Antimicrobial resistance (AMR) poses a threat to public health. Clinical microbiology laboratories typically rely on culturing bacteria for antimicrobial-susceptibility testing (AST). As the implementation costs and technical barriers fall, whole-genome sequencing (WGS) has emerged as a 'one-stop' test for epidemiological and predictive AST results. Few published comparisons exist for the myriad analytical pipelines used for predicting AMR. To address this, we performed an inter-laboratory study providing sets of participating researchers with identical short-read WGS data from clinical isolat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Aggregatibacter actinomycetemcomitans, a periodontal pathogen, secretes a cytolethal distending toxin (AaCDT) that causes host cell cycle arrest and cell death. Although CDT could be an important virulence factor, it is unclear how it enters the nucleus to exert its cytotoxicity.
OBJECTIVE: To investigate the mechanisms of AaCDT by genome-wide screening for host mutations that confer resistance to the catalytic subunit, AaCdtB, in a Saccharomyces cerevisiae model.
METHODS: We transformed the yeast haploid deletion library, a collection of yeast mutants with single gene deletions
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reports of raw meat pet food containing zoonotic foodborne bacteria, including Salmonella, Escherichia coli, and Listeria monocytogenes, are increasing. Contaminated raw pet food and biological waste from pets consuming those diets may pose a public health risk. The U.S. Food and Drug Administration Veterinary Laboratory Investigation and Response Network conducted 2 case investigations, involving 3 households with animal illnesses, which included medical record review, dietary and environmental exposure interviews, animal sample testing, and whole genome sequencing (WGS) of bacteria isolated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Аннотация не предоставлена источником. Откройте карточку для перехода к публикации.
Письмо в редакциюПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-genome sequencing (WGS) has become a critical component of antimicrobial resistance (AMR) surveillance because it can characterize bacterial lineages, resistance determinants, and, when sequence resolution is sufficient, the mobile genetic elements that mediate dissemination. However, the practical value of WGS-based AMR inference remains constrained by fragmentation across AMR databases, inconsistent nomenclature, variable curation practices, and differences in analytical thresholds and reporting rules. Consequently, the same isolate may yield discordant resistome outputs across tools,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acinetobacter baumannii is listed by the World Health Organization as an emerging bacterial priority pathogen, the prevalence and multidrug resistance of which have been increasing. This functional genomics study aimed to understand the drug-resistance mechanisms of an extensively drug-resistant (XDR) A. baumannii strain (IRMCBCU95U) isolated from a transtracheal aspirate sample from a female patient with end-stage renal disease in Saudi Arabia. The whole genome of IRMCBCU95U (4.3 Mbp) was sequenced using Oxford Nanopore long-read sequencing to identify and compare the antibiotic-resistance pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging antibiotic resistance among bacterial pathogens of diabetic foot ulcers (DFUs) cause a significant threat to the human health. In the study, deep ulcer swabs were collected from 70 diabetic patients with foot ulcer. Among the 187 bacterial strains purified from the same, major representations were identified to be from Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus spp. Here, polymicrobial infection (87.14%) was found to be more prevalent than monomicrobial (12.86%). From the antibiotic susceptibility test results, 34 bacterial isolates were identified as MDR pathogens with resistance to β-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polycyclic aromatic compounds and petroleum hydrocarbons (PHs) are hazardous pollutants and seriously threaten the environment and human health. However, native microbial communities can adapt to these toxic pollutants, utilize these compounds as a carbon source, and eventually evolve to degrade these toxic contaminants. With this in mind, we isolated 26 bacterial strains from various environmental soil samples. Utilizing whole genome shotgun sequencing and analyses of these genomes revealed that they all belong to a single phylum with seven genera and sixteen species, and displayed variable g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rhizopus microsporus often lives in association with bacterial and viral symbionts that alter its biology. This fungal model represents an example of the complex interactions established among diverse organisms in functional holobionts. We constructed a Genome-Scale Model (GSM) of the fungal-bacterial-viral holobiont (iHol). We employed a constraint-based method to calculate the metabolic fluxes to decipher the metabolic interactions of the symbionts with their host. Our computational analyses of iHol simulate the holobiont's growth and the production of the toxin rhizoxin. Analyses of the cal
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing bacteria in environmental sources has been reported worldwide and constitutes a serious risk of community-acquired infections with limited treatment options. The current study aimed to explore the presence of these worrisome bacteria in a pond located at the Norwegian University of Life Sciences in Ås, Norway. A total of 98 bacterial isolates survived growth on selective chromogenic media and were identified by 16S rRNA Sanger sequencing. All strains were evaluated for the presence of the most commonly found β-lactamases and ESBLs
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial vaginosis-associated bacterium 1 (BVAB1) is an as-yet uncultured bacterial species found in the human vagina that belongs to the family Lachnospiraceae within the order Clostridiales. As its name suggests, this bacterium is often associated with bacterial vaginosis (BV), a common vaginal disorder that has been shown to increase a woman's risk for HIV, Chlamydia trachomatis, and Neisseria gonorrhoeae infections as well as preterm birth. BVAB1 has been further associated with the persistence of BV following metronidazole treatment, increased vaginal inflammation, and adverse obstetrics
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial and fungal secondary metabolism is a rich source of novel bioactive compounds with potential pharmaceutical applications as antibiotics, anti-tumor drugs or cholesterol-lowering drugs. To find new drug candidates, microbiologists are increasingly relying on sequencing genomes of a wide variety of microbes. However, rapidly and reliably pinpointing all the potential gene clusters for secondary metabolites in dozens of newly sequenced genomes has been extremely challenging, due to their biochemical heterogeneity, the presence of unknown enzymes and the dispersed nature of the necessary
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Congenital human cytomegalovirus infections are the major infectious cause of birth defects in the United States. How this virus crosses the placenta and causes fetal disease is poorly understood. Guinea pig cytomegalovirus (GPCMV) is a related virus that provides an important model for studying cytomegaloviral congenital transmission and pathogenesis. In order to facilitate genetic analysis of GPCMV, the 232kb GPCMV genome was cloned as an infectious bacterial artificial chromosome (BAC). The BAC vector sequences were flanked by LoxP sites to allow efficient excision using Cre recombinase. Al
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using custom software (Inidon) we have examined the initiation codon utilization in 620 complete bacterial genomes downloaded from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). The mean utilization of ATG, GTG and TTG codons is 80.1, 11.6 and 7.8 %, respectively. In most cases in which similar species or strains have been analysed the utilization percentages of the three initiation codons are remarkably similar, but in certain cases the results exhibit significant differences.
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a bacterial genome computational analysis pipeline, called GenVar. The pipeline, based on the program GeneWise, is designed to analyze an annotated genome and automatically identify missed gene calls and sequence variants such as genes with disrupted reading frames (split genes) and those with insertions and deletions (indels). For a given genome to be analyzed, GenVar relies on a database containing closely related genomes (such as other species or strains) as well as a few additional reference genomes. GenVar also helps identify gene disruptions probably caused by sequencing error
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas species are Gram-negative bacterial pathogens that affect a wide range of economically important crops, including almond. Increasing resistance of Pseudomonas syringae to conventional management strategies highlights the need for alternative disease control options. In this study, we isolated and characterized three lytic bacteriophages, including vB_PsyP_Mobley, vB_PsyP_Plaza, and vB_PsyP_Mission, targeting almond-infecting Pseudomonas strains. Host-range analysis across 36 isolates revealed partially overlapping infectivity profiles, with strongest activity against phylogroup 2 (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Enterococcus faecium is a prominent Gram-positive nosocomial pathogen associated with high morbidity and mortality worldwide. Identification of its antimicrobial resistance (AMR) genes, virulence factors, and biosynthetic gene clusters (BGCs) encoding specialized metabolites is essential as a preliminary step toward developing novel therapeutic interventions. This study aimed to explore the relationship between BGCs, AMR and virulence attributes in 81 E. faecium genomes-retrieved from the Genome Taxonomy Database (GTDB)-using different computational tools, including antiSMASH, GECC
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clavibacter nebraskensis (Cn) is a Gram-positive bacterial plant pathogen that infects the vascular tissue of maize, causing Goss's Wilt and Leaf Blight. Detection of highly virulent strains since the mid-2000s suggests that genetic divergence has contributed to the re-emergence of the disease following its effective management and subsequent disappearance in the 1980s. However, few genomic resources exist for this pathogen, and little is known about genomic variation in the species. Our study aimed to characterize genomic diversity across a set of differentially virulent strains i
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Antimicrobial resistance (AMR) is a global health threat, with third-generation cephalosporin-resistant (3GCR) and carbapenem-resistant infections of particular concern. There is currently a lack of genomic data on AMR organisms in the Pacific region.
METHODS: We aimed to address this gap by examining the genetic diversity of a collection of 788 Gram-negative and Gram-positive clinical isolates collected between July 2020 and October 2022 from a single hospital in Suva, Fiji. We sampled sensitive and resistant isolates, focusing on 3GCR and carbapenem-resistant Gram-negatives, and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hypervirulent lineages of Klebsiella pneumoniae (HvKp) cause invasive infections such as Klebsiella-liver abscess. Invasive infection often occurs after initial colonization of the host gastrointestinal tract by HvKp. Over 80% of HvKp isolates belong to the clonal group 23 sublineage I that has acquired genomic islands (GIs) GIE492 and ICEKp10. Our analysis of 12 361 K. pneumoniae genomes revealed that GIs GIE492 and ICEKp10 are co-associated with the CG23-I and CG10118 HvKp lineages. GIE492 and ICEKp10 enable HvKp to make a functional bacteriocin microcin E492 (mccE492) and the genotoxin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования