Расширение пространственной стеноскопии для крупных тканей: обнаружение архитектуры тканей клеточного уровня за пределами обычных платформ с iSCALE.

Последние достижения в технологии пространственной транскриптомики (ST) изменили нашу способность профилировать выражение генов при сохранении критического пространственного контекста в тканях. Однако существующие платформы ST сдерживаются высокими затратами, длительными сроками перехода, низким разрешением, ограниченным генным охватом и по своей сути небольшими районами захвата тканей, которые препятствуют их широкому применению. Здесь мы представляем iSCALE, метод, который восстанавливает крупномасштабные, суперразрешенные ландшафты выражения генов и автоматически аннотирует архитектуру тканей клеточного уровня в образцах, выходящих за пределы районов захвата нынешних платформ ST. Эффективность iSCALE оценивалась на основе всеобъемлющих оценок, включая эксперименты по установлению контрольных параметров, пятно иммунохимии и ручные аннотации патологи. При применении к множественным склерозным образцам человеческого мозга iSCALE обнаруживают связанные с повреждением клеточные характеристики, которые не поддаются обнаружению в ходе обычных экспериментов в области ST. Наши результаты свидетельствуют о полезности iSCALE для анализа крупных тканей путем обеспечения беспристрастной аннотации, разрешения состава клеток, составления карт клеточной микроокружающей среды и выявления пространственных особенностей, выходящих за рамки стандартного анализа ST или обычной гистопатологической оценки.