cDNA nucleotide sequence. The deduced protein consisted of 299 amino acid residues with motifs conserved in mammalian CRXs, and was 98% identical to mouse CRX. Northern blot analysis showed that Crx mRNA levels in the rat retina were constant under a daily light-dark cycle. These findings suggest that the expression mechanism of rat Crx in the retina was different from that in the pineal, where Crx mRNA exhibits a daily expression rhythm.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA motif is the pattern shared by similar fragments in DNA sequences, which plays a key role in regulating gene expression, and DNA motif discovery has become a key research topic. Exact planted ( l, d )-motif search (PMS) is one of the motif discovery approaches, which aims to find from t sequences all the ( l, d )-motifs that are motifs of l length appearing in at least qt sequences with at most d mismatches. The existing exact PMS algorithms are only suitable for small datasets of DNA sequences. The development of high-throughput sequencing technology generates vast amount of DNA sequence
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-typeable Haemophilus influenzae (NTHi) is an opportunistic extracellular pathogen associated with various respiratory diseases. To combat host antimicrobial peptides, NTHi has developed a specialized transporter named Sap (sensitivity to antimicrobial peptide). Within this transporter, the HiSapF component functions as a nucleotide-binding domain (NBD). Despite its significant role, the structural and functional characteristics of HiSapF remained unexplored. In this study, we present the crystal structure of HiSapF (2.3 Å resolution) from NTHi, which features nine α-helices and nine β-shee
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The TIR domain-containing proteins BtpA/Btp1/TcpB and BtpB are translocated into host cells by the facultative intracellular bacterial pathogen Brucella. Here, they interfere with Toll like receptor signalling to temper the host inflammatory response. BtpA has also been found to modulate microtubule dynamics. In both proteins we identified a WxxxE motif, previously shown to be an essential structural component in a family of bacterial type III secretion system effectors that modulate host actin dynamics by functioning as guanine nucleotide exchange factors of host GTPases. We analy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rapid diagnostic tests (RDTs) are vital for malaria diagnosis, especially in resource-limited areas. RDTs targeting histidine-rich protein 2 (PfHRP2) and its structural homologue PfHRP3 are commonly used for detecting Plasmodium falciparum. However, genetic deletions in these proteins can affect test accuracy. This study aims to examine the gene deletions and sequence variation in the Pfhrp2 and Pfhrp3 genes in P. falciparum isolates from Chhattisgarh, India, and assess their correlation with RDT reactivity.
METHODS: A total of 264 microscopically confirmed P. falciparumpositive s
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription activator-like effectors (TALEs) are major virulence factors of Xanthomonas oryzae, the causal agent of bacterial blight in rice. The BED-domain nucleotide-binding leucine-rich repeat receptor Xa1 confers resistance by recognizing TALEs, but the mechanisms underlying Xa1 activation remain unclear. Here we show that structurally conserved canonical TALEs differ in their ability to activate Xa1, revealing unexpected specificity in effector recognition. Using transient expression assays, endogenous epitope tagging, and prime editing of the native Xa1 locus, we demonstrate that nucle
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
By means of reverse transcription polymerase chain reaction, a full-length cDNA of 1632 bp is amplified from the snake venom gland total RNA of Agkistrodon acutus. Analysis of the nucleotide sequence indicates that the amplified cDNA contains a complete open reading frame encoding 413 amino acid residues including signal peptide sequence, zymogen sequence and proteinase domain. The zymogen sequence contains PKMCGVT motif which is highly conserved in almost all venom metalloproteinases. The metalloproteinase domain contains the conserved signature zinc-binding motif HEXXHXXGXXH in the catalytic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a fatal X-linked neuromuscular disorder caused by mutations in the dystrophin gene. Prime editing is a versatile genome editing technology capable of introducing precise nucleotide changes without generating double-strand DNA breaks, making it a promising approach for correcting pathogenic point mutations. In this study, we applied prime editing to modify mdx-4cv and mdx-5cv mutation-equivalent sites in mouse C2C12 myoblasts in vitro. Initial editing efficiencies were unexpectedly low and were associated with the presence of a 5'-TTCT-3' motif within engine
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Opium poppy, a member of the Papaveraceae family, is an ancient herbaceous plant and well-known medical resource in the pharmaceutical industry. However, opium poppies are grown worldwide for producing illicit drugs, significantly increasing the incidence of narcotic drug abuse. Since the narcotic poppy has not yet been genetically investigated, we characterized a novel variable number tandem repeat (VNTR) marker of forensically important poppy species based on the genetic analysis of 164 samples collected from two locations spanning the Jeolla province and Jeju island of South Korea. Comparin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human c-Myc proto-oncogene is a transcription factor that regulates protein expression and is controlled by GC-rich regulatory sequences capable of adopting non-canonical DNA secondary structures. Here, we use the α-hemolysin (α-HL) protein nanopore to probe pH- and voltage-dependent effects on the stability of the i-motif formed by the 52-nucleotide cytosine-rich c-Myc promoter (c-MycC52). Under acidic conditions, electrophoretically driven c-MycC52 i-motifs are transiently trapped within the α-HL vestibule, generating pH-dependent electrical current signatures that are volumetrically and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) is a fatal demyelinating disease caused by the human polyomavirus JCV. The hypervariable noncoding transcriptional control region (TCR) largely regulates replication of JCV in glial cells. Two distinct types of the TCR can be distinguished. Type II is derived from the archetype sequence. All type I TCRs, including the prototypical Mad-1 isolate contain a 23 bp deletion at nucleotide position 36. In a prospective study, TCR-DNA could be amplified and sequenced in 16/29 (55%) suspect cases of PML from the cerebrospinal fluid (CSF) and in 14/28 (50
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human repair proteins XPA and ERCC1 have been shown to be absolutely required for the incision step of nucleotide excision repair, and recently we identified an interaction between these two proteins both in vivo and in vitro (L. Li, S. J. Elledge, C. A. Peterson, E. S. Bales, and R. J. Legerski, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:5012-5016, 1994). In this report, we demonstrate the functional relevance of this interaction. The ERCC1-binding domain on XPA was previously mapped to a region containing two highly conserved XPA sequences, Gly-72 to Phe-75 and Glu-78 to Glu-84, which are termed the
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A unique consanguineous family with 2 genomic instability disorders, Fanconi anemia and ataxia telangiectasia, revealed exceptional combinations of null mutations in the FANCA and ATM genes. Two siblings with Fanconi anemia had novel homozygous consecutive microdeletions (c.1361-1370delCCTCCTTTGG, c.1374delC) adjoined to upstream 65 nucleotide direct tandem repeats and deletion hotspot motifs in the FANCA gene. The sibling with ataxia telangiectasia revealed a homozygous p.Arg2993Stop (c.8977C>T) null mutation in the ATM gene. All patients were also heterozygous for the opposite mutations with
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Plasmodium genus of malaria parasites encodes several families of antigen-encoding genes. These genes tend to be hyper-variable, highly recombinogenic and variantly expressed. The best-characterized family is the var genes, exclusively found in the Laveranian subgenus of malaria parasites infecting humans and great apes. Var genes encode major virulence factors involved in immune evasion and the maintenance of chronic infections. In the human parasite P. falciparum, var gene recombination and diversification appear to be promoted by G-quadruplex (G4) DNA motifs, which are stron
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Flaviviral RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) initiate replication of the single-stranded RNA genome in the absence of a primer. The template sequence 5'-CU-3' at the 3'-end of the flaviviral genome is highly conserved. Surprisingly, flaviviral RdRps require high concentrations of the second incoming nucleotide GTP to catalyze de novo template-dependent RNA synthesis. We show that GTP stimulates de novo RNA synthesis by RdRp from Japanese encephalitis virus (jRdRp) also. Crystal structures of jRdRp complexed with GTP and ATP provide a basis for specific recognition of GTP. Comparison of the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования