The k-mer-based pipeline, namely the Pathogen Origin Recognition Tool using Enriched K-mers (PORT-EK) identifies genomic regions enriched in the respective hosts after the comparison of multi-genomes of isolates between different host species. The enriched k-mer counts, which may serve as a potential marker, enable the classification and prediction of the likelihood of the host species. Altogether, PORT-EK showcased its feasibility for identifying viral genomic regions over-represented in respective hosts, illuminating the different intrinsic tropisms of coronavirus host adaptation.
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The fitness of a pathogen can be characterized at multiple levels corresponding to different life cycle stages. Typically, epidemiological studies for measuring pathogen fitness compute a single selection coefficient for pathogen variants that encompasses the entire lifecycle. However, evolution towards greater fitness within hosts can potentially compromise transmissibility. To address this, we develop a population-genetic model and software for the inference of multi-level selection coefficients. Our approach builds on population-genetic models previously applied to macro-evolution, whereby
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chlamydiaceae are bacterial pathogens that cause diverse diseases in humans and animals. Despite their broad host and tissue tropism, all Chlamydia species share an obligate intracellular cycle of development and have evolved sophisticated mechanisms to interact with their eukaryotic host cells. Here, we have analysed interactions of the zoonotic pathogen Chlamydia psittaci with a human epithelial cell line. We found that C. psittaci recruits the ceramide transport protein (CERT) to its inclusion. Chemical inhibition and CRISPR/Cas9-mediated knockout of CERT showed that CERT is a crucial facto
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
JC virus (JCV) is a common human polyomavirus that infects greater than 70% of the general population worldwide. JCV is also the causative agent of progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a fatal demyelinating disease of the CNS. Currently, little is known about the mechanisms that restrict JCV tropism to a few human cell types and tissues. In vivo, JCV can be detected in oligodendrocytes and astrocytes in the CNS of patients with PML. The virus can also be detected in kidney, tonsil, and B lymphocytes of patients both with and without PML. In vitro, JCV can only be propagated in cul
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rift Valley fever virus (RVFV) is a mosquito-borne phlebovirus posing major threats to human and animal health. Despite decades of research, the determinants governing diverse clinical manifestations remain incompletely understood. This narrative review examines four central facets: i) exposure route impacts on disease outcome; ii) field strain diversity and organ-specific virulence; iii) genome reassortment driving viral evolution; and iv) organ-specific pathology including the overlooked placental/retinal infections. Differences among infection routes, viral strains, and host species complic
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ebola virus (EBOV) causes epidemics with high mortality yet remains understudied due to the challenge of experimentation in high-containment and outbreak settings. Here, we used single-cell transcriptomics and CyTOF-based single-cell protein quantification to characterize peripheral immune cells during EBOV infection in rhesus monkeys. We obtained 100,000 transcriptomes and 15,000,000 protein profiles, finding that immature, proliferative monocyte-lineage cells with reduced antigen-presentation capacity replace conventional monocyte subsets, while lymphocytes upregulate apoptosis genes and dec
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human cytomegalovirus (HCMV) is an opportunistic pathogen causing disease mainly in immunocompromised patients or after congenital infection. HCMV infection of the respiratory tract leads to pneumonitis in the immunocompromised host, which is often associated with a bad clinical course. The related mouse cytomegalovirus (MCMV) likewise exhibits a distinct tropism for the lung and thus provides an elegant model to study host-pathogen interaction. Accordingly, fundamental features of cytomegalovirus (CMV) pneumonitis have been discovered in mice that correlate with clinical data obtained from hu
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While parasites frequently cross the host species barrier and increase their host range, the mechanisms underlying successful novel cross-species transmission remain poorly understood. Host range expansion of complex life-cycle parasites is especially challenging to assess because they use different host species for development and reproduction. Addressing this knowledge gap, we use a large, published dataset on fish-helminth interactions, which includes introduced, non-native fish species, providing an opportunity to examine parasite infection of novel species in the context of a parasite's k
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several human pathogens exhibit a restricted host-tropism, relying on the species-specific interaction of microbial ligand(s) with host receptor(s). This specificity accounts for some of the difficulties in modeling human infections in animals. The discovery of L. monocytogenes host-specificity and elucidation of the underlying mechanism has led to the generation of transgenic mice expressing one of its human receptors, E-cadherin. This model is presented here as a paradigm of a genetically-modified-animal model for studying a human infectious disease.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several mosquito-borne Flaviviruses such as Japanese encephalitis virus (JEV), West Nile virus (WNV), Dengue Virus (DENV), and Zika virus (ZIKV) can cause severe clinical disease. Being zoonotic, Flaviviruses infect a wide variety of terrestrial vertebrates, which dependent of the virus-host interactions, can enhance ongoing epidemics and maintain the virus in the environment for prolonged periods. Targeted species can vary from amphibians, birds to various mammals, dependent on the virus. For many mosquito-borne flaviviruses the spectrum of targeted species is incompletely understood, in part
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hyper-virulent Streptococcus pneumoniae serotype 1 strains are endemic in Sub-Saharan Africa and frequently cause lethal meningitis outbreaks. It remains unknown whether genetic variation in serotype 1 strains modulates tropism into cerebrospinal fluid to cause central nervous system (CNS) infections, particularly meningitis. Here, we address this question through a large-scale linear mixed model genome-wide association study of 909 African pneumococcal serotype 1 isolates collected from CNS and non-CNS human samples. By controlling for host age, geography, and strain population structure, we
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Opa proteins are variable outer membrane proteins of Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningitidis that mediate tight interaction of these pathogens with human cells. They have emerged as a paradigm of a bacterial toolbox allowing recognition of different host receptors and orchestrating the cell type tropism displayed by pathogenic Neisseriae. Recent work has highlighted the molecular basis of Opa-protein-host-receptor interaction and has shed new light on the functional consequences of this interaction with regard to bacterial attachment, invasion, and responses elicited in particular hos
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The single-stranded RNA virus enterovirus 71 (EV71), which belongs to the Picornaviridae family, has caused epidemics worldwide, particularly in the Asia-Pacific region. Most EV71 infections result in mild clinical symptoms, including herpangina and hand, foot and mouth disease. However, serious pathological complications have also been reported, especially for young children. The mechanisms of EV71 disease progression remain unclear. The pathogenesis of adverse clinical outcomes may relate to many factors, including cell tropism, cell death and host immune responses. This article reviews the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mechanistic understanding of the factors that govern host tropism remains incompletely understood for most pathogens. Brucella species, which are capable of infecting a wide range of hosts, offer a useful avenue to address this question. We hypothesized that metabolic fine-tuning to intrahost niches is likely an underappreciated axis underlying pathogens' ability to infect new hosts and tropism. In this work, we compared the central metabolism of seven Brucella species by stable isotopic labeling and genetics. We identified two functionally distinct groups, one overlapping with the classical z
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Mouse polyomavirus (MPyV) is a ubiquitous persistent natural mouse pathogen. A glutamic acid (E)-to-glycine (G) difference at position 91 of the VP1 capsid protein shifts the profile of tumors induced by MPyV from an epithelial to a mesenchymal cell origin. Here we asked if this tropism difference affects the MPyV-specific CD8 T cell response, which controls MPyV infection and tumorigenesis. Infection by the laboratory MPyV strain RA (VP1-91G) or a strain A2 mutant with an E-to-G substitution at VP1 residue 91 [A2(91G)] generated a markedly smaller virus-specific CD8 T cell respons
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Human adenoviruses (HAdVs) contain seven species (HAdV-A to -G), each associated with specific disease conditions. Among these, HAdV-D includes those viruses associated with epidemic keratoconjunctivitis (EKC), a severe ocular surface infection. The reasons for corneal tropism for some but not all HAdV-Ds are not known. The fiber protein is a major capsid protein; its C-terminal "knob" mediates binding with host cell receptors to facilitate subsequent viral entry. In a comprehensive phylogenetic analysis of HAdV-D capsid genes, fiber knob gene sequences of HAdV-D types associated w
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) poses a significant threat to the global swine industry. Numerous modified live vaccines (MLVs) against PRRSV have been developed through the serial passage of wild-type parental strains in Marc-145 cells. However, the infectivity of these MLVs toward their primary target cell in vivo, porcine alveolar macrophage (PAM), is markedly reduced. The underlying mechanism for this decreased tropism remains unclear. In this study, we determined that the 118th residue in GP2a and the 43rd residue in GP4 play critical roles in deter
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chlamydia trachomatis causes genital and ocular infections in humans. This bacterial pathogen multiplies exclusively within host cells in a characteristic vacuole (inclusion) and delivers proteins such as inclusion membrane proteins (Incs) into the host cell. Here, we identified CT006 as a novel C. trachomatis protein that when expressed ectopically eukaryotic cells can associate with lipid droplets (LDs). A screen using Saccharomyces cerevisiae identified two Incs causing vacuolar protein sorting defects and seven Incs showing tropism for eukaryotic organelles. Ectopic expression in yeast and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Skin-penetrating nematodes, including the human parasite Strongyloides stercoralis and the rat parasite Strongyloides ratti, are gastrointestinal parasites that infect when infective third-stage larvae (iL3s) invade host skin. To enter the skin, iL3s engage in skin-penetration behavior, in which they repeatedly push and puncture the skin surface before ultimately burrowing into the skin. These parasites have narrow host ranges, but the extent to which skin-penetration behavior contributes to host specificity remains unclear. Here, we examine the behavior of S. stercoralis and S. ra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, high pathogenicity avian influenza viruses (HPAIVs) have spread among wild, captive, and domestic birds, as well as mammals. Beyond the resulting economic and ecological losses, spillover into mammals has raised concerns about a potential pandemic. Viral tropism refers to the spectrum of host species, organs, and cells susceptible and permissive to viral infection. It is a potent driver of infection dynamics and shedding patterns, which presents important variations both between and within hosts: in poultry, HPAIV leads to systemic endothelial infection in domestic chickens, w
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования