UV radiation induces DNA lesions that are repaired by the nucleotide excision repair (NER) pathway. Cells that are NER deficient such as those derived from xeroderma pigmentosum (XP) patients are susceptible to apoptosis after 10J/m(2) UV radiation, a dose largely survivable by repair proficient cells. Herein, we report that RNA polymerase II large subunit (RNAP II-LS) undergoes caspase-mediated cleavage, yielding a 140kDa C-terminal fragment in XP lymphoblasts but not NER proficient lymphoblasts after 10J/m(2) UV irradiation. Cleavage could also be induced by cisplatin or oxaliplatin, but not
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular mechanism of uridine insertion-and-deletion mRNA editing in trypanosome mitochondria1-4 has remained unclear because of the highly dynamic nature of the underlying multi-enzyme machinery5. Here, we define editosomes as supramolecular assemblies formed by the RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and either RNA-editing catalytic complex 1 or 2 (RECC1 or RECC2)6, and present cryo-electron microscopy structures of the approximately 1-MDa RECC1 and RECC2. Resembling dragonflies, with a head, thorax-like core, tail and wings, these ribonucleoproteins mediate the uridine deletio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
cGAS is a key cytosolic dsDNA receptor that senses viral infection and elicits interferon production through the cGAS-cGAMP-STING axis. cGAS is activated by dsDNA from viral and bacterial origins as well as dsDNA leaked from damaged mitochondria and nucleus. Eventually, cGAS activation launches the cell into an antiviral state to restrict the replication of both DNA and RNA viruses. Throughout the long co-evolution, viruses devise many strategies to evade cGAS detection or suppress cGAS activation. We recently reported that the Dengue virus protease NS2B3 proteolytically cleaves human cGAS in
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hammerhead ribozymes are catalytic RNA molecules that can act in trans, with ribozyme and substrate being two different oligoribonucleotides with regions of complementarity. Mutations in the gene for fibrillin-1 (FBN1) cause Marfan syndrome. The majority of mutations are single-base changes, many of which exert their effect via a dominant-negative mechanism. Previously we have shown that an antisense hammerhead ribozyme, targeted to the FBN1 mRNA can reduce deposition of fibrillin to the extracellular matrix of cultured fibroblasts, suggesting it may be possible to utilize ribozymes to down re
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 10-23 DNA enzyme is one of the most efficient RNA-cleaving enzymes reported, possessing substrate recognition arms that can be designed to target virtually any AU diribonucleotide junction. However, 10-23 often shows reduced activity for large, structured RNA (lsRNA) substrates like messenger RNA. Increasing arm length or adding antisense DNA oligonucleotides (ASOs) can improve accessibility to lsRNA but may also reduce the efficiency of product release. Xeno nucleic acids (XNAs), such as 2'-fluoro-arabinonucleic acid (FANA), have been substituted for DNA into the arms of 10-23 to improve
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In all domains of life, tRNAs mediate the transfer of genetic information from mRNAs to proteins. As their depletion suppresses translation and, consequently, viral replication, tRNAs represent long-standing and increasingly recognized targets of innate immunity1-5. Here we report Cas12a3 effector nucleases from type V CRISPR-Cas adaptive immune systems in bacteria that preferentially cleave tRNAs after recognition of target RNA. Cas12a3 orthologues belong to one of two previously unreported nuclease clades that exhibit RNA-mediated cleavage of non-target RNA, and are distinct from all other k
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leishmania parasites cause a variety of symptoms, including mucocutaneous leishmaniasis, which results in the destruction of the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. The species of Leishmania carrying Leishmania RNA virus 1 (LRV1), from the family Totiviridae, are more likely to cause severe disease and are less sensitive to treatment than those that do not contain the virus. Although the importance of LRV1 for the severity of leishmaniasis was discovered a long time ago, the structure of the virus remained unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: tRNAs were originally considered uni-functional RNA molecules involved in the delivery of amino acids to growing peptide chains on the ribosome. More recently, the liberation of tRNA fragments from tRNAs via specific enzyme cleavage has been characterized. Detection of tRNA fragments in sequencing data is difficult due to tRNA sequence redundancy and the short length of both tRNAs and their fragments.
RESULTS: Here, we introduce tsRNAsearch, a Nextflow pipeline for the identification of differentially abundant tRNA fragments and other non-coding RNAs from small RNA-sequencing data
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Previous work from this laboratory [Dompenciel,R.E., Garnepudi,V.R. and Schoenberg,D.R. (1995)J. Biol. Chem.270, 6108-6118] described the purification and properties of an estrogen-regulated endonuclease isolated from Xenopus liver polysomes that is involved in the destabilization of albumin mRNA. The present study mapped cleavages made by this enzyme onto the secondary structure of the portion of albumin mRNA bearing the major cleavage sites. The predominant cleavages occur in the overlapping APyrUGA sequence AUUGACUGA present in a single-stranded loop region, and in AUUGA located within a bu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conventional single-stranded antisense oligonucleotides (ASOs) work by directly binding target mRNA, which limits their use to genes that need to be silenced without affecting healthy cells. To address this limitation and achieve conditional gene silencing specifically within target cells, we developed. This system activates its RNA-cleaving function only upon binding to a specific biomarker nucleic acid sequence followed by RNase H-dependent cleavage of the targeted RNA. Under cell-free conditions, ARC showed 3-fold greater RNA cleavage efficiency in the presence of the biomarker as compared
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 10-23 DNAzyme is one of the most active DNA-based enzymes, and in theory, can be designed to target any purine-pyrimidine junction within an RNA sequence for cleavage. However, purine-pyrimidine junctions within a large, structured RNA (lsRNA) molecule of biological origin are not always accessible to 10-23, negating its general utility as an RNA-cutting molecular scissor. Herein, we report a generalizable strategy that allows 10-23 to access any purine-pyrimidine junction within an lsRNA. Using three large SARS-CoV-2 mRNA sequences of 566, 584 and 831 nucleotides in length as model system
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent global upsurge in Monkeypox virus (MPXV) outbreaks underscores the critical need for rapid and precise diagnostic solutions, particularly in resource-constrained settings. The gold standard diagnostic method, qRT-PCR, is hindered by its time-consuming nature, requirement for nucleic acid purification, expensive equipment, and the need for highly trained personnel. Traditional CRISPR/Cas fluorescence assays, relying on trans-cleavage of ssDNA/RNA reporters labeled with costly fluorophores and quenchers, pose challenges that limit their widespread application, especially for point-of-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Given implantation failure limits the improvement of in vitro fertilization (IVF) success rates, there is an urgency to identify potential biomarkers for embryo quality and predict the outcomes of IVF-embryo transfer (IVF-ET).
METHODS: Using RNA-sequencing, we identified the expression profiles of 16 spent culture medium (SCM) collected from embryos at the cleavage on day 3 (D3 cleavage) and blastocyst stages on day 5 (D5 blastocyst) during IVF cycles. Differentially expressed miRNAs (DEmiRNAs) were then identified, and microRNA (miRNA)-messenger RNA (mRNA) interaction networks we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formation of the 3' ends of mature mRNAs requires recognition of the correct site within the last exon, cleavage of the nascent pre-mRNA, and, for most mRNAs, addition of a poly(A) tail. Several factors are involved in recognition of the correct 3'-end site. The cleavage stimulation factor (CstF) has three subunits, CstF-50 (gene symbol Cstf1), CstF-64 (Cstf2), and CstF-77 (Cstf3). Of these, CstF-64 is the RNA-binding subunit that interacts with the pre-mRNA downstream of the cleavage site. In male germ cells where CstF-64 is not expressed, a paralog, τCstF-64 (gene symbol Cstf2t) assumes its
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 5' untranslated region (5' UTR) of the enterovirus 71 (EV71) RNA genome contains an internal ribosome entry site (IRES) that is indispensable for viral protein translation. Due to the limited coding capacity of their RNA genomes, EV71 and other picornaviruses typically recruit host factors, known as IRES trans-acting factors (ITAFs), to mediate IRES-dependent translation. Here, we show that EV71 viral proteinase 2A is capable of cleaving far upstream element-binding protein 1 (FBP1), a positive ITAF that directly binds to the EV71 5' UTR linker region to promote viral IRES-driven translati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-based assays for the detection of nucleic acids are highly specific, yet they are not fast, sensitive or easy to use. Here we report a one-step fluorescence assay for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA in nasopharyngeal samples, with a sample-to-answer time of less than 20 minutes and a sensitivity comparable to that of quantitative real-time PCR with reverse transcription (RT-qPCR). The assay uses suboptimal protospacer adjacent motifs, allowing for flexibility in the design of CRISPR RNAs and slowing down the kinetics of Cas12a-mediated c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adenovirus is a common human pathogen that relies on host cell processes for transcription and processing of viral RNA and protein production. Although adenoviral promoters, splice junctions, and polyadenylation sites have been characterized using low-throughput biochemical techniques or short read cDNA-based sequencing, these technologies do not fully capture the complexity of the adenoviral transcriptome. By combining Illumina short-read and nanopore long-read direct RNA sequencing approaches, we mapped transcription start sites and RNA cleavage and polyadenylation sites across the adenoviru
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribonucleases remodel RNAs to render them functional or to initiate their degradation. Our laboratory studies these pathways in detail using a variety of techniques, ranging from the isolation of RNAs in various RNase mutants to determine their implication in maturation or decay pathways by Northern blot, to proving their direct roles in RNA cleavage reactions using purified enzymes and in vitro-transcribed RNA. In this chapter, we provide in-depth protocols for the techniques we regularly use in the laboratory to assay RNase activity in vivo, with detailed notes on optimization of these metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In vitro fertilization (IVF) and in vitro embryo production (IVP) are crucial technologies for accelerating genetic gain in cattle. However, IVP efficiency remains suboptimal, as in vitro-derived embryos frequently exhibit reduced developmental competence compared to their in vivo counterparts. Previous studies indicate that activation of the sperm Toll-like receptor 2/1 (TLR2/1) complex via Pam3CSK4 (PAM3) enhances sperm-oocyte interactions and improves cleavage and blastocyst rates; however, the underlying molecular mechanisms remain unexplored. In this study, frozen-thawed active sperm from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cleavage of full-length transfer RNAs generates functional small RNAs called tRNA-derived small RNAs (tsRNAs or tDRs). This review synthesizes recent advances in our understanding of tDRs, summarizing the molecular mechanisms of their biogenesis and illuminating their function in modulating pathways important in the cellular stress response. Key structural motifs appear to be critical determinants of tDR function by modulating binding to partner proteins and RNAs. Finally, the role of tDRs in the pathogenesis of various diseases and the feasibility of targeting them with novel molecular to
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования