Филогенетическая разведка Новокомиальных цепочек трансмиссии 2009 года Инфлюенза А/Н1N1 среди детей, принятых в Мемориальную детскую больницу Красного Креста, Кейптаун, Южная Африка, в 2011 году.

Традиционные методы исследования нозокомиальной передачи гриппа предполагают сочетание подтверждающего молекулярного диагностического теста и эпидемиологического исследования. Обычные больничные инфекции, такие, как грипп, требуют различимой способности проводить различие между вирусными изолированиями, чтобы точно идентифицировать цепи передачи пациентов. Мы провели оценку того, можно ли использовать филогию последовательности гриппа для обогащения эпидемиологических данных при изучении масштабов нозокомиальной передачи в течение четырехмесячного периода в педиатрической больнице в Кейптауне, Южная Африка. Возможная цепочка передачи/канальные каналы первоначально определялись с помощью базовых данных о приеме пациентов в сочетании с максимальной вероятностью и масштабным по времени байезийским филогенетическим анализом. Эти анализы свидетельствуют о том, что большинство случаев потенциальных инфекций, приобретенных больницами, являются результатом нескольких случаев введения в больницу гриппа А, в том числе случаев, когда последовательности вирусов гемагглутинина одинаковы между различными пациентами. Кроме того, общая неспособность установить эпидемиологическую связь между пациентами/вирусной изоляцией предполагает, что выявленные изолирующие элементы могли исходить от асимптоматических пациентов, посетителей или больничного персонала. В то же время результаты традиционного эпидемиологического исследования, в ходе которого не проводилось анализа вирусных филогенетических заболеваний, основанного на совместном приеме пациентов в конкретные отделения в течение определенного периода времени, свидетельствуют о том, что многочисленные случаи заражения в больницах, возможно, были обусловлены ограниченным числом идентифицируемых вирусных изолирований/клиентов. Этот традиционный эпидемиологический анализ сам по себе может привести к неправильной увязке не связанных между собой случаев, недооцениванию количества уникальных инфекций и игнорированию возможного диффузного характера передачи инфекции в больницах, что было предложено благодаря данным о последовательности, которые могут быть вызваны многочисленными уникальными введением гриппа А в отдельные больничные отделения. Мы продемонстрировали функциональную роль данных о вирусной последовательности в исследовании носокомиальной передачи, благодаря ее способности обогащать традиционные, немолекулярные эпидемиологические исследования, измеряя возможные пути передачи и работая над более точным перечислением числа возможных случаев передачи.