BACKGROUD: The processed tuberous roots of Asparagus cochinchinensis (Asparagaceae), known as Asparagi Radix, have long been used in East Asia (particularly in China) as traditional medicines and play an indispensable role in the pharmaceutical industry. However, the frequent adulteration of Asparagi Radix with processed tuberous roots obtained from nine other congeneric species could potentially compromise the quality control measures for related pharmaceutical products, while also posing challenges to the conservation and rational exploitation of the nine adulterant congeneric species that a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of genes encoding organellar proteins in different cellular compartments necessitates a tight coordination of expression by the different genomes of the eukaryotic cell. This coordination of gene expression is achieved by organelle-to-nucleus or retrograde communication. Stress-induced perturbations of the tetrapyrrole pathway trigger large changes in nuclear gene expression in plants. Recently, we identified HSP90 proteins as ligands of the putative plastid signal Mg-ProtoIX. In order to investigate whether the interaction between HSP90 and Mg-ProtoIX is biologically relevant, we
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Introducing genetic resources from distantly related plants is necessary to provide novel traits to crops. However, wide hybridization between wheat and other plants is limited by the elimination of non-wheat chromosomes during the development of interspecific zygotes. In this study, we produced allopolyploid wheat-maize hybrid zygotes with various gamete combinations using an in vitro fertilization system and monitored their developmental profiles. Hybrid zygotes produced by fusing a maize egg, a wheat egg, and a wheat sperm were successfully developed into fertile plants. Genome sequencing r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
: The organelles of endosymbiotic origin, plastids, and mitochondria, evolved through the serial acquisition of endosymbionts by a host cell. These events were accompanied by gene transfer from the symbionts to the host, resulting in most of the organellar proteins being encoded in the cell nuclear genome and trafficked into the organelle via a series of translocation complexes. Much of what is known about organelle protein translocation mechanisms is based on studies performed in common model organisms; e.g., yeast and humans or Arabidopsis. However, studies performed in divergent organisms a
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A new family of protein domains consisting of 50-80 amino acid residues is described. It is composed of nearly 40 members, including domains encoded by plastid and phage group I introns; mitochondrial, plastid, and bacterial group II introns; eubacterial genomes and plasmids; and phages. The name "EX1HH-HX3H" was coined for both domain and family. It is based on 2 most prominent amino acid sequence motifs, each encompassing a pair of highly conserved histidine residues in a specific arrangement: EX1HH and HX3H. The "His" motifs often alternate with amino- and carboxy-terminal motifs of a new t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transgenic papaya is widely publicized for controlling papaya ringspot virus. However, the impact of particle bombardment on the genome remains unknown. The transgenic SunUp and its progenitor Sunset genomes were assembled into 351.5 and 350.3 Mb in nine chromosomes, respectively. We identified a 1.64 Mb insertion containing three transgenic insertions in SunUp chromosome 5, consisting of 52 nuclear-plastid, 21 nuclear-mitochondrial and 1 nuclear genomic fragments. A 591.9 kb fragment in chromosome 5 was translocated into the 1.64 Mb insertion. We assembled a gapless 9.8 Mb hermaphrodite-speci
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Bupleurum L. (Apiaceae), a taxonomically intricate genus of about 190 species and a source of Radix Bupleuri (Chai Hu), is difficult to discriminate because of convergent morphology, infraspecific variation, and limited genomic sampling. This study aimed to characterize plastome variation, identify and validate candidate molecular markers, reconstruct plastid phylogenetic relationships, and assess candidate plastid RNA-editing sites in Bupleurum.
METHODS: We assembled six plastomes from subgenus Bupleurum, screened 51 Bupleurum plastomes for diagnostic loci, reconstructed whole-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selectable marker genes are essential for recovering rare transformants during plant genetic transformations. However, only a limited number of markers are routinely used in Arabidopsis thaliana, particularly for nuclear transformation by the floral dip method. Aminoglycoside-3″-adenylyltransferase (AadA) has been widely used in plastid transformation to confer resistance to Streptomycin and Spectinomycin; however, its applicability to nuclear transformation in Arabidopsis has not been systematically examined. Here, we evaluated an Arabidopsis-codon-optimized AadA1 (Streptomycin/Spectinomycin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria is caused by infection with protozoan parasites of the Plasmodium genus, which is part of the phylum Apicomplexa. Most organisms in this phylum contain a relic plastid called the apicoplast. The apicoplast genome is replicated by a single DNA polymerase (apPOL), which is an attractive target for anti-malarial drugs. We screened small-molecule libraries (206,504 compounds) using a fluorescence-based high-throughput DNA polymerase assay. Dose/response analysis and counter-screening identified 186 specific apPOL inhibitors. Toxicity screening against human HepaRG human cells removed 84 co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The complete mitochondrial genome of Caryocar brasiliense (Caryocaraceae), an ecologically and economically important species native to the Brazilian savannas, was assembled and annotated. Using a hybrid assembly approach combining Oxford Nanopore and Illumina sequencing data, we assembled a 533 641 bp bipartite mitogenome organized into two circular chromosomes. A high density of dispersed repeats and simple sequence repeats was detected, along with extensive DNA transfers from the chloroplast and nuclear genomes (MTPTs and NUMTs). The variation of mitogenome size is positively correlated wit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cultivation and domestication of roses reflects cultural exchanges and shifts in aesthetics that have resulted in today's most popular ornamental plant group. However, the narrow genetic foundation of cultivated roses limits their further improvement. Wild Rosa species harbour vast genetic diversity, yet their utilization is impeded by taxonomic confusion. Here we generated a phased and gap-free reference genome of Rosa persica for phylogenetic and population genomic analyses of a large collection of Rosa samples. The robust nuclear and plastid phylogenies support most of the morphology-ba
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phyllanthus emblica is valued for its nutritional and medicinal properties, yet the genomic divergence between localized and widespread cultivars remains poorly understood. We investigated the genomes of two individuals from the endemic cultivar 'Hongguang' (HG), propagated via regional grafting, and the commercially widespread 'Dongkeng' (DK), known for its superior protein content. Using whole-genome sequencing, we reconstructed phylogenies from two nuclear markers, profiled genome-wide variations, assembled chloroplast genomes, and verified relative plastid copy numbers via real-time quanti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenine (6mA) DNA accumulates during chloroplast maturation in Agave angustifolia Haw. and covaries with METTL4 protein abundance, identifying 6mA as a candidate epigenetic mark associated with plastid biogenesis. Chloroplast development requires precise coordination of nuclear and organellar genomes, yet the epigenetic mechanisms regulating this process remain poorly understood. Here, we provide the first description of N6-methyladenine (6mA), a dynamic DNA modification, during Agave angustifolia Haw. chloroplast biogenesis. Using naturally occurring somaclonal variants-an albino phe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The plastid genome from subclover, Trifolium subterraneum, is unusual in a variety of respects, compared with other land-plant chloroplast DNAs. Gene mapping of subclover chloroplast DNA reveals major structural reorganization of the genome. Ten clusters of genes are rearranged in both order and orientation. Eight large inversions are sufficient to explain this reorganization; however, the actual evolutionary changes may have been more complex. For example, a fine-scale analysis of a set of ribosomal protein genes reveals the occurrence of insertions, deletions, and transpositions. Associated
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chloroplasts are essential organelles that are responsible for photosynthesis in a wide range of organisms that have colonized all biotopes on Earth such as plants and unicellular algae. Interestingly, a secondary endosymbiotic event of a red algal ancestor gave rise to a group of organisms that have adopted an obligate parasitic lifestyle named Apicomplexa parasites. Apicomplexa parasites are some of the most widespread and poorly controlled pathogens in the world. These infectious agents are responsible for major human diseases such as toxoplasmosis, caused by Toxoplasma gondii, and malaria
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Distylium chinense is a flood-tolerant woody species distributed in the hydro-fluctuation zone of the Three Gorges Reservoir in the Yangtze River basin and plays an important role in regional ecological restoration. Nevertheless, its mitochondrial genome (mitogenome) has not yet been characterized.
METHODS: Here, the complete mitogenome of D. chinense was de novo assembled using a hybrid sequencing strategy integrating MGISEQ-2000 and Nanopore platforms. Codon usage bias was evaluated based on relative synonymous codon usage (RSCU). Simple sequence repeats (SSRs), mitochondrial
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hyperforin is the compound responsible for the effectiveness of St. John's wort (Hypericum perforatum) as an antidepressant, but its complete biosynthetic pathway remains unknown. Gene discovery based on co-expression analysis of bulk RNA-sequencing data or genome mining failed to discover the missing steps in hyperforin biosynthesis. In this study, we sequenced the 1.54-Gb tetraploid H. perforatum genome assembled into 32 chromosomes with the scaffold N50 value of 42.44 Mb. By single-cell RNA sequencing, we identified a type of cell, "Hyper cells", wherein hyperforin biosynthesis de novo take
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sida (Malvaceae), the largest Malveae-Abutilinae member, has poorly defined morphological limits which overlaps with 11 phylogenetically closely related genera that comprises the "Sida generic alliance". The 12 genera are distributed in the tropics especially in Brazil where one third of its species diversity is found. Evolutionary relationships within Sida generic alliance remain unresolved due to morphological convergence, limited taxon sampling, and lack of integrative approaches including cytogenetic data. We reconstructed the phylogeny of Sida and allied genera using a multilocus dataset
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural history collections are unparalleled archives of global biodiversity, yet most specimens remain molecularly uncharacterised due to the technical challenges of historical DNA (hDNA), including degradation, low endogenous content and contamination. Genome skimming offers a scalable alternative to PCR-based barcoding, but existing bioinformatic workflows are not optimised for the heterogeneous, metagenomic nature of museum-derived data. Here we present BeeGees (Barcode Extraction and Evaluation from Genome Skims), a high-performance computing (HPC) integrated, Snakemake-based workflow des
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atractylodes lancea, A. chinensis, and A. macrocephala are the three most widely used medicinal species of the Atractylodes genus. Their similar morphological features cause disagreement as whether they are three unique species, leading to their frequent misuses in medical products. Our study aimed to understand their relationships through both the complete plastome sequences and nuclear sequences, to identify molecular markers for their differentiation and explore the evolutionary relationships among three species. We sequenced, annotated, and analyzed the plastomes of these three species. Th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.