MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1038/s41598-020-59692-y
Геномический мониторинг для понимания появления и распространения вируса Усуту в Нидерландах, 2016 - 2018 годы.
Аннотация
Вирус Усуту (USUV) — флавивирус, распространяющийся в Западной Европе, который вызывает смерть главным образом обычных чёрных птиц (Turdus merula). В Нидерландах USUV впервые был обнаружен в 2016 году, когда он был установлен в качестве вероятной причины вспышки у птиц. В этом исследовании были собраны мертвые черные птицы, проверены на присутствие внедорожника США и представлены на секвенирование в Нанопоре. Были получены геномические последовательности 112 UV, и филогенетический анализ показал, что большинство выявленных вирусов принадлежали 3-й линии USUV Africa, а молекулярный анализ часов дал оценку их последнему обычному предку за 10-4 года до первого обнаружения USUV в Нидерландах. USUV Europe 3, обычно встречающаяся в Германии, была обнаружена реже. Этот анализ также свидетельствует о том, что USUV в определенной степени циркулирует между Нидерландами, Германией и Бельгией, а также, вероятно, перебоями с USUV в Нидерландах.
Название и аннотация на языке оригинала
Genomic monitoring to understand the emergence and spread of Usutu virus in the Netherlands, 2016-2018.
Usutu virus (USUV) is a mosquito-borne flavivirus circulating in Western Europe that causes die-offs of mainly common blackbirds (Turdus merula). In the Netherlands, USUV was first detected in 2016, when it was identified as the likely cause of an outbreak in birds. In this study, dead blackbirds were collected, screened for the presence of USUV and submitted to Nanopore-based sequencing. Genomic sequences of 112 USUV were obtained and phylogenetic analysis showed that most viruses identified belonged to the USUV Africa 3 lineage, and molecular clock analysis evaluated their most recent common ancestor to 10 to 4 years before first detection of USUV in the Netherlands. USUV Europe 3 lineage, commonly found in Germany, was less frequently detected. This analyses further suggest some extent of circulation of USUV between the Netherlands, Germany and Belgium, as well as likely overwintering of USUV in the Netherlands.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.