AIM: The aim was to characterize the taxonomic and functional composition of the microbiome involved in primary endodontic infections and to evaluate their association with the periapical lesion size using shotgun metagenomic sequencing.
METHODOLOGY: Samples from primary root canal infections diagnosed with apical periodontitis were analysed with shotgun sequencing. Samples were classified according to the lesion size as small (< 3 mm) or large (> 7 mm). The bacterial DNA copies in each group were quantified by qPCR. Taxonomic and functional annotations were made using Bracken/Kraken2 and HUM
СтатьяНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural history and agricultural collections contain hundreds of millions of specimens classified in terms of time, space and taxonomy. Since the first success of ancient DNA (aDNA) isolation in the 1980s, these repositories, including herbaria for plants, have been intensively used to support studies in taxonomy, macroevolution and genetic responses to anthropogenic activities. For herbarium specimens, aDNA is usually extracted from leaf samples and is highly fragmented (typically length of 50-100 bp). To optimise the amount of data retrieved and minimise destructive sampling, we isolated DNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In food safety the detection of food contaminations with pathogenic microorganisms is a race against time and often outpaced by error-prone epidemiological approaches. For evidence-based outbreak investigations fast and reliable techniques and procedures are required to identify the source of infection. Metagenomics has the potential to become a powerful tool in the field of modern food safety, since it allows the detection, identification and characterization of a broad range of pathogens in a single experiment without pre-cultivation within a couple of days. Nevertheless, sample handling, se
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gut dysbiosis damages gut barrier, stimulates inflammation, endotoxemia, and breakdown of blood-retina barrier, promoting diabetic retinopathy (DR). Most microbiome studies on DR relied on 16S rRNA gene sequencing, documenting altered microbial richness, diversity, and shifts in dominant phyla and genera, though these findings remain inconsistent across populations. The only shotgun metagenomic study to date identified species Eubacterium hallii, Firmicutes bacterium and Alistipes finegoldii enriched in DR, with altered metabolic pathways. The β-diversity showed distinct inter-individual varia
СтатьяОбзорСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The vaginal microbiome has been connected to a wide range of health outcomes. This has led to a thriving research environment but also to the use of conflicting methodologies to study its microbial composition. Here, we systematically assessed best practices for the sequencing-based characterization of the human vaginal microbiome. As far as 16S rRNA gene sequencing is concerned, the V1-V3 region performed best in silico, but limitations of current sequencing technologies meant that the V3-V4 region performed equally well. Both approaches presented very good agreement with qPCR quantification
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urban rivers supplying drinking water face mounting pollution and AMR threats. We combined shotgun metagenomics with physicochemical analysis to investigate microbial community and resistome dynamics in Bangladesh's Shitalakshya River, a drinking water source under increasing pollution pressure, during early and peak dry seasons. Peak dry season water quality deteriorated markedly, characterized by hypoxia and elevated nutrient and organic carbon levels, which drove pronounced restructuring of the river microbiome. A distinct shift occurred from Myroides dominance toward a more diverse assembl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: To describe a household cluster of recurrent pediatric non-typhoidal Salmonella (NTS) infection and compare the yield of conventional culture, solid-phase enrichment, and shotgun metagenomic sequencing across symptomatic children and household contacts.
METHODS: Longitudinal fecal specimens from a 4-year-old boy (Mo) with three discrete NTS episodes in 2 months, his monozygotic twin (TB), and three adult co-residents were processed by conventional culture; specimens from Episode 2 onwards and all contact specimens additionally received solid-phase enrichment, and a subset shotgun
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Advancements in historical genomics increasingly leverage museum collections to study past ecosystems, species interactions and biodiversity. Formalin-fixed, ethanol-preserved specimens, once thought inaccessible to molecular analyses due to DNA degradation, are emerging as valuable genomic resources. If recoverable and reliably attributable, DNA within preservation media could provide a non-destructive alternative to conventional tissue sampling, with the potential to expand molecular access to valuable or irreplaceable specimens. We tested whether preservation media contains recoverable DNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Soil-transmitted helminths (STHs) pose significant challenges to public health in endemic areas, necessitating reliable methods for their detection. Shotgun metagenomics enables simultaneous detection of STHs and microbes in a sample without prior knowledge of what is present. However, validation of shotgun metagenomics with known infection intensity or across different sequencing platforms has not been carried out for eukaryote parasites including STHs, and false positives remain a pervasive issue. We validated shotgun metagenomics as a method of STH detection in faecal samples. Using the Str
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Treponema pallidum subsp pertenue and Haemophilus ducreyi are causative agents of cutaneous ulcer (CU) in yaws-endemic regions in the tropics. However, a significant proportion of CU patients remain polymerase chain reaction (PCR) negative for both bacterial agents. We aimed to identify potential additional etiological agents of CU in a yaws-endemic region.
METHODS: This population-based cohort study included children in Lihir Island (Papua New Guinea) examined during a yaws eradication campaign in October 2013-October 2014. All consenting patients with atraumatic exudative ulcers
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shotgun metagenomic sequencing comprehensively samples the DNA of a microbial sample. Choosing the best bioinformatics processing package can be daunting due to the wide variety of tools available. Here, we assessed publicly available shotgun metagenomics processing packages/pipelines including bioBakery, Just a Microbiology System (JAMS), Whole metaGenome Sequence Assembly V2 (WGSA2), and Woltka using 19 publicly available mock community samples and a set of five constructed pathogenic gut microbiome samples. Also included is a workflow for labelling bacterial scientific names with NCBI taxon
DatasetСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we present a protocol to describe the bacteriome of the intestinal content of toxin-exposed fallow deer. We describe steps for measuring fecal mycotoxin (deoxynivalenol, zearalenone, fumonisin B1, and aflatoxin B1) levels using liquid chromatography-mass spectrometry, as well as serum glyphosate. We then detail a short-read shotgun DNA sequencing-based bioinformatic pipeline for the toxin level-associated analysis of the bacteriome and resistome and the construction of metagenome-assembled bacterial genomes. This protocol has potential applications in further toxin level-associated metag
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Raccoon dogs are potential vectors for the transmission of zoonotic pathogens and antimicrobial resistance, with their gut microbiome carrying genetic determinants of virulence and resistance. However, previous studies have primarily relied on traditional culture-based approaches, limiting our understanding of the entire dynamics and genetic potential of the gut microbiome in raccoon dogs. In this study, we employed both culture-dependent approach and whole-genome shotgun sequencing in raccoon dogs undergoing rehabilitation for eight weeks. We integratively assessed how rehabilitation-related
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Meningoencephalitis in children poses a diagnostic challenge, as etiology remains unknown for most of patients. Viral metagenomics by shotgun sequencing represents a powerful tool for investigating unknown viral infections related to these cases.
PATIENTS AND METHODS: In a two-year, reference-centre, retrospective study, we investigated the usefulness of viral metagenomics of cerebrospinal fluid (CSF) for the diagnosis of viral infectious meningoencephalitis in forty seven pediatric patients, forty of them previously tested negative with a routine neurologic panel of viral targe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report a case of tick-borne relapsing fever caused by Borrelia persica in a traveler returning to Switzerland from central Asia. After the disease was diagnosed by blood smear microscopy, the causative Borrelia species was confirmed by shotgun metagenomics sequencing. PCR and sequencing techniques provide highly sensitive diagnostic tools superior to microscopy.
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gastrointestinal tract hosts a complex community of microorganisms and helminth parasites that collectively contribute to host health and fitness. Analysis of these communities provides insight into diverse aspects of host dietary ecology, immunity, nutrition, and host-parasite interactions. However, research methodologies, such as sample preservation and sequencing approach, can influence how we understand and characterize these features. Here, we profiled the gastrointestinal microbial and helminth communities in different groups of wild Costa Rican mantled howler monkeys (Alouatta palli
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Periodontitis is a serious gum infection that damages the soft tissue and destroys the bone supporting the teeth. The aim of the study was to investigate the microbiota using traditional microbiology plating and metagenomic sequencing of extracted tooth alveoli in dogs with severe periodontitis. Isolation of culturable microorganisms was performed as part of bacteriological testing to provide bacteriological diagnosis to veterinary surgeons. Metagenomic sequencing was performed using shotgun sequencing on the Illumina HiSeq system platform. The most prevalent species at sites of periodontal in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shotgun metagenomics enables taxonomic analysis of microbial communities by aligning sequencing reads to reference genomes, for which interpretation of alignment results often lacks standardization and relies on arbitrary abundance thresholds. This can bias species detection, especially for low-abundance or taxonomically complex genera like Bacillus, where closely related species may differ in safety and function, and their co-occurrence increases misclassification risk. This study presents a bioinformatics framework for defining detection thresholds of biological contaminations in samples usi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we sequenced DNA extracted from a necrotic hepatic lesion from a patient with suspected chronic hepatic brucelloma but negative culture results. Although most of the taxonomically classified sequencing reads corresponded to human genome sequences, our data suggest that whole-metagenome shotgun sequencing may be used together with other tests to strengthen the diagnosis of hepatic brucelloma.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the whole-genome sequences of a monkeypox virus from the skin lesion of a French patient and the corresponding isolated viral strain. Both viral genomic sequences were successfully obtained by applying shotgun metagenomics using the Oxford Nanopore Technologies sequencing approach.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования