Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) · 2019
High-Throughput Sequencing of the T-Cell Receptor Beta Chain Gene Repertoire in Chronic Lymphocytic Leukemia.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vlachonikola E, Vardi A, Stamatopoulos K, Hadzidimitriou A
Аннотация
High-throughput, next-generation sequencing (NGS) offers a unique opportunity for in-depth characterization of adaptive immune receptor repertoires. Nevertheless, limitations and pitfalls exist in every step of both the experimental and the analytical procedure, leading to discrepancies in the literature and incomprehensive and/or altogether misleading results. Thus, standardization of protocols in NGS immunogenetics is urgently needed.Here, we describe the experimental protocol that we developed for T-cell receptor beta chain (TRB) gene repertoire analysis in chronic lymphocytic leukemia, aiming to provide a reproducible and biologically meaningful output. Although optimized for TRBV-TRBD-TRBJ gene rearrangements, this protocol may be customized for other adaptive immune receptor sequences, as well.