Antibodies play a crucial role in adaptive immunity. They develop as B cell receptors (BCRs): membrane-bound forms of antibodies that are expressed on the surfaces of B cells. BCRs are refined through affinity maturation, a process of somatic hypermutation (SHM) and natural selection, to improve binding to an antigen. Computational models of affinity maturation have developed from two main perspectives: molecular evolution and language modeling. The molecular evolution perspective focuses on nucleotide sequence context to describe mutation and selection; the language modeling perspective invol
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
B cells have a critical role in the initiation and acceleration of autoimmune diseases, especially those mediated by autoantibodies. In the peripheral lymphoid system, mature B cells are activated by self or/and foreign antigens and signals from helper T cells for differentiating into either memory B cells or antibody-producing plasma cells. Accumulating evidence has shown that epigenetic regulations modulate somatic hypermutation and class switch DNA recombination during B-cell activation and differentiation. Any abnormalities in these complex regulatory processes may contribute to aberrant a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Germinal center regulation pathways are often involved in lymphomagenesis and myelomagenesis. Most of the lymphomas (and multiple myeloma) derive from post-germinal center B-cells that have undergone somatic hypermutation and class switch recombination. Hence, B-cell clonal expansion can be responsible for the presence of a monoclonal component (immunoglobulin) of variable titer which, owing to physicochemical properties, can provoke pathologically defined entities of diseases. These diseases can affect any functional part of the kidney, by multiple mechanisms, either well known or not. The pr
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Activation-induced cytidine deaminase (AID) is essential for class switch recombination, somatic hypermutation, and gene conversion of immunoglobulin gene. In the present study, canine AID cDNA was cloned from the lymph node of a healthy dog by RT-PCR with rapid amplification of cDNA ends (RACE) method. The canine AID cDNA was 1,377 bp in length, and contained the entire open reading frame encoding 198 amino acids which had 94.9%, 94.4%, and 89.9% homology with human, mouse, and chicken homologues, respectively. Canine AID mRNA was expressed in thymus, lung, spleen, kidney, small intestine, ly
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In B-cells, activation-induced cytidine deaminase (AID) is required for somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR) of immunoglobulin genes. AID introduces mutations in immunoglobulin variable regions (IGV) during B-cell receptor affinity maturation, but may also introduce aberrant mutations into non-immunoglobulin genes, most commonly BCL6. Follicular lymphoma (FL) B-cells constitutively express AID and undergo CSR, SHM and aberrant SHM. We have studied AID expression, the presence of SHM mutations, CSR, and aberrant SHM in BCL6 in a cohort of 75 FL patients. Whereas IgM-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Activation-induced deaminase (AID) is a key enzyme that catalyzes the deamination of cytosine to uracil in DNA, driving somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR) of antibody genes to promote antibody diversification in the adaptive immunity. The AID gene from Cyprinus carpio (CcAID) has a full-length open reading frame of 633 bp and encodes a protein of 210 amino acids. CcAID shares structural and functional similarities with apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like (APOBEC) family members and contains a conserved catalytic domain characteristic o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The contribution of microRNAs (miR) to the pathogenesis of mantle cell lymphoma (MCL) is not well known. We investigated the expression of 86 mature miRs mapped to frequently altered genomic regions in MCL in CD5(+)/CD5(-) normal B cells, reactive lymph nodes, and purified tumor cells of 17 leukemic MCL, 12 nodal MCL, and 8 MCL cell lines. Genomic alterations of the tumors were studied by single nucleotide polymorphism arrays and comparative genomic hybridization. Leukemic and nodal tumors showed a high number of differentially expressed miRs compared with purified normal B cells, but only som
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Somatic hypermutation (SHM) drives antibody affinity maturation in B cells. By mimicking this process, guided hypermutation (GHM) tools employing CRISPR systems and activation-induced cytidine deaminase (AID) have advanced antibody development. However, GHM-induced mutations in cultured cells exhibit mutation patterns distinct from those observed in natural antibody diversification following in vivo affinity selection. To address this, we engineer a hyper-antibody editor, HAE1, by integrating cytidine and adenine deaminases with a nicked, PAMless Cas9 variant, SpRY, to closely resemble the mut
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continuously evolves to evade antibodies elicited by prior infection or vaccination. Most IGHV3-53/3-66 public antibodies potently neutralize the prototype strain, but show limited activity against recent variants. However, some acquire broad neutralizing activity through accumulation of somatic hypermutations. We assessed whether non-broadly neutralizing IGHV3-53/3-66 antibodies could mature into broadly neutralizing antibodies.
METHODS: A series of mutant antibodies was constructed based on the IGHV3-53/3-66 antibodies,
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STATs are constitutively activated in several malignancies. In primary mediastinal large B-cell lymphoma and Hodgkin lymphoma (HL), inactivating mutations in SOCS1, an inhibitor of JAK/STAT signaling, contribute to deregulated STAT activity. Based on indications that the SOCS1 mutations are caused by the B cell-specific somatic hypermutation (SHM) process, we analyzed B-cell non-HL and normal B cells for mutations in SOCS1. One-fourth of diffuse large B-cell lymphoma and follicular lymphomas carried SOCS1 mutations, which were preferentially targeted to SHM hotspot motifs and frequently obviou
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Posttransplantation lymphoproliferative disorders (PTLDs) are heterogeneous lymphoid proliferations representing a major complication of solid organ transplant. This study details the clinicopathological and molecular features of 17 B-cell PTLDs observed in a single center series of 988 heart and/or lung transplant recipients.
METHODS: Cases were classified according to World Health Organization lymphoma classification and tested for Epstein-Barr Virus (EBV), clonality, histogenetic phenotypic (CD10, Bcl-6, MUM1, CD138), and genotypic (immunoglobulin and BCL-6 genes somatic hyperm
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibodies are antigen recognizing immunoglobulins with an amazingly diverse repertoire in the antigen specific domain. The diversity of the antibody response is further increased by modifications such as somatic recombination and hypermutation. Furthermore, variation in the isotype and post-translational modifications such as Fc glycosylation further increase diversity of the effector functions. In particular variations in the glycan structures contribute significantly to the functional capacities of the antibodies. This is of particular interest given the dynamic nature of these modification
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammalian uracil DNA glycosylase (UNG) removes uracils and initiates high-fidelity base excision repair to maintain genomic stability. During B cell development, activation-induced cytidine deaminase (AID) generates uracils in DNA, which UNG processes in an error-prone fashion to accomplish immunoglobulin (Ig) somatic hypermutation or class switch recombination (CSR). The mechanism that governs high-fidelity versus mutagenic uracil repair is not understood. The B cell tropic murine Gammaherpesvirus 68 (MHV68/MHV-4) encodes a functional homolog of UNG that can process AID-induced genomic uracil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The B cell repertoire contains the recombined sequences that encode the entire antibody repertoire of an individual. The repertoire is made from three antigenic binding chains, namely the immunoglobulin heavy chain (IGH) and two immunoglobulin light chains, κ (IGK) and λ (IGL). Compared to the T cell repertoire, the B cell repertoire is understudied in inflammatory bowel diseases (IBD) even though different antibodies such as ASCA (Anti-Saccharomyces cerevisiae) and ANCA (Anti-Neutrophil Cytoplasmic Antibodies) have been shown to be elevated in individuals with IBD. To address this limitation,
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromosomal translocation requires formation of paired double-strand DNA breaks (DSBs) on heterologous chromosomes. One of the most well characterized oncogenic translocations juxtaposes c-myc and the immunoglobulin heavy-chain locus (IgH) and is found in Burkitt's lymphomas in humans and plasmacytomas in mice. DNA breaks in IgH leading to c-myc/IgH translocations are created by activation-induced cytidine deaminase (AID) during antibody class switch recombination or somatic hypermutation. However, the source of DNA breaks at c-myc is not known. Here, we provide evidence for the c-myc promoter
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Humans and almost all species studied to date exhibit a decreased responsiveness to immunization and increased autoimmunity with age. While this has been observed clinically for decades, only recently has an understanding of the molecular basis for these changes begun to be appreciated. Studies of the B-cell aspects of these changes in ageing mice and the very few reports in ageing humans have not been conclusive. Here we examine the nucleotide sequence of over 1250 VH transcripts from the tonsils of individuals of various ages for changes to the VH4 immunoglobulin repertoire. An exhaustive ex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Аннотация не предоставлена источником. Откройте карточку для перехода к публикации.
КомментарийПисьмо в редакциюПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenesis of AIDS-related non-Hodgkin lymphomas (AIDS-NHLs) is associated with chromosomal translocations that deregulate the expression of various oncogenes. Recently, a novel mechanism of genetic lesion, termed aberrant hypermutation, has been identified in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) of immunocompetent hosts. In these tumors, the somatic hypermutation (SHM) process that normally targets immunoglobulin V (IgV) genes in B cells appears to misfire and causes mutations in the 5' sequences of multiple proto-oncogenes, including PIM-1, PAX-5, RhoH/TTF, and c-MYC. To investigate w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Anti-PL12 autoantibodies are targeted against alanyl-tRNA synthetase, a cytosolic enzyme which plays a vital role in protein synthesis. Clinically, such antibodies are strongly associated with interstitial lung disease and confer a poor prognosis. To better understand their molecular composition, anti-PL12 immunoglobulin variable region subfamily expression and their mutational signatures were analysed by mass spectrometry (MS)-based proteomics to provide insights into personalized molecular diagnosis.
METHODS: Patients with anti-PL12 autoantibodies were identified from routine my
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human peripheral blood (PB) B cells expressing only IgD and tonsillar IgD-secreting plasma cells carry highly mutated V(H) genes and show preferential Iglambda usage. To further characterize these peculiar cells and gain insight into their generation, we analysed rearranged V(H) and V(L) genes of single IgD-only lambda(+) PB B cells and IgD(+) plasma cells from four individuals each. We demonstrate that the high somatic hypermutation activity in these cells is not restricted to V(H) genes but also present in V(L) genes. Moreover, not only PB IgD-only B cells, as reported earlier, but also IgD-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования